一种简便的热启动PCR方法扩增金葡菌nuc基因

本文采用低熔点琼脂糖包被Taq酶热启动聚合酶链式反应(PCR)扩增出金黄色葡萄球菌耐热核酸酶(nuc)基因,该法与普通PCR扩增效果无异且具有避免非特应性扩增等特点.同时研究了不同退火温度对扩增反应结果的影响,确定了51.7C为最佳退火温度.为进一步研究热启动PCR方法提供了依据.     

基于nuc基因的环介导等温核酸扩增可视化技术检测食源性金黄色葡萄球菌

金黄色葡萄球菌食物中毒主要是由食用被金黄色葡萄球菌及其所产生的肠毒素污染的奶、肉、蛋、糕点、剩饭等蛋白或淀粉含量丰富的食品引起,快速精准的金黄色葡萄球菌检测技术对于保障人们的健康和食品安全具有重要意义。本研究以nuc基因作为检测靶基因,建立了一种检测金黄色葡萄球菌的环介导等温核酸扩增(LAMP)技术。该方法检测金黄色葡萄球菌基因组DNA样品为阳性,而对单细胞增生李斯特菌、鼠伤寒沙门菌、肠出血性大肠杆菌、空肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森菌和产气荚膜梭菌等食源性致病菌和猪链球菌、胸膜肺炎放线杆菌和多杀性巴氏杆菌等猪源细菌基因组DNA检测结果均为阴性,表明建立的LAMP方法具有较好的特异性。灵敏度的检测结果表明,LAMP的检测限可达5.6×10¹ CFU/mL,而常规PCR的检测限为5.6×10⁵ CFU/mL,即LAMP的检测灵敏度比常规PCR高出10 000倍。临床样品的检测结果表明,50份猪肉样品中有4份检出金黄色葡萄球菌。本研究为食源性金黄色葡萄球菌提供了一种快速、可视化、特异性好、灵敏度高、成本低的LAMP检测方法。     

金黄色葡萄球菌核酸酶基因缺失突变株RN4220 △nuc1的构建

金黄色葡萄球菌存在两个核酸酶编码基因,一个是葡萄球菌核酸酶（Stapnylococcalnuclease,SNase）,命名为nuc1,另一个是耐热核酸酶（Thermonuclease,TNase）,命名为nuc2,nuc2是一个新的候选基因,以往认为金黄色葡萄球菌中的核酸酶只源于一个编码基因nuc1,为了进一步研究nuc2基因的功能,首先要将金黄色葡萄球菌nuc1基因缺失。研究目的就是通过构建同源重组质粒pBT2 △nuc1,将其电转入金黄色葡萄球菌菌株RN4220中,获得nuc1基因缺失突变株。经过了7轮培养和筛选,同源重组几率为2％（7／345）,筛选出的nuc1突变株用PCR方法和RT—PCR进行了验证,从而获得了nuc1基因缺失突变株RN4220△nuc1     

热启动PCR技术的研究进展

热启动PCR技术是通过各种物理化学方法控制PCR反应的必须组分来实现达到有效扩增特异性PCR产物的目的一种方法。该技术的问世解决了非特异性扩增产物的出现,引物二聚体的形成等问题。使单拷贝基因和超长片段的扩增更为简便。本文较系统的介绍了热启动PCR的原理和近几年的技术进展。     

奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌8种毒力基因的PCR检测

为研究奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)主要毒力因子的分布情况,本试验利用PCR对70株临床型乳房炎、55株隐性乳房炎金黄色葡萄球菌的8种主要毒力基因进行检测。结果显示,nuc、ClfA、TSST-1、PVL、Hla、Hlb、FnBPA和FnBPB 8种毒力基因在临床型乳房炎SA菌株中的检出率分别为:100.0%(70株)、100.0%(70株)、0(0株)、5.7%(4株)、100.0%(70株)、11.4%(8株)、97.1%(68株)和100.0%(70株);在隐性乳房炎SA菌株中的检出率分别为:100.0%(55株)、100.0%(55株)、0(0株)、70.9%(39株)、98.2%(54株)、9.1%(5株)、100.0%(55株)和100.0%(55株)。结果表明,nuc、ClfA、Hla、Hlb和FnBPA 5种毒力基因是引起奶牛乳房炎的SA的最主要毒力基因;PVL基因可能是引起隐性乳房炎的重要致病基因。     

EMA-PCR检测金黄色葡萄球菌活菌的方法

根据金黄色葡萄球菌(SA)耐热核酸酶编码基因(nuc基因)设计特异性引物,对试验菌株进行PCR检测,结果显示,金黄色葡萄球菌扩增出大小为480 bp的特异性条带,而其他对照菌株未扩增出条带.由于传统PCR技术无法区分样品中的死细菌与活细菌,从而使检测结果往往出现很高的假阳性.本试验利用EMA能穿过死细菌的细胞膜并在光激活的作用下能与基因组DNA共价结合,从而能抑制死菌DNA进行PCR扩增的特性,建立了一种快速、有效的检测金黄色葡萄球菌活菌的EMA-PCR方法,较传统PCR大大提高了检测的准确性和可靠性,该方法检测灵敏度可达15 CFU/mL.     

食品中金黄色葡萄球菌PCR检测方法的建立

采用PCR技术特异性扩增金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶编码基因(nuc基因),检测模拟样品中金黄色葡萄球菌。结果表明所建立的模拟食品中金黄色葡萄球菌的PCR检测方法,特异性良好,敏感性可达61.76pg/μl。     

PCR扩增Nuc基因检测奶牛乳腺炎致病性金黄色葡萄球菌

为建立奶牛乳腺炎金黄色葡萄球菌致病菌株的检测方法,依据金黄色葡萄球菌耐热核酸酶Nuc基因序列,设计合成特异性引物,通过聚合酶链式反应扩增Nuc基因,并将扩增基因克隆入T载体,进行序列测定,对所分离的奶牛乳腺炎病原菌进行鉴定.结果显示:金黄色葡萄球菌扩增出特异性条带,大小为694bp;其他菌株未出现条带.敏感性检测的最低浓度为1.25×103 cfu/mL.本试验所建立的方法具有特异性强、敏感度高的特点.     

PCR扩增Nuc基因检测奶牛乳腺炎致病性金黄色葡萄球菌

为建立奶牛乳腺炎金黄色葡萄球菌致病菌株的检测方法,依据金黄色葡萄球菌耐热核酸酶Nuc基因序列,设计合成特异性引物,通过聚合酶链式反应扩增Nuc基因,并将扩增基因克隆入T载体,进行序列测定,对所分离的奶牛乳腺炎病原菌进行鉴定。结果显示:金黄色葡萄球菌扩增出特异性条带,大小为694bp;其他菌株未出现条带。敏感性检测的最低浓度为1.25×103cfu/mL。本试验所建立的方法具有特异性强、敏感度高的特点。     

中国林蛙Sox基因的PCR扩增

以特异扩增人SRY基因HMG -box保守区的一对引物 ,扩增了中国林蛙Sox基因(SRY -boxgene)。结果表明 ,雄性中国林蛙扩增出了两条带 ,分子长分别为 2 5 0bp和 60 0bp ,而雌性个体中未见扩增带 ,显示了中国林蛙Sox基因在雌雄性别间有差异。本研究为探讨中国林蛙的性别决定机制及性别控制的早期鉴定提供了分子依据     

3种鼠源致病菌多重PCR检测方法的建立

本研究以沙门菌组氨酸转运操纵子hut基因、肺炎克雷伯菌外膜蛋白Pho E基因以及金黄色葡萄球菌耐热核酸酶nuc基因作为靶基因,建立了同时检测这3种致病菌的多重PCR方法,并对混有3种致病菌的盲肠内容物分别采用传统细菌分离培养法和PCR方法进行检测,同时对混有3种致病菌的粪便样品进行PCR检测。该方法能扩增出目的片段分别为495 bp、333 bp、279 bp。在优化条件下,多重PCR同时检测沙门菌、肺炎克雷伯菌及金黄色葡萄球菌的敏感度分别为1.23 pg、1.9 pg、1.185 ng DNA。分离培养法对沙门菌、肺炎克雷伯菌及金黄色葡萄球菌的最低检出限分别为1×10~2CFU、1×10~0CFU和1×10~2CFU。混合有3种致病菌的盲肠内容物和粪便,经增菌培养后,PCR法的最低检出量均为1×10~0CFU。本研究建立的多重PCR检测方法具有特异性及灵敏度高、操作简单、周期短的优点,适用于实验小鼠多种致病菌的快速检测和监控。     

荧光定量PCR检测牛乳中金黄色葡萄球菌肠毒素A基因方法的建立

为建立检测牛乳中金黄色葡萄球菌(S.aureus)肠毒素A基因(SEA)定性定量的检测方法,本研究针对S.aureus SEA基因片段设计1对引物,将构建的重组质粒作为阳性对照,建立了S.aureus SEA DNA的SYBR Green I real-time PCR检测方法.结果显示,特异性产物Tm值为78.2℃～78.5℃,最低可检测到49.5 fg/μL(16.5拷贝)的阳性质粒.标准曲线的相关系数为0.99.与其他常见的产SEB的S.aureus、产SEC的S.aureus、无乳链球菌、大肠杆菌、嗜热链球菌、伤寒沙门氏菌、大肠杆菌DH5 α及JM109均无交叉反应.该检测方法具有较好的特异性和敏感性,为牛乳中S.aureus的快速检测提供了新的技术手段.     

用PCR扩增兔SRY基因的研究

用家兔外周血提取基因组DNA,根据欧洲家兔SRY基因的cDNA序列中开放性阅读框部分设计引物,采用PCR技术对基因组DNA进行了SRY基因检测。结果显示,SRY基因(+)是雄性决定基因,这对于幼兔的性别鉴定、性别选择及在胚胎时期诊断性连锁疾病有重要意义。     

奶牛乳房炎3种主要病原多重PCR检测方法的建立

根据GenBank收录的序列,针对金黄色葡萄球菌、无乳链球菌在16S rRNA与23S rRNA之间的序列设计2对引物,扩增的片段长度分别为420 bp和270 bp;酵母样真菌参照念珠菌和隐球菌的18S rRNA发表的序列设计引物,扩增的片段长度为730 bp左右。建立了用于检测奶牛乳房炎的多重PCR检测方法,并对PCR扩增的特异性和敏感性进行了优化。运用建立的多重PCR方法对从无锡市采集的34份样品进行病原菌检测,结果表明,本试验建立的多重PCR检测方法具有高效、快速和灵敏的特点,为进一步防控乳房炎奠定了基础。     

链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌多重PCR检测方法的建立及应用

根据NCBI上已收录的链球菌ef-tu基因、金黄色葡萄球菌nuc基因、沙门菌hut基因和大肠杆菌23SrRNA基因的序列,设计并合成4对特异性引物,通过优化多重PCR的反应条件,建立了能够同时检测4种细菌混合感染的多重PCR诊断方法。特异性分析结果表明,应用该方法可以从链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌以及4种细菌的混合物中扩增出4条大小分别为197、278、495和652bp的特异性条带,其他对照组的检测结果均为阴性;敏感性分析表明,该方法对4种病原菌基因组DNA的检出量分别为链球菌25.6pg、金黄色葡萄球菌33.2pg、沙门菌35.7pg、大肠杆菌52.1pg;人工模拟感染样本检测表明,该方法能从混合感染的病料中特异地检测出4种病原菌。本试验建立的多重PCR方法具有特异性强,敏感度高,稳定性好的特点,可以有效的检测链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌的混合感染。     

奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌和大肠杆菌二重PCR检测方法的建立

金黄色葡萄球菌和大肠杆菌是引起奶牛乳房炎的主要病原菌。选取金黄色葡萄球菌的Nuc基因和大肠杆菌16S-23SrRNA基因作为扩增靶基因序列,设计两对特异性引物。通过正交试验优化反应条件建立二重PCR检测体系,优化结果表明二重PCR扩增出两条特异性条带,大小与实验设计的249bp(金黄色葡萄球菌)和375bp(大肠杆菌)相符,而对其它奶牛乳房炎主要病原菌的PCR扩增结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该二重PCR技术能同时检出14.6pg的金黄色葡萄球菌模板和26.0pg的大肠杆菌模板。使用该二重PCR检测29份临床奶样,发现其中17份携带相关基因,并分离得到相关致病菌。     

鸡OVR基因的一个片段PCR扩增克隆与鉴定

根据已知序列合成引物，并利用正交设计原理扩增出一个４２３ｂｐ的鸡ＤＮＡ片段，经酶切鉴定证明是鸡ＯＶＲ基因中含限制排卵突变的片段。这一结果为进一步研究ＯＶＲ基因的多态性打下了基础。     

PCR扩增猪ESR基因一个外显子DNA片段的研究

根据文献资料,参考人,鸡,鼠等动物的ＤＮＡ序列,结合本研究的需要,我们设计了一对引物,其上游正向引物中Ｐ１为５′－ＧＡＴＡＣＧＡＡＡＡＧＡＣＣＧＣＣＧＡＧ－３′（对应于鼠ＥＳＲ基因第４外显子１０１０－１０２９）下游反向引物Ｐ２为５′－ＧＣＡＣＴＣＴＣＴＴＴＧＣＣＣＡＧＴＴＧ－３′（对应于鼠ＥＳＲ的基因第４外显子１３２２－１３４１）利用该引物对,按照首轮反应９４℃５分钟,５８℃１分钟,７２℃１分钟,     

兔源强毒力金黄色葡萄球菌荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立一种快速、特异性强且敏感性高的兔源强毒力金黄色葡萄球菌检测方法,本试验根据金黄色葡萄球菌pvl基因的保守序列设计了特异性的引物和探针,通过反应条件的优化,建立了检测兔源强毒力金黄色葡萄球菌的荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法耗时短,仅需约50 min就能完成检测,较已报道的双重PCR方法和环介导等温扩增方法均省时;该方法特异性强,对兔源低毒力金黄色葡萄球菌、多杀性巴氏杆菌、支气管败血波氏杆菌、肺炎克雷伯菌、魏氏梭菌、大肠杆菌和阴性对照(灭菌ddH₂O)均无交叉反应;该方法敏感性高,最低检测限为10拷贝/μL,分别是已报道的双重PCR方法和环介导等温扩增方法的1 000倍和10倍。此外,该方法重复性好,批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%。应用该方法检测126份已知结果的临床样品,检测结果与已知结果、已报道的双重PCR方法和环介导等温扩增方法的检测结果完全一致。该方法的建立不仅丰富了兔源强毒力金黄色葡萄球菌的检测方法,也为该菌的快速检测提供了更有力的技术支持。