甘肃省山丹地区马子宫内膜炎主要病原菌的分离鉴定及多重PCR检测方法的建立

旨在对甘肃省山丹地区马子宫内膜炎主要致病菌进行分离鉴定并建立一种病原菌多重PCR(multiplex polymerase chain reaction, MPCR)检测方法。根据病原菌分离鉴定结果,选取主要致病菌金黄色葡萄球菌(Saphylococcus aureus,S.aureus)、大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)和马链球菌(Streptococcus equi,S.equi)进行多重PCR检测方法的建立。提取3种标准菌株基因组并基于nuc、phoA、fneB的保守区域设计3对特异性引物,扩增预期核酸片段分别为1 319,385,109 bp,进行引物特异性MPCR验证同时对扩增条件中的退火温度、引物浓度优化,建立检测3种病原菌的多重PCR,完成样品检测评估。结果表明,山丹地区马子宫内膜炎主要致病菌为金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和马链球菌,设计的引物与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,S.agalactiae)、肺炎链球菌(Pneumococcus)无交叉反应,建立的多重PCR检测方法退火温度在59.4℃时最佳;在引物为0.3～...     

双重PCR检测奶牛隐性乳房炎大肠杆菌与无乳链球菌方法的建立及应用

为快速检测奶牛隐性乳房炎主要致病菌大肠杆菌和无乳链球菌,分别针对2种致病菌16S-23S rRNA和16S rRNA基因设计2对特异性引物,优化并确立双重PCR反应体系。特异性检测表明,对其他对照菌株未扩增出目的条带;敏感性试验表明,该双重PCR对大肠杆菌、无乳链球菌的最小检测浓度分别为10~2、10~3cfu/mL。同时采用双重PCR与细菌学检查法对送检的96份奶样进行检测,结果双重PCR检出63份大肠杆菌阳性、54份链球菌阳性;细菌学方法检出29份大肠杆菌阳性、37份链球菌阳性。说明本研究建立的双重PCR方法敏感、快速,可用于检测大肠杆菌和无乳链球菌引起的奶牛隐性乳房炎。     

马疱疹病毒1型QuantStudio~(TM)3D数字PCR检测方法的建立

试验旨在建立一种高灵敏性的马疱疹病毒1(EHV-1) 3D数字PCR(3D-dPCR)检测方法,对EHV-1病毒含量较低的样品能准确定量检出,实现马鼻肺炎早期诊断及预防。根据EHV-1糖蛋白B基因保守区域设计特异性引物和探针,优化3D-dPCR反应体系中引物探针浓度和退火温度,对该方法进行灵敏性、特异性、重复性分析,建立了EHV-1的3D-dPCR方法。本研究建立的3D-dPCR方法,引物和探针最佳浓度分别为0.4和0.4μmol/L,最佳退火温度为60℃,该方法绝对定量曲线的R~2=0.998,线性关系良好,与实时荧光定量PCR方法相比灵敏度高10倍左右,最低检出限为5.83拷贝/μL;批内和批间重复性试验变异系数均3.2%;与EHV-4、马泰勒虫、马病毒性动脉炎的核酸无交叉反应;通过对123份临床样品进行3D-dPCR检测,结果显示,3D-dPCR方法阳性检出率为66.7%,高于世界动物卫生组织(OIE)中EHV-1的实时荧光定量PCR方法阳性检出率64.2%。3D-dPCR方法对病毒含量较高的样品与实时荧光定量PCR结果一致,对病毒含量较低的样品敏感性更高,能有效检出可疑样品。本试验结果表明,建立的3D-dPCR方法检测低拷贝数的临床样品时灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于EHV-1的准确定量检测。     

快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种双重PCR方法的建立

本试验旨在建立一种快速、特异、敏感的双重PCR鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种病原检测方法。根据猪链球菌GDH蛋白和马链球菌类 M 蛋白的基因保守区分别设计引物,优化了该双重PCR检测方法的引物浓度及比例,并筛选了其最佳退火温度;用该双重PCR反应体系以其他几株阴性菌株为对照,检测了该反应体系的特异性。以新鲜培养的猪链球菌倍比稀释后进行菌落计数,对该检测方法的敏感性进行了鉴定。M-like和GDH引物的加入量均为1 μL(20 pmol/L),最佳退火温度为52.3℃;该双重PCR反应体系有较高敏感性,检测马链球菌兽疫亚种和猪链球菌的敏感度分别达100和10 CFU;特异性试验结果显示,常见的5种病原菌在该双重PCR体系中无特异性条带出现;临床应用该方法分离鉴定了1株猪链球菌和2株马链球菌兽疫亚种。本试验建立了一种能同时检测猪链球菌和马链球菌兽疫亚种的双重PCR方法,且该方法应用快速、特异且敏感。     

狂犬病病毒微滴式数字PCR检测方法的建立

为了建立可绝对定量狂犬病病毒(RABV)的微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本试验根据RABV基因组起始区域设计引物和探针,继而优化引物和探针浓度以及退火温度,并对建立的ddPCR方法的灵敏度、特异性和重复性进行分析。结果显示：ddPCR方法的最佳引物和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃;ddPCR方法的标准曲线相关系数(R²)为0.999,呈现良好的线性关系;灵敏度高,最低可检测到3.37 copies/μL;特异性良好,与常见犬病原无交叉反应;重复性好,检测结果稳定。临床样品的检测结果显示,本试验建立的狂犬病病毒ddPCR方法与实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)方法的符合率为100%。结果表明,本试验建立的狂犬病病毒微滴式数字PCR方法灵敏度高、特异性强,可用于狂犬病病毒的绝对定量检测。     

BVDV和IBRV双重实时荧光定量PCR检测方法建立

根据牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′端非编码区和牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)gB基因保守区基因序列,参考文献分别合成了2对特异性引物和探针。利用构建的包含BVDV和IBRV目标基因片段的阳性质粒,对退火温度、引物和探针的浓度以及反应条件进行了优化,构建了实时荧光定量PCR(qPCR)标准曲线,并对双重qPCR方法的特异性、敏感性和重复性进行了评价。试验结果显示,qPCR最适退火温度为54.0℃,BVDV引物浓度为0.2μmol/L,IBRV引物浓度为0.3μmol/L,BVDV探针浓度0.2μmol/L,IBRV探针浓度为0.1μmol/L。BVDV的RNA最低检测限为100拷贝/μL,IBRV的DNA最低检测限为1拷贝/μL,并具有良好的特异性和重复性,为BVDV和IBRV的同时、快速、定量检测提供了有效的方法。     

副流感病毒5型荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立检测副流感病毒5型(PIV5)的荧光定量RT-PCR方法,针对PIV5 L基因设计筛选出一对特异性引物和探针,对退火温度、引物浓度、探针浓度进行了优化,并进行了敏感性、特异性和重复性试验。结果显示：最适退火温度为54.7℃,最适引物浓度为0.5μ mol/L,最适探针浓度为0.1μ mol/L。检测灵敏度为10 copies、0.8-1TCID50,特异性结果显示与BPIV3等22种常见病毒均无交叉,重复性试验显示不同模板浓度重复检测变异系数均小于1.5%,重复性良好。     

奶牛乳房炎致病菌多重Taq-Man荧光PCR检测方法的建立

为同时检测大肠杆菌、无乳链球菌和金黄色葡萄球菌,提高对奶牛乳房炎的诊断率,本试验针对3种病原菌的保守序列设计合成了3套特异性引物,通过优化PCR反应体系和反应条件,建立了多重Taq-Man荧光定量PCR检测方法。结果显示,该检测方法具有高特异性,与肠炎沙门菌、肺炎克雷伯菌及鲍曼不动杆菌等无交叉反应;大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和无乳链球菌的最低检测浓度分别为10~(3 )、10~2和10~(4 )拷贝数/μL,敏感度较高。DNA各个拷贝数浓度的变异系数均低于2.02%,表明重复性良好。对24份临床采集奶样的检测结果表明,建立的多重Taq-Man荧光定量PCR检测方法可用于临床大肠杆菌、无乳链球菌和金黄色葡萄球菌感染引起的奶牛乳房炎的检测,具有良好的推广应用价值。     

牛乳中无乳链球菌PCR快速检测方法的建立

根据GenBank公布的的SIP基因序列,设计一对特异性引物,通过对PCR方法的优化,建立了牛无乳链球菌性乳房炎的快速PCR检测方法。用建立的PCR检测方法对患牛乳中无乳链球菌总DNA进行扩增．获得大小为945bp的DNA片段。特异性试验表明,停乳链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌DNA均未扩出条带;敏感性试验表明,该对引物能够检测到的最低DNA浓度为1．25ng;重复试验表明该方法具有良好的重复性和稳定性。     

非洲猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

本研究为了建立一套检测非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)的实时荧光定量PCR检测方法,根据GenBank公布的23株编码ASFV结构蛋白p72的基因序列,设计引物和探针,优化退火温度、Mg^2＋浓度和引物、探针浓度,生成标准曲线,进行重复性、敏感性、特异性试验,并检测样品。结果显示,优化的退火温度为60 ℃,Mg^2＋终浓度为4 mmol/L,引物、探针终浓度分别为0.8、0.3 μmol/L。重复性试验变异系数均小于1.3%,敏感性试验最低能够检测到10拷贝/μL的质粒,以其他5种猪病病毒和ASFV质粒为模板进行特异性试验,只有ASFV质粒出现扩增曲线。结果表明,建立的实时荧光定量PCR方法是快速、灵敏、特异的检测ASFV的方法。