基于KASP标记的青海省小麦品种遗传多样性分析

本研究利用KASP标记对青海省不同小麦品种进行多态性分析,以期了解青海省不同小麦品种间的遗传多样性。选择青海省48个不同小麦品种,利用SNP芯片结果,设计KASP标记并对不同小麦品种进行多态性分析。结果显示KASP标记多态性比率为90.4%,其中A染色体组标记数最多,为2 417个,位于小麦第二染色体的KASP标记数目最多,为2 368个,占43.75%。多态性结果显示48个不同的小麦品种可分为5个(距离20)或12个(距离15)类群,表明不同小麦品种存在较大差异,有些品种虽然来自同一系列,但亲缘关系却较远,而来自不同系列的小麦遗传关系较近,说明青海省下一步小麦遗传育种需引进其他遗传关系较远的品种。     

木荷SNP标记开发及遗传多样性分析

为了开发木荷(Schima superba)基因组的SNP位点，并基于SNP分子标记技术，从DNA分子水平上揭示木荷种质资源遗传多样性和变异规律。本研究选取广东、福建和江西三省的15个群体(种源)、共179个木荷单株为研究材料，采用限制性酶切位点关联DNA测序(RAD-seq)技术，最终获得SNP多态性位点1 6383个，并利用软件分析其遗传多样性和遗传结构。对179个木荷单株进行分析，观察杂合度(Ho)平均值为0.074 1；期望杂合度(He)平均值为0.293。对15个木荷群体进行分析，观察杂合度(Ho)平均值为0.074；期望杂合度(He)平均值为0.247；群体间遗传距离(d)分布在0.298～0.396，平均值为0.350；平均多态性位点百分比(PPL)为57.93%；各群体的多态信息含量(PIC)分布范围在0.301～0.364，平均值为0.335,15个木荷群体均表现为中度多态性。通过对15个木荷群体进行遗传结构分析、主成分分析和聚类分析，将15个木荷种源大致分为四类。木荷基因组中SNP位点丰富，多态性呈中等偏上，具有较为丰富的遗传多样性，SNP分子标记在木荷的良种选育、...     

河南省主推小麦品种籽粒储藏蛋白质遗传多样性分析

采用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)和十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)对河南省主推小麦品种进行了醇溶蛋白位点特异性检测和高分子谷蛋白亚基(HMWGS)组成分析。结果表明:41份小麦品种(系),共分离出31条不同迁移率的谱带,绝大多数品种在α、β、γ和ω4个区中存在着较大差异,其中α区共有6条带,β区共有10条带,γ区共有8条带,ω区共有7条带;供试品种在遗传相似系数(GS值)为0.68的水平下可明显聚为6类。45份河南小麦品种(系)共出现了11种亚基和15种亚基组合类型,在Glu-A 1位点,主要亚基是1亚基,其频率达75.6%;在Glu-B 1位点,主要以7+8和7+9为主,分别占33.3%和55.6%;Glu-D 1位点,5+10、2+12和5+12均较多,分别占33.3%、35.6%和28.9%。频率较高的组合形式有1、7+9、5+12和1、7+9、5+10,其频率依次为17.8%和15.6%。说明河南小麦品种高分子量谷蛋白亚基和醇溶蛋白的遗传变异丰富,遗传基础较为广泛。     

基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析

为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉。巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29)。巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数。各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297,平均遗传距离为0.228。本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据。     

基于SNP标记的二倍体芋种质群体结构和遗传多样性分析

为评价国内外二倍体芋种质资源的群体结构和遗传多样性,本研究选取来自国内和东南亚的69份二倍体芋种质资源,利用扩增片段长度测序(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)技术开发SNP标记;基于这些高质量的SNP标记,进行了群体结构、系统进化树、主成分和遗传多样性分析。结果显示,经筛选共获得了27 121个高质量SNP标记;将69份芋种质分为5个群,与形态分类的结果一致。其中,野芋和匍匐茎魁芋的遗传关系较近,槟榔芋与花用芋遗传关系较近;野芋遗传多样性最高(Nei氏遗传多样性指数H=0.246,核苷酸多样性指数π=0.260),而槟榔芋的遗传多样性最低(H=0.127,π=0.118);5种形态类型的二倍体芋遗传分化明显(Fst=0.109～0.422),能够解释67.1%的遗传变异;而地理分布对芋种质资源的遗传变异贡献仅为18.5%。本研究为芋种质资源鉴定、保存和遗传育种提供理论基础。     

基于55K SNP芯片揭示小麦育种亲本遗传多样性

为了解不同省份小麦亲本材料间的遗传多样性,以150份分布于安徽、江苏、河南、四川及山东等省份小麦种质资源为试验材料,利用小麦55K SNP芯片对其进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,在150份小麦材料中共检测到52,537个SNP位点,质控后共获得39,422个有效标记,其中多态性标记为38,135个,占有效标记数96.74%。多态性标记在亚基因组间分布呈现D (10,450)四川省>山东省>江苏省>安徽省;聚类分析、主成分分析和群体结构分析结果高度一致,分群结果与血缘关系、区域来源及育成单位均较为吻合。本研究表明各省份平均多态性信息含量处于中度多态水平,但材料平均遗传距离较为接近,仍需引入优质种质资源,缓解材料同质化情况,增加小麦应对逆境胁迫能力,减轻小麦实际生产中的脆弱性及风险性。     

新疆冬小麦地方品种与育成品种基于SNP芯片的遗传多样性分析

新疆是我国西北重要的小麦优势产区和消费区。解析新疆冬小麦地方品种与育成品种之间的遗传多样性和亲缘关系,对新疆冬小麦育种中杂交组合的合理选配以及后代选择具有重要的指导意义。本研究利用小麦55K SNP(single nucleotide polymorphism)芯片对134份新疆冬小麦地方品种及54份育成品种进行全基因组扫描,估算其品种间的遗传距离,揭示其遗传多样性。结果表明,所有SNP位点的多态性比率达到95.62%(50,743/53,063)。每条染色体分布1068～2616个多态性位点,多态性标记在基因组间分布呈现A>B>D。188个品种间的两两遗传距离在0.002～0.723之间,平均为0.378。其中134个地方品种两两之间的遗传距离在0.002～0.400之间,平均为0.070; 54个育成品种两两之间的遗传距离在0.004～0.337之间,平均为0.114; 134个地方品种与54个育成品种之间的遗传距离在0.605～0.723之间,平均为0.699。聚类结果显示可将所有材料分为10个不同类群。综合SNP和系谱分析,育成品种与地方品种之间的遗传差异最大,其次...     

基于SNP标记的小麦品种遗传相似度及其检测准确度分析

遗传相似度检测的准确度估计是对SNP标记法在农作物品种检测体系中应用的必要补充和完善。本研究基于2021年小麦品种SNP标记法跨实验室协同验证实验数据,分析了该方法的检测准确度及在品种间的遗传相似度。分析结果表明:(1) 10个实验室对55组小麦品种组合的标记位点相似度检测的总体准确度约为98%。(2) GGE双标图的品种遗传关系功能图显示,7组小麦品种的组内遗传相似度在95%以上,其余组合的遗传相似度较低。(3)依据GGE双标图的“正确度-精确度”功能图和“准确度排序”功能图,发现洛旱7号/洛旱11等品种组合的相似度检测准确度较高,晋麦47/临抗11的检测准确度一般,而济麦22/婴泊700的检测准确度较差。(4)10个实验室的检测准确度存在显著差异,其中2个实验室检测的正确度、精确度和准确度表现显著差于其余实验室。(5)各实验室检测正确度的容许误差分布于1.3%～1.9%之间,平均为1.5%;准确度的容许误差分布于1.5%～2.0%之间,平均为1.7%。其中,Lab2和Lab3的检测正确度和准确度的容许误差显著差于其余实验室。本研究构建了SNP标记法对品种相似性检测的准确度统计模型,...     

河南省小麦品种（系）遗传多样性和抗条锈性分析

为评价2008－2011年河南省参加全国小麦区试品种（系）的遗传多样性和抗条锈性,采用亲缘系数（ Coeffi-cient of parentage ,COP）分析方法,对参试的91个小麦品种（系）的遗传多样性进行聚类分析,并利用我国当前或曾是小麦条锈菌流行小种和新的致病类型的混合菌系进行抗条锈性鉴定与评价。结果显示,在供试的91个品种（系）的4095个组合中,约46．13％的品种（系）间存在遗传相似性,所有供试品种（系）的COP值为0．0000～1．0000,亲缘系数总和为423．9662,平均值为4．6590;通过COP值的聚类分析,将供试材料分为10大类,抗病品种占61．54％。4年间,参试品种（系）的遗传相似性逐年提高,遗传多样性下降,而抗条锈性呈上升趋势,这可能与周麦13和周麦16的广泛利用有关。     

河南省小麦主要推广品种间的亲缘关系研究

利用系谱分析和SSR标记对河南省小麦主要推广品种间的亲缘关系进行了研究。结果如下:(1)系谱分析表明10个主要推广品种间的血缘关系较近,豫麦2号和丰产3号是它们的骨干亲本,分别与7个和9个品种有血缘关系;(2)70对SSR引物在11个品种间扩增出211个等位变异,平均每个引物3.01个,84.29%的引物能检测到多态性位点,Xgwm294和barc061就能将这11个品种区分开;(3)品种间的遗传距离平均为0.495,变化范围较小,在0.36到0.63之间;(4)不同共同血缘比例的品种间的遗传距离差异较小,表明品种间的亲缘关系较近;(5)有1/2和1/4共同血缘的品种间的遗传距离较近,低于1/4共同血缘和无血缘品种间的遗传距离稍远,血缘关系不能很好反映品种间的亲缘远近。     

1950年以来山东省主推小麦品种的遗传多样性演变

利用24对SSR引物对62个山东省1950年以来大面积推广小麦品种遗传多样性的演变情况进行了分析。结果表明24对引物均有较好的多态性,共扩增到100个等位变异片段(等位基因),平均每个标记获得4.167个等位基因,多态性信息量(PIC)值平均为0.527,变幅0.200～0.723,基因多样性指数变幅0.225～0.761,平均0.582。三个基因组的位点多态性存在明显差异,平均等位变异丰富度D>B>A,基因多样性指数和多态性信息指数B、D基因组接近,并明显高于A基因组。山东省小麦品种平均遗传丰富度、遗传多样性指数和平均遗传距离均以50年代较高(分别为3.042,0.531和0.596),然后缓慢下降,1980年代回升到顶峰(分别为3.250,0.560和0.616),然后迅速下降。62个品种遗传相似系数变幅为0.580～0.940,平均为0.723。按非加权类平均法(UPGMA)、在遗传相似系数0.719处将不同品种聚类成7类,基本与山东省不同时期育种骨干亲本及其衍生品种一致,说明山东省近60年来小麦育种与全国一样,围绕骨干亲本展开。由于特有种质资源的创造和应用,山东省小麦品种遗传多样性高于全国和其他麦区,尤其是1980年代,但之后迅速下降,必须引起足够重视。     

黑龙江省水稻品种的遗传多样性

为了研究黑龙江省当前水稻品种的遗传基础及其亲缘关系,利用农业行业标准《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法(NY/T 1433—2014)》中公布的47对SSR标记,对来自黑龙江省不同积温区的231份水稻品种进行遗传多样性分析。结果显示：47对SSR标记在231份水稻中共检测到136个等位基因,每个位点等位基因变幅为2~5个,平均2.92个;基因多样性变幅为0.11~0.79,平均0.56;多态性信息量(PIC)变化范围为0.11~0.76,平均0.49;标记指数(MI)的变化范围在3.18~18.39,平均6.52。聚类分析将231份水稻分为3类7群,聚类结果与主成分分析结果一致。综上所述,黑龙江省水稻品种遗传多样性不够丰富（平均PIC值为0.49）,同一积温区品种间亲缘关系较近。育种中注意南北部品种的杂交,以便拓宽遗传背景,培育出绿色优质高产新品种。     

利用SSR标记分析小麦骨干亲本"矮孟牛"及衍生品种(系)的遗传多样性

利用SSR标记研究了"矮孟牛"及其衍生品种(系)共计91份小麦材料的遗传多样性.20对SSR引物检测到120个多态性位点,每对引物多态性位点数平均为6.0个,变幅为3～9个.91份小麦材料遗传多样性GS变幅为0.411～0.961,遗传差异较大.UPGMA聚类分析将矮孟牛及其衍生品系分成四大类,能较好的反映品种(系)之间的遗传差异.矮孟牛亲本及矮孟牛七大类型一审定品种一衍生品系的遗传多样性指数变化呈逐渐上升趋势,但上升趋势逐渐减小,这与各育种单位反复利用矮孟牛及其衍生品种(系)有关;由矮孟牛与山农辐66、山农辐63为亲本杂交衍生出的材料较多,合理组配杂交亲本具有重要意义.     

小麦F4籽粒中Glu-1基因的遗传多态性

采用10％SDS—PAGE方法分析JY97—1／blosky和JY97—2／blosky各10个株系100个单株500粒F4籽粒的高分子量麦谷蛋白亚基(HMW—GS)组成，结果表明：1．Glu—D1位点的5 10，5 12的遗传在JY97—1／blosky后代中符合一对相对基因的分离。2．JY97—2／blosky后代HMW—GS组成类型变异极其丰富。在G1u—A1，G1u—B1和G1u—D1三个位点上分别检测到2，9和6种不同的亚基类型，在Glu—A1位点上1亚基和null的频率分别为52．85％和47．15％；Glu—B1位点上的变异最丰富，出现20；7 8 9；6 8等七种新的等位基因类型；Glu—D1位点存在2 5 10；2 12，5 10；5 12等四种新的等位基因类型。最优亚基组合1，7 8，5 10的比例为11．84％。3．两个组合中Glu—B1b或及Glu—B1c的不完全表达率分别为2．07％和1．9％。     

山西省近年审定小麦品种的综合性状分析

为给小麦育种和生产提供借鉴,对2013-2017年山西省审定的41个小麦品种进行产量、品质与抗病性分析。结果表明,各麦区审定小麦品种平均产量年度间虽有波动,但总体均呈逐步上升趋势。南部水地和中部水地审定小麦品种产量三因素中穗数变异系数均为最大,南部旱地和中部旱地审定品种则是穗粒数变异系数均为最大,因此,水地小麦育种应在提高穗数的基础上,协调提高穗粒数和千粒重;旱地小麦育种应在提高穗粒数的基础上,提高穗数和千粒重。从品质类型看,强筋和中强筋小麦比例很少,中筋小麦比例较多,区组间品质差别较大,达标品种（包括强筋、中强筋和中筋）比例由高到低的顺序依次为南部水地>南部旱地>中部水地>中部旱地。审定品种的蛋白质和湿面筋含量指标均相对较高,但有61.0%的品种面团稳定时间较短,低于中筋小麦标准,故应把提高面团稳定时间作为品质育种的主攻方向。山西省近年审定品种总体的抗病性较差,没有兼抗两种病害的品种,条锈病、叶锈病和白粉病抗病品种占审定品种比例分别为2.4%、0和12.2%。需要引进抗病资源,同步提高产量和品质水平,培育优质、高产、多抗的小麦新品种。     

山东省近期育成小麦品种遗传多样性的SSR分析

为了揭示山东省近年来小麦品种的遗传多样性.选用分布于小麦21条染色体上的68个SSR引物,对44个山东省小麦品种进行了遗传多样性分析.共检测到248个等位基因,每对引物的等位基因数变幅为2～9个,平均为3.65个.每个SSR位点的多态性信息量(PIC)变化范围为0.087～0.837,平均为0.562.44个品种间的遗...     

小麦遗传多样性的研究进展

分别从形态学标记、细胞学标记、生化标记及DNA分子水平标记方面综述了小麦遗传多样性研究。并比较了每种标记的优缺点,旨在为以后的小麦育种工作奠定良好的基础。     

引入的美国小麦种质主要农艺性状的遗传多样性分析

旨在筛选适宜的小麦杂交亲本。以2015 年引入的51 份美国小麦种质为试验材料,研究了4 个质量性状的频率分布与遗传多样性,分析了9 个主要农艺性状间的相关性、遗传多样性,并以农艺性状为指标,对51 份小麦种质进行了聚类分析。参试小麦种质的株型以直立型为主,穗型以纺锤形为主,芒型以长芒为主,旗叶以下披型为主。产量与有效穗数(0.472**)极显著正相关,与千粒重(0.340*)显著正相关。9 个主要农艺性状间的差异性较大,各性状的变异系数除容重(1.71%)外,均超过了5%,以不孕小穗(55.21%)为最大,参试种质的遗传多样性丰富。Ward 法聚类将51 份种质分为了4 类,其中第1 类群10份种质的千粒重(40.31 g)、有效穗数（656.74 万/hm2）、产量(8718.63 kg/hm2)是4 个类群中最高,可作为重点亲本利用,其余种质可依据类群特征作为改良某一性状的中间材料利用。