大豆叶片全长cDNA文库的构建与鉴定

以大豆绥农14第一个三出复叶幼叶为材料提取mRNA,利用SMART技术合成了全长cDNA,经限制性内切酶SfiA和SfiB消化后的cDNA克隆到质粒载体pDNR-LIB中,建成大豆叶片全长cDNA文库。文库容量1·2×106,重组率接近100%。对随机挑取的克隆进行菌液PCR鉴定,插入片断大小范围为0·25~2·0kb,主要集中在0·5~1·5kb,插入片断平均大小为0·9kb,这说明文库质量可保证大规模全长cDNA的获得。     

黄麻幼苗cDNA文库的构建和质量鉴定

黄麻全长cDNA文库的构建对开展黄麻遗传和功能研究具有重要的应用价值.以生产上的优良品种闽引一号为材料,利用Creator SMART cDNA Construction Kit技术,成功构建了黄麻苗期的全长cDNA文库.文库的滴度为1.9× 106 pfu/mL.随机挑取86个克隆进行菌落PCR鉴定,结果显示:插入片段的大小在0.5～2.0 kb之间.研究结果表明,黄麻全长cDNA文库的质量较高.     

擎天凤梨花器官全长cDNA文库的构建及EST分析

为了通过基因工程手段来培育花色丰富、花型奇特的擎大凤梨新品种,从擎天凤梨中筛选出花色、花型相关调控基因则是十分必要的.本研究以擎天凤梨属品种Ostara为材料,采用SMART技术成功构建了擎天凤梨花器官的质粒型全长cDNA文库,初始文库滴度为3×10~6,插入片段平均长度大于1 kb;随机挑取2004个阳性克隆进行5'EST测序,获得高质量序列1 758条,经拼接获得1 365条单基因簇(unigene),其中跨叠群(contig)175个和单条序列(singlet)1 195个;经ORF寻找共获得有效ORF 1 283条;经COG分析EST序列编码的蛋白质被分为22类;经Blast分析后,获得一批花色、花器官发育、花期调控以及其它育种价值基因(包括cDNA全长或片段).该研究结果为擎天凤梨的花色、花型转基因等育种奠定了基础.     

芝麻全长cDNA文库的构建及序列分析

本研究采用Gateway建库技术构建了中国芝麻主栽品种豫芝11号的植株生长发育过程中不同组织的全长cDNA文库(SiFcDNA)。该全长cDNA文库容为5.6×106,文库滴度为1.12×106 cfu/mL。部分克隆检测显示,文库cDNA片段长度集中于1.0~3.0 kb,重组率为96.88%,全长cDNA比例为88%。随机挑取1152个单克隆进行5'端EST测序,共获高质量有效EST序列1088条,拼接得到单一基因序列867条,其中46条单一基因在NCBI数据库中没有查到相应的同源序列,可能为芝麻生长发育过程特有的新基因;所获单一基因序列被划分为26个GO功能亚类。此外,从获得的Unigene序列中挖掘出了173个SSR,分布频率为4.78 kb/SSR;AG/CT类型SSR出现次数最多,占总SSR的19.08%。高质量全长SiFcDNA文库的构建为深入开展芝麻功能基因组学研究奠定基础。     

虎纹蛙皮肤组织cDNA文库的构建及抗菌肽基因tigerinin-HRs的克隆

运用SMART技术成功构建了虎纹蛙(Hoplobatrachus rugulosus)皮肤组织全长cDNA文库。根据蛙科动物抗菌肽的信号肽保守序列设计简并引物,以PCR法成功从文库中随机挑选的阳性克隆中筛选出2个抗菌肽cDNA序列,命名为tigerinin-HR1和tigerinin-HR2。这2个抗菌肽cDNA序列是首次从虎纹蛙皮肤组织中克隆出的抗菌肽编码基因。     

枣结果枝cDNA文库的构建与部分ESTs分析

用定向克隆法构建了枣(Ziziphus jujuba Mill)生长初期结果枝的部分cDNA文库,获得1 338个阳性克隆,有557个携带cDNA片段,选取469个长度在500 bp以上的进行测序,得到390个有用序列,其中281个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复性ESTs 101个),有68个ESTs是NCBI中有序     

小金海棠抑制性消减cDNA文库的构建及文库质量分析

构建小金海棠抑制性消减文库,为进一步大量筛选、克隆苹果铁高效基因、果树转基因工程奠定基础。试验是在提取水培条件下小金海棠缺铁(EDTA-Fe2＋,4μmol/L)和正常供铁(EDTA-Fe2＋,40 μmol/L)的根的总RNA,经过LD-PCR扩增双链cDNA后,利用抑制性消减杂交(SSH)方法,通过两轮杂交和两次抑制性PCR,构建了小金海棠缺铁条件下包含1200个独立克隆的消减cDNA文库。用菌落PCR检测,结果显示插入片段大小范围在300~800bp之间,提取质粒进行PCR和质粒RsaⅠ酶切同样也得到一致性的结果。     

小麦条锈菌诱导性小麦cDNA文库的构建及其质量评价

小麦条锈病是由小麦条锈菌(Puccinia striiformis f.sp.tritici)侵染引起的世界性气传叶部病害之一,在我国发生尤为普遍而严重,是小麦(Triticum aestivum L.)生产上最重要病害,克隆并研究小麦抗条锈病相关基因的生物学功能具有重要的应用价值和现实意义.在本研究中用中国当前毒性最强优势条锈菌小种CY32侵染诱导的小麦抗条锈病基因Yr5近等基因品系Taichung29*6/Yr5为试材,构建非亲和条锈菌小种侵染诱导的小麦cDNA文库.研究结果表明所获得的原始文库滴度0.9x106 pfu/mL,扩增文库滴度1.0x109pfu/mL,重组率98%,插入片段在0.5 kb到3.0 kb之间,多在1.0 kb左右.因此该文库可用于基因克隆与分析,为研究小麦抗条锈病相关基因提供条件.     

海岛棉品种根部黄萎病菌诱导表达全长cDNA文库的构建

以海岛棉品种 712 4黄萎病菌接种前后的根部组织为材料 ,构建的黄萎病菌诱导表达的全长c DNA文库。该文库的克隆数目为 1.15×10 7pfu,插入片段的大小在 0 .5～ 6kb之间 ,文库的阳性克隆子的比例为 84.7%。该文库可以用于抗黄萎病基因的克隆及其相关研究。在文中作者同时对棉花的文库构建所应该注意的事项进行了讨论。     

油脂形成期棉花种子全长cDNA文库的构建

 提取海岛棉7124开花后25～35 d胚的总RNA,利用SMART技术,经21轮LD-PCR扩增获得全长双链cDNA,经SfiⅠ酶切、层析柱分离后,收集500 bp以上的片段与pDNR-Lib载体连接并转化到感受态DH10B细胞,构建了棉花种子全长cDNA文库。所构建的原始文库库容为5×10⁶,文库滴度为1.5×10⁸ cfu·mL^-1。在文库中随机挑取180个克隆进行PCR检测,结果显示,文库中插入片段长度为0.5～2.5 kb,将挑取的180个单克隆进行EST测序,无空载序列,说明文库重组率为100%;序列分析结果表明,其中与油脂形成相关的EST有13条。以上数据说明构建的文库质量较高,为进一步从文库中分离棉花脂肪酸代谢关键基因,提高棉花含油量奠定了基础。     

葡萄果实cDNA文库的构建及鉴定

构建葡萄果实cDNA文库是研究果实发育相关基因表达调控的基础工作.本实验从巨峰葡萄果实中提取了高质量的RNA,利用MMLV反转录酶把总RNA中的mRNA反转录成cDNA第一链,用特异引物进行LD-PCR扩增合成双链cDNA.将分级纯化的带有粘性末端双链cDNA与λTrip Ⅰ Ex2载体连接,重组载体体外包埋成为cDNA原始文库.初步鉴定原始文库的滴度为1.32×106 pfu/mL,文库扩增后滴度达1.45×1010 pfu/mL.从扩增文库中随机挑取250个克隆进行PCR鉴定,结果表明重组率为98.7%,插入片段大小在0.5～2.0 kb之间,因此,本研究成功构建了葡萄果实cDNA文库.     

全长cDNA文库的构建方法

全长cDNA文库的构建是进行功能基因组研究的一种经济、快速、有效的途径,克服了传统cDNA文库的缺点,节省了基因克隆和功能鉴定的时间,促进了功能基因组的研究进程。目前有6种构建全长cDNA文库的方法,包括Oligo-Capping、CAPture、SMART、CAP-trapper、CapSelect、CAP-jumping。这几种方法在起始材料用量、文库构建技术、实验操作复杂程度和文库构建质量等方面构存在不同程度的优缺点,但综合比较而言,SMART和CAP-trapper这两种方法比较有实际应用价值。SMART法适于简单、快速地构建一般质量的cDNA文库,如果采用Little-cycle SMART和Large-size SMART这两种改进技术,所建文库质量也非常好;CAP-trapper法虽然对实验技术要求较高,实验过程复杂,但所建文库全长率高,冗余性低,建库效率高,是目前构建高质量文库最好的方法。     

夏黑葡萄花及果实全长cDNA文库的构建及鉴定

构建葡萄花果全长cDNA文库是开展葡萄花及果实发育的分子机理研究的重要工作基础,有助于重要相关基因的克隆、功能分析、调控及其利用.以生产上广泛栽培、性状优良且极具代表性的夏黑葡萄为试材,应用优化的Creator SMART cDNA Construction Kit技术,构建了夏黑葡萄花和果实的全长cDNA文库.文库的滴度为1.2×106 pfu/mL,库容为6.0×106 pfu/mL.从文库中随机挑取30个克隆进行菌落PCR鉴定的结果显示:插入片段大小为1.0~3.0 kb,重组率为99%.研究结果表明,该葡萄全长cDNA文库具备较高的质量.     

苦瓜果实商品成熟期均一化全长cDNA文库的构建及分析

为构建苦瓜果实商品成熟期的cDNA文库,并对相关EST进行序列分析,笔者以多肽二号苦瓜亲本‘189-4’商品成熟期果实为材料,利用SMART技术构建其果实的cDNA文库。经检验该文库库容量为2.08×10~6,重组率为96.29%,平均插入片段750~2000 bp,插入片段平均大小约1000 bp。随机挑取400个单克隆进行测序,共获得370条EST,序列分析结果表明350条有同源性,全长率为70%;19条序列无匹配,单一序列为320条,其中,片段重叠群10个,单基因260个,可能与营养品质相关的基因有48个。本研究为苦瓜果实功能基因的筛选、克隆奠定了基础。     

珂字201胚性愈伤组织cDNA文库的构建和分析

用经过改进的胍盐法提取了陆地棉品种珂字201胚性愈伤组织的总RNA,进而分离了mR-NA,合成了全长cDNA,并将其克隆到λTriplEx载体中,进行体外包装后,成功地获得了cDNA文库.该文库的滴度为2.02×107pfu·ml-1,重组效率在90%以上,插入片段大小范围也符合cDNA文库构建的要求.     

干旱胁迫下耐早稻中早3号全长cDNA文库的构建

干旱胁迫导致很多基因的表达发生变化。以干旱胁迫下的耐旱稻品种中旱3号为材料,我们用SMART技术(RNA转录5'末端模板转换技术)成功构建一个高质量的干旱胁迫诱导的节水抗旱稻中旱3号全长cDNA文库。体外包装后感染大肠杆菌XL1-Blue宿主菌,未扩展文库的滴度为1.94×106pfu/mL,重组率为85.15%。扩展后文库的滴度为1.45×1011pfu/mL。将λ噬菌体臂转入pTriplEx2质粒,从中随机挑选100个克隆,PCR扩增检测插入片段长度,结果显示文库插入片段在500~2000bp之间。