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油菜EST资源的SSR信息分析 总被引:33,自引:0,他引:33
从NCBI公共数据库获得63334条油菜EST,通过前处理得到全长为12165.38kb的无冗余EST 17987 条。共在这些序列中搜索出2803个SSR,分布于2443条EST中,出现频率是15.58%。这些EST-SSR的平均长度为18.84bp,平均分布频率是1/4.34kb。二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的近89.05%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的84.04%和35.71%,同时对这些SSR的可用性进行了评价。 相似文献
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为研究ESTSSR 标记在应用于冬小麦品种DUS测试中的可行性,本研究利用21对小麦ESTSSR引物对45份黄淮海地区新育成冬小麦品种的遗传多样性进行了分析。在23份新育成品种中,共检测到61个位点,每个位点的等位基因数量为2~8个,平均2.90个;基因遗传多样性指数为0.08~0.79,平均为0.38。23份新育成品种的遗传距离为0.12~0.69, 平均为0.40。在23份亲本品种中,共检测到63个位点,每个位点的等位基因数量为2~7个,平均3.00个;基因遗传多样性指数为0.08~0.79,平均为0.43;23份亲本品种的的遗传距离为0.09~0.81, 平均为0.46。新育成品种遗传变异水平低于其亲本品种。聚类分析表明,45份品种可分为6个类群,部分申请品种和近似品种聚在一起,但其他申请品种和近似品种并未聚在一起,其中有些甚至距离较远。据此认为,ESTSSR标记用于DUS测试中近似品种的选择是可行的。 相似文献
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为探究盐胁迫对大麻遗传育种改良的影响,试验对盐胁迫条件下大麻转录组测序数据进行了SSR位点标记的挖掘,并对大麻转录组数据中SSR位点标记、SSR位点信息和序列分布特征等进行了分析。结果表明:共检测出84 483条Unigene序列,序列总长87.31 Mb。筛选出27 861个SSR位点,SSR标记的检出率为33.10%,即平均3.13 kb就会出现一个SSR位点,其中以单、二和三碱基重复为主,检出率分别为52.73%、23.26%和22.16%;重复基元主要为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT,分别占52.57%、11.32%、10.25%和6.69%。通过Primer 3.0在线软件获得17 894条SSR引物序列,引物中SSR位点重复长度绝大多数集中在10~21 bp,占SSR重复总数的79.72%,其中最长重复长度为226 bp。该研究构建的盐胁迫下大麻SSR位点信息与分布特征分析,可为研究大麻分子标记辅助育种、EST-SSR标记的开发等提供信息资源。 相似文献
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大豆表达序列标记(EST)研究进展 总被引:4,自引:0,他引:4
豆基因组含有1.3×109bp的核苷酸,贮藏着调控大豆的发芽、生长、开花、结荚、衰老以及死亡的所有遗传信息。测定大豆基因组序列对于揭示大豆的遗传变异、发育和分化的奥秘,阐明大豆抗病、抗虫、抗逆、高产和高品质的DNA结构及调控机理,并依此确定培育产量高、品质好、抗病虫和适应性广的超级大豆新品种,开发有利于人类身心健康和对人类疾病可以食疗的基因工程大豆副产品,均有着十分重大的意义。 相似文献
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花生EST资源的SSR信息分析 总被引:6,自引:0,他引:6
微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequence tags,ESTs)中。为了在花生中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的41501条花生ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到全长为5125.94kb的无冗余EST8391条。在这些序列中搜索出1109个SSR,分布于946条EST中,出现频率是11.27%。这些EST-SSR的平均长度为18.16bp,平均分布频率1/4.62kb。在1~6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(49.23%),其次是二核苷酸(32.83%)、单核苷酸(14.88%)。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的71.43%和31.50%。本研究为开发多态性花生微卫星标记提供了候选序列。 相似文献
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大豆EST资源的SSR信息分析 总被引:5,自引:0,他引:5
微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中.为了在大豆中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的394 370条大豆ESTs序列进行EST-SSRs特征分析.剔除冗余序列,得到全长为51 332.21 kb的无冗余EST 80 735条.在这些序列中搜索出7 754个SSR,分布于6 674条EST中,出现频率是8.27%.这些EST-SSR的平均长度为15.26 hp,平均分布频率是1/6.62 kb.在1~6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(43.72%),其次是二核苷酸(37.34%)、单核苷酸(15.92%).AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的62.83%和25.22%.本研究为开发多态性大豆微卫星标记提供了候选序列. 相似文献
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甘蔗EST序列的SSR信息分析 总被引:2,自引:0,他引:2
从NCBI公共数据库获得262 113条甘蔗EST,通过前处理和聚类拼接得到全长为50 058.89 kb的无冗余Unigene 62 565条。在这些序列中搜索出9 482个SSRs,出现频率是15.15%;平均5.28 kb出现1个SSR。三核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的45.92%。CT和CGC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的21.22%和8.18%。此外还对筛选出的SSR进行多态性预测,得到了长度在20 bp以上的低级基元一、二、三核苷酸EST-SSR共1 405条,占长度20 bp以上的SSR总数的59.16%。结果为甘蔗EST-SSR标记的开发和相关分子生物学研究提供资料和奠定基础。 相似文献
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为研究黑麦属植物的遗传多样性,开发R基因组特有的分子标记并绘制其遗传连锁图谱,选用1 343对冰草EST-SSR引物和786对小麦EST-SSR引物对新疆杂草黑麦和栽培黑麦(共计6份材料)的全基因组进行了PCR扩增,结果显示,有679对冰草EST-SSR引物能够扩出清晰的条带,占引物总数的50.6%;其中有187对引物在6份黑麦材料基因组中扩增产物表现为多态性,占其引物总数的13.9%,平均每对引物扩增条带数为1.1。有364对小麦EST-SSR引物可扩增出清晰的条带,占其引物总数的46.3%;其中有135对引物在6份黑麦材料基因组中扩增产物具有多态性,占其引物总数的17.1%,平均每对引物扩增条带数为2.0。冰草EST-SSR引物在黑麦中的有效扩增效率高于小麦EST-SSR的有效扩增效率,但扩增多态性后者大于前者。两种来源引物扩增强带比率分别为51.8%和32.6%。结果表明小麦和冰草的EST-SSR引物均可用于黑麦基因组分析研究。 相似文献
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Michael O. Eze A. Uzoechi Ogan 《Plant foods for human nutrition (Dordrecht, Netherlands)》1988,38(2):121-126
The sugar composition of the unfermented sap from oil palm (Elaeis guinensis) trees growing in the plantations of the Nigerian Institute for Oil Palm Research, Benin City, has been determined. While sucrose concentration ranges from 9.59 to 10.59% (w/v) in the pure unfermented sap, that of either glucose or fructose is much less than 1% (w/v) (0.13–0.73% w/v). Raffinose occurs in traces only (0.13–0.35 w/v). These results were derived from our improved methods which eliminate completely, or reduce to a bare minimum, fermentation of the sap during collection. The variation with time of storage of the individual sugars in the sap during fermentation to form palm wine reveals that, as sucrose steadily decreases, fructose reaches a peak at 1.51% (w/v) at the 9th hour, and thereafter declines, while glucose and raffinose remain continuously low; all sugars disappear beyond the 33rd hour. Concomittantly, pH decreases from pH 6.60 at zero time and stabilizes at pH 3.30 after 48 h, while titrable acidity increases continuously up until the 96th hour. These changes account for the variations in the quality of palm wine during storages. 相似文献
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低温胁迫下油棕幼苗的某些生理生化特性 总被引:5,自引:0,他引:5
观测盆栽油棕幼苗在低温胁迫下的一些生理指标变化.结果表明,随着温度的下降和低温胁迫时间的延长,油棕幼苗叶片相对含水量和可溶性蛋白含量不断下降;可溶性糖含量、脯氨酸含量、束缚水/自由水的比值、SOD、POD、CAT活性先上升而后下降;MDA含量和相对电导率不断增大;油棕幼苗正常生长的临界温度约为10℃,其可忍受低温的温度范围约为4~7℃;抗寒性弱的油棕幼苗品种在4℃下可忍受6 d左右. 相似文献
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油棕不同叶序五种营养元素含量的测定及变化规律研究 总被引:1,自引:0,他引:1
本文首次根据油棕叶片在树冠轮生的规律,对不同成熟度的叶片进行排序,进而对不同叶序的N、P、K、Ca、Na五种营养元素含量进行了测定,并对其变化规律作了分析与研究,结果表明:(1)不同油棕树体五种营养元素含量有所差异;(2)从整体看,第8至26叶,Ca含量上升,Na含量略微上升,而K含量则下降, N和P则没有一定的规律性;(3)成龄树K含量变化范围为0.41%~1.08%;Ca含量变化范围为0.47%~1.03%;Na含量变化范围为0.011%~0.052%;N含量变化范围为1.83%~2.30%;P含量变化范围为0.12%~0.19%。(4)本试验中第20~22叶营养元素含量变化幅度小,比较稳定,可为我国油棕营养诊断取样提供较为科学的参考,与马来西亚第17叶采样标准有所差异。 相似文献