新广黄鸡MCEE基因多态性分析

为探讨MCEE基因多态性及其作为新广黄鸡生长性状遗传标记的可能性,对新广黄鸡进行MCEE基因多态性检测分析。采用Sanger测序法对MCEE基因的CDS和3′UTR区进行单核苷酸多态性(Singer nucleotide polymorphism,SNP)检测,并分析其对新广黄鸡生长性状的影响。结果表明:新广黄鸡MCEE基因的CDS区检测到3个SNP位点,分别为gC4715T、gT4734C和g C4925T。其中:g T4734C为错义突变,导致pSer 34Pro改变;3′UTR区检测到4个SNP突变位点,分别为g G8959A、g A8979G、g G9001C和g C9082T。MCEE基因CDS区3个SNP位点均表现为野生型基因型频率所占比重较高,属于低度多态,遗传变异较小;3′UTR区的4个SNP位点中,g A8979G位点表现为杂合型基因型频率所占比重较高,其余3个位点均表现为野生型基因型频率所占比重较高。MCEE基因3′UTR区的g G8959A、g A8979G和g C9082T三个SNP位点均属于中度多态,遗传差异较大。MCEE基因3′UTR区的g A8979G突变位点显著影响28日龄新广黄鸡体重(P0.05)。MCEE基因其它突变位点与体重无显著性相关。本研究初步揭示了鸡MCEE基因多态性及其与新广黄鸡体重之间的相关性,其对鸡生长性状的遗传效应有待进一步扩大样本量和品种进行验证并深入研究其对MCEE基因表达的影响。     

MicroRNA与骨骼肌发育研究进展

MicroRNA(miRNA)是内源性小单链非编码RNA(约22 nt),主要通过与靶基因mRNA 3’UTR结合使mRNA降解或阻断mRNA翻译,从而调节基因表达。miRNA通过靶向骨骼肌发育各个时期的关键因子从而参与骨骼肌的发育并发挥重要调控作用。本文对miRNA的形成机制及骨骼肌发育过程中miRNA检测手段、靶基因的鉴定、肌肉发育的调控作用等进行简单综述,为深入解析miRNA与骨骼肌的发育提供参考。     

miR-141-3P和miR-346在对靶基因FSHR的识别与验证

为探索miRNA-141-3P和miRNA-346在大鼠腺垂体中的靶基因,并对其进行识别与验证。本研究利用PCR方法,根据Fshr(Rattus)3′UTR野生型载体序列信息设计突变引物将靶序列CAGTGTT(78-85)突变为GTCACAA和GGCAGAC(127-133)突变为CCGTCTG,以野生型载体为模板PCR扩增Fshr基因的3′UTR突变序列,将其克隆到pmiR-RB-REPORTTM双荧光素酶报告载体中。由于miRNA是通过3′UTR区作用于靶基因,因此将miRNA与构建好的报告基因载体共转,通过报告基因相对荧光值的下调来印证miRNA与靶基因的相互作用。双荧光素酶报告基因表达分析显示,rno-miR-141-3p mimic对Fshr野生型载体的报告荧光没有明显下调作用;rnomiR-346mimic对Fshr野生型载体的报告荧光有明显下调作用,相应结合位点突变后,突变型载体中的报告荧光与野生型相比有所恢复;rno-miR-141-3p mimic和rno-miR-346mimic同时处理,对野生型载体的报告荧光有一定的下调作用。在体外,rno-miR-141-3p可能不能通过Fshr上相应的3UTR位点调控报告基因的表达;rno-miR-346有可能通过Fshr上相应的3′UTR位点调控报告基因的表达。本试验为FSHR的转录后调控研究提供了理论依据。     

中国红牛苹果酸酶(ME1)基因3′UTR的克隆及多态性分析

试验鉴定了牛苹果酸酶(ME1)基因3′UTR的选择性转录及单核苷酸多态性(SNPs),并对其与中国红牛肉质性状和胴体性状的相关性进行了分析。试验克隆了ME1基因3′UTR的2个转录体(片段大小不同)。ME1-DraI酶切分析结果发现3′UTR存在1个SNP,且该位点与中国红牛蒸煮损失、pH24h、眼肌面积显著相关(P<0.05)。因此,该位点可作为中国红牛肉质性状和胴体性状的分子标记辅助常规育种位点。     

鸡miRNA let-7b靶向调控GHR基因的双荧光素酶验证

miRNA是一类大小约为22 nt的内源性非编码小RNA,通过与其靶基因mRNA相结合而影响其功能,进而调控动物的生长发育过程。miRNA靶基因预测软件发现,生长激素受体(GHR)基因是miRNA let-7b的候选靶基因之一。GHR基因作为生长激素基因的受体基因,在鸡的生长发育过程中具有极其重要的作用。试验采用双荧光素酶报告系统对其靶向关系进行验证。结果表明:GHR mRNA 3′UTR存在与let-7b相结合的靶标位点(UACCUCA);Let-7b过表达载体与GHR验证载体共转染组的荧光素酶相对活性只有0.159,明显下降,表明miRNA let-7b靶向负调控GHR 3′UTR,存在确切的靶标关系。研究结果可为进一步揭示let-7b介导GHR基因在鸡生长发育过程中的调控作用提供参考。     

肉牛DKK3基因3'UTR双荧光素酶报告质粒构建及与miR-25的靶向验证

实验旨在鉴定miR-25与肉牛DKK3基因之间的靶向关系，为开展miR-25调控肉牛肌内脂肪生成的分子机制研究奠定基础。利用生物信息学分析软件TargetScan预测miR-25的潜在靶基因及结合位点，然后PCR扩增包含miR-25结合位点的肉牛DKK3基因3’非编码区（3’UTR）片段，构建DKK33’UTR野生型、突变型及删除型双荧光素酶报告基因质粒，并分别与miR-25 mimics和mimics NC共转染牛肾细胞（MDBK），检测双荧光素酶活性；此外，miR-25 mimics、mimics NC、miR-25 inhibitor、inhibitor NC分别转染MDBK细胞，荧光定量PCR和Western blot检测DKK3表达量。结果表明：TargetScan软件预测到miR-25具有包括DKK3在内的共944个潜在靶基因，且与DKK3结合的靶位点位于DKK3基因3’UTR的25～32 bp处；构建的3种质粒经双酶切后释放出大小约321 bp的条带，测序结果与预期一致，表明质粒构建成功；miR-25mimics可显著降低DKK3野生型质粒的双荧光素酶活性；过表达miR-...     

MicroRNA对皮肤毛囊发育调控的研究进展

miRNA是一类由19～25个核苷酸组成的内源性非编码单链小分子RNA,通过与靶基因mRNA3’端非编码区配对结合,降解靶mRNA或阻碍其翻译,进而调节靶基因的表达。文章综述了miRNA的生源说及功能、miRNA在皮肤毛囊中的表达检测以及miRNA对皮肤毛囊发育的调控。     

猪VEGFA 3′UTR生物信息学分析及其与miR-361-5p的靶向验证

为了扩增并分析猪卵泡颗粒细胞中血管内皮生长因子A(VEGFA)基因3编码区(3′UTR)序列、构建VEGFA 3′UTR荧光素酶报告质粒以及利用双荧光素酶报告基因验证miR-361-5p与VEGFA 3′UTR的靶向关系,试验通过RT-PCR扩增VEGFA 3′UTR,并用生物信息学方法分析预测其保守性及潜在的互作miRNA,最后将扩增的VEGFA 3′UTR序列克隆至荧光素酶报告载体中,与miR-361-5p mimics(试验组)或NC mimics(对照组)共同转染293细胞,通过双荧光素酶报告系统检测两组细胞的荧光素酶活性,从而鉴定miR-361-5p与VEGFA 3′UTR的靶向关系。结果表明:在猪卵泡颗粒细胞中成功扩增了VEGFA基因3′UTR序列,其在哺乳动物中保守性较高,有多个潜在miRNA结合位点;成功构建了VEGFA基因3′UTR荧光素酶报告质粒,证明了miR-361-5p可以直接作用于VEGFA基因3′UTR,抑制其荧光素酶活性。     

羊RBP4基因DNA池测序分析

选择黔北麻羊、内蒙古白绒山羊、关中奶山羊3个山羊品种构建品种DNA池。对RBP4基因部分CDS区和3’UTR进行PCR产物扩增，并采用直接测序法进行测序。结果表明：所选山羊品种RBP4基因分CDS区和3’UTR区，无突变位点存在。序列分析表明，山羊与其他物种RBP4基因的同源性很高，其中以牛最高，达到98．8％。系统进化分析表明，羊和牛在同一进化支上。生物信息分析表明：RBP4基因所表达蛋白氨基酸序列中有5个磷酸化位点。因此，山羊RBP4基因在进化过程中是高度保守的。研究结果可为进一步分析山羊RBP4基因功能遗传变异提供借鉴。     

大白猪ENO3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】挖掘大白猪β-烯醇化酶(β-enolase, ENO3)基因单核苷酸多态性(SNP)位点,分析SNP间的连锁不平衡程度及其与生长性状的相关性。【方法】选取大白母猪316头,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定ENO3基因SNP位点。采用GenoPlexs分型技术对每个个体的目标SNP位点进行基因分型,并与大白猪体重达100 kg时的日增重、日龄、背膘厚、眼肌面积和眼肌厚进行连锁不平衡和关联分析,探究ENO3基因SNP与大白猪生长性状的相关性。【结果】共鉴定出9个SNPs位点,均为已知SNPs,其中rs196953768与rs324943047、rs345530479、rs329283992完全连锁(D’=1,r²=1),与rs342598032呈强连锁(D’=1,r²=0.99);rs327882211与rs341541240、rs325279236呈强连锁(D’=1,r²>0.7)。ENO3基因rs196953768及完全连锁位点与大白猪体重达100 kg时的日龄和日增重均呈显著相关(P<0....     

京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的全基因组关联分析

旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。     

西藏绒山羊WNT4和HOXC13基因对绒毛纤维直径性状的遗传效应分析

试验旨在探索WNT4和HOXC13基因多态性及其对西藏绒山羊绒毛纤维直径性状的影响，寻找与西藏绒山羊绒毛纤维直径性状相关的分子标记。以380只1岁西藏绒山羊群体为研究对象，利用混池DNA直接测序法检测WNT4和HOXC13基因的SNP，利用飞行时间质谱技术对SNP分型，利用SAS 9.1软件中最小二乘方差模型对SNP位点与绒毛平均纤维直径、纤维直径标准差、纤维直径变异系数进行关联分析。结果表明，WNT4基因第3外显子区域检测到2个SNPs位点（SNP1和SNP2），HOXC13基因第2外显子区域检测到2个SNPs位点（SNP3和SNP4），均处于中度多态（0.25 < PIC < 0.50）。χ²检验表明，群体中WNT4基因的SNP1和SNP2位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P < 0.05）。关联分析结果表明，4个SNPs位点均与平均纤维直径呈极显著相关（P < 0.01），SNP2和SNP3与纤维直径标准差呈极显著相关（P < 0.01），SNP2与纤维直径变异系数呈极显著相关（P < 0.01）。综上，WNT4和HOXC13基因对西藏绒山羊绒毛纤维直径有显著影响，可以尝试将其SNPs位点作为影响西藏绒山羊绒毛纤维直径的分子标记之一，为超细型西藏绒山羊选育工作提供理论依据。     

猪EPOR和MYPN基因SNPs检测及其与肉质、胴体性状关联分析

对EPOR、MYPN 2个候选基因进行SNPs检测,并与肉质性状的关联分析,以期为分子育种提供依据.采用PCR-SSCP及PCR-RFLP方法对目的基因片段进行SNPs检测,结果显示,在研究群体内,EPOR基因不存在SNP,而MyPN基因存在2个SNP.用SAS软件对MyPN基因的2个SNP位点与部分肉质、胴体性状进行关联分析,结果表明,在本试验群体中,SNP1对背膘厚、导电性、眼肌面积和肌内脂肪的影响都达到了显著水平(P<0.05);SNP2对其中的背膘厚和肌内脂肪含量影响达到了显著水平(P<0.05);另外性别、品种对部分性状也有较大影响(P<0.05).结合本研究结果和其它相关研究结果,可以推断MYPN基因可能是影响肉质、胴体性状的主效基因或与控制这些性状的主效基因连锁,可以作为肉质、胴体性状的候选基因.     

GnRH基因SNPs与鹅体组成和蛋品质性状的关联分析

本实验旨在研究GnRH基因SNP位点对鹅体组成和蛋品质性状的影响,选择208只四川白鹅(母鹅),采用直接测序法检测SNP和个体基因型,并利用滑动窗口构建单倍型;分别将SNP和单倍型与体组成和蛋品质性状进行关联分析。结果表明:共获得46个SNP位点并构建44个滑动窗口;GnRH基因的SNP位点与鹅初生重、体斜长、胫长、龙骨长、胫围、蛋壳强度、蛋壳重和蛋壳厚度等性状显著或极显著相关(P0.05或P0.01),而与半潜水长、骨盆宽、胫围、蛋形指数、蛋比重、蛋黄颜色和蛋黄重等蛋品质性状无显著相关。可见,GnRH基因的SNP位点可作为鹅初生重、体斜长、胫长、龙骨长、胫围、蛋壳强度、蛋壳重和蛋壳厚度等性状的分子标记之一。     

绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析

本研究旨在分析绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因,将已鉴定的microRNA与预测microRNA组成全基因组的microRNA,并通过与GGRS得到的两种鸡群体SNP位点进行映射,挖掘含SNP的microRNA。利用生物信息学的方法,对含SNP的microRNA进行靶基因预测,并对直接含有SNP的mature-microRNA进行聚焦。将这些靶基因进行富集,一共得到22个GO分类和10条KEGG信号通路与3个主要IPA调控网络,发现其在与生长相关的mTOR信号通路、Wnt信号通路、生长激素受体网络、胰岛素样生长因子Ⅰ受体网络得到了富集,与产蛋性状相关的卵母细胞减数分裂信号通路、黄体酮卵母细胞成熟信号通路得到了富集。此研究方法和结果可以给后期研究提供参考。     

TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析

本研究旨在探索转化生长因子β3（transforming growth factor beta 3，TGFβ3）基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性，并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术，以F0代个体的DNA为模板，筛选TGFβ3基因外显子区的SNP，并将筛选到的SNP在F2代群体中进行验证，进而分析SNP与猪脊椎数性状的关联性。结果发现，TGFβ3基因在F0代个体中仅筛选到1个SNP位点，即SSC7：105179474 G > A，表现为两种基因型GG和GA。TGFβ3基因不同基因型与F2代个体脊椎数性状的关联分析表明，SSC7：105179474 G > A与猪肋骨数、胸腰椎数之和呈极显著相关（P < 0.01），与猪腰椎数无显著相关（P > 0.05）。χ²适合性检验发现，该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。综上所述，TGFβ3基因可能是影响猪脊椎数性状的主效基因或与主效基因连锁，SSC7：105179474 G > A位点有望作为提高猪脊椎数性状的分子遗传标记。     

他留乌骨鸡SLC24A5基因Nhe I mismatch PCR-RFLP标记与羽色及肤色相关性研究

采用PCR测序与PCR-RFLP技术,研究了SLC24A5基因变异与他留乌骨鸡羽色及肤色的关系。通过对他留乌骨鸡麻羽、白羽和黑羽3个品系以及乌骨与非乌骨2个类型的SLC24A5基因个体测序,共检测到19个SNP位点,其中3个位点引起氨基酸变异。采用每个品系或类型PCR扩增池测序技术,确定了每个SNP位点在不同品系或类型的基因频率,在分析基因频率差异及SNP变异特性的基础上,针对G482C位点,建立了Nhe I mismatch PCR-RFLP分子标记。利用该遗传标记对所有受试个体进行基因分型,并分析其与羽色肤色性状的相关性。结果表明,SLC24A5基因Nhe I mismatch PCR-RFLP分子标记与肤色性状显著相关。     

中国荷斯坦牛3个SNP位点与乳房炎、产奶性状的关联分析

试验旨在开展奶牛群体高乳房炎抗性功能基因的筛选与验证,通过分析SNP位点多态性及其与体细胞数和产奶性状的相关性,探讨其对乳房炎的抗病情况。本研究对北京地区568头中国荷斯坦牛DCK、HIST1H2BK基因的多态性进行了检测,并对3个多态位点不同基因型与体细胞数、产奶性状进行了关联分析。结果表明,DCK基因的SNP位点6:g.86337334 A>G与体细胞数极显著相关（P<0.01）,SNP位点6:g.86322040 C>T [rs43472176]与体细胞数也呈现极显著相关（P<0.01）;HIST1H2BK基因的SNP位点23:g.31354269 T>G[rs41654340],与体细胞数呈显著关联（P<0.05）,与乳脂率和乳蛋白率呈极显著关联（P<0.01）。本研究结果表明DCK、HIST1H2BK基因位点与体细胞数性状显著相关,其可能通过直接或间接的途径影响奶牛的乳脂率或乳蛋白率性状。本研究为荷斯坦牛后续的标记辅助选择奠定了良好的基础。     

猪EPOR和MYPN基因SNPs检测及其与肉质、胴体性状关联分析

对EPOR、MYPN 2个候选基因进行SNPs检测,并与肉质性状的关联分析,以期为分子育种提供依据。采用PCR-SSCP及PCR-RFLP方法对目的基因片段进行SNPs检测,结果显示,在研究群体内,EPOR基因不存在SNP,而MYPN基因存在2个SNP。用SAS软件对MYPN基因的2个SNP位点与部分肉质、胴体性状进行关联分析,结果表明,在本试验群体中,SNP1对背膘厚、导电性、眼肌面积和肌内脂肪的影响都达到了显著水平(P＜0.05);SNP2对其中的背膘厚和肌内脂肪含量影响达到了显著水平(P＜0.05);另外性别、品种对部分性状也有较大影响（P＜0.05）。结合本研究结果和其它相关研究结果,可以推断MYPN基因可能是影响肉质、胴体性状的主效基因或与控制这些性状的主效基因连锁,可以作为肉质、胴体性状的候选基因。     

猪SRRM3基因多态性与母猪产仔数性状的关联分析

本实验旨在探究猪SRRM3基因单核苷酸多态性（SNP）位点rs326267396与母猪产仔数性状的关系。基于前期GWAS数据筛选出与母猪产仔数性状相关的候选基因SRRM3,本研究选取465头大白猪作为实验对象,通过Sanger测序检测SRRM3基因内SNP位点,并与母猪产仔数性状进行关联分析。SRRM3基因rs326267396位点存在G>T突变,且检测出GG、GT、TT 3种基因型。结果显示GT基因型个体较多,GG基因型和GT基因型个体的总产仔数、产活仔数和健仔数都显著高于TT基因型个体,且总产仔数和产活仔数的加性效应达到显著水平,而健仔数的加性效应与母猪产仔数的显性效应均未达到显著水平。此外,定量结果显示猪SRRM3基因在卵巢、子宫和心脏组织中高表达,其中在子宫组织中表达量最高;采用生物信息学方法预测出与SRRM3基因rs326267396位点不同亚型结合的转录因子发生变化;以及SRRM3基因可能通过与CDC5L蛋白（调节卵母细胞的减数分裂和成熟）结合参与调控母猪的繁殖性能。综上,SRRM3基因rs326267396位点与产仔数性状显著相关,推测SRRM3基因可作为大白猪繁殖...