西瓜二倍体及同源多倍体SRAP多态性分析

本文采用SRAP分子标记对不同倍性西瓜的多态性进行了分析.用25对引物组合对西瓜不同倍性材料中扩增,其中18对引物组合共获得676条谱带,平均每对引物组合产生37.6条谱带.其中多态性谱带共12条,5条为2×特有带,4条为3×特有带,3条为4×特有带.结果表明不同倍性西瓜之间SRAP多态性较低.     

基于基因重测序信息的大豆基因靶向CAPS标记开发

为了开发大豆基因靶向的功能分子标记,本研究采用生物信息学方法分析了大豆基因重测序数据,筛选出酶切位点突变的SNP位点,设计PCR引物163对,选用东北地区主栽品种绥农14的DNA为模板进行PCR扩增,其中139对引物获得大小为400~1 200 bp的特异片段。以大豆绥农14、合丰25、Acher、Evans、Peking、PI209332、固新野生大豆、科丰1号和南农1138-2的DNA为模板,采用筛选的139对引物进行PCR扩增,对扩增产物进行酶切分析,发现73对引物的PCR产物具有酶切多态性,开发出CAPS标记73个。通过功能注释分析发现,这73个CAPS标记靶向的基因主要参与细胞内亚细胞定位过程、蛋白质的结合与催化以及代谢过程等,与大豆重要农艺性状的形成相关,可以用于大豆品种的鉴定和分子系统进化的研究。     

黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析

 根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1, 以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ 3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。     

基于全基因重测序的芒果细菌性角斑病抗性相关SNP分析

芒果细菌性角斑病是芒果生产上的重要细菌病害之一,为揭示芒果品种对细菌性角斑病的抗性差异,本研究通过全基因组重测序技术对高抗细菌性角斑病品种‘热农1号’和高感细菌性角斑病品种‘凯特’进行测序,通过与参考基因组‘红象牙’进行比对,进行数据统计与质量检测、序列比对及多态性SNP位点分析。结果表明,在测序深度10X下,‘凯特’和‘热农1号’分别获得5.93 Gb和4.55 Gb的数据量,过滤后的Q30达到92.4%和92.3%。将获得的原始数据与参考基因组对比,‘凯特’和‘热农1号’比对上的reads数目分别是31 108 817和30 217 182。‘凯特’和‘热农1号’分别检测到3 530 706和3 325 884个SNP位点,产生非同义突变的SNP位点数分别为133 283和127 148个,杂合度为0.43%和0.36%,转换和颠换的比值为2.24和2.25。基于抗病品种‘热农1号’和感病品种‘凯特’全基因组重测序数据比较的结果,获得到了3 258 857个差异SNP位点和33 161条基因信息,其中有937个基因参与抗病蛋白的调控。本研究结果可以在一定程度上反映抗感细菌性角斑病的...     

广东不同时期水稻主栽品种抗病基因同源序列多态性分析

为掌握广东不同时期水稻主栽品种抗病基因同源序列(RGA)多态性变化,利用3对RGA标记分析了广东20世纪50年代初地方品种及1972、1980、1994和2008年主栽品种。按供试品种RGA-PCR指纹聚类,以相似系数0.81为标准将171份品种分为20个类群。这五类品种分别分布于11、7、4、8、11个类群中,它们的Nei遗传多样性指数分别是0.801、0.682、0.493、0.603和0.527。相对于地方品种,1972、1980和1994年品种RGA多态性低是由于品种类群少及品种在各类群中分布均衡性差,2008年品种RGA多态性低是由于该年大多数品种属于同一类群,品种在各类群中分布均衡性差。因此保持品种抗性多样性,既要保证丰富类群,又要确保品种在各类群中分布均衡。近年来品种抗性背景趋同化是广东抗性多样性降低的主要原因,今后在新品种的选育上应均衡利用不同抗源。     

基于二代测序数据开发以93-11为亲本的水稻SNP-dCAPS标记的研究实例

作为第一个全基因组序列被测定的籼稻材料,93-11,已成为开展水稻分子遗传、功能基因定位和克隆等研究的最重要亲本之一。公共数据库公布的93-11序列为开发水稻SNP标记奠定了重要基础,但其序列中存在的部分错误,也给相应研究工作带来困扰。本研究通过双重参考日本晴序列和93-11序列,进行候选SNP位点碱基多重比对,建立了一个推测、甄别93-11公共数据库误差序列,开发SNP标记的实践方法。基于本研究建立的方法,针对一个涉及稻瘟病抗性材料P400突变基因所定位区间,结合dCAPS策略,展示了高效开发SNP-dCAPS标记的实例。研究结果表明,本研究建立的方法对利用93-11为亲本,开展水稻功能基因分离等工作,有积极的借鉴意义。     

苏钟猪FTO基因的mRNA表达、克隆测序及其生物信息学分析

脂肪肥胖相关基因(FTO)在控制食欲和能量消耗方面具有重要作用。为进一步了解猪FTO基因的结构和功能,以苏钟猪为试验对象,利用RT-PCR方法,分析该基因在苏钟猪5种不同组织(肺脏、肝脏、心脏、背膘和背最长肌)RNA水平的表达谱信息;对苏钟猪FTO基因的编码序列(CDS)进行了克隆测序,并用生物信息学方法分析了苏钟猪FTO蛋白的结构和不同物种间的同源性。结果表明,FTO基因在苏钟猪各组织中的mRNA表达丰度表现为:背膘>心脏>肺脏>肝脏>背最长肌,其中背膘中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。苏钟猪FTO的CDS区发现了8个SNPs,分别为G52A、C523T、G628A、A655G、A810G、A886G、G1002A和A1344G。苏钟猪FTO基因编码一个含505个氨基酸的蛋白,理论等电点为5.23,具有亲水性,不存在信号肽,是非分泌型蛋白,与牛、绵羊、狗等物种的亲缘关系最近。FTO的mRNA表达对苏钟猪的皮下脂肪、心脏、肌肉等组织的脂肪沉积有一定影响,其编码序列中丰富的SNPs可成为苏钟猪肉质改良育种中的重要分子标记。     

棉花多抗品种中植棉KV-1抗病基因同源序列的克隆与分析

 许多抗病基因都具有核苷酸结合位点（NBS）和富亮氨酸重复区（LRR）。根据已知的NBS-LRR类抗病基因的保守序列,分别设计一对简并引物和一对特异引物,用以扩增棉花基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到10条NBS-LRR类RGAs。推导的氨基酸均具有抗病基因的P-loop（kinase-1a）、kinase-2、kinase-3a及GLPL区。同源性比较发现,其中1条属于TIR-NBS LRR类,其余9条属于non-TIR-NBS-LRR类。1条TIR-NBS-LRR类RGAs与已克隆的N、L6、M等抗病基因的同源性为51%~60%,9条non-TIR-NBS-LRR类RGAs与已克隆的RPS5、RPR1、Xa1等抗病基因的同源性为51%~60%。这些抗病基因同源序列（RGAs）可作为分子标记筛选棉花的抗病候选基因。     

全基因组重测序分析4个毛竹变型的秆形和秆色变异

为揭示毛竹重要变型的全基因组突变类型,选取4个有代表性的毛竹变型,采用高通量重测序技术,进行全基因组重测序,测序深度12×。分别提取毛竹4个变型与参考基因组间发生非同义突变的SNP、CDS区发生InDel与SV的基因,比较可以发现,2个秆形变异的竹种圣音竹和厚壁毛竹基因组的变异基因数目和变异类型相近,而2个秆色变异的竹种黄槽毛竹和黄皮花毛竹基因组的变异数目和变异类型相近。4个毛竹变型均存在多个基因同时存在多种类型突变。将变异基因与GO、COG、KEGG等功能数据库进行比对、注释,共获得1 739个参与细胞壁、细胞膜合成的基因,501个细胞骨架构建相关基因,1 785个转录因子相关基因,1 324个信号转导相关基因,104个赤霉素相关基因,76个激素代谢相关基因,1 938个叶绿素合成相关的基因,73个类胡萝卜素合成代谢相关基因和68个花青素合成调控基因,这些差异基因分别在毛竹秆形和秆色调控方面起着重要作用。     

棉花4个GL2同源基因的序列比较及表达分析

拟南芥GLABRA2(AtGL2)在决定拟南芥叶毛和根毛细胞的分化中起重要作用。通过同源序列查询从棉花的EST库中找到4个与AtGL2高度同源的全长编码序列(GhHOX1、GhHOX2、GhHOX3和GhHOX4)。序列分析表明4个棉花HOX基因与AtGL2基因Homeobox结构域相同氨基酸分别达到95%、71%、72%和63%。实时RT-PCR分析结果显示, GhHOX1、GhHOX3和GhHOX4均在伸长期的纤维中优势表达; 而GhHOX3在开花当天野生型胚珠中的表达量明显高于无绒无絮突变体。说明棉花GL2同源基因在棉花纤维的起始和伸长中具有重要的调控作用。     

杉木二代种子园自由授粉球果解剖性状分析

介绍了贵州省杉木二代种子园无性系自由授粉球果解剖的结果：单个球果的平均干重为10．54g，果纵径2．9cm，果横径2．57cm，总鳞片55．94，可育总鳞30．63，种子的生产潜力为91．89。二代种子园同一无性系的球果类型基本一致，但少数无性系的球果类型有两种或两种以上，球果以紧包宽鳞型为主，占全因无性系的37．5％。树冠中上部的球果总鳞片和种子生产潜力比下部略多，方位间的差异非常小。二代种子园自由授粉球果性状差异较大，但是与初级种子园相比，较球果的纵径和横径、可育鳞与总鳞片的比值基本一致，而可育种鳞和种子生产潜力比初级种子园小。     

河北省二代棉铃虫发生趋势预报

<正>河北省植保植检站预计二代棉铃虫将中等发生,发生盛期比常年偏早2~5天左右。主要依据:(1)麦田残虫量高。一代麦田个别地块虫量偏高,是近几年发生密度较高年份,沧县调查最高6~9头/m2。5月28日至6月1日全省普查,麦田一代残虫全省平均0.1062头/m2,是上年的2倍,残虫数量在近几年中仅略低     

明日叶二氢黄酮醇4-还原酶(AkDFR)基因的克隆及生物信息学分析

二氢黄酮醇4-还原酶(DFR)基因是类黄酮合成途径的关键酶之一,在植物花色形成和黄酮物质合成中起着重要的作用。根据明日叶转录组测序得到的序列设计引物,以明日叶叶片cDNA为模板,通过RT-PCR方法克隆得到明日叶DFR基因的完整序列,并对其进行生物信息学和组织特异性分析。结果表明明日叶的AkDFR基因开放阅读框(ORF)有1 131 bp,编码376个氨基酸,蛋白大小为42.42 kD,等电点为5.83。用DNAman同源序列比对结果表明,明日叶的AkDFR基因与胡萝卜、杜鹃的DFR基因同源性均在80%以上。生物信息学分析AkDFR基因没有信号肽和跨膜区域,亲水系数为负数,可能为亲水蛋白。α-螺旋和无规则卷曲是DFR的主要二级结构元件。AkDFR基因在明日叶的不同组织中均有表达,其中叶片中的表达量最高。明日叶AkDFR基因的克隆及其生物信息学分析将为提高明日叶黄酮类化合物提供理论依据。