皖西白鹅BMP4基因部分cDNA序列的克隆及序列分析

根据GenBank中鸡BMP4基因序列设计1对特异性引物,从12胚龄皖西白鹅背部皮肤中提取总RNA作为模板,采用RT-PCR技术首次扩增出鹅BMP4基因的部分cDNA序列。将其克隆进pGEM-T easy vector中,经限制酶酶切鉴定后进行测序。将测序结果与鸡、大鼠、小鼠、人和黑猩猩的BMP4核苷酸序列进行比对,发现多处突变。转换成氨基酸序列后发现鹅BMP4的氨基酸序列与其他物种也有多处不同。分析这些突变可能是导致禽类羽毛和哺乳动物毛发之间形态学差异的原因之一。     

鹅bcl-2基因部分cDNA的克隆与序列分析

细胞凋亡是基因活动引起的级联反应的结果。现已发现大约有30多种分子专门参与细胞凋亡调控，其中bcl-2家族是一类主要的细胞内调控物质，由相应的bcl-2基因家族编码。自Tsujimoto等首先克隆人bcl-2基因以来，随后的一系列研究发现bcl-2蛋白的生理功能主要是阻遏细胞凋亡、延长细胞寿命，这些研究主要集中于人、     

猪ICOS基因部分cDNA的克隆与序列分析

研究旨在对猪T细胞诱导型刺激物(ICOS)基因的cDNA序列进行克隆与分析。根据已报道的人ICOS基因cDNA序列设计引物,首次从猪脾脏组织总RNA中扩增出ICOS基因编码区全长cDNA序列,克隆于pMD18-T载体后进行测序并进行序列拼接,运用生物信息学分析DNA序列。结果表明:该基因编码区全长630bp,编码210个氨基酸,包含5个外显子。该序列与人全基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为80%和85%;与狗和小鼠的推导氨基酸序列的同源性分别为81%和75%。这为进一步研究该基因的结构特点和功能奠定了良好基础。     

牛分枝杆菌Ag85A基因的克隆及序列分析

以牛分枝杆菌Valleelll染色体DNA为模板，以Ag85A成熟蛋白基因特异性引物进行PCR扩增，获得了900bp的DNA片段。通过T-A克隆技术，将PCR产物克隆至pGEM-T载体。经鉴定，成功地构建出了克隆载体pGEM-T-85A。     

牛ATGL基因的cDNA克隆、序列分析及组织表达研究

为了进一步研究牛ATGL基因的结构与功能,揭示该基因的组织特异性表达规律。本研究以秦川牛的脂肪组织为材料,运用同源序列克隆技术结合RT-PCR,对牛的脂肪甘油三酯脂肪酶(ATGL)基因的cDNA进行克隆,并对其进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明:牛ATGL基因编码区全长为1 461 bp,共编码486个氨基酸;牛ATGL基因与猪同源性最高(87.5%),其次是人(87.3%)、狗(86.8%)、小鼠(84.7%)和大鼠(82.4%);ATGL蛋白含有1个Patatin结构域;牛ATGL基因在脂肪和瘤胃中高丰度表达,在睾丸中没有检测到。ATGL基因在动物进化中比较保守,具有相似的生物学功能,该基因的表达具有组织特异性。     

牛抵抗素基因的cDNA克隆

<正>抵抗素是新近发现的一种由脂肪细胞分泌的富含半胱氨酸的多肽。人抵抗素基因定位于19p13.3,负责编码108个氨基酸残基组成的抵抗素蛋白。Tokushi确定了478bp的牛抵抗素序列,具有完整的开放阅读框架,负责编码109个氨基酸残基组成的牛抵抗素蛋白。这一序列同人的抵抗素cDNA序列具有83%的同源性。     

绦虫催乳素基因cDNA克隆及序列分析

根据文献报道的脊椎动物催乳素基因 c DNA序列的保守区 ,设计 1对引物。提取绦虫总 RNA,采用 RT- PCR扩增绦虫催乳素基因 ,琼脂糖凝胶电泳分析 PCR产物 ,将回收产物连接到 p MD- 18T克隆载体 ,对待选克隆进行 PCR和酶切鉴定。阳性克隆进行序列测定 ,获得全长 893bp的 c DNA序列 ,共编码 2 2 2个氨基酸 ,其中前 2 2个氨基酸为信号肽 ,成熟蛋白共编码 2 0 0个氨基酸。将测序结果与 Gen Bank中已知序列比较 ,推导氨基酸序列并进行活性位点分析 ,所得序列与脊椎动物催乳素同源性最高 ,含有催乳素的 2个活性区域 ,证明所得到的序列就是催乳素序列。     

马DRD4基因部分序列克隆和PCR-RFLP分析

克隆了马DRD4基因完整第1内含子及部分第1、2外显子序列,并用StuⅠ限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种6个类型共270匹马的DRD4基因部分序列多态性。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将酶切产物分离,并用银染法显色。结果经StuⅠ内切酶消化表现出多态,由3种共显性等位基因控制,出现了6种基因型;经Hardy-Weinberg平衡检验,乌审马（WS）、巴而虎马（BH）和乌珠穆沁马（WZ）（P〉0.05）达到平衡,而其余均未达到平衡（P〈0.05）。     

中国部分地方品种鸡CD4和CD8α基因cDNA的克隆与序列分析

用Trizol分别提取4～6周龄白莱航鸡、狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、仙居鸡、茶花鸡、固始鸡和隐性白羽鸡胸腺细胞的总RNA，再用Oligo-dT纤维索富集mRNA后，用RT-PCR分别扩增出鸡CD4和cD8α基因cDNA。将PCR产物克隆进T载体后测序。序列分析显示不同品种鸡的CD4 cDNA序列完全一致；中国地方品种鸡与国外品种的白莱航鸡、RPL7系鸡在CD8α胞外区有6～13个氨基酸的差异，仙居鸡与其他5个中国地方品种鸡在CD8α胞外区有4～5个氨基酸的差异，狼山鸡、北京油鸡和隐性白羽鸡CD8α cDNA的核苷酸序列及推导的氨基酸序列完全一致。这些结果表明，中国地方品种鸡CD4基因序列高度保守；中国地方品种鸡与国外品种鸡的CD8α cDNA序列之间具有遗传多态性，而中国地方品种鸡之间CDSα cDNA序列遗传多态性低，为进一步研究CD4分子和CD8α链的结构和功能提供了条件。     

猪Lmbr1基因部分cDNA序列的克隆及序列分析

利用RT—PCR和RACE方法克隆了正常猪和全同胞多趾猪Lmbr1基因部分cDNA序列并进行了序列分析。结果表明,正常猪该序列长1797bp,其中CDS序列1178bp,3’UTR序列619bp。全同胞多趾猪该序列长1069bp,其中CDS序列768bp,3’UTR序列301bp。正常猪与多趾猪Lmbr1基因的CDS序列相似性近77％,而3’UTR序列相似性不足20％。两者的CDS序列在755～768bp间,共发生13个核苷酸突变：G755C、A756T、A757G、T758C、C759A、A760G、C761T、T762G、A763C、G764T、A765G、T767G、T768A。其中,前11个突变属于错义突变,导致相应的氨基酸序列中4个氨基酸发生变化：G突变为A、I突变为A、T突变为V、R突变为L;后2个突变属于无义突变,导致阅读框提前终止。猪Lmbrl基因发生突变能引起SHH的异常表达,这可能是导致猪多趾发生的根本原因。     

5个绵羊品种BMP6基因部分片段的多态及序列分析

根据GenBank发表的绵羊骨形态发生蛋白6（Bone morphogenetic protein6,BMP6）基因部分序列所包含的外显子5、6、7和小鼠BMP6基因外显子5、6、7序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术检测BMP6基因外显子5、6和7在小尾寒羊、湖羊、多赛特、特克塞尔、考力代5个绵羊品种301个个体中的单核苷酸多态性。结果发现这3对引物的扩增片段在检测的5个品种中均无多态性,说明所检测的BMP6外显子5、6、7序列比较保守。同时克隆了小尾寒羊（695bp）和济宁青山羊（699bp）部分BMP6mRNA以及小尾寒羊BMP6基因外显子3—4的内含子序列和两端部分外显子序列（785bp）。发现小尾寒羊和济宁青山羊的核苷酸和氨基酸序列差异很小,两者的核苷酸序列同源性高达99．28％,氨基酸序列同源性为98．1％,除济宁青山羊中插入一个丙氨酸外,两者只有4个氨基酸的差异。绵羊与牛、人、小鼠和大鼠的核苷酸同源性分别为97．04％、81．82％、84．68％和85．06％;氨基酸序列同源性分别为99．05％、91．43％、90．48％和92．38％,均大于90％,表明各物种BMP6核苷酸序列虽然差异较大,但氨基酸序列却非常保守。     

牛Smad4基因cDNA克隆及生物信息学分析

Smad4基因在TGF-β细胞内信号传导过程中起重要作用,通过生物信息学方法,结合RT-PCR技术和SMART RACE技术,对牛Smad4基因进行了克隆,得到了3 503 bp cDNA全长序列并向GenBank递交了该序列,登录号：DQ494856。通过核酸序列分析发现,牛Smad4基因由12个外显子组成,编码553个氨基酸。该基因与绵羊、猪、人、大鼠和小鼠在核酸序列上分别有99%、96%、95%、91%、91%的同源性;在氨基酸序列上分别有99%、98%、98%、99%和98%的同源性,牛Smad4基因的组织表达谱很广,在睾丸、胰腺、肝、小肠、卵巢、淋巴结、心肌、骨骼肌、胸腺组织中都有表达。     

西南地方品种黄牛MyoD基因部分编码序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了MyoD基因在3个西南地方黄牛品种的遗传多态性。结果表明:MyoD的第2外显子内不存在遗传多态性;第1外显子在3个牛品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为3个牛群体的优势等位基因,分布较高。3个品种中,盘江牛AA基因型频率最高,达到0.5365,而巴山牛和昭通牛则相对较低,分别为0.4465和0.2564。对第1外显子的多态片段测序分析表明:位于MyoD基因第782bp处发生碱基G→A的突变,并导致了氨基酸的突变,使甘氨酸变为丝氨酸。     

水牛α-乳清蛋白基因部分序列的测定与分析

根据奶牛α-乳清蛋白基因序列设计引物,用PCR方法扩增并克隆了包含水牛(Bubalusbubalis)α-乳清蛋白基因的5′侧翼序列(709bp)和第1外显子(160)、第1内含子(337bp)和部分第2外显子(73bp)的序列。将该序列与牛的相应序列进行比较表明,尽管具有非常高的同源性(97.6%),但仍然存在一些碱基差异,这些碱基差异导致了一些转录调控因子识别序列的产生或消失以及转录调控因子识别位点之间的距离的变化,这可能是导致这两个物种中该基因表达存在明显表达差异的原因之一。     

渤海黑牛和日本和牛MSTN基因的比较分析

利用PCR扩增及测序的方法,分别对渤海黑牛和日本和牛的MSTN基因编码序列进行分析.结果显示:与日本和牛相比,渤海黑牛MSTN基因外显子1的111 bp处存在一个突变位点,在其外显子2和外显子3处进行比较分析,发现与NCBI上牛的序列一致,没有发生改变的位点.     

渤海黑牛和日本和牛MSTN基因的比较分析

利用PCR扩增及测序的方法,分别对渤海黑牛和日本和牛的MSTN基因编码序列进行分析。结果显示:与日本和牛相比,渤海黑牛MSTN基因外显子1的111 bp处存在一个突变位点,在其外显子2和外显子3处进行比较分析,发现与NCBI上牛的序列一致,没有发生改变的位点。     

南阳黄牛TLR2基因扩增及序列分析

根据GenBank中发表的牛TLR2基因序列设计引物,通过PCR方法对南阳黄牛的TLR2基因进行分段扩增并测序,拼接后得到包含TLR2完整编码区以及5′端和3′端非编码区的2399bp的全序列。序列分析结果表明,南阳黄牛TLR2基因开放阅读框全长2 355bp,共编码784个氨基酸。南阳黄牛的TLR2基因编码区与荷斯坦牛的相比发生了16个碱基突变,其中9个发生在胞外区,2个发生在跨膜区,5个发生在胞内区,没有引起氨基酸的改变。与GenBank已发表的其他动物TLR2基因参考序列进行比较,结果显示南阳黄牛与荷斯坦牛、野牛、水牛、山羊、绵羊、猪、大猩猩和人的同源性分别为99.3%、99.3%、98.0%、96.3%、95.5%、85.4%、83.2%和83.1%。TLR2N末端存在信号肽且可能在21位氨基酸处存在裂解位点,蛋白分子结构预测TLR2蛋白含1个跨膜结构域。     

新疆绵羊种布鲁氏菌外膜蛋白omp2b基因的克隆与序列分析

根据已报道的绵羊种布鲁氏茵外膜蛋白基因omp2b的核酸序列设计引物，从新疆绵羊种布鲁氏菌基因组中扩增到了omp2b基因。将该片段克隆到PBS—T载体上，并对所得到的重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定，证明所得到的片段为阳性重组子。与报道的绵羊种布鲁氏菌omp2b序列有89．72％的同源性，并在N端存在高度保守区。至此得到omp2b基因的全长克隆，通过对所克隆的基因和其他布鲁氏菌外膜蛋白omp2b的进化树分析，发现其和牛种布鲁氏茵的亲缘关系最近，同源性较高。