云南元江普通野生稻(Oryza rufipogon）群体籼粳分化的SSR分析

 利用经测验可区分籼粳品种的19对SSR特异引物对来自云南元江普通野生稻自然居群的56个个体进行了SSR分析。19对引物中，有17对（占89.47%）在所有参试个体中仅能扩增出一种带型，而RM18和RM251能扩增出多态带型。RM4等16对（84.21%）引物扩增出的带与籼稻或粳稻特征带相同，其中11个位点偏粳而4个位点偏籼；RM18、RM202、RM205等3对引物扩增出的带型不同于籼稻或粳稻带型。结果表明，云南元江普通野生稻基因组DNA在所检测的19个位点上，多数位点（89.47%）上个体间无差异，84.21%的位点已有籼粳分化，13.79%的位点仍具有原始性。说明云南元江普通野生稻主体比较纯而原始，但已开始了籼粳的分化。     

江淮流域杂草稻叶绿体DNA的籼粳分化

 为了探明江淮流域杂草稻的细胞质来源,根据水稻叶绿体DNA ORF100（Open Reading Frame 100）序列在籼粳间存在69 bp差异的特征,设计了InDel标记cpDNA69。利用该标记对2个分别以籼稻和粳稻为母本的F2群体、22份栽培稻（Oryza sativa L.）、3份普通野生稻（O. rufipogon Griff.）进行了分析验证。PCR结果可以获得缺失和非缺失两种带型,缺失带型与以籼稻为母本的F2群体、10份籼稻材料完全对应;非缺失带型与以粳稻为母本的F2群体、11份粳稻材料完全对应,3份广西普通野生稻为非缺失带型,属粳型,1份以粳稻为母本的籼粳杂交材料为粳型。因此,cpDNA69可以用作叶绿体籼粳鉴定标记。利用该标记对22份杂草稻的叶绿体DNA鉴定的结果表明,7份早年发现的杂草稻,即江苏省连云港穭稻和安徽省怀远、来安、全椒、肥东的塘稻的叶绿体DNA为非缺失带型,属粳型,而近年来在江苏省扬中、高邮、灌云、洪泽、盐都、兴化、如皋等地直播稻田发现的15份红米杂草稻的叶绿体DNA为缺失带型,属籼型。这为进一步研究江淮流域杂草稻的来源提供了依据。     

水稻种质资源的籼粳分类及遗传多样性分析

采用程氏指数法鉴定了71份水稻种质资源的籼粳属性,将其分为籼、偏籼、偏粳、粳4类。同时选用15对SSR引物对供试材料进行了遗传多样性分析,结果共检测到80个等位基因,平均每对SSR引物检测到5.33个,平均多样性指数(I)为1.24,多态性信息含量(PIC)为0.59,供试材料中籼稻的遗传多样性大于粳稻。根据遗传相似系数进行聚类分析,将供试材料分为2大类(籼稻和粳稻),聚类结果与形态分类结果基本相符。     

采用SSR标记和表型性状聚类对杂交粳稻亲本的遗传多样性研究

以20个新育成的粳稻BT型不育系和10个恢复系为材料,采用SSR分子标记和表型性状2种聚类方法对杂交粳稻亲本的遗传多样性进行比较研究,并分析这些亲本的遗传差异.结果表明,64对SSR引物在30个亲本中共检测到185个多态性片段,平均每对引物为2.9个,以第11染色体上的平均等位基因数目最多,每个SSR位点的多态性信息含量指数(PIC值)变化范围为0.064～0.844.利用SSR分子标记将30个亲本材料划分为7大类群,其中所有不育系被划分为一群,分类结果与系谱分析基本吻合.表型聚类以10个农艺性状为依据,将供试材料划分为4大类群,不育系和恢复系被聚到不同的类群,群内差异小大.同表型性状聚类相比,SSR分子标记聚类能更准确的揭示亲本之间的遗传差异,是研究亲本遗传多样性的一种较好方法.     

北方杂交粳稻亲本籼粳成分与杂种产量和稻米品质性状的关系

以北方杂交粳稻骨干亲本及其组合为材料,采用程氏指数法和微卫星分子标记法,对亲本籼粳成分与杂种产量和稻米品质性状的关系进行了研究。杂交粳稻骨干亲本的程氏指数为13.5～19.3,偏籼系数为0.12～0.38,采用程氏指数和分子标记法对亲本进行籼粳分类的结果并不完全一致。父本程氏指数与产量杂种优势和杂种性状的相关性强于母本,而对于偏籼系数则相反。亲本程氏指数差异与产量杂种优势和杂种性状的相关性强于分子标记差异。亲本籼粳成分及其差异与多数杂种性状和产量杂种优势呈明显的二次曲线关系,存在临界极值;亲本籼粳成分及其差异与杂种产量性状和稻米品质性状的相关性相反。因此,要获得产量杂种优势和杂种表现最佳、高产与优质相结合,父母本籼粳成分应适度搭配。     

利用SSR标记和表型性状聚类分析食味优良粳稻多样性

 用SSR分子标记、食味性状、农艺性状3种数据对来自国内外不同地域的食味表现优良的常规粳稻品种（系）进行了多样性分析。72对SSR引物在60份供试材料中检测到290个等位基因变异,以第5染色体上平均等位基因数目最多。大部分食味优良粳稻材料之间的遗传相似性较高,遗传相似系数范围为0600~0924,检测的标记是以3~4个等位基因为主的SSR引物位点。利用SSR标记检测等位基因的材料分群结果表现出一定程度的地域性,江苏省内大多材料可聚为一类,而其他少数及北方粳稻材料多与国外食味优异粳稻品种亲缘关系较近,与其系谱分析结果基本一致。以食味鉴定表型性状为依据,部分产地来源不同而食味优良的材料明显聚为一类,表明遗传基础是决定其食味的主要因素。农艺性状表现与材料来源有一致性,而与食味优良的关系有待进一步明确。     

中国普通野生生稻的原始型及其是否存在籼粳分化的初探

 选用国内7省（自治区）571份，国外27份普通野生稻编号根据10个形态状进行了聚类分析并结合同工酶分析与野生稻原产地生态考察将中国普通野生稻划分为多年生和一年生两群共7个类型。提出中国存在一年生普通野生稻及原始型普通野生稻问题，并根据同工酶4个基困位点分析对另中国普却生稻是否存在籼粳分化问题进行了讨论。     

滇型杂交稻不育系和恢复系的籼粳分化特点

用19个籼粳分化特异性随机引物分析了滇型杂交稻10个不育系和38个忧愁系的分化特点。结果表明：从所分析的34个籼粳位点看，滇型不育系和恢复系以粳稻亲缘为主，但都含有籼稻亲缘，其中不育系所含籼稻成分在4%-24%，恢复系籼稻成分在4%-36%；按UPGMA法聚类，供试不育系和恢复系全部归于粳稻类。     

RAPD和SSR标记检测海南普通野生稻籼粳分化的比较研究

应用RAPD和SSR分子标记技术分别对来自海南省的51份普通野生稻样品籼梗分化情况进行研究.结果表明,40条RAPD引物中筛选出具有多态性的引物15条,共扩增出具有多态性标记位点96个,占总位点的78.05%,所用引物多态性信息量(PIC)平均值为0.720.28对SSR引物中筛选出条带清晰且多态性高的22对引物,共扩增出188个标记位点,其中172个具有多态性,占总位点的92.10%,SSR引物的PIC平均值为0.794.显然,SSR检测出多态性条带的能力优于RAPD.RAPD和SSR标记的分子聚类获得了趋势相近但不完全相同的聚类树状图.聚类结果表明.2种标记均揭示了海南普通野生稻具有一定程度的籼粳分化.其中偏粳多于偏籼.本研究为进一步明确海南普通野生稻在中国栽培稻起源演化上的地位.并对海南普通野生稻资源的发掘利用提供理论依据.     

栽培稻中间型品种和籼粳交DH株系的亲和性鉴定

以籼、粳标准测验种为母本，对栽培稻一些中间型材料、籼粳交DH株系及籼粳对照品种在内的共95份材料进行杂交亲和性鉴定，结果显示：全部材料的亲和性分化呈连续分布，可分为亲籼(ICV)、亲粳(JCV)、广亲和(WCV)及非亲和(NCV)4种类型；共鉴定到55份广亲和性材料，主要为中间型(18份)和籼粳交DH株系(34份)；亲本具有广亲和性的籼粳交DH株系几乎全部具有广亲和性(占96．2％)，且广亲和性强于对照品种零轮，而亲本不具有广亲和性的籼粳交DH中也能产生广亲和株系(占25．0％～57．1％)，但广亲和性略差。认为水稻广亲和性的产生可能是由籼粳分化决定的，选育中间型广亲和系是广亲和品种选育的主要方向。     

北方杂交粳稻亲本遗传背景分析

 为了揭示北方杂交粳稻亲本的遗传背景,利用微卫星(SSR)分子标记对北方杂交粳稻亲本及其高代后续材料进行了遗传差异鉴定和籼性程度分析。26对SSR引物共扩增出71个等位基因,每对引物平均等位基因数为2.73个。用非加权类平均法(UPGMA)进行聚类分析,供试材料在相似系数0.66处可分成5组,各组间材料的遗传差异相对较大;64个恢复系材料的籼性程度参数值(ADi)的变幅为0.056～0.684;24个不育系材料ADi的变幅为0.087～0.381。分析表明,强优势杂交粳稻组合双亲之间遗传距离应在0.30～0.60,恢复系的ADi应在0.26～0.50,不育系的ADi不应高于0.20,杂交组合的ADi应在0.20～0.40,同时杂交粳稻组合优势受母本的遗传背景的影响较大,母本自身应具有较高的产量潜力。     

Comparative Analysis of Genetic Diversity and Structure in Rice Using ILP and SSR Markers

Genetic diversity of 36 rice entries from the United States Department of Agriculture(USDA)rice collection was assessed using 103 ILP(intron length polymorphism)and 54 SSR(simple sequence repeats)markers.A total of 236 and 332 alleles were detected by the ILP and SSR markers,respectively.On average,the SSR markers produced higher polymorphism information content value and number of alleles than the ILP markers.Whereas the Nei's genetic distance measured using the SSR markers was much higher than that measured using the ILP markers.Mantel's test indicated that there was a statistically significant correlation(r=0.827,P0.001)between the two marker systems.UPGMA clustering based on the ILP and SSR markers resulted in consensus dendrograms.The cophenetic correlation coefficient(r=0.918,0.878 and 0.924,P0.001 for the ILP,SSR and combined markers,respectively)showed a highly accurate dendrogram represented the genetic distance among these entries.The 36 entries were divided into four groups.Four African Oryza glaberrima accessions were clustered within a distinct group(Ⅰ),and the remaining entries were separated into three groups(Ⅱ,Ⅲ and IV).All the entries could be also clustered into two main groups:One was composed of Ⅲ and IV,considered as indica group, and the other was composed of Ⅰ(O.glaberrima)and Ⅱ(japonica-like).Model-based cluster analysis revealed that the japonica-like group maintained very pure ancestry while the indica group shared mixed ancestry,especially for group Ⅲ, which had seven admixtures sharing from 19.5%to 30.0%of ancestry with group Ⅳ(based on SSR markers).It is suggested that ILP and SSR markers could be very useful for the genetic study and breeding in rice.     

贵州地方水稻品种的SSR遗传多样性分析

利用21对SSR引物对74份贵州"禾"水稻品种及6份国际上常用的典型籼稻和粳稻品种进行遗传多样性研究。共检测到92个等位基因,每个位点的等位基因数变幅为2~9个,平均4.381个;平均Shannon信息指数为0.935,变幅为0·2793~1.8732;期望杂合度为0.5145,范围在0.0988~0.8313;品种间遗传相似系数为0.64~0.98。UPGMA聚类分析表明,在相似系数为0.682处可将"禾"品种分为4大类,大部分材料被聚类到典型粳稻的附近,品种间的亲缘关系与地理来源关系不大;主坐标分析结果与UPGMA聚类结果基本吻合。SSR检测结果表明,贵州省水稻地方品种——"禾"的多样性程度较低,且大多数属于粳稻。     

香蕉引进品种遗传关系的微卫星检测

应用SSR标记技术,对33个香蕉引进品种(系)和1个国内品种的遗传关系进行了检测.40对SSR引物在34个品种(系)中扩增带数在4～17个之间,平均每个SSR座位可检测3.05个多态性带;引物的多态信息量(PIC)在0.21～0.91之间,平均0.78.依据SSR数据计算的品种问遗传距离在0～45.53%之间,平均28.19%,说明引进的香蕉品种之间存在较为丰富的遗传变异.UPGMA聚类分析将34个品种分为A基因组和AB基因组为主的2大品种类群.检测出多个与我国早期引进的主栽品种巴西蕉和Williams遗传差异突出的引进品种,这为筛选鉴定出新的替代品种,以及进一步在不同类群品种之间进行杂交选育新的品种奠定了基础.洪都拉斯3号与M931之间,洪都拉斯1号和洪都拉斯2号之间没有区分开来,它们可能分别是同一克隆,或者是同一克隆的突变体.     

太湖流域粳稻地方品种的微卫星分析

 采用45对SSR引物对224份太湖流域粳稻地方品种进行遗传多样性分析,共检测到162个等位变异,每个位点等位基因数的变幅为2～7,平均为3.6。各位点Nei基因多样性指数变异较大,为0.009（RM169）～0.663（RM444）,平均为0.197。青稻、黄稻、红稻和白稻各传统生态型均具较低的遗传多样性。分子方差分析表明,SSR遗传变异绝大部分存在于传统生态型内。青稻与红稻间、青稻与白稻、红稻与白稻、红稻与黄稻间遗传分化显著。太湖流域粳稻地方品种SSR多样性较低,稀有类型等位基因较多。这对科学制定太湖粳稻地方资源的保护和利用策略具有指导意义。     

SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析

 利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片段,平均每对引物2.9条,每个SSR位点的多态性信息含量指数（PIC值）变化范围为0.064~0.844,平均为0.380。以SSR标记遗传相似系数为原始数据,按UPGMA聚类方法将30个亲本材料划分为7大类群,分类结果与系谱关系基本相符。分子标记遗传距离与杂种性状平均值的相关除每穗总粒数外均达到显著或极显著水平,与杂种优势的相关均达到极显著水平,相关系数介于-0.361~0.359,说明分子标记可用于水稻杂种优势群的划分和遗传多样性分析,但相关程度还不足以预测产量杂种优势。     

Genetic Diversity of Seed Storage Proteins in Different Ecotype Varieties of japonica Rice and Its Application

Plant endosperm storage proteins are coded by a group of enormous gene families, and a sub-family genes code a kind of protein respectively. These proteins are deposited in one kind of protein body and cannot be denatured during seed is formed. Thus, storage proteins as direct, stable products of genes can reflect DNA diversity of plants. The kind of diversity can be easily detected by various electrophoresis. So far, the polymorphism of seed storage proteins has already widely applied in pl…     

Genetic Diversity of Rice Landraces from Lowland and Upland Accessions of China

Genetic diversity of rice landraces from lowland and upland accessions of China was investigated using 66 polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers.The total number of alleles detected from all 324 tested accessions was 555 with an average allele number (Na) of 8.409 per locus,the average effective number of alleles (Ne) of 3.574 and the average Shannon’s information index (I) of 1.378.The genetic diversity was higher for the indica landraces compared to the japonica landraces,and the upland landraces were more genetically diverse than the lowland landraces.The SSR markers,RM72,RM232,RM219,RM241,RM224 and RM3 showed the highest rates of polymorphism and these SSR markers were suitable to assess the genetic diversity of rice germplasm resources.A dendrogram of 324 accessions of lowland and upland landraces showed that all rice accessions were mainly subdivided into two groups,japonica and indica,with some being intermediate.The distribution of lowland and upland landraces among the japonica and indica rice groups was distinct,with obvious differentiation between the lowland and upland landraces in japonica rice,but no such clear distinction in indica rice.