Rep-PCR 技术及其应用现状

本文着重介绍Rep-PC R技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PC R目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类，此方法操作方便，可以大样本进行，且分辨效果好，可重复性强。现在Rep-PC R可自动化分型，并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题，不同来源或不同批次的引物和酶，对Rep-PCR结果都有一定的影响。     

沙门菌基因分型研究进展

沙门菌是一种常见的致病菌,种类繁多,具有2 600多种血清型。近年来,基于基因序列的分型方法被应用于沙门菌基因分型的研究中,并且显示了很好的分型能力,并成为沙门菌传染病暴发调查和分子流行病学分析中的常规工具。基因分型方法主要有:脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)、基因组重复序列PCR(repetitive extragenic palindromic PCR,Rep-PCR)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、全基因组单核苷酸多态性分型(whole gene single nucleotide polymorphism,wgSNP)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)等,每种分型方法也有各自的优缺点和使用条件及适用范围。其中,随着全基因组测序(WGS)时代的到来,cgMLST和wgSNP方法已经成为当前研究热点。     

大肠杆菌鞭毛研究进展

鞭毛是位于细菌表面的长螺旋形可旋转附属物,长约10μm,主要与细菌的运动有关。鞭毛的驱动力是许多细菌病原体的重要毒力特征,并且是建立感染所必需的。感染发生后,鞭毛有利于细菌到达侵入部位。大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)一般周身鞭毛,具有运动性。鞭毛蛋白,又称为H抗原,是大肠杆菌分类的重要表面抗原。本文对大肠杆菌鞭毛的结构、功能和H抗原分型作一简要综述,旨在为本领域的相关研究提供一定的理论基础和依据。     

感染创研究概况

几乎所有创伤都有一定程度的污染,但污染是否造成感染,必须有两种不同因素的复合,即伤口内有细菌存在和利于感染菌生长繁殖的条件。 (一)细菌 1.细菌的毒力和种类:细菌的种类不同其毒力也不同。如溶血性链球菌、魏氏梭菌能产生强烈的侵袭性酶(透明质酸酶、溶纤维蛋白酶等),而破伤风梭菌则可产生强烈的外毒素。     

细菌分型的分子生物学技术研究进展

回顾了传统细菌分型方法的重要作用,并重点介绍了近年发展得比较成熟的脉冲凝胶电泳（PF-GE）、低频限制性切割位点聚合酶链式反应（IRS-PCR）、随意扩增多态性DNA（RAPD）、扩增片段长度多态性（AFLP）、多位点酶电泳（MLEE）和多位点测序分型（MLST）等6种用于细菌分型的分子生物学技术的原理、特点以及应用情况,指出了其他细菌分型技术,如ARDRA、SSCP、DGGE、TGGEI、S等的不足,对基因芯片技术和实时PCR在细菌分型上的应用潜力进行了展望。     

鸡杆菌中国分离株RAPD分型方法的建立与应用

对9株鸡杆菌进行了血清分型,并应用8条随机引物对该9株鸡杆菌和3个参考菌株(1株巴氏杆菌、1株大肠杆菌和1株链球菌)共12株细菌做随机扩增多态性DNA(RAPD)分型研究。结果显示,9株鸡杆菌分别属于血清Ⅰ型(1/9)、血清Ⅱ型(3/9)和血清Ⅳ型(5/9)。所用8条随机引物中有3条呈现良好的多态性和稳定性,可产生差异显著的指纹图谱。采用SPSS13.0软件分析了不同菌株间的遗传距离,并依此绘制出菌株间的亲缘关系树状图。12株细菌共分为4个聚类群,其中9株鸡杆菌位于同一聚类群中,且又可分为4个聚类亚群。3个参考菌株各自形成一个独立的聚类群。不同血清型的鸡杆菌菌株具有相似的指纹图,同一血清型的菌株指纹图存在差异。结果表明,RAPD基因分型是目前鸡杆菌分子流行病学调查及病原分离鉴定比较理想的方法之一。     

中医辨证和中药方剂防治动物细菌性肺炎的研究进展

<正>细菌性肺炎是由于细菌病邪感染肺部引起的炎症反应，给畜禽养殖业造成巨大损失。目前，临床治疗细菌性肺炎多针对不同的病原菌选取相应的抗菌药进行对因治疗。为有效遏制动物源细菌耐药，整治兽药残留超标，我国农业农村部制定了减量化使用兽用抗菌药物相关标准^[1]。中医药治疗细菌性肺炎有独特优势，现代药理学研究表明，中药的活性成分丰富，且具有抗菌、抗炎、增强免疫力等作用。中医以病证为核心，根据症状对个体辨证分型，在疾病的不同阶段配以相对应的药物。目前，已有从中医入手治疗动物细菌性肺炎的报道，并取得了较好的效果^[2-4]。本文对治疗细菌性肺炎常用的中药方剂进行了分析和整理，希望为治疗细菌性肺炎的新型药物研发以及细菌性肺炎的临床治疗提供一定的参考依据。     

细菌核心基因组多位点序列分型(cgMLST)与溯源评价

细菌分型与溯源对食品安全监管、流行病学调查具有重要意义.全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)、全基因...     

脉冲场凝胶电泳在沙门氏菌流行病学中的应用

脉冲场凝胶电泳是20世纪80年代发展起来的一种可用于分离10 kb至10 Mb分子质量DNA的新型凝胶电泳技术,已广泛应用于细菌分子分型、种群特异性鉴定及遗传分析等方面。文章介绍了脉冲场凝胶电泳的技术、应用状况及目前沙门氏菌的分型现状,并阐述了该技术在沙门氏菌流行病学研究方面的应用及发展前景。     

肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应指纹图谱技术用于细菌分型的研究进展

肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)指纹图谱技术利用普遍存在于生物体内的ERIC进行引物设计,通过基因扩增,获得能够表征其基因组结构的产物,该方法简单易行、重复性好、用时短,被广泛应用于细菌基因分型及同源性判别。本文简述细菌分型的研究背景和ERIC-PCR指纹图谱技术的原理及特点,归纳该技术在细菌基因分型方面的优缺点及其在常见食源性致病菌基因分型中的应用现状,并对ERIC-PCR指纹图谱技术应用于乳品企业污染菌溯源的研究进行展望。     

复合活菌制剂降解虾塘中亚硝酸盐的研究与应用

本试验以真菌和反硝化细菌为基础菌种按一定比例制得复合活菌制剂,对虾塘养殖水中的亚硝酸盐进行降解或处理。结果表明,活菌制剂净化亚硝酸盐污染的虾塘养殖水效果好于单个反硝化细菌、某复合活菌制剂和硝氮综合剂,复合活菌制剂各菌种在虾塘养殖水中分解亚硝酸盐的作用上各有特点,可为形成共生长效的虾塘养殖水环境修复微生物种群提供基础。     

荒漠灌区不同种植年限苜蓿草地土壤微生物特性

采用熏蒸-提取法、微生物培养法,研究了荒漠灌区不同种植年限紫花苜蓿（Medicago sativa L. ‘Gannong No.3’）草地0～60 cm土层土壤微生物量和数量,从土壤微生物的角度对荒漠灌区苜蓿的退化机理、人工草地管理做出了评价。结果表明,不同种植年限苜蓿草地土壤微生物量碳、氮及微生物（细菌、真菌、放线菌）数量均呈现随土层深度的增加而减小的趋势;随苜蓿种植年限的增加,土壤微生物量碳、氮,细菌和放线菌数量均呈增加-降低-增加的变化趋势,真菌数量呈先增加后降低的变化趋势;土壤微生物群落以细菌占绝对优势（70.72%）,真菌最少（0.18%）,微生物总数量和微生物生物量均大于撂荒地,且5年生苜蓿地微生物总数最多,是其他各种植年限的1.58～6.17倍,且微生物生物量碳、氮与细菌、放线菌数量呈极显著正相关。微生物生物量及数量表现出明显的季节动态,除土壤真菌数量最大值出现在9月份之外,其余指标最大值均出现在7月份,最小值在4月份。     

不同利用方式对东北羊草草地土壤微生物数量的影响

不同利用方式下(刈割和放牧),比较了羊草(Leymus chinensis)草地土壤微生物多样性(真菌、细菌和放线菌)及群落结构的数量变化。结果表明:土壤微生物的数量在不同利用方式下表现为:刈割草地>放牧草地,在不同植物群落中表现为:羊草群落>杂类草群落>碱茅(Puccinellia distans)群落。无论在刈割还是放牧区,真菌的分布为:羊草群落>杂类草群落>碱茅群落;细菌的分布为:杂类草群落>羊草群落>碱茅群落;放线菌为:羊草群落>杂类草群落>碱茅群落。土壤微生物随土层垂直递减分布,在土层0~15 cm土壤微生物分布最多。3类微生物中,细菌数量最大, 放线菌次之, 真菌最小。相关性分析表明,只在刈割方式下羊草群落(sp1)和碱茅群落(sp2)土壤的微生物数量与地上生物量显著相关(P<0.05),其余相关性均不显著。     

植物次生代谢产物调控反刍动物瘤胃发酵及甲烷产生的研究进展

论文主要阐述了植物次级代谢产物的种类,及其对反刍动物瘤胃微生物（原虫、真菌、细菌）的影响,进一步综述了其对瘤胃发酵参数（瘤胃液pH、氨态氮的浓度、挥发性脂肪酸浓度）、瘤胃微生物蛋白的合成及甲烷产量的影响.     

刈割留茬高度对大针茅草原土壤微生物群落结构及多样性的影响

大针茅(Stipagrandis)草原是内蒙古典型草原主要群落类型之一,刈割是典型草原的主要利用方式之一.为探讨大针茅草原土壤细菌、真菌群落结构及多样性对刈割的响应,利用IonS5TMXL高通量测序平台研究不同刈割留茬高度下大针茅草原土壤细菌、真菌的群落结构、物种组成及多样性.研究结果表明:在留茬5cm时,土壤细菌、真...     

微生物肥料对青梗花椰菜生长和土壤微生物特性的影响

以微生物肥料不同施用方式[A(不施肥,CK);B(施微生物肥料);C(70%化肥+微生物肥料);D(100%化肥)]进行田间试验,研究其对青梗花椰菜(Brassica oleracea)生物指标和土壤微生物学指标的影响,为寻找合理的施肥方案提供理论依据。结果表明,与CK相比,处理B、C、D可不同程度地提高青梗花椰菜株高、茎粗、叶片数等生物指标和土壤微生物学指标。不同处理下土壤微生物数量、微生物生物量均随土层的加深而降低。不同施肥处理下微生物数量表现为细菌放线菌真菌。其中,处理C效果最佳,与处理D相比,青梗花椰菜株高、茎粗、叶片数、地上鲜重、地上干重、地下鲜重、地下干重、细菌数量、放线菌数量、微生物总数、土壤微生物生物量碳、土壤微生物生物量氮和土壤微生物生物量磷分别增加了6.82%、11.53%、11.76%、9.68%、33.33%、62.5%、33.33%、34.04%~37.61%、8.42%~15.87%、32.53%~33.86%、13.56%~18.6%、3.99%、12.81%~17.99%,真菌数量减少了26.23%~32.89%。不同施肥处理下土壤微生物生物量与微生物数量存在一定程度的正相关关系。因此,70%化肥+微生物肥料对青梗花椰菜生长具有良好的促进效果。     

复合菌肥与化肥配施对高寒地区土壤微生物数量和土壤酶活性的影响

以种植第3年的金皇后紫花苜蓿为材料,以不施肥为对照,研究了固氮菌肥、磷肥、混合菌肥及磷肥与混合菌肥不同比例配施对高寒区土壤微生物数量和土壤酶活性的影响。结果表明:不同比例配施处理后,0~10、10~20cm土层中土壤微生物(细菌、放线菌、真菌)总数、脲酶、蔗糖酶、蛋白酶活性均增加。土壤3大类微生物数量均表现为细菌放线菌真菌。0~10cm土层中的微生物数量均高于10~20cm土层中的数量。不同比例的磷肥与混合菌肥配施后的细菌、放线菌数量高于单施磷肥或混合菌肥后的数量,配施后各土层的细菌数量与对照和单施磷肥或混合菌肥后的数量之间有着显著差异。施加50%磷肥+混合菌肥后细菌、真菌数量最多。0~10cm土层中的脲酶、蔗糖酶、碱性磷酸酶和蛋白酶高于10~20cm土层中的酶活力,但10~20cm土层中的过氧化氢酶活力高于0~10cm土层中的酶活力。不同比例的磷肥与混合菌肥配施后的脲酶活力高于单施磷肥或混合菌肥后的酶活力。相关性研究表明,施肥后各土层土壤微生物与土壤酶之间存在不同程度的相关性。     

高寒地区人工草地土壤微生物群落对不同种植方式和年限的响应

为了探讨高寒地区多年生人工草地土壤微生物对不同种植方式和年限的响应,本试验采用Illumina MiSeq高通量测序技术,研究了高寒地区不同生长年限的单播和混播人工草地土壤细菌和真菌群落多样性变化.结果表明:研究共识别出63个细菌门类和17个真菌门类,约有50％ 的真菌门未识别出来.已识别类群中细菌以变形菌门(Prot...     

青藏高原金露梅灌丛草甸土壤质量的微生物学特征

通过对青藏高原金露梅（Potentilla fruticosa）灌丛草甸土壤理化性质、微生物及土壤酶活性的研究,探讨土壤环境因子与微生物、酶活性之间的相互关系,从诸多因子中遴选出表征金露梅灌丛草甸土壤质量的生物学指标。结果表明：土壤细菌数量、放线菌数量、真菌数量、微生物量碳、过氧化氢酶、脲酶、碱性磷酸酶、多酚氧化酶及蛋白酶与土壤理化性状间存在密切的相关性;PCA分析筛选出微生物数量、微生物量碳、过氧化氢酶、脲酶、碱性磷酸酶、多酚氧化酶及蛋白酶可以作为表征金露梅灌丛土壤质量的生物学指标。     

甘肃玛曲高寒草甸土壤微生物季节变化特性的研究

选取甘肃玛曲高寒草甸6个样地，对各样地的土壤微生物季节动态及其与土壤理化因子的关系进行了分析。结果表明，在土壤微生物中细菌数量占绝对优势，季节变化对土壤微生物有较大的影响，土壤微生物与土壤肥力有较为密切的关系。细菌在4月出现高峰；放线菌数量春季到秋季数量逐渐减少；真菌数量春季到秋季变化不明显，冬季略有增加；氨化菌、硝化...