中国草原红牛PDK4基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】 研究中国草原红牛丙酮酸脱氢酶激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4，PDK4）基因多态性与肉质性状的关系。【方法】 挑选120头中国草原红牛为研究对象，采用Sanger测序法检测PDK4基因第1~11外显子的单核苷酸多态性（SNP）位点，分析SNP位点的基因型频率、基因频率及群体遗传参数等。利用SPSS 21.0软件对中国草原红牛PDK4基因SNP位点多态性与肉质性状（熟肉率、肉嫩度、失水率、pH、滴水损失、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量）进行关联分析。【结果】 在中国草原红牛PDK4基因外显子8和外显子11上共检测到3个SNPs；PDK4基因第8外显子57 bp处存在1个SNP位点（G57C），且引起编码氨基酸的改变，存在GG、GC和CC 3种基因型；PDK4基因第11外显子在330和389 bp处存在2个SNPs位点（G330T和C389T），在G330T位点上存在GG、GT和TT 3种基因型；在C389T位点上存在CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验结果显示，中国草原红牛第8外显子G57C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05），第11外显子的G330T和C398T符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；群体遗传参数分析发现，第8外显子G57C突变位点属于低度多态性位点（PIC<0.25），等位基因数为1.1429，表明其在中国草原红牛中的变异较小；第11外显子G330T和C398T属于中度多态性位点（0.25<PIC<0.5），等位基因数分别为1.6431和1.6447，说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明，PDK4基因第8外显子中G57C位点GG和CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GC基因型（P<0.05）；第11外显子G330T位点GG基因型滴水损失和初水分量显著高于GT基因型（P<0.05）；GG基因型肉嫩度显著高于TT基因型（P<0.05）；GT基因型肌内脂肪含量显著高于TT基因型（P<0.05），C389T处CT基因型失水率显著低于TT基因型（P<0.05）。【结论】 PDK4基因多态性与中国草原红牛肉质性状相关，可作为肉质性状的候选基因。     

草原红牛IGFBP-5基因外显子多态性及对胴体性状的影响

为揭示草原红牛IGFBP-5基因外显子多态性与胴体性状的相关性,采用PCR-SSCP及PCR-RFLP两种方法分别对58头草原红牛群体该基因外显子多态性进行了检测,并对检测到的突变位点用SPSS软件分析其与胴体性状的相关性.结果表明:IGFBP-5基因第3外显子在191 bp处存在G(A)突变,该基因多态性与宰前活重、胴体重呈显著相关,BB型显著高于AA型(P0.05);对其他性状的影响差异不显著.通过研究IGFBP-5基因外显子的多态性,为草原红牛的选种选育提供实验依据.     

草原红牛CAPN1基因第5外显子多态性与肉质性状的相关研究

本研究以草原红牛为研究对象，对CAPN1基因的第5外显子进行SNP分析，发现第5外显子存在A3717G突变，同时与肉质性状进行相关分析发现其与pH及嫩度相关。这将为系统的研究草原红牛以及其他肉牛品种的肉质特性提供分子生物学依据。     

草原红牛OLR1基因多态性及其不同基因型对肉用性状影响的研究

为了研究氧化型低密度脂蛋白受体1(oxidized low density lipoprotein receptor,OLR1)基因的多态性及其不同基因型对肉用性状的影响,试验以58头草原红牛为研究对象,采用PCR扩增和San-ger测序方法检测草原红牛OLR1基因第4外显子的遗传多态性,利用"牛等家养动物群体遗传分析...     

草原红牛IGFBP3基因多态性及与部分屠宰性状的相关性分析

以草原红牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测IGFBP3基因的多态性,并将不同基因型与部分屠宰性状进行相关分析.结果表明在第2内含子发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果显示在8 069 bp处存在C→T的碱基突变;该位点的多态性对草原红牛的眼肌面积有显著影响(P<0.05),AA型显著高于BB型(P<0.05),但与AB型之间差异不显著(P>0.05);其他屠宰性状在不同基因型间差异不显著.由此可以初步推断IGFBP3基因可能是影响草原红牛肉质性状的一个主效基因或是一个与影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

草原红牛肌生成抑制素基因内含子1多态性及部分屠宰性状的相关性分析

以草原红牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测肌生成抑制素(MSTN)基因内含子1基因的多态性.结果表明:在内含子1发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果显示在1 452 bp处存在C→T的碱基突变;该位点的多态性对草原红牛的净内率有显著影响(P<0.05),BB型和AB型显著高于AA型(P<0.05),BB型和AB型之间差异不显著(P>0.05);其他屠宰性状在不同基因型间差异不显著(P>0.05).由此可以初步推断MSTN基因可能是影响草原红牛肉质性状的一个主效基因或是一个影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

草原红牛胰岛素样生长因子结合蛋白6基因外显子2的遗传多态性及遗传效应分析

本试验旨在研究草原红牛不同基因型与屠宰肉用性状的关联性。选用草原红牛作为试验群体,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白6(insulin-like growth factors binding proteins 6,IGFBP6)基因外显子2的多态性,采用最小二乘法拟合线性模型将突变位点的不同基因型与牛屠宰肉用性状进行关联分析。结果表明,在IGFBP6基因外显子2上发现1个多态性位点A180G,具有3种基因型:AA、AB和BB。SPSS 13.0统计分析结果表明,IGFBP6基因外显子2 AB和BB基因型净肉重极显著高于AA基因型(P<0.01);眼肌面积和骨重显著高于AA基因型(P<0.05),而在宰前活重、胴体重、肾脂重和肋脂重方面3种基因型个体之间差异不显著(P>0.05)。结果显示,IGFBP6基因的多态性与屠宰肉用性状具有一定的关联性,可为今后草原红牛的育种保种工作提供理论依据,并对草原红牛肉用性状的改善提供参考。     

草原红牛改良群体H-FABP基因SNP及其与肉质性状的相关分析

试验采用PCR-SSCP的方法对含1/2利木赞血缘的改良草原红牛的H-FABP基因5’-调控区进行SNP分析,并分析其多态性与改良草原红牛肉质性状的相关性。结果表明:改良草原红牛H-FABP基因5’-调控区存在多态位点,在136位点发生1个T碱基的插入突变,在142位点,发生了G→A转换。相关分析结果显示剪切力在AA和AB、BB基因型间差异极显著(P<0.01),AB与BB基因型间差异不显著(P>0.05),A基因对剪切力有负效应,其余肉质性状在不同基因型间差异均不显著(P>0.05)。表明H-FABP基因对改良草原红牛肉质嫩度有显著影响。     

草原红牛改良群体H FABP基因SNP及其与肉质性状的相关分析

试验采用PCR-SSCP的方法对含1/2利木赞血缘的改良草原红牛的H-FABP基因5’-调控区进行SNP分析,并分析其多态性与改良草原红牛肉质性状的相关性。结果表明：改良草原红牛H-FABP基因5’-调控区存在多态位点,在136位点发生1个T碱基的插入突变,在142位点,发生了G→A转换。相关分析结果显示剪切力在AA和AB、BB基因型间差异极显著（P<0.01）,AB与BB基因型间差异不显著（P>0.05）,A基因对剪切力有负效应,其余肉质性状在不同基因型间差异均不显著（P>0.05）。表明H FABP基因对改良草原红牛肉质嫩度有显著影响。     

草原红牛m-calpain基因的多态性及其与肉质性状的关系

对草原红牛m-calpain的30 ku调节亚基的DNA序列通过PCR扩增得到1 830 bp大小的产物,这个产物序列包括从外显子4到外显子7的全部序列(包括它们之间的内含子序列).利用限制性内切酶 HhaⅠ对PCR产物进行酶切,并利用最小二乘线性模型初步探索了不同基因型与肉质性状间的关系.结果表明:在31头草原红牛群体中检测到2个等位基因A和B,2个等位基因的频率分别为0.355和0.645;检测到3种基因型AA、BB和AB,3种基因型的频率分别为0.161,0.452和0.387.草原红牛m-calpain基因中BB基因型对牛肉嫩度剪切力值有较大的影响(P<0.05); AA基因型对大理石花纹评分值有较大的影响(P<0.05).     

不同基因与草原红牛生产性能的相关分析

草原红牛是我国培育成功的第一个肉乳兼用型优良品种,采用英国兼用短角牛为父本,以当地蒙古牛为母本经过级进杂交至第2代或第3代,通过选择理想型个体进行横交固定培育而成的.从产肉性能来说,肉质性状作为一种综合性状,和其他性状一样受遗传和环境的共同作用,因而可以通过选种选育的方式提高草原红牛的肉品质.阐述不同基因对草原红牛生产性能的影响,为培育新的草原红牛品种或者品系提供了参考.     

西门塔尔牛CS基因多态性与肉质性状的相关性分析

以柠檬酸合成酶基因（citrate synthetase,CS）为候选基因,分析了该基因外显子3的遗传多态性与西门塔尔牛肉质性状的相关关系。选用95头西门塔尔牛为试验材料,采用PCR-RFLP的方法对该基因的外显子多态性进行检测,并利用SPSS软件对该外显子多态性与肉质性状的相关性进行分析。结果表明：CS基因第三外显子第206bp处存在G/A突变,该基因多态性与脂肪颜色呈显著相关,AA型显著高于BB型。对其他性状的影响差异不显著。通过研究CS基因外显子的多态性,为西门塔尔牛利用该基因的多态性进行分子育种提供了试验依据。     

草原红牛生长激素基因遗传多态性研究

为寻找可用于标记辅助选择的分子标记,研究以草原红牛为试验群体,采用单链构象多态性（PCR—SSCP）方法检测了GH基因遗传多态性,并对GH基因多态片段进行了克隆、测序,确定了多态位点的变异位置和碱基类型。检测结果表明：在GH基因5’末端、第3内含子、第4内含子、外显子5和3’末端存在多态性位点,其中在5’上游431处有一个A→G碱基的突变,在1435处发生了T→C的突变,第4内含子1918处发生了C→A的突变;外显子5的2291处发生了碱基A→C突变;3’末端2639处发生了碱基C→G突变,并导致一个HaeⅢ酶切位点的增加;同时与GenBank中序列（accession numberM57764）相比较,草原红牛在1692处有C→T的突变,在2735处有碱基T→C突变,这些突变位点为草原红牛所特有。     

早胜牛CD36基因第4外显子多态性与生长性状相关性分析

为研究早胜牛CD36基因第4外显子多态性与生长性状及肉用性状的关系,采用PCR-SSCP技术和DNA混合池测序的方法对300头早胜牛CD36基因第4外显子的遗传多态性进行检测,并分析多态位点不同基因型与生长性状及肉用性状的关联性。结果显示:早胜牛CD36基因第4外显子存在1个多态位点,70 037 bp处发生了G/A突变,为同义突变,多态性检测存在2种基因型,分别为EE和EF;对2种基因型的生长性状及肉用性状进行关联分析,发现EF基因型个体体重显著高于EE基因型个体(P0.05),EF基因型个体肌内脂肪含量显著高于EE基因型个体(P0.05)。说明早胜牛CD36基因第4外显子存在多态性,EF基因型个体生长性状及肉用性状优于EE基因型个体,可将其作为早胜牛生长性状和肉质性状相关指标的辅助选择分子标记。     

不同发育阶段草原红牛背最长肌FABP4基因表达水平研究

实验采用实时荧光定量PCR技术对FABP4 mRNA在1、6、12和24月龄草原红牛背最长肌组织中的表达情况进行研究。结果表明:FABP4 mRNA在所检测的4个不同发育阶段均有表达,6月龄草原红牛背最长肌组织中FABP4 mRNA与另外3个时期差异极显著(P<0.01),而另外3个阶段之间差异不显著(P>0.05)。本实验为深入研究牛FABP4基因与肉质性状的相关关系奠定基础,为牛肉质性状候选基因的选择提供理论依据。     

牛CAPN3基因多态性及与肉质性状相关性分析

以中国草原红牛、西门塔尔牛、利木赞牛、天一冈山黑牛为试验对象,利用PCR-SSCP结合测序的方法进行SNPs检测,并采用SPSS软件分析CAPN3基因的遗传多态性与肉质性状的关系。结果表明,仅在草原红牛及天一冈山黑牛中发现第46 414处（NC_007308）发生G→T的突变,且发生G→T突变的位点所对应不同基因型的个体,其大理石花纹、失水率、滴水损失和剪切力这些肉质性状存在显著差异,而西门塔尔牛和利木赞牛中未发现此突变。     

草原红牛MSTN基因第一外显子SNPs多态性分析

根据牛的肌肉生长抑制素基因（myostatin,简写为MSTN）外显子1的序列设计引物,用PCR—SSCP方法对草原红牛和利木赞与草原红牛的杂交牛进行了单核苷酸多态性分析,并检测到了多态性,表现为从、BB和AB3种基因型。对两种纯合子进行测序,结果发现282位碱基发生突变,由C突变为A,导致编码的氨基酸由苯丙氨酸变为亮氨酸。经独立性检验发现基因频率和基因型频率的分布与含利木赞血液的多少有关;并通过不同性状在该位点不同基因型间的显著性检验表明,等位基因B可以显著的提高草原红牛的日增重、屠宰率、净肉率和肉骨比。     

延黄牛ALDH1A1基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性研究

为揭示乙醛脱氢酶1A1(ALDH1A1)基因多态性对延黄牛体尺和肉质性状的影响,实验以ALDH1A1基因作为体尺和肉质性状的候选基因,以16月龄的99头延黄牛母牛为研究对象,采用PCR扩增产物Sanger直接测序的方法对延黄牛ALDH1A1基因13个外显子的单核苷酸多态性(SNP)进行研究,利用SSPS19.0软件分析ALDH1A1基因SNP位点与体尺和肉质性状的关联性。结果表明:在延黄牛ALDH1A1基因第4外显子处检测到T/G突变,且引起编码氨基酸的改变;经卡方适合性检验,该SNP位点在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,但T/G突变位点的杂合度(He)相对较低,在延黄牛群体中的变异较小,属于低度多态(PIC0.25),仅能提供少量遗传信息;关联分析结果表明,ALDH1A1基因第4外显子不同基因型与延黄牛体尺性状中的十字部高、胸围、腹围和管围存在显著相关(P0.05),与肉质性状中的背膘厚存在显著相关(P0.05),与肌内脂肪具有一定的相关性(P0.05)。综上所述,ALDH1A1基因外显子在延黄牛中存在多态性,且与延黄牛体尺和部分肉质性状存在显著性差异,能否作为延黄牛肉质和体尺性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步验证。     

草原红牛剩余采食量相关的GSTM1和SOD3基因多态性分析

为了研究肽硫转移酶mu1(GSTM1)基因与超氧化歧化酶3(SOD3)的基因多态性,探索影响草原红牛剩余采食量性状的候选基因,试验测定了96头草原红牛血液基因组中GSTM1基因的编码区和SOD3基因的5'UTR区,并进行DNA混池、多态性、等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点分析,以探究GSTM1基因与SOD3基因在草原红牛基因组中的多态性表现。结果表明:草原红牛GSTM1基因编码区中704位存在C-T突变,这种突变是错义突变,氨基酸发生变化由丙氨酸变成缬氨酸,可能会使蛋白质结构发生变化。在SOD3基因的5'UTR区存在两个SNP位点,分别在71位发生G-A突变和117位C-T突变,5'UTR区上基因的突变可能导致基因表达发生变化。在遗传水平上草原红牛剩余采食量性状的差异可能是由多个基因多态性造成的。     

中国草原红牛FBXO32基因内含子4多态性对肉质性状的影响

为了研究中国草原红牛F-框蛋白32(FBXO32)基因多态性与肉质性状之间的相关性,试验选取120头中国草原红牛为研究对象,采用PCR产物直接测序法检测FBXO32基因内含子4的多态性,利用SPSS 19.0软件对多态性位点与离心失水率、滴水损失率、压榨水分、肌肉嫩度、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量、大理石花纹评分、熟肉率、眼肌面积、pH₂₄值指标进行相关性分析。结果表明：在FBXO32基因第4内含子g.16336603处检测到一个C/T突变位点,TT型为优势基因型,等位基因T为优势基因,该位点在所测群体中处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);CC基因型离心失水率显著低于TT和TC基因型(P<0.05),肌内脂肪含量和大理石花纹评分显著高于TT和TC基因型(P<0.05),pH₂₄值高于TT和TC基因型,其中与TC基因型差异显著(P<0.05);但3个基因型的滴水损失率、压榨水分、肌肉嫩度、初水分含量、蛋白质含量、眼肌面积及熟肉率均差异不显著(P>0.05)。说明FBXO32基因可作为中国草原红牛品种选...