浙江白鹅全基因组序列图谱绘制完成

近日,浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所、华大基因研究院联合召开新闻发布会宣布,以浙东白鹅进行的首个鹅全基因组序列图谱已经绘制完成。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱。     

草鱼全基因组序列图谱绘制完成

<正>中国科学院水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心、中山大学等机构的研究人员,合作完成了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)基因组序列草图的绘制,相关研究成果在5月4日的《自然·遗传学》杂志上在线发表(The draft genome of the grass carp(Ctenopharyngodon idellus)provides genomic insight into its evolution and vegetarian diet adaptation)。该研究采用鸟枪法测序策略,分别对一尾雌     

浙东白鹅全基因组序列图谱绘制完成

近日,浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所、华大基因研究院联合召开新闻发布会宣布,以浙东白鹅进行的首个鹅全基因组序列图谱已经绘制完成。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱。鹅全基因组序列图谱绘制由浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所和华大基因研究院共同主持完成,基因组大小约为1.2Gb     

益生菌Lactobacillus casei Zhang全基因组图谱已绘制完成

由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生菌L．casei Zhang的全基因组序列测定于2008年5月18日全部完成。这是我国第一个完成的乳酸菌基因全序列测定。     

封面新闻:中日家蚕基因组精细图谱绘制工作会议在西南大学召开

2007年4月26日,中日家蚕基因组精细图谱绘制工作会议在西南大学生物工程大楼二楼会议室顺利召开.中方代表团西南大学蚕学与系统生物学研究所家蚕基因组研究团队全体研究骨干、中科院北京华大基因研究中心2位专家和日方代表团5位专家以及西南大学科技处部分同志共30余人参加了会议.     

中国水产科学研究院牵头完成鲤鱼全基因组序列图谱绘制

由中国水产科学研究院首席科学家孙效文研究员牵头,中国水产科学研究院联合黑龙江水产研究所、中科院基因组研究所、哈佛大学、奥本大学等单位组建的国际合作研究团队,完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,成为国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究成果以Article形式于2014年9月21日在国际生物学权威期刊《自然-遗传学》(Nature Genetics)杂志在线发表(DOI 10.1038/ng.3098)。     

中外科学家成功绘制达尔文雀基因组图谱

万种脊椎动物基因组计划(G10K)联盟和华大基因近日联合宣布,勇地雀基因组图谱绘制完成。这是双方合作完成的首个可在UCSC基因组数据库中获取的脊椎动物基因组。专家表示,达尔文雀的表型多样性是达尔文进化论的典型例子。本研究将有助于对生活在同一岛屿上的具有丰富遗传多样性的近缘物种基因组进行研究,了解这些物种的遗传学和性状进化机制。勇地雀是最早由达尔文记载的生活在加拉帕戈斯群岛上的13种达尔文雀之一,是研     

中国家蚕基因组框架图完成新闻发布会在渝举行

20 0 3年11月15日上午,中国家蚕基因组框架图完成新闻发布会在重庆高新区火炬大厦举行。科技部党组成员、纪检组长吴忠泽,农业部副部长张宝文,中国科学院副院长杨柏龄,重庆市常务副市长黄奇帆,副市长吴家农等领导出席了发布会。中国家蚕基因组计划项目总负责人、中国工程院院士向仲怀,西南农大党委书记华鹏、校长王小佳、副校长周泽扬、徐晓黎、张家骅、丁忠民、王永才和师生代表参加了发布会。新华社、人民日报、中央电视台、中央人民广播电台、中国新闻社、光明日报、经济日报、农民日报、中国青年报、重庆日报、重庆电视台、重庆人民广播…     

我国首次完成益生乳酸菌全基因组序列测定

由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌L、casei Zhang的全基因组序列测定分析历时15个月,近日全部完成。这是我国第一个独立完成、具有完全自主知识产权的乳酸菌基因全序列测定,标志着我国在乳酸菌基因组学方面的研究达到国际水平。     

我国专家首绘蝎子基因组图谱揭开多样性面纱

新华社武汉11月3日电（俞俭、杨欣欣）由武汉大学领衔．与上海生物信息技术研究中心合作,近日完成了对马氏正钳蝎（Mesobuthusmartensii）的基因组测序。预测了32016个蛋白质编码基因。在国际上第一个揭示了蝎子（scorpion）这一种独特的节肢动物适应模式。     

我国科学家成功破译飞蝗基因组图谱

正1月16日记者从中科院获悉,由该院动物研究所康乐院士领衔,深圳华大基因研究院和中科院北京生命科学研究院等单位参与的一项研究,成功破译了飞蝗的全基因组序列图谱,这是迄今人类破译的最大动物基因组。基于基因组信息,科学家们还揭示了飞蝗食性、迁飞和群聚的奥秘。飞蝗是世界性的重要农业害虫,在过去近百     

新型鸭肝炎病毒FS株全基因组序列分析

本试验参考GenBank中已公布的新型鸭肝炎病毒全基因组序列,应用Primer Premier5．O软件,在序列保守区域分别设计了7对引物,通过RT-PCR方法对本实验室已鉴别纯化的新型鸭肝炎病毒Fs株进行了分段扩增,经过测序拼接整理,获得Fs株全基因组序列（GenBank中登录号为EU877916）。序列分析表明,Fs株全长7792个碱基,一个大的开放阅读框编码2251aa。将各基因与国内外已发表的新型鸭肝炎病毒参考毒株进行相似性分析,结果表明,与G株（GenBank登录号为EU755009）核苷酸相似性最高,为99．2％,而FS株与G株和C—GY株（GenBank登录号为EU352805）的氨基酸相似性最高,均为99．6％,与DHV—HS株和DHV-HSS株的相似性最低,均为83．6％。系统发育树分析发现,与G株亲缘关系最近。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析

用RT-PCR扩增分离的一株PEDV CH-SXCH11-2015的全基因组序列,测序拼接后,进行了序列分析。CH-SXCH11-2015全长28 038bp比CV777长5bp,与BJ-2011-1同源性最高,为98.9%;与LZC、SM98同源性最低,为96.6%。S基因全长均为4 161bp,突变主要发生在S1区,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015核苷酸同源性与BJ-2011-1和CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.9%,与SM98同源性最低为93.6%,与CV777、CV777vaccine同源性分别为94.2%和93.8%。CH-SXCH11-2015S基因氨基酸同源性与CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.3%,与CV777vaccine、SQ2012同源性最低为91.8%,与CV777的同源性为92.9%。ORF3基因全长均为675bp,无核苷酸插入和缺失,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CH/HBQX/10核苷酸同源性最高,为99.3%,与CV777truncated核苷酸同源性最低,为90.6%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因推导的氨基酸与(CH/HBQX/10、CH/S、CH/SHH/06、CH/TJ-2012、CH/ZKXH/11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285)同源性最高,为98.7%;与CV777truncated毒株最低,为88%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分别为96.6%和97.6%,氨基酸同源性分别为95.1%和97.1%。遗传进化分析表明,CH-SXCH11-2015全基因组、S基因、ORF3基因与2010年以后我国分离的毒株亲缘关系较近,与CV777、2个疫苗株(attenuated DR13、CV777vaccine)的亲缘关系较远。     

首个绵羊“虚拟基因组图谱”问世

新华网堪培拉 11月13日电澳大利亚联邦科学与工业研究组织13日发表公报称。一个跨国科学家小组用电脑绘制出了世界上首个绵羊“虚拟基因组图谱”。并称这将为生产更优质的羊毛和羊肉提供帮助。     

猫杯状病毒全基因组的克隆及序列分析

采用RT-PCR和重组PCR扩增了猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV)CH-GD株的全基因,并进行了序列测定,用DNAStar软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行比较分析。结果表明,首次分离于中国广东的CH-GD株与各参考毒株有较大的差异。CH-GD株与各参考毒株之间的同源性仅为75.4%~77.1%,明显低于各参考毒株之间的同源性(78.9%~99.9%)。同时遗传进化树显示,14个分离株形成两大分支,CH-GD株独自在一分支,各分离株无明显的地域性差异。对FCV衣壳蛋白6个区(A~F)的分析结果发现,CH-GD株中A~F区的特点与报道的相符。此外还发现,CH-GD株有3个区域的3个连续的氨基酸发生了变异,与参考毒株相比,CH-GD株在这3个区域的抗原性和亲水性也都发生了相应的变化。     

犬瘟热病毒SH202003株全基因组序列分析

为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus,CDV）遗传变异情况,本研究采用首尾重叠的11对特异性引物,对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增,将扩增片段进行反复测序,序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列,应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析,并构建系统进化树。结果显示,SH202003株基因组全长为15 690 bp,编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L）,H和L基因间隔序列为CUA,L和5'端尾随序列为CAA,与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高,达到98.6%和96.6%,与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%,氨基酸相似性只有82.7%~87.0%;全基因进化树中,SH202003株与流行野毒株在同一分支,与疫苗株在不同的分支;H基因同样与Hebei株亲缘关系最近,核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%,与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远;SH202003株处于Asia-1型分支,属于Asia-1型强毒株;SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点,与强毒株Hebei株一致。研究表明,上海株SH202003属于CDV强毒株,为Asia-1型,其H基因序列相对保守,具有9个潜在N-糖基化位点,但是全基因序列存在较多突变,与疫苗株的匹配度较差,可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。     

猪轮状病毒的分离鉴定和全基因组序列分析

为了解广东省规模化猪场中猪轮状病毒(PoRV)流行毒株的基因特征,本试验在广东省某猪场采集腹泻仔猪肠道组织样品,经实时荧光定量PCR(qPCR)进行病毒初步鉴定;分离获得病毒后,通过间接免疫荧光、电镜观察进一步鉴定,并对分离毒株进行全基因组高通量测序和遗传进化分析。结果显示,qPCR初步鉴定该腹泻仔猪病料为PoRV感染,从阳性病料中分离获得1株能引起典型细胞病变的毒株,在电镜下可观察到似车轮状的病毒颗粒,在倒置荧光显微镜下观察有绿色荧光,将该PoRV分离毒株命名为GD2022,其完整基因型为G9-P[23]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1;基因遗传进化分析结果显示,GD2022为人轮状病毒、猪轮状病毒和狗轮状病毒基因组重组后的毒株。本试验结果丰富了PoRV基因组学和分子流行病学相关的研究资料,为轮状病毒防控提供了数据支持。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒( DHV -Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究.结果表明:不含poly(A)尾的DHV -Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列...     

鸭肝炎病毒GD株的全基因组序列测定与分析

为了给在分子水平上研究鸭肝炎病毒(DHV)的致病机理奠定基础,进一步丰富DHV的遗传变异和进化信息,试验采用RT-PCR方法分段克隆获得DHV-1 GD株的全基因组序列并进行序列分析。结果表明:GD株的基因组全长7 690 nt[不含Poly(A)尾],5’端和3’端非编码区长度分别为626 nt和314 nt,单一开放阅读框架(ORF)为627～7 376 nt,编码2 249个氨基酸;GD株与DHV-1参考株比较,其核苷酸和氨基酸同源性分别为94.8%～99.7%和97.7%～99.6%;与中国台湾和韩国新型DHV(DHV-N)相比同源性分别为72.7%～73.2%和81.8%～83.4%;GD株与DHV-1参考株遗传进化关系较密切,处于同一分支,而与DHV-N遗传关系较远,处于不同分支。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究。结果表明:不含poly(A)尾的DHV-Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列进行序列分析,VP1蛋白变异最大,180～220位为高变区,与DHV-Ⅰ参考毒株核苷酸序列同源性在94.0%～97.4%之间,氨基酸序列同源性在97.5%～99.2%之间;对此病毒株进行遗传进化分析,与DHV-Ⅰ参考毒株处于同一分支,与韩国和中国台湾省新型鸭肝炎病毒处于不同分支。