高邮鸭微卫星DNA标记遗传多样性的研究

利用9个微卫星标记分析了高邮鸭群体遗传多样性。结果9个微卫星座位共检出42个等位基因，基因频率分布在0．0135—0．6216之间，平均每对引物可检测4.7个等位基因，9个微卫星座位的平均杂合度为0．7375，平均多态性含量为0．6707，表明高邮鸭群体遗传变异大，遗传多样性丰富。     

华中地区家鸭种质资源的遗传结构研究

利用28个微卫星标记对华中地区6个家鸭资源（淮南麻鸭、攸县麻鸭、临武鸭、荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭）的遗传结构进行了评估。结果表明：6个群体的平均杂合度都较高,最低的为攸县麻鸭（0．5512）,最高的为荆江麻鸭（0．6035）,群体平均杂合度为0．5801,反映了各鸭种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;华中地区各鸭种间存在较大的遗传分化,22．5％的遗传变异来源于群体间的差异,进一步反映了各品种具有本品种特性的多样性;通过计算DA遗传距离发现各品种间的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将华中地区家鸭资源聚为3类,湖北省的荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭聚为一类;湖南省的攸县麻鸭和临武鸭聚为一类;河南省的淮南麻鸭独聚为一类。本研究结果为华中地区家鸭品种种质特性研究提供了基础,也为中国家鸭资源的合理保护和开发利用提供了科学依据。     

利用8个微卫星标记分析7个鸭群体的遗传多样性

研究应用8个微卫星标记对7个鸭群体进行了遗传多样性检测。利用等位基因频率计算了各群体的基因杂合度、多态信息含量及群体间的遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:8个微卫星标记中除SMO13(PIC=0.480)和APL83(PIC=0.372)为中度多态外,其余标记均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸭群体间遗传多样性分析和系统发生关系分析。7个鸭群体在微卫星座位的平均杂合度在0.514～0.646,最高的莆田黑鸭为0.646,最低的康贝尔鸭为0.514。从聚类分析结果来看,北京鸭与中型母本、小型母本聚为一类;康贝尔鸭和金定鸭聚为一类;莆田黑鸭与山麻鸭聚为一类。     

我国家鸭品种资源遗传多样性保护等级分析

本研究旨在分析我国地方鸭品种资源遗传多样性保护等级,为更好地制定我国地方鸭品种资源保护方案提供理论依据.采用28个微卫星标记计算我国24个地方鸭品种间DR遗传距离、基因流(Nm)、多态信息含量(PIC)和杂合度,并采用Weitzman和Caballero两种遗传多样性保护理论,分析各品种在遗传多样性最大化保护中的相对重要性.结果表明,28个微卫星座位的Ewens-Watterson检验均属选择中立性,各位点平均多态信息含量为0.494 4;三穗鸭(SS)的观察杂合度最高(0.8648),大余鸭(DY)的观察杂合度最低(0.7208),靖西大麻鸭(JXD)的多态信息含量最高(0.581 6),金定鸭(JD)的多态信息含量最低(0.434 7);四川麻鸭(SC)和汉中麻鸭(HZ)之间的遗传距离最远(0.425 7),基因流最小(0.471 1),广西小麻鸭(XL)和靖西大麻鸭之间的遗传距离最近(0.166 4),基因流最大(1.380 8).Weitzman保护理论分析中,临武鸭(LW)、四川麻鸭(SC)、高邮鸭(GY)和北京鸭(BJ)的贡献率较高(>5.0%);Caballero保护理论分析中,绍兴鸭(SX)、四川麻鸭、巢湖鸭(CH)和兴义鸭(XY)具有较高的正贡献率(>0.2%),与Weitzman保护理论确定的等级顺序存在一定差异,主要原因是Weitzman保护理论没有考虑到品种内遗传多样性.在分析我国地方鸭品种资源遗传多样性保护等级时,应充分考虑品种问遗传多样性和品种内遗传多样性.绍兴鸭、四川麻鸭、巢湖鸭、兴义鸭、高邮鸭、临武鸭、汉中麻鸭、沔阳麻鸭(MY)、荆江麻鸭(JJ)、三穗鸭、恩施麻鸭(ES)、北京鸭、淮南麻鸭(HN)、云南麻鸭(YN)、攸县麻鸭(YX)、微山麻鸭(WS)16个品种对我国家鸭资源总体遗传多样性具有较高的贡献率,在品种资源保护中应当给予优先保护等级.     

中国地方鸭品种资源的分子遗传多样性

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记，检测了我国24个地方鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离，采用邻接法构建了聚类图，并进行了系统发生分析。结果表明：28个微卫星座位在我国家鸭群体中的多态信息含量除APL23和APL79为中度多态外，其他座位均为高度多态座位，可以作为有效的遗传标记用于鸭种之间遗传多样性分析和系统发生关系的分析；我国所有家鸭群体平均杂合度（0．569）低于国内的家鸡和家鹅，其遗传多样性相对贫乏；聚类结果分析表明了各家鸭品种的分子系统发生关系与其育成史、分化及地理分布比较一致。     

4个微卫星标记分析6个鸭群体之间的遗传关系

利用4对微卫星引物（AJ272577、AJ272578、AJ272579和AJ272580）对6个鸭群体（绍鸭、番鸭、樱桃谷鸭、北京鸭（Z4、Z1）和奥白星鸭）300只鸭的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测。结果表明：4个微卫星基因座在6个鸭群体中均存在多态性，可以用于鸭的遗传多样性评估；且基因座AJ272578变异最大，基因座AJ272579变异最小，从不同群体来看，北京鸭Z1的遗传变异最大，奥白星鸭的遗传变异最小。基于Nei氏标准遗传距离，采用UPGMA方法构建了系统发生树，将绍鸭和樱桃谷鸭归为一类，北京鸭Z1、奥白星鸭和北京鸭Z4归为一类，番鸭归为一类。鸭的微卫星基因分型技术为检测品种（群体）之间的遗传关系提供了一个有用的工具。     

利用微卫星标记分析兴义鸭的遗传多样性

文章旨在阐明兴义鸭的遗传多样性,为其保种与开发利0用提供参考依据。采用20对引物扩增兴义鸭的微卫星片段和判型,计算每个微卫星座位的有效等位基因数(Ne)、等位基因频率(P)、基因杂合度(H)及多态信息含量(PIC)。结果显示:20对微卫星引物在兴义鸭群体中均检测到多态,共检测到85个等位基因,平均每个微卫星基因座等位基因数4.2500个,群体平均杂合度H=0.6850,平均多态含量PIC=0.6284,平均有效等位基因数Ne=3.4449个,其中AJ272578、AJ515883、AJ515889、AJ515895、AJ515897、AJ515900表现为中度多态,剩下的14个位点均表现出高度多态性,试验结果表明,在兴义鸭具有丰富的遗传多样性,具有重要的保种价值和选育开发潜能。     

绿头野鸭与我国主要地方鸭品种遗传多样性研究

利用17个微卫星标记,采用PCR扩增,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染,对绿头野鸭种群和我国9个主要地方鸭品种的遗传多样性进行了检测,统计了各群体的平均有效等位基因(Ne)、平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、群体间的遗传距离(Ds)和相似系数(I)。采用UPGMA和NJ法构建系统发生树。结果表明:17个微卫星座位在绿头野鸭种群和我国9个主要地方鸭品种中的多态信息含量均为高度多态,所有鸭种的平均PIC、H、Ne分别为0.6506、0.6896、4.1±1.5,基因多态性和遗传多样性相对较高;家鸭各品种间的遗传距离在0.1631~0.6844范围内,绿头野鸭与家鸭品种间的遗传距离分别在0.3096~0.8219之间。根据系统发育树推断中国主要地方鸭品种不是单一起源于绿头野鸭。中国主要地方鸭品种大致可以分为5支。一支为北京鸭、荆江鸭,一支为中山鸭、建昌鸭及高邮鸭,一支为靖西大麻鸭和金定鸭,连城鸭为一支,绍兴鸭为另一支。     

中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

利用微卫星标记分析中国和法国6个鸭群体的遗传关系

利用15个微卫星标记检测法国鲁昂鸭、合成品系INR A37与INR A444、北京鸭、金定鸭和绿头野鸭共6个群体223个个体的基因型,通过计算各项群体遗传参数,分析6个鸭群体的遗传结构和关系。结果表明:15个微卫星位点共检测到175个等位基因,其多态信息含量(PIC)介于0.245～0.884。鲁昂鸭的杂合度和PIC是最高的,其次是绿头野鸭,而其他4个鸭群基本处于同一水平。金定鸭和鲁昂鸭之间的奈氏标准遗传距离最远(DS=0.654),而法国2个鸭合成系之间最近(DS=0.140)。基于计算奈氏标准遗传距离所得数据,采用UPGMA方法构建了系统发生树,法国2个鸭合成系、北京鸭和鲁昂鸭聚为一类,而绿头野鸭和金定鸭聚为一类。综合分析,相对于金定鸭,法国的鲁昂鸭和北京鸭在遗传背景上更接近。     

缙云麻鸭与绍兴鸭各品系的遗传距离分析

采用20对微卫星标记对缙云麻鸭与绍兴鸭3个品系的遗传结构进行了分析.结果表明缙云麻鸭与绍兴鸭群体的平均杂合度为0.5946～0.6918,试验共检测到178个等位基因.在DA基础上的UPGMA法聚类图将4个品系聚类为2个类群,聚类结果与各品种的生态地域分布和经济类型有着一定的关系.研究结果为缙云麻鸭种质特性研究提供了基...     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究.结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst 达到极显著水平(P<0.01).鹅群体内近交系数(Fis)均为负值.各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430).结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致.     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究。结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst达到极显著水平(P<0.01)。鹅群体内近交系数(Fis)均为负值。各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430)。结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致。     

3个中国地方黄牛品种遗传结构及其遗传分化的研究

利用12对微卫星引物对中国3个地方黄牛品种（鲁西黄牛、渤海黑牛及闽南黄牛）及2个对照群体（中国荷斯坦牛和青海牦牛）的群体遗传结构、遗传分化及基因流水平进行研究，结合聚类分析，结果表明：5个牛群体总近交系数（Fit）为58．5％，群体内近交系数（Fis）为43．2％，群体间基因分化系数（Fst）为26．9％，3个指标均达到极显著水平（P〈0．001）。5个牛群体内近交系数（R）鲁西黄牛最高（0．640），青海牦牛最低（0．231）。鲁西黄牛与荷斯坦牛间每世代群体间有效迁移个体数（Nem）最大（1．149），牦牛与鲁西黄牛间最小（0．509）。5个牛群体每个体属于所属群体的平均概率从91．4％到98．5％不等。结合聚类分析、基因流分析及STRUCTURE分析结果，5个牛群可分为3大类：鲁西黄牛和中国荷斯坦牛为一类，渤海黑牛和闽南黄牛为一类，牦牛自为一类，这说明在鲁西黄牛和渤海黑牛的形成过程中，鲁西黄牛受普通牛影响较大，而渤海黑牛受瘤牛影响较大，同时探讨了以上品种的演化与形成过程。     

凤头白鸭与连城白鸭的群体遗传多样性分析

为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。     

中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异分析

【目的】通过基因组重测序技术对中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异进行分析,追溯两个品种鸭在不同人工选择下的基因组变异机制,以此阐明优异性状形成的遗传基础。【方法】选择樱桃谷鸭商品代和中畜草原白羽肉鸭商品代各16只进行基因组重测序,过滤掉高缺失率与最小等位基因频率较低的位点,获得高质量SNPs用于后续分析;对两品种的基因型数据进行主成分分析(PCA)确定其遗传分化情况;采用群体遗传分化指数(Fst)和群体核酸多样性比值(Pi)两种分析方法综合筛选中畜草原白羽肉鸭和樱桃谷鸭的受选择信号。【结果】主成分分析结果显示,中畜草原白羽肉鸭和樱桃谷鸭分化显著。以10 kb窗口5 kb步长分别计算Fst与Pi分析值,取前1%作为阈值(Fst>0.177,Pi>0.885),在两种分析方法的信号重叠区域共筛选到410 kb候选区域,共注释到21个候选基因。对候选基因进行GO与KEGG富集分析发现,12个基因显著富集到细胞组分和分子功能两大类中(P<0.05),2个基因显著富集到代谢相关通路(P<0.05)。这些基因中,与脂质代谢、氨基酸代谢、免疫调控相关的基因包括PDE3A、P...     

藏系绵羊群体遗传多样性及遗传结构分析

旨在从分子层面对藏区绵羊群体进行群体关系研究。本试验选取西藏、青海、甘肃、云南和四川5个地区的20个藏系绵羊群体共384个个体进行Affymetrix Ovine 600K芯片扫描分型,基于杂合度和近交系数分析藏系绵羊群体的遗传多样性,并通过PCA、NJ-tree和STRUCTURE分析藏系绵羊的群体聚类情况。结果发现,西藏浪卡子绵羊的观测杂合度最低(0.235 0),近交系数最高(0.279 6);青海山谷型藏羊的观测杂合度最高(0.323 4),近交系数最低(0.009 0)。遗传结构分析结果显示,西藏和云南地区藏系绵羊能够单独聚成一支,而青海、甘肃和四川地区的草地型绵羊混乱聚集在一起。结果表明,西藏和云南地区藏系绵羊的遗传多样性普遍低于青海、甘肃和四川地区的藏系绵羊,且西藏和云南地区的藏系绵羊基本能保持地域特异性,而青海、甘肃和四川地区的草地型绵羊在遗传距离和群体结构中差异不大。