槟榔江水牛STAT5A基因多态性及MspI PCR—RFLP遗传标记的建立

[目的]信号转导及转录激活因子（STAT5A）基因主要参与哺乳动物乳腺组织中细胞因子的信号转导,对泌乳活动具有重要的调控作用。[方法]根据牛的STAT5A基因序列设计引物,本文采用直接测序和PCR—RFLP技术首次研究了槟榔江水牛STAT5A基因多态性。[结果]共检测到38个SNP位点,其中4个SNP位于外显子,34个SNP位于内含子,4个外显子SNP没有导致氨基酸的变化,属于同义突变。内含子15中的一个C／T变异产生了一个MspI酶切位点,因此我们建立了PCR—RFLP检测标记。本研究计算了24个SNP位点在槟榔江水牛群体中的等位基因频率及基因型频率,结果显示21个处于Hardy-Weinberg平衡状态,3个偏离Hardy-Weinberg平衡状态。[结论]本研究结果表明,槟榔江水牛STAT5A基因存在高度多态性,可能与槟榔江水牛的遗传背景有关。SNP的发现及PCR—RFLP标记的建立为进一步研究STA5A基因变异与槟榔江水牛经济性状的关系提供了重要基础资料。     

FST基因在槟榔江水牛和德宏水牛中的遗传变异分析

为了研究卵泡抑素(FST)基因在槟榔江水牛和德宏水牛中的特征,试验采集43头槟榔江水牛和48头德宏水牛的血样,利用牛基因组报道的牛FST基因序列设计引物,采用PCR扩增和序列测定等分析技术,研究了这两种水牛的FST基因多态性、基因频率和基因型频率,构建了单倍型和单倍型亲缘关系聚类图,分析了杂合度、遗传分化系数等群体遗传特征。结果表明:FST基因在槟榔江水牛及德宏水牛中均有高度的多态性,在FST基因上共检测到4个单核苷酸多态性(SNPs)位点,从水牛单倍型间的遗传距离和单倍型聚类图的结构来看,槟榔江水牛与沼泽型德宏水牛亲缘关系较远。从FST核基因上为槟榔江水牛属于河流型水牛起源提供了分子遗传学依据。     

槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长性状的相关性研究

[目的]揭示α-肌动蛋白1（actin alpha 1,ACTA1）基因多态性与槟榔江水牛生长性状的相关性.[方法]采用PCR扩增及基因测序技术研究了槟榔江水牛ACTA1基因多态性,并分析了该基因变异与水牛生长性状的关联关系.[结果]检测到槟榔江水牛ACTA1基因存在2个SNP位点,分别位于第5内含子与第6外显子,水牛ACTA1基因变异与体重、管围等性状存在显著相关.[结论]本研究首次检测了槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长发育性状的关联关系,为槟榔江水牛遗传资源保护利用及标记辅助选择提供了理论依据.     

德宏水牛及其杂交后代染色体多态性分析

[目的]为德宏水牛进一步级进杂交方案的选择提供科学依据。[方法]采用外周血及耳组织细胞培养法与染色体G-带分析对20头德宏本地水牛、25头摩拉与德宏二元杂水牛以及35头尼里与摩拉和德宏三元杂水牛进行了染色体核型分析。[结果]表明:德宏水牛染色体数均为2n=48;二元杂水牛染色体数均为2n=49;三元杂水牛出现2n=49,2n=50两种类型。[结论]从细胞遗传学角度首次阐明了德宏水牛染色体核型特征,揭示了德宏水牛二元杂、三元杂后代染色体多态性遗传规律,并探讨了染色体多态性遗传机理及与繁殖性能的关系。     

牛PLAG1基因多态性与大别山牛生长性状的相关性分析

以安徽大别山牛为试验群体,采用PCR和直接测序技术检测PLAG1基因的多态性,并探讨其多态性对大别山牛生长性状的影响,为大别山牛体尺性状的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用在线软件分析牛PLAG1基因的结构特性,计算等位基因频率、基因型频率和遗传多样性指数,分析HardyWeinberg平衡状态,利用SPSS软件探索PLAG1基因多态性与大别山牛群体体尺性状的相关性。结果显示:牛PLAG1基因编码蛋白质前体结构包含有6个ZnF_C2H2区域和4个low complexity区域,PLAG1基因第1内含子区检测到1个19-bp Indel位点,3’UTR区检测到1个变异位点g.48316CT,二者均属于中度多态(0.25PIC0.50),其中19-bp Indel位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),且DD基因型个体和WD基因型个体的腰角宽和坐骨端宽均显著优于WW基因型个体(P0.05);g.48316CT位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),且CT基因型个体的胸围显著优于TT基因型个体和CC基因型个体(P0.05)。该研究结果初步表明牛PLAG1基因的多态性与其体尺性状显著相关,可以作为大别山牛体尺性状标记辅助选择候选基因之一。     

固定效应对槟榔江水牛体重影响的研究

[目的]槟榔江水牛为我国目前为止发现的唯一本土河流型水牛,具有产奶性能高、肉用性能好的特点,为了进一步阐明槟榔江水牛的生长发育规律,本文收集云南腾冲县巴福乐槟榔江水牛2004~2011年生长发育数据资料,研究性别、月份和年度等固定效应对体重的影响。[方法]应用SAS分析性别、月份、年度等非遗传因素对槟榔江水牛体重的影响,并且用MTDFREML软件分析了固定效应值。[结果]本研究结果表明,槟榔江水牛性别对初生重具有显著影响,公犊平均初生重(35.04kg)显著高于母犊(32.63kg);月份对母牛初生重没有显著影响,公牛的效应值比母牛的较大。[结论]月份对槟榔江水牛的体重有显著的影响,可能与饲料的季节性供给有关。     

槟榔江水牛STAT 5A基因多态性及其与产奶性状的关联性研究

[目的]研究STAT5A基因多态性及其与槟榔江水牛泌乳性状的关联.[方法]采用直接测序和PCR-RFLP技术研究槟榔江水牛STAT5A基因变异,分析其与产奶性状的关系.[结果]槟榔江水牛STAT5A基因存在高度多态性,STAT5A基因多态性与产奶量及乳脂率等产奶性状具有显著相关性;建立了槟榔江水牛STAT5A基因MspI PCR-RFLP遗传标记.[结论]研究结果为槟榔江水牛遗传资源保存及产奶性能的标记辅助选择提供了理论依据.     

河流型水牛热休克蛋白70(HSP70)基因CDS序列的多态性分析

为了研究河流型水牛HSP70基因CDS序列的多态性,试验首先从摩拉水牛、尼里/拉菲水牛、槟榔江水牛、地中海水牛冷冻精液中抽提基因组DNA,以基因组DNA为模板扩增获得河流型水牛HSP70基因,对其进行基因克隆,测序,序列分析;其次对26头摩拉水牛、43头尼里/拉菲水牛HSP70基因CDS序列进行测序、高分辨率熔解曲线检测分析。结果显示:河流型水牛的HSP70基因CDS序列长度为1927bp,4个品种HSP70基因CDS序列相似度高达99%以上;摩拉、尼里/拉菲种公牛HSP70基因CDS序列存在相同的SNP位点,分别是C602T、A708T、A1284G,并产生不同的基因型。摩拉公牛HSP70基因CDs区602bp位点、尼里/拉菲602bp位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态。试验结果说明了HSP70基因在进化上具有高度保守性,但在同一群体中存在多态性。     

德宏奶水牛DGAT1基因多态性及其与产奶性状的相关性分析

探讨德宏奶水牛（摩拉水牛×德宏水牛）DGAT1基因多态性与产奶性状的关系,以期为德宏奶水牛产奶性状标记辅助选择侯选基因的选择提供理论依据。以81头泌乳的德宏奶水牛为研究对象,利用PCR—SSCP方法结合候选基因直接测序法检测DGAT1基因第8外显子及第8内含子区的多态性,并采用最小二乘法分析DGAT1基因多态位点对产奶量、乳脂率及乳蛋白率的影响。结果在德宏奶水牛群体中共检测到CTGG,CCGG和CCGT三种基因型,测序结果显示,在检测的群体中未发现K232A位点的突变,而在DGAT1基因第8内含子的第14位检测到C→T突变,第35位检测到G→T突变。多重比较表明,CCGT基因型对德宏奶水牛的乳脂率有显著影响（P〈0．05）。     

摩拉水牛二酰甘油酰基转移酶2基因的多态性检测

本研究旨在检测水牛二酰甘油酰基转移酶2(diacylglycerolacylt-ransferase,DGAT2)基因的单核苷酸多态性(SNP),探究摩拉水牛多态性位点的群体遗传特征。以广西水牛研究所的57头摩拉水牛为材料,PCR扩增DGAT2基因的部分序列(外显子2及内含子2、3),通过常规测序法检测其SNP,并运用遗传多样性分析软件(POPGENE)和SPSS软件对群体的多态性位点进行基因频率、基因型频率、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)及遗传杂合度(He)的检测。结果表明,在摩拉水牛DGAT2基因外显子2和内含子2、3上共发现了9个SNPs位点(IVS2.54GA、IVS2.158AG、EVS2.191AG、EVS2.228AG、IVS3.311CT、IVS3.444AG、IVS3.451AC、IVS3.466CT、IVS3.521CT),其中EVS2.191AG位点的突变导致氨基酸由异亮氨酸突变为缬氨酸,突变位点间存在一定程度的连锁遗传但接近连锁平衡状态。从基因频率上看,IVS2.158AG、EVS2.191AG、IVS3.311CT、IVS3.451AC、IVS3.466CT和IVS3.521CT 6个SNPs位点的两个等位基因频率有较大差异,提示等位基因频率较大的基因个体可能更适合生存。9个SNPs位点在摩拉水牛品种上多处于高度多态,杂合度在0.1744~0.4975之间,说明摩拉水牛群体中DGAT2基因遗传多态性丰富,具有较大的育种价值和性状改良潜力。