种猪育种分析平台基因组数据处理流程与选育应用

生猪产业是关乎国计民生的重要产业,种猪是生猪产业发展的基础和关键,要想加快种猪性能改良进展,需要基因组选择技术的应用。本文从现场实际育种工作出发,介绍一款种猪育种分析平台。该平台是在Linux系统下,基于C#语言和.net语言共同开发完成,可在Windows10系统下运行。该平台可以大幅度降低现场育种人员的工作量,使其可以更加便捷地使用基因组选择技术进行育种,加快推进种猪育种工作。另外,在未来的发展中,平台还会根据不同企业或者实际情况整合更多的理论成果,比如：系谱校正、全基因组关联分析等。     

基因组选择在我国种猪育种中应用的探讨

种猪育种对我国养猪业起着极其重要的作用。基因组选择在我国猪育种生产中的应用水平尚不及欧美发达国家的种猪企业。完整的性能记录、高效的数据系统和资金投入的缺乏是制约基因组选择在我国猪育种生产中应用的重要因素。基因组选择能够增加不同性状遗传评估的育种值准确性,尤其是增加低遗传力性状的准确性。基因组选择在杂交优势、选配和多品种评估方面均具有应用优势。我国种猪企业需要进一步完善表型和性能数据的收集,制定长期的育种规划。通过区域性的联合评估和基因组选择技术的应用,加速群体的遗传进展,加速提升我国商品猪的生产性能。     

集团化种猪企业基因组选育方案制定与基因组早期选择

基因组选择作为我国种猪遗传评估的一项实用技术已在全国推广应用,近年来国家和区域种猪基因组联合育种平台相继建立,作为该技术落地应用的技术支撑。在企业层面,需要根据自身育种工作基础和育种目标等情况,合理制定本企业的种猪基因组选育方案,利用好种猪基因组育种平台,通过该技术的落地应用来加速育种进展,更快更好地达到既定的育种目标。本文根据基因组选择技术基本原理和种猪育种的特殊情况,对集团化种猪企业基因组选择技术方案制定关键环节进行总结;此外,基于杜洛克种猪群体数据,系统分析了基因组早期选择的准确性和种猪选留效果。结果表明,通过基因组早期选择,断奶时提前阉割排名靠后的45%小公猪的情况下,依然能准确选出top5%和top10%的优秀公猪,表明可以通过基因组早期选择,同时达到准确选出优秀公猪和降低测定量的双重目标。     

猪基因组选择育种研究进展

全基因组选择是指利用覆盖整个基因组的高密度SNP计算个体的基因组估计育种值(Genomic Estimated Breeding Value,GEBV).利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,可以通过早期选择缩短世代间隔,提高GEBV的准确性,降低近交系数从而提高种猪的遗传进展.近年来,随着基因分型成本下降,全基...     

全基因组选择及其在奶牛育种中应用进展

全基因组选择是指基于基因组育种值（GEBV）的选择方法,指通过检测覆盖全基因组的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体进行遗传评估,以期获得更高的育种值估计准确度。由于可显著缩短世代间隔,全基因组选择作为一项育种新技术在奶牛育种中具有广阔的应用前景,目前已经成为各国的研究热点。不同国家的试验结果表明,奶牛育种中基于GEBV的遗传评估可靠性在20%~67%之间,如果代替常规后裔测定体系,可节省92%的育种成本。本文综述了全基因组选择的基本原理及其在各国奶牛育种中的应用现状和所面临的问题。     

聚类分析在种猪选择上的应用

资料来自杭州市种猪试验场性能测定站2004-2006年116头杜洛克后备猪生长发育性能测定成绩,包括:达100 kg体重校正日龄、校正背膘厚、体长、体高.用前两个性状的综合指数值作为分类适合性的判断依据.结果表明,用达100 kg体重校正日龄和校正背膘厚两个性状进行快速聚类,分类结果与该类的指数范围有十分一致的对应关系.在采用综合指数选择的同时进行聚类分析,能使选择效果更准确、更一致.多性状聚类分析可作为大群体、多性状表型值选择的一种方法.     

大白猪基因组选择在不同应用策略下的比较研究

目前,基因组选择（genomic selection,GS）技术已经在种猪育种中开展,但为获得较高的收益,还需研究一些应用策略,如确定仔猪基因分型个体比例和早期仔猪留种比例。本试验选择温氏集团出生于2011—2016年的大白种猪作为研究对象,共有超过4.5万条的生长测定记录,超过7万条繁殖记录,和2 090个个体的简化基因组测序（GBS）数据,其中,出生于2016年7~12月的440个体作为候选群体。研究性状包括两个生长性状（校正100 kg日龄和校正100 kg背膘厚）和一个繁殖性状（总产仔数）。为对比预测效果,在候选群体进行育种值预测时,按照是否利用其基因型或表型信息分为4种预测方案,比较不同方案的预测可靠性和个体选择指数的排名情况。结果显示,在预测候选群育种值时,利用其表型或基因型信息均比不利用时的预测结果更加可靠。对生长性状终测前、后进行基因组选择指数计算,发现,终测后指数排名前30%的个体都位于终测前指数排名前60%内。若仔猪出生后仅选择常规BLUP预测指数排名前60%的个体,会导致有接近15%的具有优秀潜力的个体被遗漏。本研究建议,对所有新生健康仔猪都进行基因分型并计算基因组选择指数,然后对指数排名靠前60%的个体进行性能测定。     

基因组选择模型及其在家禽育种中的应用

基因组选择是当前畜禽育种领域一项热门的分子育种方法,已经在实际育种中得到应用并取得良好的效果。基因组选择使用数学模型计算出覆盖全基因组范围内的高密度标记的效应值,从而得到个体基因组估计育种值,再进行高效的选种选配工作。该方法可以提高传统育种值估计的准确性,实现畜禽育种早期选择,缩短世代间隔,从而加快遗传进展。同时,随着第二代测序平台和基因芯片技术不断成熟,单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）标记已成为普遍且重要的动植物研究手段,SNP芯片检测成本也不再高昂。文章综述了常见的基因组选择模型及其在家禽育种中的应用,讨论了其面临的挑战,并且展望了其应用前景,为我国地方家禽保护、评价和利用提供参考。     

全基因组选择及其在动物育种中的应用

随着遗传学的迅速发展,全基因组选择作为一种新型选择方法成为研究人员研究的热点,文章讲述了全基因组学的原理、选择的方法、选择的影响因素及优势,展望了全基因组选择在动物育种中的应用。     

基因组选择及其在羊育种中的应用研究进展

数量性状是羊育种中的重要性状,受微效多基因控制、遗传力低,而传统育种方法难以提高羊的育种效率。提高动物育种效率对于选种选配工作和经济生产效益至关重要。随着育种新技术的不断革新与发展,基因组选择(genomic selection, GS)方法已成为育种技术中强大的工具,且已成功运用于个体经济价值较大的物种中,其具有缩短世代间隔、提高育种准确性、减少生产成本、提高畜禽经济效益等优势。近年来,由于基因组技术的不断成熟和各个统计模型的升级优化,以及高密度SNP芯片价格的下调,报告有关于基因组选择育种的实证和模拟研究层出不穷,且基因组选择技术已在羊育种中逐步开展,特别是在羊的重要性状中已有不少报道。由于羊的品种较多,地方性状差异化较大,个体经济价值略低,尽管基因组育种的新技术已经非常成熟,但目前仍没有在羊育种中大范围普及。为了更全面地了解该技术在羊育种中的研究现状,且基于选种选配的重要地位,作者就基因组选择在羊育种中的研究进展展开综述,主要从表型测定、基因分型、不同模型方面介绍了基因组选择在羊的重要性状中的应用和现状,讨论了其优势与挑战,并展望了基因组选择的未来发展方向。     

全基因组选择在猪育种上的研究进展

全基因组选择(Genomic selection,GS),即全基因组范围内的标记辅助选择(marker-assisted selection,MAS)。因其具有可缩短世代间隔,提高年遗传进展;早期选择准确率高;同时还能提高低遗传力、难以测量性状选择效率等诸多优点,目前已成为动物遗传育种领域的研究热点。文内围绕"什么是GS"、"为什么选用GS"以及"影响GS的因素"这3个方面全方位诠释了GS。重点阐述了GS在猪育种中的应用现状,并结合GS在奶牛上的成功应用,简述了GS在猪育种上的展望。     

猪基因组选择技术应用初探

基因组选择是一种全基因组范围内的标记辅助选择方法,是家畜经济性状育种改良的重要技术,利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,能够精准地早期预测估计个体育种值,降低近交系数,大大提高猪育种的遗传进展。随着基因组育种技术不断成熟,基因检测价格不断下降,这项技术越来越多被应用于奶牛、生猪、鸡等动物的育种工作中,本文将从猪基因组选择技术应用意义、国内外应用现状与趋势、技术集成、应用前景等4方面进行综述,为猪的基因组选择技术提供参考。     

种猪血统登录与育种改良的关系

血统登录在人类称之为“家谱”或“族谱”，在动物则多称之为“系谱”，都表示个体与祖先之间遗传上的关连性，或遗传基因相同的程度。猪性能遗传改良奠定在纯种（系）的选育和种系间的杂交组合基础上。种蓄若有明确的血缘系谱记录，可以保存家庭的特性，预防近亲所造成的性能衰退；相反的，根据系谱地也可以进行适当的近亲育种，固定宗族特性；若有明确的系谱，再加上附有相关的性能记录，则可以预测后裔性能，辅助育种采取适当的     

种猪生产育种微机管理系统的研制与应用

一、前言我场是国家重点种猪场之一,担负着向省内外繁育推广白种猪的任务。在生产和科研过程中,每天要产生和处理大量的数据,这是一份极为宝贵的信息资源。为了适应生     

种猪育种关键技术研究进展

在生猪养殖过程当中,种猪育种是一个非常重要的环节。提高种猪育种水平,可以有效提高生猪养殖的经济效益。因此文章基于育种目标选定,从常规育种技术、分子育种技术、人工授精技术三大方面分析种猪育种的关键技术研究进展。     

家禽基因组选择研究进展

基因组选择(Genomic selection,GS)是新一代畜禽遗传评估方法,具有早期选择准确率高、可缩短世代间隔、对于低遗传力性状以及难以测量或测量费用较高的性状选择效率高等优点,目前已经广泛应用于奶牛育种中。本文综述了基因组选择方法在家禽中的研究进展,并对我国家禽实施基因组选择方法进行展望。     

国际奶牛基因组选择的发展概况

二十一世纪初,基因组选择(Genomic Selection,GS)技术给传统奶牛育种体系带来新的活力。该方法利用基因芯片技术实现规模化的SNP标记多态检测,基于各国积累的大量后裔测定遗传评估结果,实现单个遗传标记或多个遗传标记构成单倍型的遗传效应估计。基因组选择的方法仅利用新生后备种公牛的基因组检测信息,即可实现动物个体的基因组育种值(GEBV)估计,据研究报道,其可靠性高于传统的系谱选择,最高可达75%左右。基因组选择策略实现乳用种公牛的早期选择,极大缩短了奶牛遗传改良的世代间隔,节约选育成本,提高选育效率,目前已在多个奶业发达国家具体实施并公开发布评定结果。本文对国际奶牛基因组选择的发展概况进行归纳综述。     

种猪育种与养猪产业化

我国猪育种中存在的关键问题是缺乏有效的育种组织。在养猪业发达国家，猪育种组织主要包括育种者协会及育种企业。育种者协会由个体育种场联合成立，得到政府的认证。在育种企业出现以前，猪育种工作是由政府组织通过育种者协会来进行的。     

全基因组选择在猪育种中的研究进展

目前,随着分子生物学技术和遗传学的不断发展,动物育种方法从传统的数量评估方法,逐渐向全基因组选择法评估育种值转变。全基因组选择是动物育种的一次革命,利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,能大大缩短育种间隔,提高遗传进展,已然成为动物育种研究的热点。该文主要对全基因组选择在动物育种中的应用及展望做一个简述。