桃梅李杏四种主要核果类果树RAPD指纹图谱初探

采用 10个随机引物对桃、李、梅、杏 4种核果类果树的代表品种进行RAPD扩增 ,获得了几个树种的RAPD指纹图谱。结果表明 :应用单一引物可区别核果类果树的不同种乃至品种 ;10个引物的扩增产物聚类结果能很好地反映种间亲缘关系 ,梅和杏的亲缘关系最近 ,桃次之 ,李最远 ,从而在基因水平上支持梅和杏为同一亚属 ,李、桃各为一亚属的分类方案     

石斛属植物遗传多样性RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对石斛属植物16个种进行了基因组DNA多态性分析.从82个随机引物中筛选出20个多态性好的引物进行RAPD扩增,扩增DNA片段数据用UPGMA聚类法构建系统发育树.20条引物共扩增出142条带,多态性带118条,约占总数的83.1%.聚类结果显示RAPD分子标记构建的系统发育树与经典分类系统一致.RAPD标记可为石斛属植物的系统分类研究提供分子生物学依据.     

利用RAPD标记对桃品种特殊种质分析

采用RAPD技术，用从200 个随机引物筛选的22 个10碱基随机引物对148个桃品种进行DNA扩增。根据各品种扩增的RAPD带和聚类结果，分析具特殊位点，并在聚类图中聚在外围、相似系数较低的品种有玉露蟠桃、秋蜜、爱保太、佛尔蒂尼莫蒂尼和金皇后等特殊品种种质。从分子生物学角度，为种质保存和育种提供理论依据。     

九种李属植物的RAPD亲缘关系分析

 以李属植物9 个种的20 个材料为研究对象, 用RAPD技术对其进行亲缘关系分析。在建立适合李属植物的PCR2RAPD反应体系的基础上, 从45 个随机引物(10 mer) 中筛选出24 个, 对所有供试材料进行扩增, 共获得24 张DNA 指纹图谱, 326 条DNA 谱带, 其中有311 条为多态带。建立了基于RAPD 的李属植物亲缘关系树形图, 树形图的聚类结果与经典的李属植物的起源、分布和分类基本一致。另外, 根据聚类结果, 作者认为: 1) 乌苏里李是中国李的一个变种而非一独立的种; 2) 杏李是一李杏杂种且与杏有较近的亲缘关系; 3) 从分子水平证明了欧洲李(Prunus domestica L. ) 是由樱桃李(P. cerasifera Ehrh. ) 和黑刺李(P. spinosa L. ) 自然杂交形成的后代。     

RAPD技术在桃种质资源保存中的应用

采用 RAPD技术 ,用筛选的 2 2个 10碱基随机引物对桃属 2 0 3个材料的 DNA进行扩增 ,对所得到的 180个位点建立数据库 ,并采用聚类法、统计学方法、标记频率法、多态带数和特殊位点法进行分析 ,探讨了桃种质资源的保存策略     

杏EST-SSR标记的开发

 利用MISA软件对NCBI上杏的15 387条EST序列进行SSR位点查找,发掘出含有SSR位点的序列1 073条,共有1 353个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计了50对EST-SSR引物并进行PCR扩增,发现40对引物能扩增出理想的PCR 产物,其中有25对引物能够扩增出多态性带。随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析,发现有57.1%的片段具有相应的SSR位点,对梅DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的SSR位点。根据推算,从杏EST中开发SSR标记的开发效率为3.98%。进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种,16个花梅品种以及8个果梅品种进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果表明,来源于杏的EST-SSR引物在梅中有很高的通用性,杏和梅是遗传差异明显的两种植物,果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物。     

基于matK序列探讨蔷薇科李亚科的系统发育关系

为探讨蔷薇科(Rosaceae)李亚科(Maloideae)的系统发育关系,运用PAUP软件对Gene Bank中李亚科27种植物的mat K序列进行了系统发育树的构建,结果表明:桃属(Amygdalus L.)植物聚为一类,桃、新疆桃、光核桃和山桃为一进化枝,获得69%的置信支持率;梅、杏和山杏聚为一类,获得60%的置信支持率;臀果木、桂樱、稠李和臭樱聚为一类,获得83%的较高置信支持率。此外,桃属在核果类系统学分类中地位较高,杏梅次之,稠李属、臭樱属和桂樱等属的系统学地位较低。     

杏品种的RAPD分析

实验从S系列(Sangon公司)100个引物中筛选出能稳定扩增的18个引物,用这些引物首次对新世纪与红丰等20个杏品种进行了扩增,均具有多态性。共扩增出218条带,106条具有多态性,多态性比例为48.6%;建立了红丰及新世纪等优新品种的DNA指纹图谱,找到了它们的特异谱带。利用特异谱带结合DNA指纹,可将参试品种鉴别出来。同时利用STATISTIC软件,根据RAPD标记相似系数采用UPGAM聚类策略,对20个杏品种进行了聚类分析。在LD=0.4时划等值线,将参试品种分为7类。     

美人蕉种质资源的RAPD分析

 利用RAPD技术对美人蕉属4个种和52个品种的亲缘关系进行研究, 从125个随机引物中筛选出27个多态性较高的引物, 扩增出223条DNA带, 其中140条为多态带, 占62.78% , 平均每个引物扩增的DNA带数为8.26条。3个种和7个品种具有特异的位点, 可作为种质鉴定的依据。根据RAPD扩增结果建立美人蕉UPGMA聚类图, 在0.11处将56份种质划分为4类。分子聚类结果与形态分类结果基本一致, 4个种分属4个类群, 52个品种分为大花美人蕉和兰花美人蕉。对美人蕉品种分类和品种演化进行了初步探讨。     

基于RAPD分析的李子新品种鉴定

以改进CTAB法对玉皇李和未鉴定新品种叶片基因组DNA的提取进行了试验。结果表明,该方法从这2个品种李树叶片中均能提出基因组总DNA,且DNA的纯度和完整性均较好,OD_(260)/O D_(280)的比值在1.8～2.0之间,无降解现象,RNA去除干净;此外,运用RAPD标记方法对这2个李品种基因组总DNA进行了PCR扩增,其RAPD分析条带清晰,用20条随机引物共扩增出114条带,平均每条引物扩增出5.7条条带,扩增片段长度为200～2000 bp,其中P_6、P_7、P_(10)、P_(14)和P_(18)5条随机引物可以单引物区分这2个品种,共获得20个条带,其中差异条带有6个,表明这6个位点存在差异。因RAPD每条扩增谱带对应基因组DNA分子上的一个位点,说明供试品种间DNA位点存在差异,表明未鉴定新品种在栽培过程中发生突变和分化,可能是1个优良种源。     

西瓜隐性核雄性不育基因的RAPD标记

 应用RAPD分子标记技术, 采用BSA法对西瓜隐性核不育材料Se18的不育基因进行了分子标记研究。结果表明, 220个引物中, 只有引物S1167、S357在不育株DNA中扩增出了多态性特异片段, 在可育株DNA中未扩增出多态性片段。验证结果表明, 引物S1167在12个不育材料中的138个不育株全部扩增出特异性片段, 可以区分不育株与可育株。对特异性片段进行回收、克隆和测序, 其结果表明, S1167扩增特异片段有2 391个碱基对。     

15个樱桃品种的RAPD分析

利用RAPD技术,用104条随机引物对甜樱桃的14个品种和中国樱桃的1个品种进行遗传多样性分析,其中有14条引物的多态性较好。用任意一条能出现扩增带的引物,能明显区分开中国樱桃和甜樱桃,RAPD标记能够准确地进行种间的区分;而用一个引物或两个引物的组合只能鉴定出甜樱桃的一个品种。聚类结果显示,中国樱桃和甜樱桃的遗传距离最远;黄色果肉的养老和其他红色果肉的品种遗传距离较远。RAPD分析基本能够反映甜樱桃品种间的遗传多样性,但效果不理想,鉴定品种较为困难。     

扁桃种质资源的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对国内外49份扁桃材料的亲缘关系进行了鉴定,使用3对选择性引物组合,每对引物扩增出136条带,并对其进行聚类分析。结果表明,不同种以及不同品种间的遗传距离不同。在相似系数小于0.68时,大多数栽培品种聚为一类,并可将野生扁桃组、苦巴旦组、榆叶梅,以及桃、中国樱桃、欧洲甜樱桃分开。栽培品种中,同一种源区的大多数栽培品种能聚类在一起。我国的扁桃资源与国外的扁桃资源遗传差异较大。     

番茄种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术,对63份番茄种质资源进行了遗传多样性研究。结果表明:从180个RAPD引物当中,筛选出22条稳定性好、多态性强的RAPD引物,共扩增出多态性带207条,多态性条带比率为86.96%,63份番茄栽培品种或品系间的相似系数介于0.28～0.99之间,说明RAPD能很好的对番茄野生种、近缘野生种和栽培种进行多态性分析。采用UPGMA进行聚类分析,得到与生物学分类地位基本一致的结果。     

Studies on genetic variation in cherry germplasm using RAPD analysis

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) variation among eight cherry species and two interspecific progenies were analyzed. Out of 130, 48 arbitrary oligonucleotide primers were screened for PCR amplification to generate polymorphisms. The phylogenetic analysis was carried out using two distance-matrix methods and a dendrogram was generated to show the relationships among species and cultivars. The results showed that there were 840 amplified loci in total; 23 sweet cherry and four sour cherry cultivars were clustered together with 569 and 247 polymorphic loci respectively which accounted for 67.74% and 29.40% of the total variation. Prunus tomentosa T., Prunus fruticosa var. aucta P. and Prunus humilis B. formed a monophyletic group. A relationship between Prunus pseudocerasus L. and Colt, which formed another closely related group, was observed while Prunus avium L., Prunus cerasus L. and other cherry species were more divergent. The range of genetic distance was from 0.0623 to 0.2719 among the Prunus species, which were genetically distinct. The topology of the tree was generally in agreement with taxonomic classification. The results indicated that with the exception of the sweet cherry variety “Hongdeng”, there were one or more cultivar-specific RAPD markers in cherry species and cultivars. Using these specific markers, cherry species and varieties could be identified and there is therefore the potential to select for good characteristics of hybrids at an early stage.     

利用RAPD技术快速鉴定番茄杂种纯度

从两个番茄杂种Ｌ４０２、Ｌ４０４及它们的亲本共６份材料的叶片中提取ＤＮＡ,使用国产ＰＣＲ仪,建立了适合番茄ＲＡＰＤ分析的ＰＣＲ条件,进一步在１００个随机引物中找到了５个可用于鉴定这两个杂种纯度的引物,其中ＯＰＫ１４引物可同时用来鉴定两个杂种。利用该法鉴定杂种纯度不仅简单、迅速、可靠,而且因ＤＮＡ的用量少,不影响被检植株的后期生长。     

大白菜和紫菜薹自交系染色体组DNA的RAPD分析

用８个随机引物（１０ｂｐ）对２个紫菜薹自交系的３个单株和４个大白菜自交系的４个单株的染色体组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，共有４０条带分离清晰、明亮，其中引条带在７个单株中表现出差异，可作为遗传标记（ＲＡＰＤ标记）。４个大白菜自交系之间的平均差异条带数为１２．３，２个紫菜薹自交系之间为９．５，大白菜与紫菜薹之间平均有１５．５条带的差异。用７个引物在９３Ｗ０５－７（紫菜薹）和９３Ｗ５８－５（大白菜）之间检测出对个ＲＡＰＤ标记。从同一自交系的不同单株抽提的染色体组ＤＮＡ扩增出较一致的ＤＮＡ谱带，而不同自交系间扩增出的ＤＮＡ谱带差异很大，这表明此方法也可以象ＲＦＬＰ一样，用于大白菜和紫菜薹的分子标记。     

DNA fingerprinting and genetic diversity analysis of late-bolting radish cultivars with RAPD,ISSR and SRAP markers

Three molecular marker systems, RAPD (random amplified polymorphic DNA), ISSR (inter-simple sequence repeat) and SRAP (sequence-related amplified polymorphism), were employed for identification and genetic diversity analysis of 35 elite late-bolting radish cultivars. Detected by 35 RAPD primers, 22 ISSR primers and 17 SRAP primer combinations, the proportions of polymorphic bands were 85.44%, 85.2% and 85.41%, respectively, and the mean genetic similarity coefficients between pairs of genotypes were 0.781, 0.787 and 0.764, respectively. Each of the three molecular marker systems can identify all the cultivars. Five sets of three-RAPD primers, 3 sets of three-ISSR primers and 16 sets of three-SRAP primer combinations were able to distinguish all the cultivars. A linear relationship was observed between Resolving power (Rp) of a primer and its ability to distinguish genotypes. The 35 cultivars were clustered into three major groups based on the RAPD, ISSR and marker combination data with UPGMA, which are in high accordance with their own origins and main characteristics. The results demonstrated that these three marker systems could be useful for identification and genetic diversity analysis of radish cultivars.     

利用RAPD 技术对新疆桃分类地位的探讨*

 采用RAPD 技术, 用筛选的22 个10 碱基随机引物对桃属203 个材料扩增, 着重对其中的新疆桃类型进行了分子评价。针对新疆桃分类地位存在的异议, 认为新疆桃应该是普通桃内的一个变种。