基于D-loop区序列分析的四川省三个地方鸡种遗传多样性及母系亲缘关系研究

为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草料鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行分析.对90个个体mtDNA D-loop区589 bp的片段通过数据分析及聚类分析,构建了单倍型网络关系图及品种聚类图等.泸宁鸡、米易鸡、草科鸡具有较近的亲缘关系,推测3个地方鸡种起源于分布在印度支那半岛、泰国、苏门答腊的红原鸡Gallus gallus gallus亚种.     

中国部分地方水牛品种mtDNA D-loop区遗传多样性与起源研究

对我国10个地方水牛品种110个个体的mtDNA D-loop区序列(930 bp左右)进行分析,共检测到50种单倍型,107个核苷酸多态位点,其单倍型多样度(Haplotype diversity,Hd)为0.895 2±0.024 0,核苷酸多样度(Nucleotide diversity,π)为0.020 0±0.005 6,平均核苷酸差异(Average number of nucleotide differences,k)为18.445 0,表明我国水牛的遗传多态性丰富。构建的NJ进化树显示这10个品种的水牛主要有两个母系起源。     

贵州3个地方猪种的mtDNA D-loop序列遗传多样性分析

为了研究3个贵州地方猪种(白洗猪、从江香猪和黔北黑猪)mt DNA D-loop区的遗传多样性,本试验采用PCR直接测序的方法测定了3个贵州地方猪种共57个个体的mt DNA D-loop区全序列。结果表明,3个贵州地方猪种mt DNA D-loop区序列长度为1254~1314bp,可分为高变区、串联重复区和保守区,串联重复片段有4种,可分为A型和B型;D-loop区的碱基含量特点为A+T明显高于G+C;在白洗猪、从江香猪和黔北黑猪的高变区分别检测到6、6、8个均为转换的突变位点,分别定义了4、4、6种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.6386~0.8974,核苷酸多样度为0.0025~0.0035,3个贵州地方猪种均表现出较为丰富的遗传多样性。     

云南水牛mtDNA D-loop遗传多样性研究

[目的] 探究云南3个水牛品种(德宏水牛、滇东南水牛、盐津水牛)的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果] 本研究共分析了215条云南水牛mtDNA D-loop全序列,检测到107个多态位点,定义了86种单倍型。结果表明,云南3个水牛品种的mtDNA遗传多样性非常丰富,其中,滇东南水牛的遗传多样性最高(Hd: 0.946±0.017,Pi: 0.0162±0.0018),盐津水牛的遗传多样性最低(Hd: 0.805±0.063,Pi: 0.0141±0.0031)。系统发育分析结果表明,在3个云南水牛品种中检测到2个主要支系(A和B支系及其亚支系)及一个稀有支系C,其中A支系为主要支系(79.07%),且经历了强烈的群体扩张。[结论] 云南3个水牛品种具有丰富的mtDNA遗传多样性,主要有A与B两个母系起源。     

庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

【目的】研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。【结果】在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002～0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。【结论】本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资...     

山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究

为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种(莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪)及引进猪种(杜洛克、大约克和长白猪)共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列(1 102 bp)进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明:山东各猪种之间遗传距离较小(0.000 5～0.004 6),远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离(>0.14),但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小(0.005).构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种.莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱茺黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多.     

西林水牛和富钟水牛mtDNA D-loop序列的遗传多样性研究

该研究旨在探究西林水牛和富钟水牛mtDNA的遗传多样性和母系起源.采用PCR扩增、测序及生物信息学方法,测定了 60头西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列.结合GenBank数据库已公布的25条西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列联合进行多态性分析,共检测到60个多态位点,定义了 38种mtDN...     

广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区序列多态性及起源分析

【目的】探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop区）序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。【方法】利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种（南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛）mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。【结果】从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长（908~912 bp）的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度（H）为0.339~0.795,核苷酸多样度（π）为 0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。【结论】广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。     

中国家驴mtDNA D-loop 遗传多样性与起源研究

对我国12个家驴品种126个个体（包括引用26个个体）的mtDNA D-loop区399 bp进行分析,共检测到36种单倍型37个多态位点,其单倍型多样度为0.466 7-0.977 8,核苷酸多样度为0.001 2-0.028 5,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3条努比亚野驴、3条索马里野驴和6条亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,首次证明我国家驴的母系起源为非洲野驴中的索马里驴和努比亚驴,亚洲野驴不是中国家驴的祖先。本文还讨论了我国家驴可能的迁徙路线。     

mtDNA D-loop在家畜遗传多样性和系统分化中的应用

本文简要综述了mtDNA D-loop区结构的研究现状,着重概述了D-loop区研究在山羊、绵羊以及牛、猪遗传多样性和系统分化中的应用,并对该领域的深入研究进行了讨论。     

安集延鸡mtDNA D-loop遗传多样性及系统进化研究

本研究通过分析mtDNA,对安集延鸡的母系遗传多样性和母系来源进行调查。随机采集了29个安集延鸡DNA样品,测定了D-loop区1231bp序列。结果显示,共检测到30个多态位点和10个单倍体型,在859bp位置发现一个插入/缺失变异,此变异在安集延鸡中的分布频率为51.72%;单倍体型多样度和核苷酸多样度适中,分别为0.776和0.00614;Tajima′D检验和Fuli′D检验值分别为-0.0041和-0.0192;遗传距离与红色原鸡最近,为0.007;Network结构图显示安集延鸡群体分为五大世系,可划分到家鸡世系的A、B、C、D和E分支中;世系D所占比例最高为45%,据以往报道,D型世系中分布的大部分为红色原鸡和斗鸡,结果表明安集延鸡母系大部分来源于红色原鸡和斗鸡,并且也掺入一些家鸡母系,为多母系构成的群体。     

基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对30只贵妃鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明,在所分析的D-loop区部分序列中(520 bp),A、G、C、T平均含量分别为26.8%、13.0%、31.1%和29.1%;共发现13个核苷酸多态位点,均为转换位点,未检测到插入/缺失和颠换,核苷酸多样度(Pi)为0.0059,单倍型变异度(Hd)为0.538,中性检验Tajima’s D值为-0.67065。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵妃鸡起源于红原鸡。     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

利用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系

利用7个微卫星标记对12个贵州地方鸡种及1个引入鸡种的遗传多样性进行了检测，分析了各标记座位上的等位基因及频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量、平均多态信息含量及群体间的亲缘关系。结果表明：13个种群在7个标记座位上的等位基因及频率等均存在一定差异。其中，瑶山鸡的平均基因杂合度最高，引入鸡种隐性白洛克的平均基因杂合度最低，其余鸡种介于其间。平均多态信息含量的分析结果与此类似，说明瑶山鸡的遗传多样性最为丰富。模糊聚类的结果表明，13个鸡种分为2大类群，隐性白洛克独自为1个类群，12个贵州地方鸡种构成1个类群。12个贵州地方鸡种又可进一步分为2个小类群：其中1个小类群由兴义土鸡、矮脚鸡首先聚在一起，然后依次聚上黔东南小香鸡、黔东南小香乌骨鸡构成；高脚鸡、瑶山鸡、威宁鸡、竹乡鸡、竹乡乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、乌蒙鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡则构成另一个小类群。     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。     

新批准的西南地区5个山羊遗传资源mtDNA D-loop遗传多样性与亲缘关系研究

为了研究新批准的西南地区5个山羊遗传资源的遗传多样性及其与其他羊种的亲缘关系,试验利用设计的引物对山羊的mtDNA D-loop序列进行了PCR扩增和测序,对序列数据进行了核苷酸多样性、单倍型和亲缘关系分析。结果表明:在西南地区新批准的5个山羊遗传资源中,大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊平均多态位点数比较接近,均高于渝东黑山羊和贵州黑山羊;大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊遗传多样性高于贵州黑山羊和渝东黑山羊;从亲缘关系来看,渝东黑山羊与板角山羊和南江黄羊亲缘关系较近,酉州乌羊与板角山羊亲缘关系最近,贵州3个羊种(贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊)遗传距离近,大足黑山羊与乐至黑山羊遗传距离较近。说明渝东黑山羊和贵州黑山羊遗传多样性较低,需要加强遗传资源的保护和提纯;新批准的5个山羊遗传资源的遗传距离和亲缘关系与其所处的地理位置存在密切关系。     

基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系

为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。     

中国地方鸡种遗传多样性和品种贡献率分析

利用16个微卫星标记,计算10个地方鸡品种群体位点多态信息含量（PIC）、F-统计量、DA遗传距离,用以评价品种遗传多样性。并基于Dn遗传距离采用NJ法构建系统进化树,通过分析其对品种间遗传关系的重建,检验DA遗传距离度量方法的可靠性,用以计算现实多样性和品种贡献率。结果表明：16个微卫星座位均为中度或高度多态位点（PIC〉0．25,PIC〉0．50）,10个地方鸡种群体总近交系数（Fit）为0．147,群体间基因分化系数（Fst）为0．134,群体内近交系数（Fis）为0．015,且3个指标均达到显著水平（P〈0．05）。DA遗传距离较为准确地反映了10个地方鸡品种间的系统进化。基于DA遗传距离获得的10个地方鸡品种群体现实多样性为1．7932,茶花鸡的品种贡献率最大（16．59％）,其次为固始鸡（14．01％）、白耳鸡（11．44％）、狼山鸡（11．34％）、北京油鸡（11．30％）、大骨鸡（8．90％）、仙居鸡（7．03％）、藏鸡（6．28％）、鹿苑鸡（5．81％）,萧山鸡的品种贡献率（5．00％）最低。研究结果可为更有效地保护我国地方鸡种资源遗传多样性提供理论基础。     

12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析

利用29对微卫星引物对我国的12个地方鸡种进行群体遗传结构及遗传多样性评估，结果表明：每个座位的等位基因数从2到23不等，所有的12个群体均显示较高水平的杂合度，固始鸡最低，为0．4532，大骨鸡最高，为0．6271。鸡种间存在较大的遗传分化，16．7％的遗传变异源于品种间的差异。基于Reynolds’遗传距离的邻近（NJ）聚类图显示，12个群体可以分为2个主要的类群：重体型的鸡种首先聚在一起，然后轻体型鸡种加入。structure程序同时也被用于评价鸡种间的遗传关系，结果与NJ聚类法相似，重体型的鸡种首先与轻体型鸡种分成两类。     

我国地方鸡种遗传多样性的研究现状

遗传多样性是生物多样性的核心和重要组成部分。遗传多样性是指遗传信息的总和,蕴藏在地球上各种植物、动物和微生物个体的基因中。一般主要是指种内不同群体之间或群体内不同个体中的遗传变异的总和。畜禽是人类长期强度选择和杂交培育的产物,积累了丰富的遗传变异,形成了各具特色的品种。畜禽遗传多样性的研究有助于了解畜禽及其品种的进化历史、分类地位和相互关系,为畜禽资源的保存利用提供理论依据。 中国是世界上家禽驯化最早,品种资源最丰富的国家之一,是世界各国养禽十分关注的巨大基因库。中国的地方鸡种品种多、分布广,遗…