伪狂犬病毒上海株糖蛋白G(gG)基因的克隆及序列分析

应用PCR方法从PRV SH（上海株）病毒培养物扩增了gG基因，克隆入pCDNA3质粒，并进行了序列测定。结果表明，扩增的gG基因片段长1719bp，包含一个1491bp的开放阅读框（ORF），在起始密码子上海有TATAAAA盒。在终止密码子下游有AATAAA的poly(A)尾，编码由496个氨基酸组成的蛋白质。与Rice株相应的gG片段相比，核苷酸序列同源性达97.1%。但推导的氨基酸序列同源性仅有87.6%。主要是在编码区内插入和缺失核苷酸。出现了突变和移码，导致氨基酸序列同源性降低.gG具有膜蛋白的结构特点。     

狂犬病毒糖蛋白基因的重排及病毒的拯救

为了从分子水平研究狂犬病糖蛋白基因（G）从第4位重排至第1位后病毒的结构、功能及病毒致病性的变化,运用基因突变、反向遗传技术的原理与方法,将狂犬病毒（RV）糖蛋白基因从野生型的第4位（N-P-M-G-L）重排于第1位（G-N-P-M-L）,并成功地拯救已发生基因重排的狂犬病毒．     

猪伪狂犬病毒TK基因的扩增及序列分析

为了解猪伪狂犬病毒TK基因的分子特征及分子流行病学特点,利用PCR对猪伪狂犬病毒SX株TK基因进行扩增和测序,并将测序结果与国内外经典毒株、疫苗毒株以及近些年的变异毒株进行序列比对分析。结果表明:SX株TK基因序列包含963 bp的编码区,共编码320个氨基酸;与国内流行的变异毒株核苷酸和氨基酸同源性为100%,与国内外其他经典毒株核苷酸同源性在99.4%—99.7%,氨基酸同源性在99.1%—99.7%。与经典毒株相比,变异毒株TK基因编码的蛋白大部分都出现了第215位由苏氨酸(T)突变为缬氨酸(V)和第284位由丙氨酸(A)突变为缬氨酸(V)。氨基酸进化分析也表明,SX株及变异毒株与经典毒株呈现各自独立的遗传进化分支。     

狂犬病毒分离株N基因的分析

运用RT-PCR和动物接种的方法从广东省东莞市正常犬只的唾液中分离获得1株狂犬病毒,编号为GD33.为了解析该毒株与兽用狂犬病弱毒疫苗的关系,对该分离株的N基因进行了克隆和测序,并将N基因的序列与GeneBank上已发表的狂犬病毒N基因核苷酸和推导的氨基酸序列进行比较.结果发现:该分离株仅能引起乳鼠发病,对6周龄成鼠无致病性,说明该毒株不是强毒.该分离株N基因与弱毒疫苗HEP-Flury N基因的相似性最高,达99.7%,并且同处系统发育树的最近分枝.因此,推测该分离株源自接种的弱毒疫苗.     

狂犬病毒CTN株核蛋白基因的克隆与序列分析

本研究克隆了我国狂犬病毒CTN株的N基因，序列分析表明其开放阅读框由1353个核苷酸组成，与我国狂犬病毒疫苗及国外一些固定株进行N基因同源性比较，结果核苷酸序列及其推导的氨基酸序列保守性很高。磷酸化分析表明CTN株N蛋白具有狂犬病毒共有的389位丝氨酸磷酸化位点。本研究还对N蛋白的抗原位点进行了详细分析和讨论。     

猪伪狂犬病毒YZ株gE全基因的克隆与序列分析

为了解猪伪狂犬病毒(PRV)g E基因的遗传变异特性,根据Gen Bank已发表的PRV g E全基因序列,设计并合成1对特异性引物,对PRV YZ株进行了g E全基因的扩增、克隆及测序,并与其他参考毒株g E基因进行比较序列分析。测序结果表明,YZ株g E全基因序列由1 862bp组成,与Gen Bank已发表的13株PRV g E参考株序列同源性介于97.9%~99.9%。进化树分析表明,YZ株与目前国内流行的毒株在同一进化分支内,与国外分离株有一定差异。     

猪伪狂犬病毒gB基因序列分析

2011年以来我国多省免疫猪伪狂犬病毒gE基因缺失苗猪场出现变异型猪伪狂犬病毒(PRV)感染,经典猪伪狂犬病毒疫苗(Bartha-k61)对该病无法提供100%有效保护,已有研究发现变异型PRV和经典PRV gE基因存在特征性变异。为明确变异型PRVgB基因特征,本研究对GenBank中登录的部分PRV代表株gB基因进行分析比较。结果表明,我国经典型和变异型PRV在gB蛋白氨基酸编码区第395位、453位、562位和739位存在特征性差异,但不同来源PRVgB基因的核苷酸和氨基酸同源性分别在98.1%~100%和96.1%~100%。从相互之间的遗传进化关系可以看出,PRV遗传进化出现两个大的遗传分支,呈现明显的地域性。新发变异型和经典型PRV在中国PRV遗传进化分支上呈现各自独立进化小分支;我国近年分离的貉源和约克夏梗犬源与新发变异型PRV则处于同一进化小分支。     

伪狂犬病毒Fa株gB、gC、gD基因的克隆与序列分析

对猪伪狂犬病病毒闽A株(Fa株)gB、gC、gD基因进行了克隆和序列测定,结果表明:gB、gC、gD基因序列全长分别为2 745 bp、1464 bp、1 215 bp,编码914、487、404个氨基酸残基组成的多肽。序列分析结果显示:Fa株与其他毒株gB、gC、gD基因核苷酸序列的同源性为94.9%~99.9%,氨基酸序列的同源性为91.4%~99.9%。不同PRV毒株gB、gC、gD基因在核苷酸和氨基酸水平上高度保守。基于gB、gC、gD基因的进化树分析表明,中国分离毒株与韩国分离毒株可归为一个进化分支,而日本分离株与欧美分离株归为另一个分支。在前一个分支里,闽A株与鄂A株的亲缘关系特别近,3个基因的同源率均在99.5%以上。在gB蛋白氨基酸序列全长上中国分离株(Ea株、Fa株)比欧美分离株多了1个氨基酸,氨基酸残基的突变主要集中在第50~100氨基酸。在gC基因序列第186~211 bp,Ea株、Fa株比欧美分离株多插入了21个碱基。在gD蛋白氨基酸序列全长上,Ea株、Fa株比其他分离株多了2~6个氨基酸。在gD基因序列第803~837 bp,Fa株核苷酸AGGCCC串联重复最多,达到7个。     

含伪狂犬病毒完整UL49基因及部分UL48基因片段的克隆与序列分析

以地高辛标记的伪狂犬病毒（PRV）Ea株UL49.5基因片段为探针，同SalI、KpnI、BamHI消化的PRV Ea株基因组DNA进行Southern杂交，确定SalI2.8kb、KpnI17.0kb、BamHI25.0kb片段中含UL49基因。将SalI2.8kb片段克隆到pUC119中，利用其中的BamHI进行亚克隆，获得重组质粒pUC2.0。测定约2.0kb片段的全序列并进行序列分析，发现该片段包含UL50基因部分编码区，UL49.5基因和UL49基因的完整编码区，并且在UL49基因下游，还存在一段约369个碱基的序列，经与人单纯疱疹病毒I型（HSV－1）、牛单纯疱疹病毒I型（BHV－1）的UL48基因进行比对，具有较高的同源性，推测为PRV UL48基因的部分编码区。     

广西地区猪瘟流行毒株E2基因的序列测定与分析

[目的]了解广西地区流行猪瘟病毒(CSFV)E2基因的变异规律与趋势,及其与疫苗毒株基因的差异性,为制定猪瘟防控措施提供科学依据.[方法]对广西地区流行CSFV毒株的E2基因进行克隆及序列测定,并与兔化弱毒(HCLV)、石门(Shimen)毒株的E2基因进行同源性比对分析,绘制遗传进化树.[结果]广西地区流行CSFV毒株与 HCLV株、Shimen株的核苷酸序列同源性为81.9％～83.3％和81.1％～82.4％,推导氨基酸序列同源性为89.3％～90.6％和87.9％～89.5％;不同广西地区流行毒株间的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性分别为90.8％～99.5％和94.1％～99.5％,且均属于S2基因群的S2.1亚群,其中广西玉林株GXYL1、GXYL2、GXYL3、GXYL4、GXYL5均属于S2.1b子群,而广西贺州株GXHZ1、GXHZ2与广西北海株GXBH1、GXBH2株属于S2.1c子群.与HCLV株、Shimen株的E2基因编码氨基酸序列相比,9株广西地区流行CSFV毒株共有49处氨基酸发生变异,其中与抗原特性有关的变异有5处,分别为G713E、T724Y、E727H、I732S和S734R位点.[结论]广西地区流行CSFV毒株随时间推移的变异不明显,但其遗传变异总趋势朝着偏离疫苗株的方向发展.     

2000——2019年广西狂犬病病毒流行株的基因组遗传稳定性分析

[目的]揭示广西狂犬病病毒(RABV)的流行变异规律及进化特征,为广西狂犬病防控提供科学依据.[方法]对2018年从患狂犬病家犬脑组织分离获得的2株RABV野毒株(GXYZ2018和GXSL2018)进行全基因组扩增与测序,测序结果采用SeqMan进行拼接以获得全基因组序列,并与近20年来的RABV广西流行株进行系统地遗传变异分析.[结果]GXSL2018株和GXYZ2018株的全基因组序列长度均为11923 bp,不同RABV广西流行株间的核苷酸序列同源性在87.1%~99.4%,而2株毒株间的同源性为99.1%;与其他RABV广西流行株相比,GXSL2018株和GXYZ2018株的3'-UTR为69 bp,且在第20位缺失一个核苷酸.基于N基因和G基因核苷酸序列同源性构建的遗传进化树均显示GXSL2018株和GXYZ2018株同属于Group II型毒株,且2株毒株N蛋白上的B细胞表面抗原表位(第358~367位氨基酸残基)、Th细胞表位(第404~418位氨基酸残基)和RNA结合域(第298~352位氨基酸残基),以及G蛋白上与病毒毒力密切关联的第333、336、339和357位氨基酸残基及中和抗体相关表位和受体结合位点均高度保守.[结论]GXYZ2018株和GXSL2018株同属于Group II型毒株,与近20年来的RABV广西流行株高度相似,病毒蛋白主要功能区的氨基酸序列高度保守,尚未发生变异,全基因组遗传特性稳定.     

广西狂犬病病毒L基因聚合酶活性部位的多态性分析

对广西流行狂犬病病毒的L基因聚合酶活性部位进行克隆和测序,并与国外固定毒株和类狂犬病毒株进行比较分析。结果显示,广西流行毒株之间的核苷酸和推定的氨基酸同源性较高,分别为88.7%~99.8%和96.5%~100%,与国外固定毒株的核苷酸和推定的氨基酸同源性分别为84.8%~87.5%和94.5%~99.0%,与类狂犬病病毒株的核苷酸和推定的氨基酸同源性分别为75.5%~79.2%和93.5%~97.0%;通过比较推定的氨基酸序列发现,第660位为广西Ⅱ群毒株的特异性变异I660V,第771位为广西Ⅰ群毒株的特异性变异S771A,第745位点广西毒株全部为精氨酸,而国外参考毒株为丝氨酸、亮氨酸或组氨酸;4个基序高度保守,基序A保持不变,基序B、C、D只有少数氨基酸发生变异,基序C中的核心序列GDNQ在各毒株中都不变。     

外观健康家犬携带狂犬病病毒状况调查

为了解外观健康家犬携带狂犬病病毒的状况,采用RT-PCR方法对广西13个城市外观健康家犬的脑组织进行了检测,结果阳性率为1.76%(5/283),证明广西外观健康家犬在一定程度上存在带毒现象。     

侵染广西红宝石青柚的柑橘褪绿矮化相关病毒遗传进化分析

【目的】明确引起广西多地泰国红宝石青柚产生叶片变形、扭曲、皱缩、褪绿花叶和矮化症状的病原,为有效防治该病害提供理论依据。【方法】从广西多地采集疑似发病的红宝石青柚叶片样品,利用柑橘褪绿矮化相关病毒（Citrus chlorotic dwarf-associated virus,CCDaV）特异引物进行PCR检测,通过分段扩增、克隆等方法对样品进行鉴定并获取全长基因序列,运用RDP5和MEGA 7.0对所获得的全长基因序列进行重组及遗传多样性分析。【结果】PCR检测结果显示采集的红宝石青柚叶片样品可扩增出642 bp的目的条带,证实红宝石青柚受到CCDaV感染;采用分段克隆的方法获得LA-1、LA-2、WM-1、GG-1、GG-2、WZ-1和WZ-2等7个各地代表分离物的全长序列,序列长度分别为3641、3642、3642、3640、3642、3644和3644 bp;核苷酸相似性比对发现,7个分离物间的核苷酸相似性在98%以上,与GenBank已登录的CCDaV各分离物间的核苷酸相似性在99%以上,说明研究获得的病毒分离物为CCDaV的分离物;重组分析发现,7个分离物未发生重组。系统发育进化树分析结果显示,研究获得的WZ-1和WZ-2分离物分别与Tha1-19、Tha30处于同一个小分支,说明这2个分离物与Tha1-19和Tha30具有较近的亲缘关系;其余几个分离物则分处不同的小分支,说明CCDaV广西分离物间仍有一定的进化多样性。【结论】引起广西红宝石青柚叶片呈V字型、皱缩、卷曲、褪绿花叶和植株严重矮化等症状的病原为CCDaV,部分地区分离物存在地域多样性。     

Amino acid sequence similarity between rabies virus glycoprotein and snake venom curaremimetic neurotoxins

Evidence was presented earlier that a host-cell receptor for the highly neurotropic rabies virus might be the acetylcholine receptor. The amino acid sequence of the glycoprotein of rabies virus was compared by computer analysis with that of snake venom curaremimetic neurotoxins, potent ligands of the acetylcholine receptor. A statistically significant sequence relation was found between a segment of the rabies glycoprotein and the entire sequence of long neurotoxins. The greatest identity occurs with residues considered most important in neurotoxicity, including those interacting with the acetylcholine binding site of the acetylcholine receptor. Because of the similarity between the glycoprotein and the receptor-binding region of the neurotoxins, this region of the viral glycoprotein may function as a recognition site for the acetylcholine receptor. Direct binding of the rabies virus glycoprotein to the acetylcholine receptor could contribute to the neurotropism of this virus.     

表达狂犬病毒糖蛋白和核蛋白的重组腺病毒的生物学特性及免疫研究

对狂犬病毒G+N双基因复制缺陷型腺病毒穿梭载体进行转染,以获得融合表过狂犬病毒糖蛋白和核蛋白重组腺病毒,并对其进行生物学特性和免疫学研究.结果表明:将含有狂犬病毒G+N的重组穿梭质粒pAdTrack-CMV/G+N与腺病毒骨架载体pAdEasy-1在大肠杆菌细胞内同源重组,可获得带有目的基因的重组腺病毒载体pAd/G+N,经PacI酶切后转染HEK-293细胞,可获得带有目的基因的重组腺病毒.重组腺病毒在HEK-293细胞中连续传代15代次后,在细胞内的病变时间缩短为20 h以内.经测定,重组腺病毒对HEK-293细胞的TCID50为10-8.0.mL-1,用RT-PCR法可检测到狂犬病毒糖蛋白和核蛋白基因片段;重组腺病毒经口服免疫小白鼠,对狂犬病毒CVS毒株的免疫保护率可达80%.     

2株广西猪源H9N2亚型流感病毒遗传进化及生物学特性分析

[目的]明确广西猪源H9N2亚型流感病毒的遗传特征及分子生物学特性(抗原性、耐药性和致病性),为广西猪源H9N2亚型流感病毒的防控提供科学依据.[方法]以分离自广西百色地区的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)为研究对象,运用RT-PCR扩增其全基因组的8个基因片段(HA、NA、NP、M、NS、PB1、PB2和PA基因),经克隆测序后进行核苷酸序列及氨基酸位点分析.[结果]2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的核苷酸序列开放阅读框(ORF)分别是PB2:2280 bp、PB1:2274 bp、PA:2151 bp、HA:1683 bp、NP:1497 bp、NA:1410 bp、M:982 bp和NS:838 bp.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒全基因组仅M基因核苷酸序列与猪源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,而HA、NA、NP、NS、PA、PB2和PB1基因核苷酸序列均与禽源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,在基因型分类上属于G57基因型,为我国广泛流行的H9N2亚型基因型.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的HA蛋白发生R180Q、T213A、D216E、M224L、N285S和V287T突变,NA蛋白抗原决定簇S331V、W403S和Q431K也发生突变;NA蛋白在N2亚型的耐药性关键位点119E、151D、292R、276E和294N位点未发生突变,但在NA蛋白抗原区存在S331V、K367E和Q432K突变,且M2氨基酸位点发生S31N突变.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒HA蛋白连接HA1和HA2的氨基酸均为RSSR↓GLF;HA蛋白存在1个因P315S突变而新增的潜在糖基化位点(NCS);NA蛋白未缺失NA潜在糖基化位点,也未出现NA蛋白颈部杆状结构63~65 aa缺失现象,在NA潜在糖基化位点中69、86、146、200和234 aa处非常保守,但发生W402S突变.[结论]从广西百色分离获得的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)虽为低致病力毒株,但在流感病毒基因重组过程中发挥重要作用,且其致病性有增强趋势,已对金刚烷胺类药物产生耐药性.因此,应加强广西地区哺乳动物H9N2亚型流感病毒的监控,并警惕其跨种间传播.     

2016—2018年四川地区猪流行性腹泻病毒流行病学调查与ORF3、S1部分基因序列分析

为分析四川地区猪流行性腹泻流行状况及分子遗传演化特征,对2016年6月至2018年6月收集的71份猪腹泻病例进行RT-PCR检测与相关的流行病学调查,并对其中4份阳性样品进行ORF3、S1基因的检测与序列分析。结果显示,近2年的发病高峰日分别在1月28日和2月11日,发病高峰期在12月至3月;猪场连年感染数量下降,新疫源地增加;ORF3基因可分为2个基因型,部分毒株发生少量碱基突变;从S1基因高变区段分型结果显示,2016年底至2018年初流行的PEDV毒株为GⅡ群,与目前流行的PEDV变异毒株在同一分支,同源性为92.8%~99.3%,碱基变异数量较大,与国内的经典疫苗株CV777亲缘关系较远,同源性为82.7%~87.3%,发病时期更集中,较传统PEDV有轻度后移。结果表明,四川地区规模化猪场PED发病率呈下降趋势,对于该病的防控取得初步成效。目前流行PEDV毒株有变异的趋势,为PEDV的防控奠定基础。     

小麦品种豫麦2号及其衍生系的遗传差异分析

为明确豫麦2号及其衍生系的遗传差异,将之更好地运用于育种工作,利用40对相关序列扩增多态性(Sequence related amplified polymorphism,SRAP)引物对豫麦2号及其近年来育成的参加黄淮麦区预试或区试的51个衍生品种(系)进行遗传分析。结果表明:1)40对SRAP引物在52份材料中检测出941个等位变异,其中具有多态性的266个,多态性条带比率为28.27%,每对引物平均检测出6.65个等位变异。2)SRAP引物基因多态信息含量(Polymorphism information content,PIC)值为0.106 3~0.738 5,平均值为0.477 5。3)在遗传相似系数0.571 0处将52份材料分为5个类群,与群体遗传结构分析的结果基本一致,聚类结果也与遗传系谱较为吻合。4)豫麦2号对各世代的遗传贡献分析表明,豫麦2号对其衍生子二代、子三代和子四代的平均遗传贡献率分别为44.06%、42.14%和41.98%。