黄淮海和南方大豆育成品种的目标起始密码子(SCoT)遗传多样性分析

利用目标起始密码子(SCo T)标记对159份1923-2005年育成的中国黄淮海和南方大豆育成品种进行遗传多样性分析。从80条目标起始密码子(SCo T)标记引物中筛选出27条引物,27条引物共扩增出130条DNA条带,其中多态性条带110条,多态性比率为84.62%。Nei's基因多样性变化范围为0.24~0.49,平均为0.37;平均多态信息含量(PIC)为0.27。黄淮海大豆育成品种的Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数的平均值和变幅范围略高于南方品种,黄淮海大豆育成品种平均值多态信息含量(PIC)也略高于南方品种,但变幅范围略低于南方品种。基于SCo T标记遗传距离的聚类分析表明:I类群中99个主要是黄淮海大豆育成品种,Ⅱ类群中60个主要是南方大豆育成品种。随着时间的推移,大豆育成品种的遗传多样性呈递增趋势,至1971-1990年达到最高并保持不变,表明自70年代以来大豆育成品种遗传基础有所拓宽。结果表明SCo T可用于大豆育成品种遗传多样性研究,为拓宽大豆育成品种遗传基础提供重要参考。     

用SSR标记评估东北三省水稻推广品种的遗传多样性

 利用53个SSR标记和24个表型性状分析东北三省107个水稻推广品种,探讨东北水稻推广品种群体遗传多样性及不同育成年代、省份间的遗传多样性和互补性。结果表明,表型遗传多样性高于DNA水平,年代间表型与微卫星标记的遗传多样性具有较高的相似性,而地区间无明显相似性。东北水稻推广品种遗传多样性比较狭窄,随着时间推移增加的新等位基因多于消失的旧等位基因数。三省水稻推广品种遗传多样性呈现黑龙江>吉林>辽宁的趋势,但由于地区间频繁引种,东北水稻品种在区域上的遗传分化已不明显,其差异主要来源于品种间的基因型差异。不同省份存在较多的互补等位变异,最多的在黑龙江和辽宁之间。不同省份和不同年代间分别拥有各自特有和特缺的等位变异。参试品种可分为5个类群,每一类群均有两个以上年代（省份）品种分布。     

大豆疫霉菌遗传多样性的RAPD分析

利用随机扩增DNA (RAPD)技术分析了15个大豆疫霉菌( Phytophthora sojae)的遗传多样性,并同其它7 个疫霉种的8个菌株进行了比较。运用筛选出的12个引物共获得152个RAPD标记,其中84. 2%具有多态性。通 过聚类分析结果表明,疫霉属种间的遗传相似系数的变化幅度为0. 533～0. 783,大豆疫霉菌与其它几种疫霉的遗 传距离相对较远,用引物OPB06扩增到P. sojae种特有的一个RAPD标记; P. sojae种内菌株间遗传相似系数的变化 幅度为0. 855～0. 967,亦存在较丰富的遗传多样性,该遗传多样性与菌株毒力之间有一定相关性,而与菌株地理来 源没有相关性。     

分子标记研究野生大豆遗传多样性进展

野生大豆是栽培大豆的近缘野生种,是大豆遗传改良的重要基因源。野生大豆的遗传多样性研究对野生大豆资源的收集、保存、保护和利用具有重要意义。本文从种质库资源的多样性,不同国家野生大豆资源的多样性,野生大豆种群的多样性和野生大豆种群间的遗传分化几个方面,总结了利用RAPD、AFLP和SSR等DNA分子标记技术对野生大豆资源和种群进行遗传多样性研究的进展。     

Genetic Diversity of Chinese and CIP Potato (Solanum tuberosum L.) Germplasm Assessed by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Markers

The genetic diversity of 123 potato clones, consisting of 103 clonal accessions from the International Potato Center (CIP) and 20 Chinese cultivars, was assessed using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Ten polymorphic primer combinations were selected to analyse and compare the diversity of the two sources of clones. A total of 521 reproducible bands were amplified, of which 488 were polymorphic. These AFLP markers were analysed to estimate the genetic distance (GD) and genetic similarity (GS) coefficient of all clones. The GD between pairs of clones ranged from 0.03 to 0.48. Nei’s gene diversity index was between 0.236 and 0.387, with an average of 0.330. The index of Shannon’s information varied from 0.361 to 0.567 with an average of 0.498. A high degree of polymorphism was observed with an average of 93.6% loci found to be polymorphic. Cluster analysis showed that the CIP accessions were grouped together at the GS 0.59 clustering line, whereas most Chinese cultivars grouped at the GS 0.82 clustering line. The diversity in CIP potato resources was found to be higher than that of the Chinese cultivars, indicating that the genetic base of Chinese potato cultivars is narrow and may benefit from broadening.     

SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析

 利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片段,平均每对引物2.9条,每个SSR位点的多态性信息含量指数（PIC值）变化范围为0.064~0.844,平均为0.380。以SSR标记遗传相似系数为原始数据,按UPGMA聚类方法将30个亲本材料划分为7大类群,分类结果与系谱关系基本相符。分子标记遗传距离与杂种性状平均值的相关除每穗总粒数外均达到显著或极显著水平,与杂种优势的相关均达到极显著水平,相关系数介于-0.361~0.359,说明分子标记可用于水稻杂种优势群的划分和遗传多样性分析,但相关程度还不足以预测产量杂种优势。     

Genetic Diversity of Tropical Hybrid Rice Germplasm Measured by Molecular Markers

Investigation of genetic diversity and relationships among breeding lines is of great importance to facilitate parent selection in hybrid rice breeding programs.In this study,we characterized 168 hybrid rice parents from International Rice Research Institute with 207 simple sequence repeat (SSR) and 353 single nucleotide polymorphism (SNP) markers.A total of 1 267 SSR and 706 SNP alleles were detected with the averages of 6.1 (SSR) and 2.0 (SNP) alleles per locus respectively across all lines.Based on the genetic distances estimated from the SSR and SNP markers separately and combined,the unrooted neighbor-joining cluster and STRUCTURE analyses consistently separated the 168 hybrid rice parents into two major groups:B-line and R-line,which is consistent with known parent pedigree information.The genetic distance matrices derived from the SSR and SNP genotyping were highly correlated (r=0.81,P < 0.001),indicating that both of the SSR and SNP markers have distinguishable power to detect polymorphism and are appropriate for genetic diversity analysis among tropical hybrid rice parents.A subset of 60 SSR markers were also chosen by the Core Hunter with 368 alleles,and the cluster analysis based on the total and subset of SSR markers highly corresponded at r=0.91 (P < 0.001),suggesting that fewer SSR markers can be used to classify and evaluate genetic diversity among parental lines.     

山蚂蝗属植物遗传多样性的AFLP分析

为探讨山蚂蝗属植物遗传多样性和亲缘关系,利用扩增片段长度多态性(AFLP)标记技术对46份山蚂蝗属植物种质进行遗传多样性分析,从64对引物中筛选出条带清晰、多态性高的2对引物E-AAC/M-CAA、E-AAG/M-CAA,共扩增出172条谱带,其中154条为多态性带,多态性检出率为89.53%,表明在分子水平上山蚂蝗属植物遗传多样性丰富。采用离差平方和法将46个供试材料分为6类,聚类结果与《中国植物志》的分类体系相吻合;其中,卵叶山蚂蝗和糙伏山蚂蝗可能也属于三点金亚属,卵叶山蚂蝗亲缘关系离大叶山蚂蝗较近,糙伏山蚂蝗离假地豆较近,这个结论可以为中国植物志的修订提供一个依据;引种材料CIAT350(29)与其他卵叶山蚂蝗的亲缘关系较远。总体来看,聚类结果与地理来源没有必然联系。此外,从本实验来看,AFLP技术扩增效率高,信息量大、结果稳定、重复性好,可用于山蚂蝗属植物的遗传多样性分析和鉴定。     

273份水稻种质资源的遗传多样性、群体结构与连锁不平衡分析

[目的]评估273份水稻种质资源的遗传多样性和群体结构,为今后利用这些水稻种质资源进行遗传育种和关联分析提供参考.[方法]利用214个分子标记对来自14个国家的273份水稻地方品种和育种材料进行基因型检测,分析其遗传多样性、群体结构、连锁不平衡程度.[结果]群体结构分析将供试群体划分为2个亚群(SG1、SG2)以及1个...     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

热辣2号辣椒纯度鉴定及优良自交系遗传多样性分析

为了提高种子质量和充分利用辣椒种质资源,应用SSR分子标记对热辣2号杂交种纯度进行鉴定并对部分辣椒优良自交系进行遗传多样性分析。以热辣2号母本材料CAYB02和父本材料CAYB01为模板筛选85对辣椒SSR引物,其中12对引物在亲本间能扩增出明显的多态性,多态性比率为14.12%,多态性标记分别位于辣椒1、3、4、6、7、9、11、12号染色体,利用3对位于不同染色体上的SSR标记对热辣2号黄灯笼椒杂交种的纯度进行鉴定,热辣2号种子纯度为98.79%,标记鉴定结果与田间鉴定结果一致。研究结果表明,利用SSR标记鉴定辣椒杂交种纯度是切实可行的。利用12对多态性明显、稳定可靠的SSR引物对部分辣椒自交系进行遗传多样性分析,共扩增出60条条带,多态性位点比率为100%,平均每对引物检测出5个等位基因。30份辣椒自交系间遗传相似系数变幅为0.33~1.00,平均为0.65,表明供试材料间具有丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.47时,可以将中国辣椒和一年生辣椒区分开来。在遗传相似系数为0.85时,30份辣椒优良自交系分为11个类群,辣椒种质遗传关系与地理来源和农艺性状具有一定的相关性。     

利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性

利用微卫星(SSR)标记,分析来自欧洲和中国的30个核盘菌菌株的遗传多样性和群体结构。结果表明,3对微卫星引物共扩增出21条清晰的谱带,平均每对引物扩增7条谱带,片段长度为158bp～358bp。根据SSR分析结果,30个核盘菌分离物具有较高的遗传相似性。物种水平的Nei遗传多样性指数为0.139 3,Shannon多样性指数为0.248 8。不同菌株群体的Nei遗传距离都较小,为0.009 6～0.049 6。其中俄罗斯群体和奥地利及英国群体之间的遗传距离最大。从30个菌株的UPGMA聚类分析结果看,核盘菌群体结构与地理来源没有明显的直接关系。许多地理来源相同的菌株分散在不同的组里。仅第三组组内的菌株地理来源一致,均来自于中国,且遗传距离比其他菌株的远。群体遗传分析显示,总群体的基因流比较高（2.111 6）,基因分化系数比较低（0.191 5）。     

亚洲栽培稻遗传变异分析最少SSR引物数的研究

以69份类型明确的亚洲栽培稻品种为材料,选用120对SSR引物,通过评估遗传多样性和群体结构,研究分析其遗传变异对SSR引物数的要求。结果表明:1)120对引物在69份试验材料中共检测到1256个等位变异,每个位点的等位基因数差异较大,变化范围为2~27,平均为10.5;平均Nei基因多样性指数变化范围为0.4058~0.9452,平均为0.7616;2)分析亚洲栽培稻遗传多样性时,至少需要72对SSR引物;3)分析亚洲栽培稻群体结构时所需最少引物数可降低至60对。     

乌龙茶品种（系）遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

利用40对具有多态性的SSR引物对我国46份乌龙茶品种（系）的遗传多样性和亲缘关系进行了研究。结果表明,40对引物在供试材料中共检测到179个等位基因,329个基因型,平均检测4.48个等位基因,8.23个基因型,平均多态性信息量（PIC）为0.52。46份供试品种（系）的基因多样性指数（H）为0.57,观测杂合度（Ho）为0.40,遗传距离为0.59。按照地理来源分组分析表明,地区间乌龙茶品种（系）的遗传多样性以广东最高,其次为福建,最低的为台湾。亲缘关系分析表明,大部分品种（系）都按照其地理来源和遗传背景进行了聚类。根据育种方式分组的分析表明,杂交选育的品种（系）遗传多样性水平较其他方式选育的品种（系）低。     

Use of SSR data to determine relationships and potential heterotic groupings within medium to late maturing Iranian maize inbred lines

Information on germplasm diversity and relationships among elite materials is fundamentally important in crop improvement. The main objectives of our study were to: (1) determine the level of genetic diversity within and relationships among the most commonly used medium to late maturing Iranian maize inbred lines using simple sequence repeat (SSR) markers, and to (2) suggest heterotic groups among the lines using genetic distance as measured by the SSR markers. Fifty-six inbred lines, which are the most commonly used in maize breeding programs in Iran, and two lines from CIMMYT, Mexico (used as checks) were fingerprinted with 46 SSR markers. A total of 225 alleles were detected. The UPGMA clustering grouped the Iranian inbreds into four clusters (in addition to one group which included only the CIMMYT control lines), which were consistent with the pedigrees or known information about source materials. The highest distance was found between the cluster of Reid Yellow Dent related lines and the cluster of Lancaster Sure Crop related lines, and this pattern has produced some of the highest yielding hybrids in Iran. Other heterotic patterns based on the SSR markers are suggested, but must be field tested to confirm what appears to be promising alternative heterotic patterns.     

Genetic Diversity of Rice Landraces from Lowland and Upland Accessions of China

Genetic diversity of rice landraces from lowland and upland accessions of China was investigated using 66 polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers.The total number of alleles detected from all 324 tested accessions was 555 with an average allele number (Na) of 8.409 per locus,the average effective number of alleles (Ne) of 3.574 and the average Shannon’s information index (I) of 1.378.The genetic diversity was higher for the indica landraces compared to the japonica landraces,and the upland landraces were more genetically diverse than the lowland landraces.The SSR markers,RM72,RM232,RM219,RM241,RM224 and RM3 showed the highest rates of polymorphism and these SSR markers were suitable to assess the genetic diversity of rice germplasm resources.A dendrogram of 324 accessions of lowland and upland landraces showed that all rice accessions were mainly subdivided into two groups,japonica and indica,with some being intermediate.The distribution of lowland and upland landraces among the japonica and indica rice groups was distinct,with obvious differentiation between the lowland and upland landraces in japonica rice,but no such clear distinction in indica rice.     

辽宁省野生大豆种质资源的SSR遗传多样性分析

以30份2007年辽宁省的野生大豆种质资源为材料,利用40对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明:18对SSR引物扩增出129个等位变异,平均每个位点等位变异7.22个,Shannon-Weaver指数变化范围为1.1753~2.1234,平均为1.7285。中部平原半湿润区内的种质数、平均等位变异数和遗传多样性指数最高,其次为东部山地湿润区,西部丘陵半干旱区内分布种质数最少,其平均等位变异数和遗传多样性指数均最低。中部平原半湿润区和东部山地湿润区之间的遗传相似性最高(0.6496),遗传距离最近(0.4314),而西北部平原低丘半湿润区和西部丘陵半干旱区之间的遗传相似性最低(0.4326),遗传距离最远(0.8379)。聚类结果看到SSR分子标记的结果与品种的地理来源没有明显的相关性。     

匈牙利大麦品种遗传多样性的ISSR分析

为给大麦种质资源的利用提供分子生物学依据,以甘肃省育成大麦品种陇啤1号（XYL-601）为对照,利用内部简单重复序列多态性（ISSR）分子标记技术分析了来自匈牙利的30份大麦种质资源的多样性。在31份大麦种质资源中,12条ISSR引物扩增出112个条带,其中多态性条带比率（PPB）为82.14%,扩增产物片段大小在0.2～1.5kb之间。通过聚类分析,将供试大麦种质资源分为2大类。本研究结果表明,匈牙利大麦遗传多样性水平较高,可以引进利用,为甘肃大麦育种提供资源基础。     

SNaPshot技术检测茶树SNP研究

为了提高茶树SNPs分型效率,促进SNPs在茶树遗传育种中的应用,研究了SNaPshot技术进行茶树SNPs分型的可行性。从实验室前期确证的SNPs中,选择10个作为目标SNPs;使用SNaPshot技术在不同的茶树品种中进行分型;然后,对分型结果进行比对和统计,以验证SNaPshot技术检测茶树SNPs的准确性、重复性以及在茶树遗传多样性分析等方面的可用性。结果发现,6个SNPs分型结果与测序结果一致,准确率为60%;目标SNPs在龙井43及其重复实验中的分型结果完全一致;6个SNPs的等位基因数都是2,期望杂合度（H_e）介于0.37~0.52,观测杂合度（H_o）介于0.32~0.74,多态性信息含量（PIC）介于0.36~0.50;结果表明,SNaPshot技术对茶树SNPs的分型准确性高、重复性好,可以用于茶树遗传多样性分析以及茶树遗传图谱构建等方面的研究。