基于ITS序列对桔梗及其伪品的鉴别

用ITS序列作为DNA条形码对桔梗及其伪品的基源植物进行分子鉴定。研究通过测序和在NCBI中下载两种方法共获得了23条桔梗及其混伪品霞草和沙参的ITS序列,所得序列用Bio Edit查看和比对、MEGA6.0等软件进行遗传距离和构建系统发育树。最后获得桔梗及其伪品的ITS基因序列长度为560bp,基于K-2-P方法构建的NJ聚类树表明不同来源的桔梗样品能聚成一个单系,表明该序列可以作为DNA条形码很好地区分桔梗及其常见伪品。     

基于ITS序列对辛夷及其混伪品种的鉴别

为准确鉴别中药材辛夷及其混伪品,应用ITS序列作为DNA条形码可用来区分辛夷及其混伪品的基源植物。选用了21条ITS序列,经比对后用MEGA 5.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了NJ系统进化树。结果表明种间最小的K2P距离(0.003)大于种内最大的K2P距离(0.002)。系统发育NJ树显示这几个物种可明显分开,辛夷玉兰与望春玉兰、黄山木兰的亲缘关系最近,其中二乔玉兰与荷花玉兰种内发生了变异,表明ITS序列可作为区分辛夷和其常见近缘种混伪品荷花玉兰、景宁玉兰等的参考DNA条形码。     

基于ITS序列对辛夷及其混伪品种的鉴别

为准确鉴别中药材辛夷及其混伪品,应用ITS序列作为DNA条形码可用来区分辛夷及其混伪品的基源植物。选用了21条ITS序列,经比对后用MEGA 5.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了NJ系统进化树。结果表明种间最小的K2P距离(0.003)大于种内最大的K2P距离(0.002)。系统发育NJ树显示这几个物种可明显分开,辛夷玉兰与望春玉兰、黄山木兰的亲缘关系最近,其中二乔玉兰与荷花玉兰种内发生了变异,表明ITS序列可作为区分辛夷和其常见近缘种混伪品荷花玉兰、景宁玉兰等的参考DNA条形码。     

基于ITS2条形码序列鉴定中药材续断及其混伪品

【目的】利用ITS2序列对中药材续断及其混伪品进行DNA条形码鉴定,从而确保用药安全。【方法】对续断及其混伪品ITS2进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接比对后,用MEGA 5.0计算种内种间K2P遗传距离,并构建NJ系统聚类树进行鉴定分析。【结果】续断药材ITS2序列比对后长度为218bp;种内K2P遗传距离分布于0~0.009 4,种间K2P遗传距离分布于0.033~0.188 2,NJ树显示续断药材及混伪品可明显区分,表现较好的单系性。【结论】ITS2序列作为DNA条形码能准确鉴别续断药材。     

基于matK基因和ITS序列的江苏地方豆类植物的亲缘关系研究

[目的]为探究江苏地方豆类植物之间的亲缘关系,从分子水平上对14种豆科植物进行了深入分析,旨在为后续豆类植物的种质创新和遗传改良提供理论依据。[方法]对14种豆类植物的mat K基因和ITS序列的扩增片段进行PCR产物直接测序,并结合Gen Bank数据库中的大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、红小豆(Vigna angularis)和绿豆(Vigna radiata)4种豆类植物基因组序列,利用Clustal W、MEGA 6.0、Bio Edit软件对这18种材料的mat K基因和ITS序列分别进行比对和分析,并以百脉根(Lotus corniculatus)为外类群,分别构建系统进化树并计算分化时间。[结果]18种豆类植物的mat K基因序列长度为750 bp,其中变异位点数为85,信息位点数为82,遗传距离的范围为0~0.099。ITS序列长度为795 bp,其中变异位点数为260,信息位点数为242,遗传距离的范围为0~0.292。以百脉根为外类群,用mat K基因序列和ITS序列分别构建的进化树显示,18种豆类植物可分为3组,即红小豆和绿豆分为一组,菜豆和大豆分别聚为一组。分化时间结果表明,大豆与菜豆的分化时间为19.02百万年前,菜豆与红小豆的分化时间为13.50百万年前,绿豆与红小豆的分化时间为2.94百万年前。[结论]序列分析和系统进化树的结果与形态学的特征基本一致,表明mat K基因和ITS序列可用于豆类植物属间亲缘关系分析。     

DNA条形码技术在部分菱属植物分子鉴定中的应用

为了弥补形态学鉴定方法的不足,本研究利用DNA条形码技术,选取标准基因序列对部分菱属植物进行初步的分子鉴定。通过对浙江、江苏2省南湖菱、两角菱、四角菱的ITS,mat K和rbc L序列扩增及多重序列比对,探寻菱属植物的分子鉴定方法。克隆了菱属植物692 bp的ITS序列、878 bp的mat K序列及685 bp的rbc L序列,其中mat K和rbc L序列不存在变异位点,不能用于鉴定菱属植物;ITS序列存在20个变异位点,包括6处插入/缺失和14处碱基置换,在部分菱属植物的分子鉴定中具有应用价值。     

6份狼尾草属菌草的ITS和叶绿体matK序列分析

对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近;mat K序列系统树结果除了象草(MQ)外其余5份菌草均聚在了同一分支上,表明叶绿体mat K序列无法将供试的6份菌草区分开.     

DNA条形码在山茶属近缘植物鉴别中的应用（英文）

山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中物种丰富、经济效益较高的属。分类学上对山茶属的亚属、组以及种的划分争议较大,著名的3大山茶属植物分类系统分别由Sealy、张宏达和闵天禄提出。DNA条形码技术是指通过对植物基因组中的特定基因进行片段扩增、测序发现其碱基变化规律的技术手段,在分类学研究中显示出巨大的应用潜力。选取trn H-psb A和mat K序列的通用引物,对山茶属不同植物基因组DNA进行扩增和序列测定,分别得到了ttrn H-psb A序列和mat K序列各61条,山茶属mat K序列相似度极高(98.40%),物种分辨率较低。trn H-psb A的属间物种分辨能力达到100%,而在山茶属内物种分辨率仅为13.11%。结果表明:trn H-psb A序列能够有效地区分不同属间的植物,但种间分类能力较弱。     

易混伪品刺果甘草与甘草、苦参和黄芪原植物的ITS2序列鉴定

刺果甘草属于甘草属,根在市场上常作为甘草、苦参和黄芪的伪品。笔者用ITS2序列来区分它们的基源植物,根据其药材的来源笔者研究选用了12条（3属6种）ITS2序列,用MEGA4.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了NJ系统树,结果表明种间最小的K2P距离（0.028880）大于种内最大的KSP距离（\{0.008081\}）,构建的系统发育NJ树显示刺果甘草与苦参、黄芪和甘草可明显分开,其中甘草的不同来源的三种植物也聚为了一支。表明基于DNA 条形码的ITS2 序列可区分甘草、苦参、黄芪和其常见伪品刺果甘草。\=     

水仙属DNA条形码鉴定技术

以进口荷兰黄水仙、多花水仙和中国水仙为研究对象,进行DNA提取、PCR扩增和数据分析,来评估mat K基因、rbc L基因、trn H-psb A片段和ITS片段4个候选DNA条形码的鉴定能力.建树法分析结果显示:叶绿体基因片段具有鉴定黄水仙品种的能力,但中国水仙与黄水仙聚为一支;核基因片段ITS序列可以准确区分出中国水仙和黄水仙,但在区分黄水仙品种时支持率较低;4种基因片段的组合条形码具有较强的鉴定能力,能准确鉴定出中国水仙和黄水仙,也能识别出不同黄水仙品种间的亲缘关系.距离分析法的结果显示,ITS+mat K、ITS+trn H-psb A、ITS+rbc L和ITS+mat K+trn H-psb A+rbc L 4种组合条形码鉴定的成功率较高,适用于黄水仙品种的鉴定.     

刺猬紫檀木材DNA条形码鉴定研究

该文以采自不同产地的刺猬紫檀木材为研究对象,提取并扩增核ITS2、叶绿体mat K基因及叶绿体基因间隔序列ndhF-rpl32,采用BLAST和NJ树法评价不同DNA条形码候选序列的鉴定能力。结果表明,ITS2序列具有最高的扩增和测序效率,ITS2序列的平均种间遗传距离也明显高于种内遗传距离。ITS2序列可以将刺猬紫檀木材与其他同属近缘紫檀属树种木材区分开来。     

基于rbcL条形码的鸡血藤真伪鉴别

为了建立鸡血藤基于rbcL基因的DNA条形码鉴别体系,为其资源保护和用药安全提供分子依据,采用商业试剂盒提取鸡血藤样品的基因组DNA,以及rbcL通用引物进行PCR扩增和测序;并从GenBank数据库获取鸡血藤混伪品的rbcL基因序列。采用DNAMAN、Clustal X软件进行序列比对分析,MEGA 5.1软件构建系统发生树。结果表明:获取的鸡血藤及其混伪品rbcL序列均为498 bp,GC含量分布在40.0%~44.4%间,存在64处变异,种间遗传距离远远大于种内遗传距离。基于rbcL基因的系统发生树能很好地区分鸡血藤及其混伪品。因此,rbcL基因可用作鸡血藤及其混伪品鉴别的DNA序列。     

基于ITS2的北沙参药材及其伪品的分子鉴定

利用内部转录间隔区2(ITS2)条形码来鉴定河北某药材市场北沙参的真伪品,探讨分子方法鉴定北沙参药材真伪品的可行性。提取12份北沙参样品的DNA,利用ITS2引物进行PCR扩增,对扩增产物进行双向测序,利用CodonCode Aligner软件进行序列拼接。从Genbank下载13条北沙参序列,利用MEGA 6.0分析比对25份序列,计算其种间、种内的Kimura双参数遗传距离(K2P距离)以及各序列的变异位点并进行聚类分析,利用RNA多重排列(locARNA)来预测北沙参及其伪品的二级结构。12份样品中10份为北沙参,1份是川明参,1份为祁木香。ITS2序列可以较好地区分北沙参及其伪品,可作为北沙参鉴定的有效方法而加以推广。北沙参的DNA条形码鉴定体系的建立,为DNA条形码技术在临床及市场监管领域的实践应用提供了理论基础。     

基于DNA Barcoding的金银花及其易混品鉴别研究

采用不同序列对金银花及其易混品开展基于DNA条形码的鉴别研究。结果表明:14个样品中仅有4个个体为金银花,其余分属于大花忍冬复合类群,为山银花基原植物,多序列NJ树支持《Flora of China》中的大花忍冬复合类群划分,ITS、mat K、trn Ltrn F序列可鉴别金银花及其易混品,rpl32-trn L和rps16序列也有较好的DNA条形码应用前景,可作为金银花及其易混品分子鉴别的DNA条形码候选序列。     

黔产9种薯蓣属植物分子鉴别及亲缘关系研究

为揭示黔产薯蓣属植物9个种之间的亲缘关系,根据叶绿体mat K、rbc L、psb A-trn H序列片段对其进行种间分子鉴别研究。结果表明,黔产薯蓣属植物9个种的mat K、psb A-trn H、rbc L序列长度分别为1 076~1 144 bp、361~382 bp、1 160~1 209 bp,当空位始终做缺失处理时,其变异位点分别占序列总长度的14.3%、7.8%及8.7%。系统进化分析显示,来自9个种31份样本的薯蓣属植物分为了4个大组。其中,黄独单独为一组,为基生翅组;黑珠芽薯蓣和高山薯蓣聚为一组,为复叶组;光亮薯蓣和毛胶薯蓣聚为一组,为顶生翅组;光叶薯蓣、薯莨、日本薯蓣以及薯蓣聚为一组,为周生翅组。表明mat K、rbc L、psb A-trn H序列片段对薯蓣属植物的系统分类具有明显的指导价值。     

基于ITS2序列的丹参及其混伪品分子鉴定研究

[目的]采用DNA条形码及特异性引物PCR技术对中药材丹参及其混伪品进行分子鉴定研究。[方法]以核基因ITS2序列作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,将所得序列构建NJ系统发育树。利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构,同时采用自设引物进行特异性引物PCR鉴别研究。[结果]ITS2序列长度为470 bp左右;从系统聚类树图可以看出,丹参及其伪品分别聚在不同支,表现出单系性;比较二级结构发现,丹参与甘西鼠尾差异甚微,与牛蒡在螺旋茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面具有明显区别;通过特异性引物PCR技术可将丹参及其伪品进行区分。[结论]DNA条形码技术和特异性引物PCR技术均能够有效地区别丹参及其混伪品,在中药材的鉴定中具有重要的应用前景。     

中药当归及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

通过对当归及其混伪品中药材rDNA ITS序列的分析,并利用最大简约法构建系统树,试图寻找当归及其混伪品中药材rDNA ITS序列的差异和规律,建立当归与其混伪品药材之间的分子鉴别方法.结果表明:所有材料的ITS序列长度为598～601 bp.ITS1区总位点数为216,38个为简约信息位点(占17.6％);ITS2区...     

基于psb A-trn H序列的秦艽分子鉴定及其药效分析

秦艽相近相似混伪品较多,且药效差异显著,为准确区分西北地区秦艽混伪品及药效,试验利用psb Atrn H基因作为条形码鉴定5种来自西藏、四川、青海地区相近秦艽的药材,基因测序后,在GenBank数据库中通过序列比对选取药材同源序列,利用MEGA 7.0软件计算双参数（K2P）遗传距离,并基于邻近法构建系统进化树,分析物种系统发育关系;另外,利用紫外分光光度法检测试验样本龙胆苦苷含量及DPPH清除率,评估不同地区药材龙胆苦苷含量及抗氧化能力。结果表明,结合K2P遗传距离、系统发育关系和psb A-trn H基因相似性确定试验样品中3种为粗茎秦艽（Gentiana crasicaulis）,另外2种分别为麻花秦艽（G. straminea）和黄管秦艽（G.officinalis）。所有样品龙胆苦苷含量在8.56%～12.76%,其中大小表现为黄管秦艽>麻花秦艽>粗茎秦艽;DPPH清除率范围为66.49%～90.68%,其中麻花秦艽>黄管秦艽,而3个不同地区的粗茎秦艽DPPH清除率差异较大。综上,psb A-trn H基因序列在秦艽植物鉴定和系统分类研究上十分有效,不同地区...     

rRNA基因间隔区序列用于亲缘关系密切的根瘤菌种群鉴定及系统发育分析

通过rRNA基因内转录间隔区的碱基序列分析,对中华根瘤菌属Sinorhizobium、慢生根瘤菌属Bradyrhizobium和中慢生根瘤菌属Mesorhizobium种间亲缘关系十分密切的菌株进行区分．结果表明,rRNA基因间隔区序列能很好地区分种间亲缘关系十分密切的菌株．用rRNA基因间隔区序列构建的系统发育树与rRNA基因序列构建的系统发育树结果十分相似．     

大肠杆菌野生株K99菌毛蛋白结构基因的克隆与序列分析

根据产肠毒素大肠杆菌(Enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)K99菌毛蛋白的全基因序列设计产肠毒素大肠杆菌主要菌毛K99的一对引物。PCR扩增K99菌毛蛋白的全基因序列大小为546bp。将PCR扩增的目的片断克隆于pMD18-T载体、pET-32a载体中,分别转化大肠杆菌,经酶切鉴定、PCR鉴定及DNA序列分析,筛选出阳性克隆。经过序列比对,所克隆的外源基因与报道的K99菌毛蛋白结构基因序列同源性达99.3%。成功克隆分离到的产肠毒素大肠杆菌菌毛的K99基因,为当地产肠毒素性大肠杆菌病疫苗的选择及基因疫苗的研制提供了坚实的理论基础,为产肠毒素性大肠杆菌病检测、预防及基因工程疫苗的研制开辟新的途径。