基于SSR标记的小粒大豆品种(系)遗传多样性分析

为了解东北地区小粒大豆品种(系)的遗传多样性特点,利用21对SSR引物对来自东北不同地区来源的44份小粒大豆品种(系)进行遗传多样性分析.结果表明,供试的44份东北地区小粒大豆品种(系)共检测到115个等位变异,平均每个位点等位变异数5.5个,等位变异数在3～11个之间,多态性信息含量指数(PIC)在0.309 1～0.8157之间,平均为0.629 7.利用6对高多态性的SSR引物构建了 44份小粒大豆品种(系)的指纹图谱,可以有效区分44份小粒大豆材料.44份小粒大豆品种(系)间的遗传相似系数变异范围为0.25～0.95,聚类分析结果表明44份小粒大豆材料可以分为5个类群,可以反映不同来源的小粒大豆品种(系)间的亲缘关系,可为小粒大豆遗传改良提供参考.     

基于SSR标记的葡萄品种(系)遗传多样性分析与指纹图谱构建

[目的]对供试葡萄材料进行遗传多样性分析,构建其指纹图谱,为葡萄分类、种质鉴定和制干葡萄定向育种提供科学依据.[方法]利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄(VitisL)品种(系)进行遗传多样性分析及指纹图谱构建.[结果]以52对SSR引物对供试材料的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出8对多态性高、谱带清晰的引物.共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100;.多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.686 8～0.964 0,平均为0.908 4.UPGMA聚类分析表明,44份葡萄品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.63～0.92,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系.利用Vmc9a2.1、UDV-017、UDV-033和UDV-041等4条引物构建了品种DNA指纹图谱,可区分44个供试材料.[结论]SSR标记方法可分析供试材料的亲缘关系,利用筛选出的4种引物可构建其DNA指纹图谱.     

68个大豆品种(系)遗传多样性分析

为保持大豆杂种优势利用中亲本的遗传差异,利用64对SSR引物对68个大豆品种(系)包括53个中国品种(系)和15个美国品种进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,共检测到375个等位基因变异,平均每个位点检测到的等位变异数为5.86个,变化范围为2～12个,其中53个中国品种(系)检测到373个等位基因变异,平均为5.83个,变化范围为2～12个,15个美国品种检测到288个等位基因变异,平均为4.50个,变化范围为2～9个;总的位点多态性信息含量(PIC)变化范围为0.366～0.900,平均为0.677,其中53个中国品种(系)变化范围为0.370～0.909,平均为0.682,15个美国品种变化范围为0.309～0.817,平均为0.590。聚类分析表明:68个大豆品种(系)的遗传相似系数(GS)变幅为0.529～0.973,平均GS值0.707,在相似系数0.65处,可将供试的品种(系)聚为2大类,第Ⅱ类在相似系数0.69处又可分为5个亚类。     

利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

利用37对SSR引物分析了72个不同生态类型粳稻品种的遗传多样性，共检测出了186个等位基因，平均每对SSR引物可检测出2～11个等位基因变异，平均为5．1个。UPGMA聚类分析结果表明，利用SSR分子标记将72个材料分成7大类群，说明SSR标记在区分水稻品种生态类型和品种的遗传多样性方面具有重要作用，也证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

41个高粱品种遗传多样性的SSR标记检测

采用自行开发的52个SSR标记对41个高粱品种进行遗传多样性分析。结果表明,52对SSR引物在3%琼脂糖凝胶上共检测出277个等位变异,平均每个位点有5.3个等位变异。通过聚类分析将41个高粱品种分为2个类群。虽然多数籽粒高粱归在第1类群,而甜高粱主要分在第2类群,但无法清晰地划分2类高粱之间的遗传界限。     

利用SSR标记分析山东省花生区试品种的遗传多样性特点

利用SSR标记对山东省花生区试品种进行遗传多样性分析,以参加国家北方区试的17份省外花生品种为对照。结果表明,10对SSR引物在45份花生品种共扩增出57条带,其中45条呈现多态,多态性比率为78.95%。引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.369～0.857,平均值为0.683。多样性指数比较表明,山东省的基因多样性指数H(0.2476)和Shannon指数I(0.3723)均低于河南省(0.2928、0.4241)和省外(0.2929,0.4268)。山东省内品种间的遗传相似系数介于0.440～1.000之间,平均为0.730,省外品种间的遗传相似系数变化范围为0.311～0.962,平均为0.638,显著性测验表明山东省区试品种内的相似性极显著高于省外品种内的相似性。聚类分析表明山东省花生区试品种遗传基础较近,绝大部分品种聚在第II类群;河南省和河北省的部分品种与其他品种亲缘关系较远。与省外区试品种相比,山东省花生区试品种遗传基础较近,应不断引入省外亲缘关系较远的品种以拓宽其遗传基础。     

黑龙江省水稻品种SSR标记遗传多样性分析

选用分布于水稻12条染色体上的52对SSR引物,对黑龙江省近几年育成品种(系)和过去主栽品种以及日本引进品种共54份材料进行遗传多样性分析。结果表明,供试品种的20项表型性状均有显著或极显著的遗传差异,其中黏滞峰消减值变异系数最大,整米粒率与下降黏度值次之,糙米率和糊化开始温度变异系数最小;在52对SSR引物中45对引物有多态性,共扩增出160个等位位点,平均3.6个,香农指数变幅为0.040～0.702,平均为0.285;高多态性SSR位点主要发生在染色体2、5、7、11上,低多态性SSR位点主要发生在染色体6、8、10、12上;供试品种的遗传相似系数变幅为0.667～0.963之间,平均值为0.786,且83.4%的供试品种其遗传相似系数在0.740～0.840之间,亲缘关系较近;通过UPGMA聚类,供试品种被分为3大类,绝大多数供试品种都聚在同一类。     

利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

水稻育成品种遗传基础的宽窄及品种间遗传距离的大小是品种能否在当地有效推广种植的关键因素。为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择,选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的18个粳稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,选取的30对SSR引物有28对具有多态性,多态性位点百分率为93%。这些多态性引物在18个材料中共扩增出144条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均5.14/位点。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将18份材料分为4个类群,同一生态型的稻种基本聚为一类,部分不同生态型的稻种聚在一起,说明这几个品种之间有了一定的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。育种亲本的选择不能单单考虑生态型。     

40个河南省审定小麦品种遗传多样性的SSR标记分析

利用小麦基因组42条染色体臂上的43个SSR标记对40个河南省审定小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现,43对SSR引物中有31对(占72%)扩增出带并具有多态性,这31对引物共检测到186个等位变异,每对引物能检测到2～14个,平均位点为6个。聚类分析表明,SSR标记能将40个品种相互区分开。品种间遗传距离(GD)变幅为0.231～0.593,平均GD值为0.404。据此认为,SSR标记揭示出这40个河南省审定小麦品种遗传变异较小,遗传基础狭窄。     

不同类型芥菜变种遗传差异的SSR分子标记检测

为了解不同类型芥菜变种间的遗传多样性,利用66对 SSR引物对16份芥菜变种进行检测。结果表明,共扩出602个条带,多态性条带占92.5％,多态信息量（PIC）变幅为0.56～0.97,平均值为0.91。遗传相似系数为0.41～0.75,平均值为0.60,当相似系数为0.61时,可将供试材料分成4类。薹芥和抱子芥均单独为一类,第3类包括笋子芥、小叶芥和叶瘤芥,第4类包括白花芥、宽柄芥、长柄芥、大叶芥、凤尾芥、分蘖芥、卷心芥、茎瘤芥、花叶芥、结球芥和大头芥。表明16个芥菜变种间存在一定的遗传多样性。通过主成分分析也将供试材料分成4大类群,2种聚类分析结果基本一致,都说明来自相同省份的绝大部分材料聚在一起,呈现出一定的地域性分布规律,但聚类结果与芥菜形态没有必然联系。     

利用SSR分子标记分析番茄的遗传多样性

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自国内外的番茄材料共36份,利用番茄的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从400对SSR引物中筛选到24对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,利用NTSYS软件进行聚类分析结果显示,36份材料被聚成7大类。     

中国328个玉米品种（组合）SSR标记遗传多样性分析

【目的】从育成年份、种植区域角度分析中国328个玉米品种的遗传多样性,在分子水平上分析各适宜种植区域品种的遗传分化特点,为玉米品种区域试验、审定管理以及育种策略提供一定的理论依据。【方法】利用均匀分布于玉米基因组的40对核心SSR引物,采用10重荧光毛细管电泳检测技术对328个代表性育成品种进行基因分型;通过Power-Marker ver.3.25软件评估40对SSR引物多态性,对参试品种按年份、区试组分析遗传多样性情况;利用多变量统计分析软件MVSP ver.3.13对328个品种按区试组进行主坐标分析。【结果】基于328个玉米品种数据,检测到40对SSR引物等位基因变异范围为3-16个,平均8.10个,多态信息指数（PIC）值变化范围为0.18-0.85,平均为0.63。参试品种不同年份间遗传多样性变化不大,PIC值在0.60左右摆动;8个区试组品种的总等位基因和总基因型变异范围为170-262和200-511,京津唐和西南组分别表现出了最低值和最高值,京津唐组PIC值最低为0.51,其余组均接近于0.60,平均杂合度均在0.60左右。8个区试组主坐标分析显示鲜食、极早熟品种遗传分布偏离普通玉米区域,具有明显的种质特异性;青贮玉米由于早期对照品种为普通玉米导致遗传分布向普通玉米延伸,仅有少数品种分布偏离普通玉米;京津唐、西南、东北早熟三组品种遗传分布相对集中;极早熟、京津唐、西南三组之间品种遗传分布几乎无重叠区域;东华北和黄淮海两组参试品种遗传分布具有明显的分化但也有部分重叠,原因与对照品种曾经相同、育种同质化有关。【结论】利用SSR标记分析328份玉米品种的遗传多样性及遗传分化特点,表明近年来育成品种遗传多样性指数在不同年份间变化不大,除京津唐组之外在其它区试组间差异性也不大。参试品种主坐标分析显示各区试组划分、对照品种设置起到了育种导向的作用。     

基于SSR标记的49个大白菜自交系遗传多样性分析

利用扩增条带清晰且覆盖白菜10个连锁群的33个SSR标记分析了49个大白菜自交系的遗传多样性。结果表明,22对引物在供试材料间表现多态,11对引物表现单态扩增,多态引物频率达到66.7%,其中A1、A3、A8和A9连锁群上多态引物比例相对较高。多态引物共扩增出68个等位变异,每个位点2~8个,平均3.09个;不同引物的多态性信息含量0.05~0.88,平均0.48;品种间的遗传距离变异为0~0.93,所有成对遗传距离的平均值为0.51,UPGMA聚类结果与品种间亲缘关系及其农艺特征有较好的一致性。     

微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析

从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段     

江西柑橘地方品种资源及野生近缘种SSR分子标记

利用SSR分子标记方法研究了63个江西柑橘地方品种资源及野生近缘种的遗传多样性,用30对SSR引物,检测到374条等位基因,平均每对引物检测到等位基因3～28个,平均12．47个,平均信息量为0．805。用UPGMA方法可将63个试材划分为8个类群．聚类结果可以推断出崇义野生橘可能是江西柑橘的始祖,井冈野生橙可能是橘类和橙类的杂交种。     

青海省小麦主栽品种遗传多样性的SSR标记分析

采用SSR标记对青海省66份小麦主栽品种进行遗传多样性分析,筛选出20对扩增谱带稳定的引物,共检测出81个等位基因,平均每个位点检测出的等位基因为4.05个,变异范围2～8个,引物xgwm133-6B和xgwm3-3D的等位位点最多,均为8个;其次是xgwm2-3A和xgwm107-4B,均为6个。66份小麦材料的遗传相似系数为0.530 9～0.975 3。多态信息含量PIC为0.686 5,用popgene算出Shannon’sInformation index为0.367 2,Nei’s gene diversity为0.237 6。聚类分析结果显示,66份材料聚为4大类群,部分材料在聚类时从亲缘关系上没有被明显区分,说明这些材料的生长习性与所研究的SSR引物位点相关性状存在独立性,但总体上基于SSR多态性的聚类与材料来源地区存在一定的相关性,在一定程度上反映了供试材料间的亲缘关系。     

野生狗牙根种质资源SRAP与SSR的遗传多样性

【目的】为指导种质资源的引进和利用及选育优质狗牙根新品种提供科学依据。【方法】采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对52份野生狗牙根材料进行遗传多样性分析。【结果】①利用4个表型差异显著的野生狗牙根对SRAP的150对引物组合及SSR的200对引物组合进行扩增,分别筛选出有效引物组合各18对,SRAP和SSR扩增总条带分别为236和346条,多态性条带206和255条,平均每对引物扩增出多态性条带各11.4和14.17条,多态性位点百分率分别为87.29%和73.70%;②两种标记结合进行聚类分析,当GS=0.68时,可将所有供试材料分成5个组群;当GS=0.78时,可将第V个组群分成6个小组,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类;③基于聚类分析,可将供试材料分为8个生态地理类群,据各类群间的Nei氏遗传一致度和遗传距离的无偏估计值表明,生态地理环境相似的地理类群遗传距离较小;④SRAP和SSR标记之间具有显著的相关性,且相关性较高。【结论】野生狗牙根有丰富的遗传多样性,其聚类和生态地理环境有一定的相关性。