利用高通量测序技术明确土霉素对子宫内膜炎病荷斯坦牛子宫细菌菌群结构的影响

本研究通过高通量深度测序技术明确了子宫内膜炎发病牛子宫经土霉素治疗前后的菌群结构变化,结果表明,土霉素治疗前后菌群结构比例变化较大的门是Bacteroidetes、Fusobacteria、Proteobacteria、Firmicutes、Actinobacteria、Tenericutes。变化较大的属是Bacteroides、Histophilus、Fusobacterium、Ochrobactrum、Porphyromonas、Helcococcus和Clostridium_sensu_stricto_1。其中,土霉素对Bacteroidetes门、Fusobacteria门、Bacteroides属、Fusobacterium属、Ochrobactrum属具有广泛的抑制作用,但对Firmicutes门、Proteobacteria门和Histophilus属、Porphyromonas属部分菌种抑制效果不佳。研究结果为更加合理利用土霉素进行牛子宫内膜炎的防治提供理论依据。     

发酵床垫料饲养荷斯坦牛试验报告

选择饲养密度、品种一致的荷斯坦牛,分为试验组和对照组,对照组砖面平养,试验组采用发酵床垫料,饲养试验中对产量、环境卫生等指标进行测定。结果显示,试验组的产奶量、料奶比等指标明显好于对照组;试验组牛舍NH3浓度低于对照组,粪便降解充分,奶牛均匀躺卧在垫料上。说明建立的试验方法可行,为生物环保养殖技术应用于奶牛生产提供参考依据。     

短时高温好氧固态发酵对猪粪细菌群落结构的影响

为了研究畜禽粪便固态发酵前后微生物的变化,采用高通量测序技术,通过可操作分类单元分析、α多样性分析和物种组成分析,比较了猪粪短时高温好氧固态发酵前后的细菌群落组成,结果表明,发酵前后可操作分类单元总数分别为151个和126个,发酵后细菌群落多样性指数降低;发酵前相对丰度最高的分别是变形菌门59.48%、拟杆菌门23.97%和厚壁菌门13.79%,发酵后变形菌门和拟杆菌门分别减少至0.66%和1.00%,而厚壁菌门增加至99.01%,是发酵猪粪的优势菌群。本研究表明发酵后猪粪细菌群落多样性下降,抗生素抗性基因潜在携带者相对丰度降低,耐高温的有机质降解菌成为优势菌属,该研究对猪粪的资源化处理具有理论指导意义。     

基于高通量测序的准噶尔盆地荒漠土壤细菌多样性及群落结构特征

荒漠草地占新疆草地总面积的46.9%,不同荒漠类型的气候差异显著,植被和土壤类型也各不相同。以准噶尔盆地大面积分布的3种代表性荒漠植被类型(南缘伊犁绢蒿荒漠、腹地白梭梭荒漠和北缘盐生假木贼荒漠)为研究对象,应用高通量测序技术,分析比较3种荒漠植被类型的土壤细菌群落组成和多样性特征。结果表明:放线菌门、变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门和拟杆菌门是准噶尔盆地荒漠土壤中6个主要优势类群细菌,其相对丰度累计超过94%。放线菌门在3种荒漠类型中相对丰度最高,均超过50%,但差异不显著(P>0.05);酸杆菌门在伊犁绢蒿荒漠中相对丰度最高,厚壁菌门在白梭梭荒漠丰度最高,拟杆菌门在盐生假木贼荒漠丰度最高,且这3种菌门在3种荒漠类型中差异显著(P<0.05);在3种荒漠类型中,白梭梭荒漠细菌操作分类单元(OTU)数最少,多样性最低。Pearson相关性分析和RDA分析结果均表明,年均降水量和土壤有机碳是影响细菌群落结构组成和多样性最显著的环境因子。     

基于高通量测序分析驴皮肤病病灶中细菌菌群组成

驴皮具有极高的药用价值,但驴皮肤病临床发病率较高,不仅影响驴生长速度,也明显降低驴皮质量。驴皮肤病主要发生在头部和背部,临床表现为脱毛、皮屑、出血等。从天津某养殖基地采集不同症状的驴皮肤病样本37个,从中挑选6份典型皮肤病样品,采用高通量测序分析其细菌菌群组成,为研究其发病机制和防治提供基础资料。结果显示,在送检的6个样品中,发现存在4门、7纲、12目、19科、37属的细菌菌群。在属水平上,有Achromobacter、Stenotro phomonas、Pseudomonas为优势菌属,分别占总菌群的20.30%、15.00%和12.30%。通过PCoA和Venn图分析可知,皮肤出血、未出血病灶菌群组成明显不同;皮肤出血样品的菌群组成相似,Agrobacterium、Paenibacillus、Clostridium丰度较高;皮肤硬化菌群组成相似,Pantoea为主要菌群;多皮屑样品菌群组成有差异,Trichococcus是共有菌群。结果表明,引起驴皮肤病的细菌菌群组成具有明显差异,可为后期发病机制和防治提供科学依据。     

繁殖障碍母驴子宫细菌多样性研究——基于16S高通量测序

为了研究繁殖障碍母驴子宫细菌多样性,试验将11头3～5岁成年母驴按健康状况分为健康组(HG组)、子宫炎组(MG组)和屡配不孕组(SG组),分别采集每组的子宫分泌物,提取样本总DNA后对细菌16S rRNA的V3～V4可变区进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq PE300平台进行高通量测序。对测序数据进行统计和OTU聚类并绘制稀释曲线,计算Alpha多样性指数(Chao、Ace、Shannon、Simpson、Coverage指数),并基于OTU聚类结果进行物种注释和统计、Beta多样性和菌群相对丰度差异分析。结果表明：共得到有效序列436 487条,其中HG组152 882条,MG组161 781条,SG组121 824条;有效序列长度主要分布在421～460 bp之间,平均序列长度为437 bp,其中HG组约为437 bp, MG组约为438 bp, SG组约为436 bp;根据序列97%相似水平划分得到的OTU数目为511个。SG组和MG组的Ace、Chao指数均高于HG组;Shannon指数以SG组为最高,MG组为最低;Simpson指数以MG组为最高,SG组为最低;...     

牛床垫料对奶牛犊牛生长性能和健康的影响

本研究对花岗岩板、沙子、稻壳、长麦秸、木头刨花作为60头小母犊的牛床垫料效果进行对比。2002年8～10月共42天，对新生犊牛的生长、健康、应激、行为以及牛床物理特性、细菌含量进行了测定。2周后，尽管铺稻壳的犊牛有较高干物质摄入量，铺刨花的犊牛干物质摄入量最少，但总体说来，犊牛的平均日增重、干物质摄入量并没有因为垫料的不同而存在差异。2周内，使用花岗岩板和沙子作为垫料的牛腹泻较多，麦秸作为垫料的牛腹泻较少。花岗岩板比起其他材料更容易形成较硬表面，并且住在花岗岩板上的牛最脏。     

不同饲粮条件下湖北黑头羊瘤胃细菌多样性及群落结构分析

旨在研究不同饲粮条件下湖北黑头羊瘤胃细菌多样性及群落结构。选取15只健康的湖北黑头山羊公羊,随机分为5组,每组3只,分别饲喂花生藤(A组)、苜蓿(B组)、苜蓿+花生藤(C组)为粗饲料来源的颗粒型全混合日粮以及进口苜蓿草颗粒(D组)和新疆苜蓿草颗粒(E组),试验期共45 d,其中预试期15 d。在试验结束后第1天,经口腔抽取瘤胃液抽提基因组DNA,采用Illumina Miseq PE300平台对瘤胃细菌进行分析。结果表明:1)在97%相似性水平下,5组样品共产生851个操作分类单元(OTU),共享295个OTU,占瘤胃液细菌总OTU数目的34.67%,D组在各组中α多样性指数指标(Ace指数、Chao1指数和Shannnon指数)最高,而3组颗粒型全混合日粮中A、C组高于B组(P<0.05,P<0.01);2)瘤胃中拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、无壁菌门(Tenericutes)为各组优势菌门,D组中的拟杆菌门显著高于B组(P<0.05),而厚壁菌门显著低于D组(P<0.05),而A、B、C组间拟杆菌门、厚壁菌门含量差异不显著(P>0.05);3)普雷沃氏菌属1(Prevotella_1)、1种未鉴定的属(Unidentified genus)、理研菌属RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group)为优势菌属,其中D组普雷沃氏菌属含量较高,A组与C组,D组与E组的遗传距离更接近。综合得出,苜蓿草颗粒品质和颗粒型全混合日粮中精料含量能影响湖北黑头羊瘤胃细菌的多样性;全苜蓿饲粮条件下湖北黑头羊瘤胃存在独特的细菌群落结构,细菌多样性最高。     

基于高通量测序的圈养豪猪脓肿脓汁细菌群落结构

利用16S rRNA高通量测序技术对3个圈养豪猪脓肿脓汁样品进行细菌群落结构研究。结果表明:分别获得序列为56 860,71 662,47 059条,分别归类为9 695,13 222,2 057个操作分类单元(OTUs),分别注释到6,7,5个门。3个样品中细菌群落结构以厚壁菌门(Firmicutes,90.85%)为优势菌门,乳杆菌目(Lactobacillales,90.34%)为优势菌目,链球菌属(Streptococcus,86.25%)为优势菌属。     

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3～V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteriota）为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属（Acinetobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、寡养单胞菌...     

Effect of Fructooligosaccharide on the Structure and Diversity of Rumen Bacterial Community in Dairy Cow by 16S rDNA Sequencing Technology

This experiment was aimed to study the effect of fructooligosaccharides on the structure and diversity of rumen bacterial community in dairy cows by 16S rDNA sequencing technology.Four lactating dairy cows with similar lactation stages and the same parity were randomly divided into two groups using two-phase cross design method.The cows in control group were fed with basal diet and that in test group were fed with the basal diet with 60 g/(d·head) fructooligosaccharides.The experiment was designed through 2×2 cross-over test with 21 d in each stage (14 d for pre-experiment and 7 d for test) and 14 d transitional period of cross test.The rumen fluid samples were collected at 0 (before feeding),2,4,6,9 and 12 h after feeding by cattle catheter.Each phase was collected continuously for 3 days,and the structure and diversity of rumen bacterial community were measured by 16S rDNA sequencing technology.The results of Alpha diversity indexes (Simpson,Shannon),richness indexes (Chao,Ace) and Beta diversity profile showed that the addition of fruitooligosaccharide decreased the bacterial diversity in the rumen of dairy cows.And the results of 16S rDNA sequencing showed that according to the analysis at phylum level,Bacteroidetes,Firmicutes and Proteobacteria accounted for more than 95% of the total bacterial population in cow rumen of two groups.The addition of fructooligosaccharides significantly decreased the abundance of Bacteria_NA (P < 0.05),and the abundance of Synergistetes showed an increasing trend (P=0.075).According to the analysis at genus level,fructooligosaccharides significantly increased the abundance of the Pseudomonas (P < 0.05),extremely significantly increased the abundance of Bacteroides (P < 0.01),while the abundance of Dehalobacterium significantly decreased (P < 0.05).Compared with the control group,the abundance of Ruminococcus,Butyrivibrio,Succiniclasticum and Lachnospiraceae_NA in test group was increased by 80.0%,7.5%,127.9% and 20.0%,respectively,but these differences were not significant (P > 0.05).Under the test conditions,the addition of fructooligosaccharides had a certain effect on the diversity and structure of rumen bacterial flora in dairy cows,which significantly increased the abundance of Pseudomonas which unfermented sugar,extremely significantly increased the abundance of Bacteroides which used carbohydrates as a source of fermentation,had an accelerating effect on the abundance of rumen fiber degrading bacteria.     

发酵床技术在奶牛养殖中的应用研究进展

随着奶牛集约化养殖规模的不断扩大,对周边环境造成的污染严重。发酵床养牛技术是一种新型环保养牛模式,核心技术是利用微生物的发酵处理达到粪尿免清理,有效解决了规模养殖带来的环境污染问题。综述了发酵床技术原理、发酵床中微生物、发酵床管理、发酵床的应用效果、奶牛粪污处理及资源化利用过程中存在的问题及策略,以期为集约化奶牛养殖和健康养殖提供参考。     

微生物发酵床猪舍空气微生物种群结构的研究

为了研究微生物发酵床猪舍空气微生物的组成,采用自然沉降法对猪舍空气微生物进行收集,利用16S rRNA序列分析及形态观察确定微生物的分类,揭示猪舍空气微生物的多样性。从猪舍空气中共分离到细菌60余株,经过16S rRNA基因序列的同源性比对,最终确定27个代表菌株进行后续分析。分析结果表明,27株细菌中包含芽孢杆菌属14个种（51.9%）,假单胞菌5个种（18.5%）,葡萄球菌4个种（14.8%）,苍白杆菌属、类芽孢杆菌属、赖氨酸芽孢杆菌属及单胞菌属各1个种;27株细菌中包含5种条件致病菌,6种有机物降解菌。采用SPSS分析将猪舍空气微生物按采集地点明显聚成6类：仅分布于猪舍下风处的菌、仅分布于猪舍上风处的菌、仅分布于猪舍外的菌、猪舍上风和下风处共有菌、猪舍下风处和猪舍外共有菌及3处共有菌。对猪舍空气微生物空间分布的研究显示,猪舍下风处微生物种类较多,有20种,多于猪舍上风处和猪舍外部,其中15种为下风处特有种。由于微生物以气溶胶的形式存在,猪舍内相邻位置具有相似的微生物组成。以上研究结果表明,微生物发酵床猪舍空气微生物种类丰富,且微生物分布与风向相关。     

基于高通量测序技术的敖鲁古雅驯鹿鹿茸转录组分析

试验旨在通过高通量测序技术获得驯鹿的遗传信息和鹿茸组织的转录组特征,并进一步挖掘其中与鹿茸经济性状相关的关键基因信息。对驯鹿鹿茸组织提取RNA,检测RNA纯度、完整性及是否有污染,合格后构建文库,文库构建成功需要进行库检,库检合格后使用Illuminanovaseq平台进行转录组测序分析。利用Diamond、HMMER、KAAS、Blast2GO等软件对驯鹿鹿茸转录组序列进行了功能注释、基因丰度分析和其他分析。结果显示,测序获得47 818 202条raw reads,经过滤和质量检查得到了46 964 478条clean reads,组装后得到49 171个Unigenes,表明本次测序获得了高质量的鹿茸转录组。基于序列一致性分析,Unigenes与NR、Swiss-Prot、KOG、KEGG、Pfam、GO数据库比对注释成功总共占89.54%,共44 029条序列。Corset聚类后得到49 171个Unigenes,在这些Unigenes中共找到13 795个SNPs位点和18 446个SSRs位点。GO注释结果显示22 955个Unigenes得到注释,占总注释结果的46.68%。与KEGG数据库进行比对分析,发现49 171个Unigenes可能参与或涉及代谢途径,其中20 258个Unigenes共注释到32个KEGG代谢通路。此外,在转录组结果中发现了一些高丰度的基因,如OPN、TMSB4、TMSB10等,它们的功能可能与驯鹿生茸有关。本试验结果不仅对驯鹿的基因组数据进行了补充,而且还初步揭示了生长期驯鹿鹿茸的基因特征,为驯鹿分子遗传学研究、资源保护与利用及种群资源恢复提供了参考。     

利用高通量测序法对模拟增温条件下藏北高寒草甸土壤线虫群落的研究

青藏高原对气候变化十分敏感,为探讨气候变化对藏北高寒草甸土壤线虫群落的影响,以开顶式气室（open top chamber,OTC）模拟增温3个月,利用高通量测序技术分析OTC内外不同深度土壤线虫的群落组成,探索这种方法在高原土壤线虫研究中的应用效果。结果表明,OTC内色矛纲（Chromadorea）线虫的相对丰度都较OTC外小,OTC内刺嘴纲（Enoplea）线虫都较OTC外大;OTC内矛线目（Dorylaimida）线虫的相对丰度都较OTC外大,OTC内垫刃目（Tylenchida）线虫都较OTC外小。土壤理化指标Cu²⁺、Zn²⁺、有机质和pH与纲水平土壤线虫相关性较大。短期增温已使藏北高寒草甸土壤线虫群落组成在纲、目水平上发生改变,在长期增温及大幅度增温的未来有可能发生更大的不可测变化,从而深刻影响青藏高原草地生态系统。     

德州驴盲肠菌群测序分析

旨在研究健康德州驴盲肠菌群分布及代谢功能。以健康德州驴盲肠内容物为检测样品,提取细菌总DNA,通过Illumina MiSeq高通量测序分析德州驴盲肠中菌群分布特点,结合PICRUSt基因预测方法分析菌群代谢功能。测序分析结果表明,在3份检测样品中共得到176 869条有效序列和39 566个OTU。Alpha多样性指数分析结果表明,3份样品的Shannon指数均大于7,样品中菌群多样性水平较高。菌群分类学组成分析结果表明,在门分类水平上相对丰度排名前10的细菌门为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、螺旋体门、纤维杆菌门、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门、TM7菌门、柔膜菌门、蓝藻菌门。此外,在相对丰度排名前20的菌属中与纤维分解与代谢相关的菌属所占比例达到了35%。菌群代谢功能分析结果表明,盲肠菌群参与机体多种代谢活动,其中参与碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢的菌群丰度相对较高。研究结果为探索德州驴肠道菌群分布与消化特点之间关系提供了理论依据。     

高通量测序文库构建中超声波破碎DNA条件的研究

高质量的测序结果必须要有好的测序文库。本文利用超声波破碎仪Bioruptor NGS比较了不同的试验条件对破碎结果的影响,结果表明:对于目的片段为200-300bpDNA的试验条件为:100uL,浓度50ng/uL,强档能量, 30s On/30s Off,破碎9次;目的片段为400-600bp的试验条件为:100uL,浓度50ng/uL,强档能量,30s On/30s Off,破碎5次。     

高通量测序技术结合传统方法筛选及鉴定奶酒中曲霉菌

奶酒含有丰富的营养,且具有驱寒活血、开胃消食等保健功效。但由于传统的可培养方法对其微生物全貌的认识具有一定的局限性。因此,本文采用高通量测序技术,对奶酒的真菌生物多样性进行检测。结果表明,酵母菌属(Saccharomyces)和曲霉属(Aspergillus)是奶酒最主要的真菌群落,其中,酵母菌属为第一丰度的真菌,丰度约为62%。第二丰度的真菌为曲霉属,丰度为33%。通过进一步分离并采用16S鉴定出了一株曲霉菌,这可为奶酒发酵剂的开发提供依据。     

猪棉秆发酵床垫料的研究

This study was to make fermentation bed by the cotton stalk instead of sawdust and rice husk,the combination of substrate included cotton stalk 65%,sawdust 7%,rice husk 28%,using 4 kinds of media （PDA medium （PDA）,sabouraud medium （S）,niushi medium （N）,carboxymethyl cellulose sodium medium（SK）） and extracted five kinds of strains from different materials （cotton stalk rot,decay wood,decaying vegetation,manure,pig fermentation bed）,the subject worked on of three experiments from the combination of substrate,the ratio of strain and the carrying capacity of fermentation bed using microbiology technology. The results showed that the ratio of PDAs∶Sf∶Nf∶Nb∶SKm was 4∶2∶2∶1∶1,adding strains was 10%,each pig’s share of area was 1.2 m²,it was the best to use of the fermentation bed and paid a solid base for the production of fermentation bed with cotton stalk.