小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析

以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^TM公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫（Baylisascaris transfuga注册号AB571304）相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫（Baylisascaris schroederi注册号JN210912）相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫（Ascaris suum注册号AB571302）相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫（Ascaris lumbricoides注册号AB571296）相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫（Baylisascaris procyonis注册号AB053230）相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

小耳花猪蛔虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与分析

以分离自小耳花猪消化道内的蛔虫为研究对象,提取虫体的DNA片断,然后用引物对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1、ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增。结果显示,目的片段ITS总长为1441 bp,2个不同样品之间的I TS序列没有差异。通过BLAST检索,与相关蛔虫I TS序列进行比较,发现与拜林蛔线虫(Bayl i sascari s t ransfuga)、猪蛔虫(Ascari s suum)和人蛔虫(Ascari s l umbri coi des)的ITS序列相似性分别为88%、98%和86%,与其他蛔虫的相似性均小于90%。     

蛇蛔虫ITS及5.8S rDNA的克隆及进化分析

利用聚合酶链反应（PCR）扩增蛇蛔虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的蛇蛔虫ITS及5.8SrDNA序列总长为846bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS-1、5.8S及ITS-2序列。本研究系国际上首次报道蛇蛔虫的ITS序列,从而为蛇蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

棕熊蛔虫ITS rDNA的PCR扩增与序列分析

目的以核糖体DNA（rDNA）的第一与第二内转录间隔区序列（ITS-1及ITS-2）鉴定从广州动物园棕熊分离的蛔虫种类。方法应用PCR方法以保守引物NC5和NC2扩增蛔虫样本的ITS及5．8SrDNA序列,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEsay载体,用菌落PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落进行测序,并与Gen．Bank“公布的人蛔虫（Ascaris lumbricoides）、猪蛔虫（Ascariis suum）、浣熊贝利斯蛔虫（Baylisascaris procyonh）及狮弓蛔虫（Toxascaris leonina）ITS序列比较。结果从棕熊分离的2个蛔虫样本的ITS及5．8SrDNA总长为859—861bp,种内相似性为99．7％,与GenBank^TM公布的人蛔虫、猪蛔虫、浣熊贝利斯蛔虫及狮弓蛔虫的相似性分别为84．6％、84．5％、89．3％及72．3％,序列差异明显。结论棕熊蛔虫不同于上述种类蛔虫,可能为Baylisacaris transfuga.     

湖南省猬迭宫绦虫ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的ITS及5.8S rDNA序列总长存在一定差异,为1 369~1 393 bp,包含部分的18、28S及全部的ITS-1(662~687 bp)5、.8S(138 bp)及ITS-2(457~475 bp)序列。由于猬迭宫绦虫ITS序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8SrDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

鹅蛔虫ITS rDNA的分子特征及种类分析

为探究从广东省清远的鹅体内采集的蛔虫(Ascaridia anseris)的种类,对临床采集的鹅蛔虫样品,在形态观察的基础上,用保守引物NC5和NC2扩增鹅蛔虫的ITS rDNA基因片段,将扩增产物经克隆测序后,获得大小为1 009bp的鹅蛔虫ITS rDNA基因序列(GenBank登录号为KC905082)。序列比对和系统进化分析表明,鹅蛔虫5.8SrRNA基因与GenBank收录的鸡蛔虫(登录号为AJ001508)同源性为96%,而与不同地理株的鸽蛔虫的同源性在91%~96%之间;禽蛔科的鸡蛔虫、鸽蛔虫和鹅蛔虫同一进化分支,鹅蛔虫、鸡蛔虫和鸽蛔虫处于各自的独立进化分支。上述证明,鹅蛔虫是不同于鸽蛔虫的一个独立有效种,在系统发生关系上与鸡蛔虫更亲近。     

黄鳝胃瘤线虫ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

本研究旨在阐明黄鳝胃瘤线虫湖南分离株的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)及5.8 S rDNA序列的遗传变异情况,并用ITS序列重构胃瘤线虫与其它线虫的种群遗传关系.利用聚合酶链反应(PCR)扩增胃瘤线虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析.结果显示所获得的胃瘤线虫ITS及5.8 S rDNA序列总长存在一定差异(922～927 bp),其中包含部分的18S、28 S及全部的ITS-1 (350～351 bp)、5.8S(102 bp)及ITS-2 (340～344 bp)序列.本研究系国内首次报道胃瘤线虫的ITS序列,其结果为黄鳝胃瘤线虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础.     

猫锡兰钩虫rDNA ITS1的扩增及分子鉴定

为了对从猫粪便样品中分离的钩虫虫卵进行种类鉴定,本研究提取该虫卵基因组DNA,根据核糖体内转录间区1(ITS1)的保守序列设计钩虫属引物,通过PCR扩增、克隆、测序、相关软件分析,建立系统进化树,从分子水平对其进行种类鉴定.结果表明扩增出404 bp DNA片段,测序结果显示该片段包括309 bp ITS1和95 bp的5.8S rDNA,与NCBI中登录的序列进行比对以及采用Clustal X和MEGA5.1软件分析确定该钩虫为锡兰钩虫.这是我国首次建立钩虫的分子鉴定方法,也是40年来再次发现猫源锡兰钩虫,为锡兰钩虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础.     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8S rDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0%和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

狼尾草属牧草rDNA的ITS序列分析

对来自福建、江苏、海南等15份狼尾草属牧草的5.8SrDNA、ITS1及ITS2片段进行克隆及序列分析,并登录于GenBank数据库,采用DNAMAN、CLUSTALX、MEGA等软件分析其遗传关系聚类图。结果显示,克隆的目的片段长度为573～586bp,聚类结果总体能较好地反应狼尾草属牧草之间的遗传距离,其中杂交狼尾草和细茎杂交狼尾草可能存在着同种异名的现象。     

长沙市黑斑蛙蛔虫pcox1基因的扩增及序列分析

为研究长沙市黑斑蛙蛔虫分离株的线粒体DNA pcox1序列的遗传变异情况,并分析黑斑蛙蛔虫cox1部分序列与其它蛔虫的种群遗传关系。利用PCR扩增黑斑蛙蛔虫mtDNA的pcox1片段,将PCR扩增出的片段纯化后测序,并对其序列进行分析。结果显示所获得的4株cox1序列长度存在一定差异,为400～410 bp。由于黑斑蛙蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的分子标记。本研究报道的黑斑蛙蛔虫cox1序列,为黑斑蛙蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。     

ITS1 rDNA序列用于瘤胃原虫研究可行性的探讨

文章主要探讨瘤胃原虫rDNA序列的ITS1区段用于其群体研究的可行性和有效性。试验1由3只瘘管山羊提供瘤胃液、以不同结构碳水化合物底物(可溶性淀粉/滤纸纤维:A,100:0、B,70:30、C,50:50、D,30:70、E,0:100)进行体外培养;试验2以4只瘘管山羊为试验动物,以A(鱼粉)、B(羽毛粉)、C(玉米蛋白粉)和D(豆粕)等蛋白质饲料配制的4种等氮日粮进行4×4拉丁方试验,采用ITS1rDNA序列的遗传指纹检测及细胞计数技术研究原虫群体组成的变化。遗传指纹检测结果表明,在试验1不同碳水化合物结构底物培养条件下或在试验2不同蛋白日粮条件下,原虫群体组成都发生了变化。细胞计数的研究结果与之一致。依据本研究结果可见,ITS1rDNA序列是原虫研究的良好素材。     

鸡蛔虫COX2和NAD4 rDNA的序列测定及分析

本试验旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅱ亚基(cox2)基因部分序列(pcox2)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位Ⅳ基因(nad4)部分序列(pnad4)的遗传变异情况.利用聚合酶链式反应(PCR)扩增鸡蛔虫的pcox2and pnad4,应用clustalx1.81程序对序列进行比对,结果显示,所获得的cox2(pcox2) and nad4(pnad4)序列长度一致,为350 bp(pcox2) and 400 bp(pnad4).由于鸡蛔虫pcox2 and pnad4序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为鸡蛔虫的分类鉴定及进一步的分子流行病学调查提供了基础.     

两种山羊瘤胃纤维分解菌16S rDNA序列的体外扩增和鉴定

从山羊瘤胃内容物中提取瘤胃细菌总DNA,以瘤胃中两种主要纤维分解菌为目的菌种,分别依据其16S rDNA序列设计引物,利用PCR技术对其16S rDNA 进行体外扩增,对扩增产物测序后进行同源性分析.结果表明:以提取的瘤胃细菌总DNA为模板,采用PCR技术可成功地从山羊瘤胃内容物中扩增出黄色瘤胃球菌和产琥珀酸丝状杆菌16S rDNA的特异性片段;测序后与GenBank中的序列进行比对,表明黄色瘤胃球菌与原序列(AF104841)的同源性达到99.4%,产琥珀酸丝状杆菌与原序列(AJ505937)的同源性达到94.6%.     

弓形虫ITS及5.8S序列的PCR扩增、克隆及分析

通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株，以及国际标准强毒株RH株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5．8SDNA序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析，旨在对国内不同宿主间弓形虫虫株的遗传变异情况进行分析和验证。为分子遗传学和分子诊断学研究提供资料。结果显示：QH绵羊株、ZS人株、SH人株、CN猪株的ITS及5．8S序列完全一致。且与GenBank上注册RH株的ITS及5．8S序列也一致；仅实验室传代保存的RH株的ITS2序列与其它4株的ITS2有2个碱基的差异。结果表明ITS可作为分子标记用于弓形虫与其它原虫的种间鉴定。但不适合用于弓形虫种内遗传变异的研究。     

犬弓首蛔虫ITS1基因的克隆及序列分析

通过对国内5个犬弓首蛔虫株(T.canis)即GD株、CQ株、YN株、HN株和GZ株的rDNA的内转录间隔区Ⅰ(ITS1)序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在确定ITS1是否可作为T.canis分子分类的遗传标记。结果显示:GD株、CQ株、YN株、HN株和GZ株的ITS1序列基本一致,仅GD株有2个碱基的差异,HN株和GY株分别有1个碱基的差异;与GenBank中登录的T.canis(序列号为AB110024、AB110026)的ITS1序列同源性高达98.9%～99.4%。结果表明ITS1可作为分子标记用于T.canis与其它蛔虫的种间鉴定,但不适合用于T.canis种内遗传变异的研究,为进一步的分子遗传学和分子诊断学研究奠定基础。     

甘肃甘南野生羊肚菌rDNA的ITS序列分析

根据形态学特征挑选了7株采自甘肃甘南境内的野生羊肚菌,应用rDNA-ITS序列进行了比对技术分析。结果表明,7株野生羊肚菌归属为4个种：粗柄羊肚菌Morchellav crassipes、羊肚菌M.esculenta、黑脉羊肚菌M.angusticeps和高羊肚菌M.elata。根据分子系统树发现,粗柄羊肚菌和羊肚菌属于黄羊肚菌类群,而黑脉羊肚菌和高羊肚菌属于黑羊肚菌类群。     

金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料,对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增,均获得长约700 bp的特异性产物。测序结果表明,金荞麦1号样品包含ITS序列660 bp,金荞麦2号样品包含ITS序列646 bp,在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明,其同源率为80.2%~93.1%,变异位点主要在ITS1,表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。     

牛源环孢子虫18 S rDNA部分序列的扩增与克隆分析

将采自广东省的牛源环孢子虫样品经套式PCR扩增,获得了18SrDNA基因中大小为296bp的目的片段,对该序列进行了克隆和测序,比较了该虫株与其他原虫的亲缘关系。结果显示,该虫序列与已报道的广州牛源环孢子虫虫株完全一致,与其他艾美耳球虫的亲缘关系较近,在广东首次发现的牛源环孢子虫属于艾美耳科环孢子虫属的一新种。表明18SrDNA基因在环孢子虫进化和分类鉴定研究上是一种有效的分子标记。