河北省小麦品种基于SSR标记的遗传多样性研究

为了研究河北省小麦品种的遗传多样性,试验选用分布于小麦21条染色体上的86对多态性微卫星(SSR)引物,对建国近60年以来在河北省审(认)定的125个小麦品种进行了遗传多样性分析。结果表明:86对SSR引物共检测到296个等位变异,每对引物检测到的等位基因数变幅为2～7个(平均3.83个),以B基因组具有最高的平均等位基因数(3.94),A(3.81)、D(3.78)基因组次之;每个SSR位点的多态性信息量(PIC)变化范围为0.094～0.877(平均0.573),3个基因组的PIC值顺序依次为B基因组(0.593)>D基因组(0.579)>A基因组(0.528)。125个品种间的遗传相似系数(GS)变幅为0.409～0.909(平均0.615),基于遗传相似系数(GS)的聚类分析得出,供试小麦品种在GS值0.52处聚为3类,其中20世纪90年代后的114份品种(91.2%)被聚为1类,表明河北省小麦品种的遗传多样性水平较低,品种间的亲缘关系较近,其遗传基础需要进一步拓宽。     

基于SSR分子标记的154份桃品种遗传多样性分析

利用简单重复序列(SSR)分子标记对桃种质资源的遗传多样性和群体结构进行分析,构建桃品种的分子数据库,为桃品种的鉴定提供技术依据。利用10个SSR标记对154份桃品种进行指纹采集,通过聚类分析和群体结构分析研究其遗传多样性。结果表明,10对SSR引物共检测出140个等位变异,变异范围为8～27;共获得304个基因型,变化范围为17～59;引物多态性信息含量(PIC)变化范围为0.510 9～0.824 2,申请品种保护和登记的品种遗传多样性较已知品种低。根据Nei’s遗传距离进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,供试品种可划分为5个大类,各品种间的遗传距离在0.029 3～1.000 0之间,其中2对品种未区分开。对供试品种进行群体结构分析,发现可以划分为4个亚群,大部分材料的亲缘关系比较单一。方差分析结果表明,10%的遗传变异来自群体间,72%的遗传变异来自群体内部,群体内的变异大于群体间。154份桃品种的遗传多样性水平适中,群体间的遗传分化程度处于中等水平,同一育种单位的品种遗传距离较近。研究结果可为不同类型桃育种创新、分子指纹数据库的构建及品种鉴定提供参考依据。     

基于SSR荧光标记的79份桃种质遗传多样性分析

【目的】利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对取自国家果树种质南京桃资源圃的79份种质进行基因分型和遗传多样性分析,筛选出多态性高的引物可用于桃品种间鉴定、亲缘关系分析,并用于分子标记辅助选种体系建立。【方法】对母本‘中油4号’进行从头测序,以物理距离1 Mb为单位在全基因组范围内开发SSR标记。以79个桃品种为材料进行PCR扩增,扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后筛选目标条带清晰且多态性丰富的标记。对筛选出的标记进行5′端荧光修饰,PCR产物在ABI3730XL测序仪测序,实现对标记的复筛。利用Genemapper 4.0软件对测序结果进行统计,Data Formater 2.1软件将统计得到的bp数据转换成Power Marker v3.25软件所需要的数据格式。对筛选出的引物进行多态性分析,选择多态信息含量（PIC）大于0.45的荧光SSR引物作为79份种质材料的核心引物。以Nei’s为参数,利用NTSYSpc 2.1软件中的UPDM聚类方法分析品种间的遗传多样性。利用基于贝叶斯模型的Structure v2.3.4软件解析79份种质的居群遗传结构。【结果】基于79份种质,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对覆盖全基因的SSR标记进行初筛,共筛选出207对多态性良好的引物;利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对207对引物进行复筛,最终筛选出26对核心引物,利用其中5对核心引物可将79份品种完全区分开。26对SSR核心引物在79份桃种质中共扩增出174种多态性基因型,每对引物扩增出的基因型为4—13种,平均每对引物扩增出6.69个基因型,每对引物的多态信息含量PIC在0.45以上。基于207对SSR引物在79份种质中扩增出的位点信息,构建了79份种质的遗传关系图谱和居群遗传结构图。207对引物从遗传距离上将79份种质划分为7组,从居群结构上分为2组。79份品种遗传多样性较高,部分品种聚类结果与系谱图相符。【结论】构建了79份材料的聚类分析图和居群遗传结构图,在一定程度上揭示了79份材料的亲缘关系。由于桃复杂的遗传背景,不能依据单一特性对品种间亲缘关系进行判定。本研究筛选出的26对核心引物可用于全基因组范围内连锁性状的鉴定、桃种质资源鉴定、新品种鉴定及保护、分子标记辅助育种体系构建。     

基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究

评价了桃种质资源的遗传多样性水平及遗传结构,为其保存提供理论依据。利用12对SSR引物对53份桃种质资源进行了遗传多样性分析,利用Neighbor-Joining聚类对其遗传结构进行了分析比较。结果表明:(1) 12对引物在53个样品中的平均等位基因数(Na)为7.917,Shannon多样性指数(I)为1.409,平均有效等位基因数(Ne)为3.399,平均观察杂合度(Ho)为0.657,期望杂合度(He)平均值为0.678。(2)基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析表明:53个桃样品被分为3个组,同时能清楚地鉴别出同物异名的种质资源。由此可知,供试的桃种质资源表现出较高的遗传多样性水平;大部分遗传关系较近的品种以及部分形态学性状相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的关联性,同时聚类结果与品种的地理分布具有一定相关性。     

基于SSR标记的茶树新品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用EST-SSR标记对14个茶树新品种进行了遗传多样性分析和分子指纹鉴定。结果表明:10个SSR标记在14个品种中共检测到29个等位基因,平均每个标记2.9个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.387和0.756,参试品种中多态性适中。不同等位基因的出现频率有较大差异,其变异范围在3.57%~89.29%。参试品种的Nei′s遗传距离(D)在0.036~0.472之间,当D=0.12时,可将14个茶树品种聚为三类。利用4个核心标记即可区分全部14个品种,并根据获得的等位基因带型,构建了各个品种的分子指纹图谱。     

黑龙江省水稻品种SSR标记遗传多样性分析

选用分布于水稻12条染色体上的52对SSR引物,对黑龙江省近几年育成品种(系)和过去主栽品种以及日本引进品种共54份材料进行遗传多样性分析。结果表明,供试品种的20项表型性状均有显著或极显著的遗传差异,其中黏滞峰消减值变异系数最大,整米粒率与下降黏度值次之,糙米率和糊化开始温度变异系数最小;在52对SSR引物中45对引物有多态性,共扩增出160个等位位点,平均3.6个,香农指数变幅为0.040～0.702,平均为0.285;高多态性SSR位点主要发生在染色体2、5、7、11上,低多态性SSR位点主要发生在染色体6、8、10、12上;供试品种的遗传相似系数变幅为0.667～0.963之间,平均值为0.786,且83.4%的供试品种其遗传相似系数在0.740～0.840之间,亲缘关系较近;通过UPGMA聚类,供试品种被分为3大类,绝大多数供试品种都聚在同一类。     

库尔勒香梨的EST-SSR 标记开发 及遗传多样性分析

利用已公开的梨EST序列(2 398条)开发SSR引物,分析梨EST序列中SSR分布及特征,针对库尔勒香梨进行引物筛选,并分析受香梨优斑螟为害程度差异较大香梨18株样本的遗传多样性。结果表明:EST序列中有1 813条无冗余序列,141条含162个SSR,占全部EST的7.78%,出现频率8.94%,平均分布距离为4.93 kb,但不同微卫星的重复类型间差异很大(9.51~79.87 kb),二核苷酸重复最为常见,占SSR比例达到51.85%。从设计的123对引物中,选取41对SSR引物进行筛选,发现17对引物扩增效果和多态性较好,共检测出111条多态性条带,等位基因Na为5.53,有效等位基因数Ne为3.74,Nei’s基因多样性指数He为0.69,Shannon’s多样性指数I为1.40,受害较重的G组香梨个体主要集中在UPGMA聚类的0.78分支处。     

用SSR标记研究谷子品种的遗传多样性

用37对SSR标记对40个谷子品种(来自我国的37个谷子品种及从印度、俄罗斯引进的3个谷子品种)进行遗传多样性研究,37对引物共检测出228个等位变异,引物检测出的等位变异数在3～12之间,平均每个位点检测出的等位变异数为6.16,37个位点的平均多态信息量(PIC)为0.697.研究这37个SSR标记重复单元出现次数与多态信息量及等位变异数之间的相关性,发现多态信息量与等位变异数呈极显著相关,相关系数达到0.802(P<0.01),而多态信息量与重复单元出现次数之间相关性也达到显著水平.相关系数达到0.429(P<0.01).对40个谷子品种进行聚类,在遗传相似系数为0.79时聚为5组,聚类结果表明除山西外几乎所有来自我国不同地区的谷子育成品种都被聚成1组,多数农家品种聚类群与生态类型存在一定的一致性.     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

中国主要苎麻品种遗传多样性的SSR标记分析

从76对SSR引物中筛选出29对多态引物,对我国9个主要苎麻品种进行了遗传多样性研究。结果表明:共检测到152个位点,其中多态性位点为127,占总扩增位点的83.55%,每对引物检测到2～11个位点,平均为4.38个,片段大小介于100～600bp;Popgene分析显示Nei基因多样性为0.337 1,Shannon信息指数为0.507 1;聚类分析结果显示9个苎麻品种的遗传相似系数为0.58～0.78,在遗传相似系数为0.62处可将全部材料分为A、B、C三大类,聚类分析结果与系谱来源有较好的一致性。     

葡萄品种资源的SSR鉴定及遗传多样性分析

用筛选出的12对SSR引物分析了39个葡萄品种的遗传多样性。结果表明:12对引物在上述品种中共扩增出155条谱带,其中多态性带149条,占扩增总带数的96.13%,特异性条带8条,占5%,所扩增的片段大小在50~1 000 bp之间,不同引物扩增的带数在5~24之间,平均12.9条。扩增条带最多的是引物VrZAG67,扩增出24条带;最少的是VrZAG47,仅扩增了5条带。品种间遗传相似系数变异在0.374~0.974之间,在相似系数为0.660的阈值下,可将39份材料分为3大类群。第1类包括"格拉卡"和"美人指"2个品种;第2类包括"玫瑰香"、"红旗特早"、"达米娜"、"红玫瑰"等30个品种;第3类包括"京云"、"奥古斯特"、"无核早红"、"巨峰"等7个品种。     

37个新引进的薄壳山核桃品种遗传多样性SSR分析

对37个新引进的薄壳山核桃品种生物学性状进行分析,采用已开发的薄壳山核桃引物和山核桃引物,通过SSR(simple sequence repeat)技术对这37个品种进行遗传多样性分析。结果表明,引进的37个品种遗传多样性不明显,筛选获得的14对SSR引物共扩增出112个等位基因位点,平均每对引物获得8个等位基因位点,最多是20个,最少是3个,多态性最高为100%;通过Ntsys2.10软件对37个薄壳山核桃品种进行聚类分析,得出遗传相似系数为0.607～0.955,平均0.781,Eliott和Schley关系最近,Van Daman与Disirable,Van Daman和Eliott,Barton与Owens,Owens与Stuat,Disirable与Dependable间的遗传关系最远。这表明美国薄壳山核桃品种间遗传多样性较低。     

不同核桃品种的SSR分析

应用SSR技术对21个核桃品种和1个枫杨品种的基因组DNA进行遗传多样性的研究。用筛选出的10对引物对供试材料进行SSR分析,共扩增出67条清晰的谱带,不同引物扩增出的DNA条带数量在4～24条之间,分子量大小在85～300 bp之间,依据特征谱带,可直接鉴别出供试品种,其中引物WGA32的鉴别效率最高。对扩增出的67条带进行聚类分析,结果表明,普通核桃和枫杨亲缘关系较远,不同地域起源的品种界限不明显。     

基于SSR标记的福建省若干水稻品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

以24份杂交稻品种和18份杂交稻亲本为材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。24对引物在研究材料中共检测到74个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为3.1个。基于24个SSR标记的扩增结果,利用NTSYS 2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:42份材料之间的相似系数变化范围为0.60~1.00,在遗传相似系数0.68处可以将42份材料分为6个类群,较好地反映了供试材料的亲缘关系,可为水稻育种中亲本选择提供参考。同时建立了42份材料×12个SSR标记的指纹图谱,为杂交水稻品种纯度和真伪鉴定提供科学数据。     

3类苹果资源遗传多样性的SSR对比分析

以18个新疆野苹果优系、23个鲜食苹果品种和7个苹果砧木品种为材料,对3类苹果资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析,并对不同SSR引物的效率值进行对比分析,同时应用定位到17条染色体的80对SSR引物对3类苹果进行分析。总计扩增出254个位点,多态性位点百分率为99.61%,平均每对引物扩增位点8.47个。3类苹果多态位点百分比高低关系为新疆野苹果砧木苹果鲜食苹果;Neis基因多样性、Shannons指数和有效等位基因的高低关系为砧木苹果新疆野苹果鲜食苹果。聚类结果显示,48个品种分为鲜食苹果、新疆野苹果和苹果砧木3类,在0.68处,鲜食苹果和新疆野苹果聚到一起,说明二者有相对较近的遗传关系。新疆野苹果遗传多样性较高,鲜食苹果最低;鲜食苹果起源于新疆野苹果;不同引物的遗传参数差异较大,选择的引物效率值不同,说明引物选择的重要性。     

13份烟草种质遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

利用10对引物对吉林省11份晒烟种质和2份烤烟种质进行遗传多样性与亲缘关系的SSR分析,并作为参比。结果表明,10对引物共扩增出53条带,其中多态性条带45条,占扩增总带数的85%。不同种质间遗传相似系数介于0.321～0.893,表现出丰富的遗传多态性。聚类分析结果表明,烤烟与晒烟之间的遗传差异明显,而晒烟种内遗传基础相对狭窄。     

AFLP对广西主栽木薯品种的遗传多态性分析

利用AFLP分子标记方法对广西主栽21个木薯品种进行基因组DNA多态性分析,筛选出E-ACT/ M-CAT、E-ACA/ M-CAA与E-AGG/ M-CTT三对选择性扩增引物,并对所得的结果进行UPGMA聚类分析.结果表明,品种间相似系数较高,都在0.661～0.865之间,从相似系数0.755处划分,可划分为两个主要类群,GR891、GR911等属于同一类群;面包木薯、桂经引983、新选048等品种属同一类群;南植105,南植188,泰农50,年海一号,其差异明显,不属于同一类群,可能与引种的地区不同有关.     

苦玄参育种材料遗传多样性SSR分析

[目的]探索苦玄参育种材料的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参育种资源的选择及遗传改良提供参考依据.[方法]利用SSR分子标记,分析12份苦玄参育种材料的基因多样性指数(Nei)、Shannon多态性信息指数(Ⅰ)、多态性百分率(P)及各材料间的遗传距离,并基于遗传距离对其进行聚类分析,以明确该育种材料的遗传多样性和亲缘关系.[结果]17对SSR引物共扩增出73个等位基因,平均每对引物4.3个.各引物间P变化范围为8.33%~100.00%,平均60.78%;多态信息量(pIC)变化范围为0.0767~0.7598,平均0.5184.供试材料遗传多样性的平均Nei=0.3002、I=0.4162、P=59.81%,其中xyj01、xyj06和ytL09种质Nei、I和P最高,分别为0.3529、0.4893和70.59%;Lxj 12种质Nei、I和P最低,分别为0.2059、0.2854及41.18%.ytl09和zgb03 2份种质间遗传距离最近,仅0.0929.基于遗传距离的聚类分析结果表明,在遗传距离0.4084处可将12份种质分成4个群体,其中wzhjx07、lxj09和xyj01自成一群,其余归为一群.Lxjl2与zgb04、ytll 1与wzhjx09、ytl09与zgb03、wzhjxl2与xyj06和wzhzp22间分别拥有较近的亲缘关系.[结论]供试12份苦玄参种质材料间存在一定的遗传差异,作为育种亲本具有一定的选择价值.     

苹果EST-SSRs标记开发及其应用于苹果品种遗传多样性分析

该研究旨在分析苹果EST中SSR位点分布规律,开发苹果EST-SSR引物,探究基于EST-SSR的苹果品种遗传差异。从NCBI公共数据库中下载63 708条苹果表达序列标签(Expressed sequence tag,EST),首先利用MI-SA软件进行SSR位点查找,筛选出符合条件的SSR位点,利用Primer 5.0 Plus软件设计49对引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增产物,总结其特点,并回收部分产物测序,以验证其真实性。结果显示63 708条苹果的EST序列中有5 423条含有总计6 153个SSR位点。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占总SSR的50.38%、14.85%和15.47%。电泳结果显示有33对引物能在22个苹果品种中扩增出理想的PCR产物,其中25对引物能扩增出多态性条带,测序结果显示引物能扩增出目标片段。ES7-SSR分子标记体系的聚类结果与富士系苹果家族关系基本吻合。     

用EST-SSR标记评价21份黄瓜种质的遗传多样性

采用15对EST-SSR引物对21份不同生态类型(华北型、华南型、欧洲温室型和野生种)的黄瓜种质进行了分析,共检测到65个等位基因,平均4.33个,多态性信息量(PIC)值变幅0.177 ～0.748,平均值为0.470,表明12对引物具有高度或中度多态性.NTSYS软件聚类分析表明,21份黄瓜种质可分为2大类,外来种...