一种侵染鳢肠的双生病毒基因组特征

菜豆金色花叶病毒属病毒是热带及亚热带地区经济作物的重要病原病毒,该类病毒在田间的杂草寄主范围较为广泛。本研究从云南红河流域采集到叶脉黄化的鳢肠植株,经克隆获得了菜豆金色花叶病毒属病毒分离物YN3306,该分离物核苷酸序列全长2749 nt,具有典型的双生病毒基因组结构特征。进一步分析发现,分离物属于金腰剑曲叶病毒(Synedrella leaf curl virus,SyLCV),RDP软件分析表明,该分离物是由烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus,Tb CSV)、云南烟草曲叶病毒(Tobacco leaf curl Yunnan virus,TbLCYnV)和金腰剑曲叶病毒重组产生的病毒。本研究首次报道了GenBank中在印度注册的SyLCV可以侵染鳢肠植株。     

中国番木瓜曲叶病毒南宁分离物的基因组结构特征

 从广西南宁田间表现曲叶症状的番木瓜植株上分离到病毒分离物G4,经三抗体夹心ELISA (TAS-ELISA)检测,G4与粉虱传双生病毒的抗体呈阳性反应。对G4 DNA-A全序列测定和分析表明,G4 DNA-A全长2 748个核苷酸,共编码6个ORFs。同源性比较及系统进化关系分析表明,G4 DNA-A与在亚洲发现的粉虱传双生病毒关系较近,其中与我国报道的中国番木瓜曲叶病毒(PaLCuCNV)同源性最高,达到98.0%。进一步比较发现,G4 DNA-A编码的AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC4与PaLCuCNV相应ORFs的氨基酸同源性分别为98.4%、95.7%、97.5%、97.8%、94.1%和94.6%,表明G4应属于PaLCuCNV的一个分离物。G4编码的ORFs与中国胜红蓟黄脉病毒(AYVCNV)、辣椒曲叶病毒(PepLCV)及烟草曲茎病毒(TbCSV)有较高的氨基酸同源性,可能起源于共同的祖先。利用DNA-B及卫星DNAβ的保守引物均未能从G4分离物中扩增出相应的组分。     

侵染甘薯的DNA病毒研究进展

甘薯是重要的粮食作物和食品加工及工业原料。我国是世界上最大的甘薯生产国。病毒病是甘薯上的重要病害,目前世界上已报道的侵染甘薯的DNA病毒主要归属于双生病毒科Geminiviridae和花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae。近年来,双生病毒等DNA病毒严重影响我国甘薯的产量、品质以及食品加工产业。本文简介了甘薯在我国的重要地位和种植情况;具体介绍了侵染甘薯的菜豆金色花叶病毒属Begomovirus、玉米线条病毒属Mastrevirus及杆状DNA病毒属Badnavirus的病毒特征、分子变异、分类现状和检测方法。结合甘薯生产的实际情况,提出了目前甘薯DNA病毒研究中存在的问题及思考。本文旨在为我国甘薯DNA病毒病的综合防控提供理论依据。     

甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)RNA4基因组的克隆与表达

 以甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物(BNYVV-NM1) RNA为模板,通过反转录和PCR扩增得到含有全长RNA4基因组的cDNA克隆pGBF6。序列分析结果表明。     

侵染曼陀罗的中国番茄黄化曲叶病毒及其卫星DNAβ全基因组结构特征

 从云南大理曼陀罗上采集到病毒分离物YN72,症状表现为叶脉增厚、叶片褪绿、植株矮化。全序列测定表明,YN72DNA-A全长2739个核苷酸。基因组比较发现,YN72DNA-A与中国番茄黄化曲叶病毒分离物(TYLCCNV-[Y43])同源性最高(93.4%),与中国番茄黄化曲叶病毒烟草分离物(TYLCCNV-[Y5])的同源性次之(92.9%),而与亚洲地区的其它双生病毒的同源性均在90%以下,表明曼陀罗中的分离物YN72是TYLCCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ的特异性引物beta01和beta02,在YN72中PCR扩增到DNAβ分子。序列分析表明,YN7213全长1335个核苷酸,在其互补链上编码1个有功能的ORF(C1)。YN72β的全序列与TYLCCNV分离物卫星分子Beanβ和Y297β的同源性最高,分别为99.8%和99.3%;与其它所比较的DNAβ的同源性均低于80.6%。系统进化树研究表明,YN72卫星分子DNAβ与其辅助病毒是共同进化的。     

侵染苘麻的菜豆金色黄花叶病毒的鉴定及基因组结构分析

为明确引起我国山西晋中地区苘麻叶片表现皱缩和花叶症状的病原物及其基因组分子特征, 本研究利用双生病毒简并引物扩增获得病毒基因组部分序列,经测序、比对后设计特异性引物扩增病毒基因组序列, 进而通过生物信息学方法构建系统发育树并进行序列分析。结果表明:引起苘麻叶片皱缩、花叶的病原物为番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus, TYLCV), 将该分离物命名为TYLCV-Abu, GenBank登录号为OP293347, 但未扩增到β卫星。该病毒DNA-A基因组全长为2 782 bp, 含有6个开放阅读框。TYLCV-Abu分离物与TYLCV茄子分离物KSQ1-3(GenBank登录号KC428753)的核苷酸序列一致性最高, 为98.99%, 其中C4和V2编码的蛋白变异较大。重组结果分析显示,分离物TYLCV-Abu是由TYLCV-F(GenBank登录号KY971326)和TYLCV-KSQ1-3重组得到, 重组区域为其基因组2 617－2 782 nt区域。这是首次从苘麻样品中扩增到TYLCV全基因组序列并进行分析。     

dsRNA-RT-PCR技术在甜菜坏死黄脉病毒属不同分离物鉴定中的应用

 甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)和甜菜土传花叶病毒(BSBMV)都属于甜菜坏死黄脉病毒属(Benyvirus)。     

侵染苣荬菜的中国胜红蓟黄脉病毒及伴随的卫星基因组结构特征

杂草是菜豆金色花叶病毒属病毒的重要中间寄主,常富集多种该属病毒及其卫星病毒。2014年,在云南红河常见杂草苣荬菜Sonchus arvensis上出现了疑似菜豆金色花叶病毒属病毒病症状。利用克隆、测序和生物信息学分析技术对其所含病毒进行分离鉴定,结果从1株病样中共获得了两条菜豆金色花叶病毒属病毒全序列、两条β卫星全序列和一条α卫星全序列。序列分析显示,两条菜豆金色花叶病毒属病毒全序列与中国胜红蓟黄脉病毒相似性最高,分别为99%和96%,确定为中国胜红蓟黄脉病毒的分离物。两条β卫星全序列与赛葵黄脉β卫星相似性最高,为97%,确定为赛葵黄脉β卫星的一个分离物。α卫星全序列与中国番茄黄化曲叶α卫星相似性最高,为86.3%,是中国番茄黄化曲叶α卫星的一个分离物。这是菜豆金色花叶病毒属病毒病害复合体在中国侵染苣荬菜的首次报道。     

广西胜红蓟黄脉病样中发现多种菜豆金色花叶病毒属的病毒

 双生病毒科(Geminiviridae)病毒是一组植物单链DNA病毒,它的特点是病毒粒子形态为孪生颗粒状。双生病毒分为菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)、甜菜曲顶病毒属(Curtovirus)、玉米线条病毒属(Mastrevirus)和番茄伪曲顶病毒属(Topocuvirus)^[1]。     

云南凹头苋上分离到的2种菜豆金色花叶病毒属病毒基因组结构特征

菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)病毒是热带亚热带地区多种作物的重要病原,杂草作为该属病毒的中间寄主在病害发生流行中具有重要作用。本研究通过克隆、测序和生物信息学分析,对3株具有曲叶症状的凹头苋(Amaranthus lividus)进行菜豆金色花叶病毒属病毒的分离分析。从这些凹头苋中共分离到2种菜豆金色花叶病毒属病毒和3种beta卫星。序列分析显示,其中一种病毒与云南番茄黄化曲叶病毒相似性最高(96%),另一种与中国胜红蓟黄脉病毒相似性最高(96.5%或91%)。Beta卫星的分析显示,其中一种与云南番茄黄化曲叶beta卫星相似性最高(94.3%),另一种与赛葵曲叶beta卫星相似性最高(92%),最后一种与中国番茄曲叶beta卫星相似性最高(91%)。重组分析表明,分离物YN4331-69是一个重组病毒,是由中国胜红蓟黄脉病毒YN4326-60和一个尚未发现的菜豆金色花叶病毒属病毒重组形成。这是首次报道凹头苋被不同的菜豆金色花叶病毒属病毒及其伴随的beta卫星侵染,表明凹头苋是一个适宜该属病毒的中间寄主。     

侵染新疆加工番茄的中国番茄黄化曲叶病毒 DNA-A的基因组特征

 从新疆加工番茄上分离到病毒分离物XJ26-4,对其基因组DNA-A 全序列测定表明,XJ26-4 DNA-A 全长2 737 个核苷酸(GenBank 登录号:FN985163),具有典型的双生病毒基因组特征。进一步序列比较发现,XJ26-4 DNA-A 与中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)各分离物的同源性最高,达到91. 2% ~ 99. 5% ,而与其他双生病毒的序列相似性均在79. 5% 以下,表明XJ26-4 是TYLCCNV 的一个分离物。这是首次明确新疆加工番茄受到粉虱传双生病毒的侵染。     

小西葫芦黄花叶病毒山东南瓜分离物的分子特性

 Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) was detected by RT-PCR from pumpkin (Cucurbita moschata) plant showing yellowing and mosaic symptom from Liaocheng, Shandong Province. The 3'-termial 1 684 bp genomic sequence covered 633 bp of NIb encoding sequence, 840 bp of cp gene and 211 bp of 3'-untranslated region of the isolate ZYMV-Liaocheng was determined. The cp gene of ZYMV-Liaocheng shared identities of 81.4%-98.8% and 89.4%-99.5% at nucleotide and amino acid levels, respectively, with other ZYMV sequences available in the GenBank. Phylogenetic analysis indicated that ZYMV could be clustered to 6 genotypes. ZYMV-Liaocheng belonged to genotypeⅠ, which contained isolates from Asia, Europe and America. Genotypes Ⅲ and Ⅴ were unique and contained only isolates from East Asia. The isolates from East Asia had the highest variability.     

侵染木薯的两种单组分菜豆金色花叶病毒属病毒及卫星分子基因组结构特征分析

为明确木薯(Manihot esculenta Crantz)植株叶片皱缩、畸形是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省红河州田间采集具有疑似感染症状的木薯植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物、种专化性引物及卫星分子引物进行PCR扩增、克隆,通过测序分析其核苷酸序列特征并对其进行系统进化分析.结果 显...     

油桃茎痘相关病毒中国分离物基因组的分子特征分析

为明确我国油桃茎痘相关病毒(nectarine stem-pitting-associated virus,NSPaV)基因组的分子特征,利用RT-PCR和RACE技术对NSPaV中国分离物NSPaV-T04基因组进行克隆,采用最大似然法对得到的NSPaV基因组序列和GenBank中的5条NSPaV基因组序列构建系统发育树,应用RDP软件对NSPaV基因组序列进行重组分析。结果表明:中国分离物NSPaV-T04基因组序列全长为4 991 nt,包括4个开放阅读框(open reading frame,ORF),其中ORF1与ORF2共同编码1个RdRp P1-P2融合蛋白,ORF3编码1个CP,ORF5与ORF3共同编码CP通读蛋白。系统发育树和序列比较分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04(MN095353)与美国分离物NSPaV/12P42(KT273410)的亲缘关系最近,核苷酸序列同源性最高,为96.4%;NSPaV-T04的RdRp P1变异较大,与GenBank中5条NSPaV基因组核苷酸序列的同源性为90.5%~96.1%,CP较为保守,核苷酸序列的同源性为96.6%~98.7%。重组分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04为鉴定的一个重组体(韩国分离物SK)的亲本序列,表明中国分离物NSPaV-T04可能是一个实际的重组体。     

在中国广东侵染胜红蓟的中国胜红蓟黄脉病毒的鉴定和全基因组分析

2022年9月在广东省罗定市发现了叶片表现为黄色网状症状的胜红蓟病株。为了明确胜红蓟叶片的黄脉症状是否由双生病毒感染引起, 本研究使用检测双生病毒的简并引物PA/PB进行PCR扩增, 获得约500 bp的片段。根据该序列设计特异性引物扩增并且克隆得到了病毒DNA-A的全基因组序列。通过BLAST比对发现, 获得的DNA-A与中国胜红蓟黄脉病毒(ageratum yellow vein China virus, AYVCNV)海南分离物(OQ421190)的DNA-A的相似性最高, 相似度为98.11%。系统进化树分析显示, 获得的病毒DNA-A与海南分离物(OQ421190)在同一分支, 说明具有较近的亲缘关系。以上研究结果表明侵染胜红蓟的病毒是AYVCNV的分离物。这是关于AYVCNV在广东地区侵染胜红蓟的首次报道, 可为当地病毒病的防控提供参考。