北京黑猪MYH3和MYH13基因多态性与肉质性状的关联分析

【目的】 试验旨在研究肌球蛋白重链3（myosin heavy chain 3,MYH3）和肌球蛋白重链13（myosin heavy chain 13,MYH13）基因遗传变异对猪肉质性状的影响。【方法】 利用北京黑猪背最长肌样本进行肉质性状（肌内脂肪（intramuscular fat,IMF）、水分、滴水损失、酸碱度（pH）、肉色L^*值、肉色a^*值和肉色b^*值）表型数据的测定。利用PCR和Sanger测序技术对MYH3和MYH13基因启动子区和CDS区进行基因分型。将性别、场、日龄作为协变量,采用协方差分析,确定与猪肉质性状相关的SNPs,利用实时荧光定量PCR检测基因表达水平。【结果】 试验共筛选到9个SNPs,其中MYH3基因CDS区有1个错义突变（c.5782 G>C）与IMF显著相关（P<0.05）,且MYH3基因表达水平与IMF呈正相关;MYH13基因CDS区有4个SNPs,其中2个（c.1923 G>A、c.1308 G>A）与肉色a^*值显著相关,1个（c.963 G>A）与滴水损失显著相关,1个（c.237 G>T）与肉色L^*值显著相关（P<0.05）;MYH13基因启动子区有4个SNPs,其中2个（rs699287502、rs318639161）与肉色L^*值显著相关,2个（rs321315318、rs330770991）与滴水损失显著相关（P<0.05）,且MYH13基因表达水平与滴水损失呈负相关。【结论】 MYH3基因有1个SNP与IMF显著相关,且其基因表达水平与IMF呈正相关。MYH13基因中存在3个SNPs与滴水损失显著相关,且该基因启动子区2个SNPs基因表达水平与滴水损失呈负相关;3个SNPs与肉色L^*值显著相关;2个SNPs与肉色a^*值显著相关。以上SNPs均可作为影响北京黑猪肉质性状的候选基因功能位点。     

硒都黑猪AOPEP基因SNP筛选鉴定及其与肌内脂肪含量的关联分析

肌内脂肪（IMF）含量是影响猪肉风味的重要指标。本研究通过重测序方法筛选出影响猪IMF含量的SNP位点,并进一步利用SANGER测序法在硒都黑猪群体中筛选鉴定出猪AOPEP基因rs340610840、rs3470100435、rs34724762003个SNPs位点。通过关联分析发现这3个SNPs位点均与IMF含量显著相关,且3个SNPs位点紧密连锁,所构成的不同单倍型组合也与IMF含量显著相关。通过RNA稳定性分析发现,rs3470100435的C>A突变导致编码氨基酸由精氨酸变成甲硫氨酸,显著影响了AOPEPmRNA质心二级结构,且AOPEP蛋白与AGT、KRR1、LDLRAP1等10个蛋白存在相互作用。本研究发现了3个影响猪IMF含量的分子标记,且rs3470100435位点导致AOPEPmRNA二级结构发生变化,AOPEP可能与AGT和LDLRAP1蛋白互作,进而影响IMF性状。     

猪PLIN2基因变异筛选及其与猪肌内脂肪含量性状的关联分析

肌内脂肪含量(IMF)性状是影响猪肉质的重要指标.PLIN2是猪肉质性状的候选基因.本研究在硒都黑猪群体中筛选鉴定了猪PLIN2基因的SNP变异位点.利用混合DNA样本池,采用6对引物PCR扩增了猪PLIN2基因6段不同序列片段,经Sanger测序比对分析后共发现了14个SNP位点.与IMF性状进行关联分析后发现:g1...     

鸭胸肌肌内脂肪含量全基因组关联分析

肌内脂肪含量与肉品质密切相关.本研究构建了北京鸭×绿头野鸭F2代群体,利用索氏提取法测定了F2代130只个体(66♂,64体)的胸肌肌内脂肪含量,并分析该性状与胸肌厚度、腹脂重、肌纤维面积和肌纤维直径的相关性,之后采用全基因组关联分析(GWAS)鉴定胸肌肌内脂肪相关基因.结果显示:MTDFREML软件估计北京鸭×绿头野...     

松辽黑猪FOXA2基因第3外显子多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1 337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1 343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1 626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P&...     

利用超声波图像活体预测北京黑猪肌内脂肪含量

本研究旨在利用超声波图像来活体预测北京黑猪背最长肌肌内脂肪含量。试验选用382头北京黑猪开展活体测定,性状包括体质量、10～11肋间眼肌面积、背膘厚和眼肌深度,并且采集猪左侧9～13肋之间距离背中线5cm处纵向超声波图像2张,在每张图像10～11肋间选定1个大小为80×80像素的区域作为研究对象,利用图像分析软件(matlab)分别获取了灰度梯度、灰度共生矩阵、小波变换3类图像参数。屠宰后立刻取胴体左侧10～11肋间背最长肌肉样,利用石油醚抽提法测定肌内脂肪含量(IMF)。以实际测定肌内脂肪含量(IMF)为因变量,体质量、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度和图像参数为自变量,通过逐步回归分析法建立预测肌内脂肪含量(PIMF)的模型。重新选择112头北京黑猪利用实测肌内脂肪含量与预测肌内脂肪含量的相关分析进行模型验证。回归分析结果表明,有9个自变量达到显著水平(P<0.05),包括背膘厚、眼肌面积和7个图像参数。预测模型的决定次数(R-Square)和均方误差根(Root MSE)分别为0.305 8和0.006 5。相关性分析结果得到皮尔逊积矩相关系数(Pearson Correlation Coefficients)和斯皮尔曼相关系数(Spearman Correlation Coefficients)分别为0.553 4和0.627 2(P<0.000 1)。结果表明,利用超声波图像活体预测猪肌内脂肪含量是一种可行的方法,可为北京黑猪的育种工作提供一个技术基础。     

延边黄牛MYH3和MYH8基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在探索延边黄牛肌球蛋白重链3（MYH3）和肌球蛋白重链8（MYH8）基因多态性及其与生长性状的关联性,应用DNA直接测序法和高分辨率熔解曲线分型技术对120头24月龄延边黄牛MYH3、MYH8基因的遗传变异进行分析,并结合延边黄牛生长性状数据进行了关联分析。结果显示,在MYH3基因的29602748位点检测到一处T>G突变,包含2个等位基因：T和G,存在3种基因型：TG、TT和GG;在MYH8基因的29406042位点检测到一处C>T突变,包含2个等位基因：C和T,存在3种基因型：CT、CC和TT。关联分析显示,MYH3基因29602748位点T>G突变显著影响24月龄延边黄牛十字部高和腰角宽,表现为GG基因型十字部高显著高于TT基因型（P<0.05）,腰角宽显著高于TT和TG基因型（P<0.05）。MYH8基因29406042位点C>T突变显著影响24月龄延边黄牛体重和胸围,表现为CT和TT基因型体重显著高于CC基因型（P<0.05）;TT基因型胸围显著高于CC基因型（P<0.05）。本研究结果表明,MYH3、MYH8基因多态性与延边黄牛的部分生长性状相关,可作为现代肉牛育种中分子标记辅助选择的候选基因。     

猪EEPD1基因变异筛选鉴定及其对猪肌内脂肪含量性状的影响

随着社会经济发展与人民生活水平的不断提升,猪肉品质越来越受消费者重视。肌内脂肪（IMF）含量性状是影响猪肉品质的一个关键性指标。本研究发现猪EEPD1基因在肌内脂肪高低组硒都黑猪个体背最长肌组织中差异表达,并进一步利用混合DNA样本池PCR测序法在硒都黑猪群体中筛选鉴定出猪EEPD1基因g.123857C>G、g.123907 A>G、g.124024 A>G、g.124050G>A、g.124222 A>G等5个SNP变异位点。经关联分析后发现这5个SNP位点均显著影响IMF性状。其中g.123907 A>G、g.124024 A>G和g.124050 G>A3个位点紧密连锁,所组成的单倍型也与IMF性状显著相关。生物信息学分析还发现,这5个SNP位点虽然不显著影响EEPD1蛋白结构,但是会导致其mRNA二级结构及稳定性发生变化,推测它们主要通过影响EEPD1蛋白翻译效率进而影响IMF性状。综上,本研究新发现了5个猪肉质性状的分子育种标记,为实现猪肉质性状的快速改良充实基础。     

SREBP1基因多态性与西门塔尔牛肌内脂肪含量相关性分析

选取165头西门塔尔育肥牛为研究对象,利用PCR方法检测固醇调节元件结合蛋白（Sterol regulatory ele-ment binding factor 1,SREBP1）基因第5内含子内84bp插入缺失突变的多态性,并与肌内脂肪含量进行相关性分析。结果显示,SREBP1基因第5内含内84bp插入缺失突变与棕榈油酸（C16：1）、硬脂酸（C18：0）、SFA和甘油三酯及C16脂肪酸不饱和指数显著相关（P〈0.05）,LL型个体棕榈油酸、甘油三酯和16碳脂肪酸不饱和指数均高于LS型个体,而硬脂酸和SFA低于LS个体。     

北京黑猪肌内脂肪含量高、低组间脂质组差异分析

旨在揭示北京黑猪肌内脂肪含量与脂质组学间的关系。本试验主要是从400头210日龄的北京黑猪中按肌内脂肪含量高低筛选出高肌内脂肪组11个样品,其肌内脂肪含量的平均值为3.89%,低肌内脂肪组19个样品,其肌内脂肪含量的平均值为0.81%;对挑选出的高、低两组的个体取60 mg的肌肉样品进行脂质提取,最后进行非靶向脂质组学的检测;针对检测结果,对两组进行多元化分析,利用T检验、差异倍数和偏最小二乘判别分析进行标记物的筛选。结果,共检测出组成9类脂质的104种脂肪酸,其中酰基肉碱（AcCa）3个、甘油二酯（DG）4个、甘油三酯（TG）23个、心磷脂（CL）8个、磷脂酰胆碱（PC）21个、磷脂酰乙醇胺（PE）29个、磷脂酰甘油（PG）3个、磷脂酰肌醇（PI）6个、磷脂酰丝氨酸（PS）7个,通过进行T检验初步筛选（P<0.05）出33种脂质,其中TG有23个,AcCa有2个,DG有4个,PE有4个。进一步通过VIP值（VIP>1）和FC值（FC>2或FC<0.5）进行筛选,最终筛选出22个脂质,其中TG有21个,DG有1个。结果表明,脂质组学可以作为区分北京黑猪肌内脂肪含量高低的方法,构成肌内脂肪含量高低猪肉样品的脂质组差异物质主要集中在TG和DG上。     

猪的肌内脂肪生成及其调控

肌内脂肪含量是猪肉食用品质的主要决定因素,尤其对肉的嫩度、风味和多汁性有着重要的影响。肌内脂肪的生成主要受到营养和基因的调控。文中就猪的肌内脂肪的生成及其影响因素作一综述。     

鸡H-FABP基因多态性及其与肌内脂肪含量的相关研究

根据GenBank发表的鸡H-FABP基因序列设计引物,以广东省农科院畜牧研究所提供的4个地方优质肉鸡品种,2个培育品种和1个引进的肉鸡品种为试验材料,通过测序和PCR-SSCP的方法进行SNP检测和基因型分析,探讨H-FABP基因多态性与肌内脂肪含量(IMF)之间的关系。结果发现在H-FABP基因260 bp和675 bp处存在T/C和G/A的突变位点,对2个突变位点在研究群体中进行基因型分析,结果产生3种基因型。基因型与IMF的相关分析结果表明:在T260C位点上,所有品种中AA基因型的IMF含量显著(P<0.05)高于BB基因型个体,但对于不同的品种来说,AA和BB基因型只对封开杏花鸡和岭南黄鸡II号的IMF含量有显著影响(P<0.05),而对其他各鸡种均无显著影响(P>0.05);在G675A位点上,所有品种中AA型和AB型肌内脂肪含量差异显著(P<0.05)。     

影响猪肌内脂肪含量的几个基因研究现状

猪肉肌内脂肪是决定肉质的一个重要指标,主要由遗传因素控制,利用DNA标记进行标记辅助选择(MAS)来改良猪肌内脂肪含量应是行之有效的方法。基于此,本文简要介绍了影响猪肌内脂肪含量的主基因、候选基因及PPARv基因的当前研究状况,及其与猪肌内脂肪含量的关系,旨在为猪肌内脂肪的改良提供参考。     

松辽黑猪RBP4基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪视黄醇结合蛋白4（RBP4）基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取132头松辽黑猪作为研究对象,以与猪繁殖性状相关的RBP4基因为候选基因,采用PCR-HRM分析与PCR产物直接测序相结合的方法检测松辽黑猪RBP4基因部分外显子的单核苷酸多态性（SNP）,分析RBP4基因SNP与母猪总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重的关联性。结果显示,松辽黑猪RBP4基因第3、5外显子上各存在1个SNP位点,分别命名为为G45A和C170T,其中在G45A位点检测到GG、GA和AA 3种基因型,在C170T位点检测到CC和CT 2种基因型。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,RBP4基因G45A位点在松辽黑猪群体中分布较为均匀,遗传变异程度处于中等水平,偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）;C170T位点在松辽黑猪群体中分布不均匀,遗传变异程度较低,未偏离Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明,在RBP4基因G45A位点上,3种基因型的总产仔数及产活仔数均表现为：GG > GA > AA,其中GG基因型的总产仔数、产活仔数显著高于AA基因型（P<0.05）;GG基因型仔猪3周龄重显著低于GA基因型（P<0.05）;GG基因型仔猪断奶重显著低于GA及AA基因型（P<0.05）;各基因型在仔猪初生重及母猪乳头数上未表现出显著差异（P>0.05）。在C170T位点上,不同基因型松辽黑猪的总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重均无显著差异（P>0.05）。综上,RBP4基因G45A位点对松辽黑猪产仔数具有显著影响,但该位点是否可作为松辽黑猪产仔数相关的遗传标记,有待进一步研究;RBP4基因C170T位点可能不是松辽黑猪繁殖性状相关的突变位点,在后期工作中需扩大群体做进一步验证。     

松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取178头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法查找METTL23基因外显子1~5的单核苷酸多态性(SNP),使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生重、3周龄重、断奶重、乳头数)的关联性。结果显示,仅在松辽黑猪METTL23基因外显子4发现1个SNP位点,命名为A62G,在A62G位点上检测到3种基因型,分别是AA、AG和GG。GG和G分别为优势基因型和优势等位基因,且A62G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。该位点的遗传纯合度(Ho)为0.6516,高于遗传杂合度(He,0.3484),说明其在松辽黑猪群体中的变异较小;多态信息含量(PIC)为0.2877,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),说明该遗传标记能够提供一定量的遗传信息。关联分析结果表明,GG基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著或极显著高于AA基因型个体(P<0.05;P<0.01),总产仔数还显著高于AG基因型个体(P<0.05);AG基因型个体断奶仔猪数显著高于AA基因型个体(P<0.05);初生重、3周龄重、断奶重、乳头数各基因型间差异均不显著(P>0.05)。综上所述,METTL23基因外显子4存在多态性位点A62G,该位点与松辽黑猪产仔数存在显著关联,可作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,用于分子育种。     

江泉黑猪GPAT3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探究江泉黑猪甘油-3-磷酸酰基转移酶3(glycerol-3-phosphate acyltransferase 3,GPAT3)基因多态性及其与生长性状的相关性,为江泉黑猪的遗传改良和优化繁殖计划提供理论和技术支持。【方法】采集292头江泉黑猪的耳组织样并提取DNA,PCR扩增GPAT3基因片段,结合Sanger测序与MassARRAY^?核酸质谱分析系统检测单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点及基因分型。利用R语言3.6.2、HaploView、PHASE等软件进行GPAT3基因SNP位点的遗传效应、连锁不平衡和单倍型分析。利用SAS 9.2软件分析GPAT3基因SNP位点及其构成的单倍型块与江泉黑猪生长性状的相关性。【结果】在GPAT3基因及其5′-调控区共发现10个SNPs,其中4个为低度多态,6个为中度多态;7个SNPs位点基因型频率分布处于哈代-温伯格平衡状态。关联分析发现,9个SNPs与江泉黑猪生长性状呈显著关联(P<0.05),其中g.134957929 G>A、g.1349...     

松辽黑猪HBEGF基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析肝素结合型表皮生长因子样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor, HBEGF)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在松辽黑猪中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。【方法】选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用Sanger直接测序法检测HBEGF基因的SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析HBEGF基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数和乳头数)的相关性。【结果】在松辽黑猪HBEGF基因第5外显子及第2、3、4、5内含子上共发现22个SNPs位点,其中有8个SNPs位点与繁殖性状存在显著关联。g.142114384 A>G和g.142104389＿142104388ins A>G位点存在AA、AG和GG 3种基因型;g.142114375 C>A位点存在CC、CA和AA 3种基因型;g.142111433 C>T位点存在CC和CT 2种基因型;g.142106003 G>A和g.1421...     

猪肌内脂肪调控相关基因的研究进展

脂肪不仅是动物能量的主要来源,而且还与肉品的风味品质及食用价值有很大的关系.猪肌内脂肪的含量是影响猪肉品质的一个重要因素,它影响肉的嫩度、系水力、剪切力值、风味和多汁性.肌内脂肪的沉积受多种因素的影响,包括遗传、营养、环境等因素.该文首先介绍肌内脂肪对猪肉品质的影响,其次,再从基因水平阐述各种基因对肌内脂肪调控的相关研究进展,以期通过调控肌内脂肪含量获得更高品质的猪肉产品.     

猪肉肌内脂肪测定方法及其误差分析

1 猪肉肌内脂肪测定的概述 1.1 肌内脂肪的基本概念 肌内脂肪的国际通用名为Intramuscular Fat,简称IMF,即肌肉结缔组织膜(epimysium)内瘦肉中含的脂肪,是重要的肉质性状之一;     

猪肌内脂肪的研究进展

猪肌内脂肪的含量是影响猪肉品质的一个重要因素,它影响着肉的嫩度、系水力、剪切力值、风味和多汁性。猪肉肌内脂肪的调控机制很复杂,主要受营养、环境和基因等多个方面的影响,其中,营养调控和基因调控是改善猪肌内脂肪沉积的根本途径。综述了猪肌内脂肪的形成以及营养和基因对其调控作用和机制的研究进展。