中国草原红牛PDK4基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】 研究中国草原红牛丙酮酸脱氢酶激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4）基因多态性与肉质性状的关系。【方法】 挑选120头中国草原红牛为研究对象,采用Sanger测序法检测PDK4基因第1~11外显子的单核苷酸多态性（SNP）位点,分析SNP位点的基因型频率、基因频率及群体遗传参数等。利用SPSS 21.0软件对中国草原红牛PDK4基因SNP位点多态性与肉质性状（熟肉率、肉嫩度、失水率、pH、滴水损失、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量）进行关联分析。【结果】 在中国草原红牛PDK4基因外显子8和外显子11上共检测到3个SNPs;PDK4基因第8外显子57 bp处存在1个SNP位点（G57C）,且引起编码氨基酸的改变,存在GG、GC和CC 3种基因型;PDK4基因第11外显子在330和389 bp处存在2个SNPs位点（G330T和C389T）,在G330T位点上存在GG、GT和TT 3种基因型;在C389T位点上存在CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验结果显示,中国草原红牛第8外显子G57C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05）,第11外显子的G330T和C398T符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;群体遗传参数分析发现,第8外显子G57C突变位点属于低度多态性位点（PIC<0.25）,等位基因数为1.1429,表明其在中国草原红牛中的变异较小;第11外显子G330T和C398T属于中度多态性位点（0.25<PIC<0.5）,等位基因数分别为1.6431和1.6447,说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明,PDK4基因第8外显子中G57C位点GG和CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GC基因型（P<0.05）;第11外显子G330T位点GG基因型滴水损失和初水分量显著高于GT基因型（P<0.05）;GG基因型肉嫩度显著高于TT基因型（P<0.05）;GT基因型肌内脂肪含量显著高于TT基因型（P<0.05）,C389T处CT基因型失水率显著低于TT基因型（P<0.05）。【结论】 PDK4基因多态性与中国草原红牛肉质性状相关,可作为肉质性状的候选基因。     

草原红牛CAPN1基因第5外显子多态性与肉质性状的相关研究

本研究以草原红牛为研究对象,对CAPN1基因的第5外显子进行SNP分析,发现第5外显子存在A3717G突变,同时与肉质性状进行相关分析发现其与pH及嫩度相关。这将为系统的研究草原红牛以及其他肉牛品种的肉质特性提供分子生物学依据。     

草原红牛m-calpain基因的多态性及其与肉质性状的关系

对草原红牛m-calpain的30 ku调节亚基的DNA序列通过PCR扩增得到1 830 bp大小的产物,这个产物序列包括从外显子4到外显子7的全部序列(包括它们之间的内含子序列).利用限制性内切酶 HhaⅠ对PCR产物进行酶切,并利用最小二乘线性模型初步探索了不同基因型与肉质性状间的关系.结果表明:在31头草原红牛群体中检测到2个等位基因A和B,2个等位基因的频率分别为0.355和0.645;检测到3种基因型AA、BB和AB,3种基因型的频率分别为0.161,0.452和0.387.草原红牛m-calpain基因中BB基因型对牛肉嫩度剪切力值有较大的影响(P<0.05); AA基因型对大理石花纹评分值有较大的影响(P<0.05).     

草原红牛改良群体H-FABP基因SNP及其与肉质性状的相关分析

试验采用PCR-SSCP的方法对含1/2利木赞血缘的改良草原红牛的H-FABP基因5’-调控区进行SNP分析,并分析其多态性与改良草原红牛肉质性状的相关性。结果表明:改良草原红牛H-FABP基因5’-调控区存在多态位点,在136位点发生1个T碱基的插入突变,在142位点,发生了G→A转换。相关分析结果显示剪切力在AA和AB、BB基因型间差异极显著(P<0.01),AB与BB基因型间差异不显著(P>0.05),A基因对剪切力有负效应,其余肉质性状在不同基因型间差异均不显著(P>0.05)。表明H-FABP基因对改良草原红牛肉质嫩度有显著影响。     

中国草原红牛FBXO32基因内含子4多态性对肉质性状的影响

为了研究中国草原红牛F-框蛋白32(FBXO32)基因多态性与肉质性状之间的相关性,试验选取120头中国草原红牛为研究对象,采用PCR产物直接测序法检测FBXO32基因内含子4的多态性,利用SPSS 19.0软件对多态性位点与离心失水率、滴水损失率、压榨水分、肌肉嫩度、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量、大理石花纹评分、熟肉率、眼肌面积、pH₂₄值指标进行相关性分析。结果表明：在FBXO32基因第4内含子g.16336603处检测到一个C/T突变位点,TT型为优势基因型,等位基因T为优势基因,该位点在所测群体中处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);CC基因型离心失水率显著低于TT和TC基因型(P<0.05),肌内脂肪含量和大理石花纹评分显著高于TT和TC基因型(P<0.05),pH₂₄值高于TT和TC基因型,其中与TC基因型差异显著(P<0.05);但3个基因型的滴水损失率、压榨水分、肌肉嫩度、初水分含量、蛋白质含量、眼肌面积及熟肉率均差异不显著(P>0.05)。说明FBXO32基因可作为中国草原红牛品种选...     

草原红牛IGFBP-5基因外显子多态性及对胴体性状的影响

为揭示草原红牛IGFBP-5基因外显子多态性与胴体性状的相关性,采用PCR-SSCP及PCR-RFLP两种方法分别对58头草原红牛群体该基因外显子多态性进行了检测,并对检测到的突变位点用SPSS软件分析其与胴体性状的相关性.结果表明:IGFBP-5基因第3外显子在191 bp处存在G(A)突变,该基因多态性与宰前活重、胴体重呈显著相关,BB型显著高于AA型(P0.05);对其他性状的影响差异不显著.通过研究IGFBP-5基因外显子的多态性,为草原红牛的选种选育提供实验依据.     

草原红牛与中国荷斯坦牛GHR基因多态性及与产奶性状相关性分析

研究旨在分析生长激素受体(GHR)基因外显子10的多态性及其与奶牛产奶性状的相关性。选用30头草原红牛与145头中国荷斯坦牛为材料,采用PCR-RFLP的方法对该基因外显子多态性进行分析,并对突变位点用SPSS软件分析其与产奶性状的相关性。结果表明:GHR基因外显子10的扩增产物被限制性酶BsaH I酶切消化后表现出多态性,经电泳检测显现AA、AB、BB 3种不同的基因型。使用SPSS软件对所得基因型与产奶性状进行相关性分析发现,在中国荷斯坦牛群体中,AA型个体乳脂率显著高于BB型(P<0.05),AA型个体的体细胞数显著低于AB型个体(P<0.05),AA型为优势基因型,等位基因A可显著提高个体的乳脂率,降低个体体细胞数,为中国荷斯坦牛的早期选种选育、改善乳品质提供依据。     

草原红牛MSTN基因第一外显子SNPs多态性分析

根据牛的肌肉生长抑制素基因（myostatin,简写为MSTN）外显子1的序列设计引物,用PCR—SSCP方法对草原红牛和利木赞与草原红牛的杂交牛进行了单核苷酸多态性分析,并检测到了多态性,表现为从、BB和AB3种基因型。对两种纯合子进行测序,结果发现282位碱基发生突变,由C突变为A,导致编码的氨基酸由苯丙氨酸变为亮氨酸。经独立性检验发现基因频率和基因型频率的分布与含利木赞血液的多少有关;并通过不同性状在该位点不同基因型间的显著性检验表明,等位基因B可以显著的提高草原红牛的日增重、屠宰率、净肉率和肉骨比。     

草原红牛改良群体H FABP基因SNP及其与肉质性状的相关分析

试验采用PCR-SSCP的方法对含1/2利木赞血缘的改良草原红牛的H-FABP基因5’-调控区进行SNP分析,并分析其多态性与改良草原红牛肉质性状的相关性。结果表明：改良草原红牛H-FABP基因5’-调控区存在多态位点,在136位点发生1个T碱基的插入突变,在142位点,发生了G→A转换。相关分析结果显示剪切力在AA和AB、BB基因型间差异极显著（P<0.01）,AB与BB基因型间差异不显著（P>0.05）,A基因对剪切力有负效应,其余肉质性状在不同基因型间差异均不显著（P>0.05）。表明H FABP基因对改良草原红牛肉质嫩度有显著影响。     

草原红牛生长激素基因遗传多态性研究

为寻找可用于标记辅助选择的分子标记,研究以草原红牛为试验群体,采用单链构象多态性（PCR—SSCP）方法检测了GH基因遗传多态性,并对GH基因多态片段进行了克隆、测序,确定了多态位点的变异位置和碱基类型。检测结果表明：在GH基因5’末端、第3内含子、第4内含子、外显子5和3’末端存在多态性位点,其中在5’上游431处有一个A→G碱基的突变,在1435处发生了T→C的突变,第4内含子1918处发生了C→A的突变;外显子5的2291处发生了碱基A→C突变;3’末端2639处发生了碱基C→G突变,并导致一个HaeⅢ酶切位点的增加;同时与GenBank中序列（accession numberM57764）相比较,草原红牛在1692处有C→T的突变,在2735处有碱基T→C突变,这些突变位点为草原红牛所特有。     

沃金黑牛与草原红牛重要经济性状相关基因的表达比较

重要经济性状基因的研究是家畜育种的重要研究领域。为比较沃金黑牛与草原红牛的生长性状与肉质性状相关基因的表达差异,试验随机选择18月龄的雄性沃金黑牛、草原红牛各3头,屠宰后采集牛肝脏组织、皮下脂肪、背最长肌组织提取RNA,采用实时荧光定量PCR方法检测两个品种牛各组织间IGF1、H-FABP、GH、GHR、Myf5、MSTN、LPL、ACSL1、PPARγ基因的相对表达量。结果表明：IGF1、H-FABP基因在沃金黑牛的肝脏、肌肉组织中表达量最高,而两个品种牛脂肪组织中IGF1基因表达量无显著差异(P>0.05);GH、GHR、MyoG基因在草原红牛的肝脏中表达量最高,而在沃金黑牛肌肉中表达量最高;Myf5、MSTN、ACSL1基因在两个品种牛的肝脏组织中未检出,而Myf5、MSTN在沃金黑牛的肌肉中的表达量显著高于草原红牛(P<0.05),ACSL1基因在沃金黑牛脂肪组织中表达量最高;PPARγ和LPL基因在草原红牛肝脏中表达量最高,而在沃金黑牛脂肪组织中表达量最高。     

草原红牛OLR1基因多态性及其不同基因型对肉用性状影响的研究

为了研究氧化型低密度脂蛋白受体1(oxidized low density lipoprotein receptor,OLR1)基因的多态性及其不同基因型对肉用性状的影响,试验以58头草原红牛为研究对象,采用PCR扩增和San-ger测序方法检测草原红牛OLR1基因第4外显子的遗传多态性,利用"牛等家养动物群体遗传分析...     

草原红牛血液蛋白多态性及与生产性能相关性

为探索草原红牛血液蛋白多态性与生产性能的相关关系,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测了13头草原红牛和18头利×草杂交牛的血红蛋白(Hb)、白蛋白(Alb)和后白蛋白(Pa)3个血液蛋白多态性位点.结果发现Hb、Alb、Pa分别受2个等位基因控制,其中Hb在草原红牛中发现1头牛有4条带的变异;血液蛋白多态性位点与生产性能的方差分析表明,3个蛋白位点对草原红牛及其利木赞改良牛群体的某些性状存在正相关或负相关.     

草原红牛肉用性状微卫星标记研究

本研究选用草原红牛、草原红牛与利木赞牛杂交后代共计42头作为试验牛群体，以体尺、体重作为衡量其生长发育指标，进行肉牛肌肉度线性评分，并屠宰测定其肉用性能，利用SPSS软件分析了3个微卫星位点基因标记与生长性状、屠宰肉用、肌肉度线性评分性状的关系。结果表明，IDVGA46等位基因D（211bp）对3个肌肉度评分性状肩部、腰厚、大腿肌有负相关；等位基因B（205bp）在腰厚方面有正相关。等位基因F（249bp）对牛的胸深、坐骨端高等生长性状有正相关。BM1824等位基因C（211bp）对腿围性状、净肉率和净肉重性状均有正相关。IDVGA2等位基因C（209bp）对牛的肉用性能有负相关。     

西门塔尔牛CS基因多态性与肉质性状的相关性分析

以柠檬酸合成酶基因（citrate synthetase,CS）为候选基因,分析了该基因外显子3的遗传多态性与西门塔尔牛肉质性状的相关关系。选用95头西门塔尔牛为试验材料,采用PCR-RFLP的方法对该基因的外显子多态性进行检测,并利用SPSS软件对该外显子多态性与肉质性状的相关性进行分析。结果表明：CS基因第三外显子第206bp处存在G/A突变,该基因多态性与脂肪颜色呈显著相关,AA型显著高于BB型。对其他性状的影响差异不显著。通过研究CS基因外显子的多态性,为西门塔尔牛利用该基因的多态性进行分子育种提供了试验依据。     

草原红牛群体中微卫星DNA多态性的研究

选用草原红牛42头作为试验牛群体,经过牛血液基因组DNA的提取、8对微卫星引物的PCR扩增、扩增产物的聚丙烯酰胺电泳分型、UVIBAND计算机凝胶成像分析系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型、PPAP3.0软件计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等步骤,从分子水平上分析了草原红牛在8个位点的遗传多态性。结果表明,ETH225、IDVGA2、IDVGA46和IDVGA44等位基因数分别为5、4、3和4,多态信息含量分别为0.542 0,0.673 6,0.521 8和0.575 0,这4个位点为高度多态位点。而另4个位点BM2113、BM1824、IDVGA55和TGLA44等位基因数分别2、2、2和5,多态信息含量分别为0.369 8,0.360 4,0.353 8和0.470 8,属于中度多态性位点。8个位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究之中是可行的。     

草原红牛微卫星DNA多态性的研究

为了更好地培育和改良肉用草原红牛，利用草原红牛、夏洛莱牛、西门塔尔牛、利木赞牛、蒙古牛基因组DNA，用8对微卫星引物进行PCR扩增，并将扩增产物置于1．5％琼脂糖电泳进行观察，如有所需的带则转入8％聚丙烯酰胺变性凝胶(PAGE)中电泳分离，绘制指纹图谱。结果表明微卫星标记方法是一种理想的研究方法。     

PLIN基因多态性与秦川牛胴体、肉质性状的相关性研究

旨在研究PLIN基因第3、4外显子多态性与秦川牛部分产肉性状的关系。以相同饲养条件下18~24月龄的405头秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP方法和测序技术,对PLIN基因第3、4外显子进行SNPs位点检测,并将发现的SNPs位点与部分产肉性状进行关联性分析。结果,在第3外显子的156 bp处发生T→C突变,第4外显子的14 bp处发生C→T突变。方差分析表明:AB基因型个体的宰前活体质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积显著高于AA和BB基因型个体(P0.05),而且相对于AA基因型个体达到差异极显著水平(P0.01);DE基因型个体的胴体长、胴体胸深和背膘厚显著高于DD和EE基因型个体(P0.05),DD基因型个体的肌肉嫩度极显著高于EE和DE基因型个体(P0.01)。研究显示,PLIN基因单核苷酸多态性对秦川牛脂肪沉积有一定的影响,可作为影响胴体和肉质的候选基因,指导肉牛的育种工作。     

延黄牛GSTP1基因第6外显子多态性及生产性状的相关性研究

为探究延黄牛GSTP1基因第6外显子多态性与生产性状的关系,本实验选取了89头16月龄延黄牛,采用PCR测序技术对延黄牛GSTP1基因的第6外显子进行遗传多态性检测,利用SPSS 20.0软件分析多态位点产生的不同基因型对生产性状的影响.结果显示:延黄牛GSTP1基因第6外显子Chr29:45444249 bp处存在G...