基于SSR标记的暗褐网柄牛肝菌遗传多样性分析

以33份暗褐网柄牛肝菌样品为试材,采用SSR标记技术,对其遗传多样性进行研究,以期为暗褐网柄牛肝菌商业菌株鉴定奠定基础。结果表明:15个SSR标记中有5个标记在供试样品中表现出多态性,每个标记检测到2~6个等位基因,平均3.20个,Shannon′s信息指数平均值0.76,多态性信息含量平均值0.43。聚类分析结果显示,在相似系数为0.99时,供试材料可被分为11个类群,对应11种多位点分子表型,与样品的来源有较好的对应关系。根据多位点分子表型构建了供试材料的SSR指纹图谱。     

不同产地人参种质资源RAPD和SSR分析

以15个产地人参种质资源为试材,采用RAPD和SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明:2种分子标记均能揭示不同地区人参种质间的遗传多样性。共筛选出11条RAPD随机引物,平均每条引物可扩增出3~17条DNA片段,共扩增出104条清晰条带,多态性条带100条,多态性百分率为96.15%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.505 3~0.989 5,平均值为0.760 4。筛选出5对SSR引物,平均每对引物可扩增出1~8条DNA片段,共扩增出38条清晰条带,多态性条带35条,多态性百分率为92.11%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.400 0~0.960 0,平均值为0.742 1。RAPD和SSR标记的聚类分析在分类上稍有差异,但总体趋势一致,RAPD、SSR及RAPD+SSR均将样品聚为三大类,均能揭示它们之间的亲缘关系,为人参种质资源的收集与利用奠定了基础。     

茄子单倍体植株的SSR标记与性状分析

为深入了解茄子单倍体植株的性状与基因型差异,以花药培养获得的24份茄子再生单倍体植株为材料,采用7对多态性好的SSR引物对其DNA序列进行分子标记,并对花色、果色和果形等农艺性状进行对比分析。SSR标记分析显示,24份单倍体材料遗传背景不同,遗传相似系数在0.77～1.00之间,聚类分析将其划分为4个类群;植物学和农艺性状分析发现,24份材料的叶形指数在1.57～2.64之间,花粉活力介于13%～45%之间,其中18份单倍体材料可以结实,单株坐果数和花粉活力之间没有相同变化趋势;表型性状与分子标记聚类间具有较高的吻合度,分子标记聚类分析基本可以反映单倍体植株间花色、果型和果色间的差异;春季坐果的所有果实均无发育良好的种子,秋季得到了D4和D8的种子,且其种子的体积与二倍体茄子种子不存在显著差异。试验中筛选出了果色黑而一致,以及具有高温或低温结实特性的单倍体植株,此研究结果为单倍体植株的分类利用以及有性繁殖或加倍方法提供了理论和实践的依据。     

葡萄种质遗传多样性的SSR分析及指纹库构建

以取自郑州果树研究所的45个葡萄品种为试材,利用SSR标记技术对其进行了遗传多样性分析.结果表明:利用19对基本核心引物对位于不同染色体上的SSR位点进行PCR扩增,共扩增出76条带,其中包括74条多态性条带.每对引物可检测到等位位点数为2～5个,多态率为66.7％～100％.通过聚类分析结果表明,在遗传距离为0.41处,45份葡萄材料可分为三大类群.对供试葡萄品种的不同引物的扩增产物进行检测,得到了每个品种在一组位于不同染色体的SSR位点上的基因型图谱,从而初步建立一个供试葡萄品种的SSR基因型指纹库.这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据.     

72份猕猴桃种质基于SSR标记的聚类分析及指纹图谱构建

利用SSR分子标记对来源于江西省奉新县和信丰县的72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定基础。结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物(FOR1、FOR7、FOR8、FOR16、A124和A059)可以完全区分供试种质,6对引物共检测出70个等位基因;每对引物可检测到等位基因数9～17个,平均每个SSR条带能检测到11.7个等位位点;各对引物所得的多态性信息含量(PIC)在0.792～0.904之间,平均为0.828。供试种质的遗传距离的范围为0.029～0.329,平均遗传距离为0.176。在相似系数0.087的水平上,供试种质可分为六大类。利用筛选出的6个SSR引物在72份供试猕猴桃种质上获得的多态信息,每份种质均得到唯一的DNA指纹图谱。     

野生毛花猕猴桃果实表型性状及SSR遗传多样性分析

以江西省武功山境内的70份野生毛花猕猴桃种质资源为试材,对其果实表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。根据UPOV（国际植物新品种保护联盟）公布的猕猴桃属品种测定标准对供试材料的果实表型性状进行观测。参照猕猴桃遗传连锁图谱,选用分布于中华猕猴桃基因组中的70对SSR引物对供试材料进行多态性分析。结果表明,在70对引物中,21对引物成功扩增出多态性片段。随机采集的70份野生毛花猕猴桃种质资源中,其果实表型性状和DNA分子水平均存在丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析将供试的野生毛花猕猴桃资源分为果实圆形和椭圆形混合组、果实椭圆形组以及果实圆柱形组。21对多态性高的SSR引物共检测出127个等位变异位点,变异范围在2 ~ 12之间,平均每对SSR引物可检测到6.04个等位位点。遗传相似系数（GS）变异范围为0.5306 ~ 0.9252。GS值在0.65水平上UPGMA聚类分析可将供试的野生毛花猕猴桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ和 Ⅲ 共3个组,这与果实表型性状分析的结果基本一致。这些遗传变异丰富的种质资源可为猕猴桃育种提供有价值的材料。     

茄子耐盐种质亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD标记对14份耐盐茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：从100个引物中筛选出10个多态性较好的引物,共扩增出102条带,多态性条带所占的比例为77.45%。聚类分析结果显示：14份耐盐茄子材料的遗传相似系数在0.316～0.975之间|在遗传相似系数0.47处可将14份耐盐茄子材料分为3大类,大部分种质资源（85.71%）都聚在第3类（栽培种）,表明收集到的茄子耐盐种质亲缘关系较近。     

十七份中美枸杞材料的SSR遗传多样性

以17份中美枸杞材料为试材,采用SSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,探索中美枸杞的遗传多样性。结果表明:筛选的20对SSR引物扩增得到46个等位变异,平均每对引物扩增得到2.3个等位点,多态性比率达75.44%,多态性信息含量变化范围在0.114 2(SSR111)~0.829 1(SSR22),平均0.377 2,说明中美枸杞的遗传多样性较低;聚类分析结果显示,在相似系数0.600处,所有供试材料被聚为一类;在相似系数0.730处,美国枸杞和中国枸杞分别独立聚类;在相似系数0.825处,兰山野生枸杞和国内其它枸杞分为2个类群;来自内蒙古和宁夏的枸杞也基本分组,但相似系数很高,说明所有供试材料遗传基础非常狭窄,聚类分析结果与供试材料区域来源有较好的一致性,同一栽培区域育成的品种在不同程度上聚为一类,不同品种间的亲缘关系与地区来源基本相对应。     

20个青菜品种的遗传多样性分析

利用10对SSR分子标记对来自中国和日本的20个青菜品种进行了聚类和遗传多样性分析。分析结果显示,10对SSR引物扩增的条带总数为26,其中76.9%扩增条带具有多态性,说明供试青菜品种间具有一定的遗传差异;聚类分析表明,20个青菜品种可分为三大类,表现出一定的地域性。     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR标记技术对蔷薇属（Rosa L．）13份野生种、变种、变型及29份栽培品种的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6～14个,平均8．2个。材料问遗传相似系数为0．282—0．892,表明在分子水平上具有丰富的遗传多样性。在相似系数为0．456时,基于SSR标记的聚类分析将13个蔷薇野生种分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0．43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群。初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的亲缘关系。     

番茄种质资源亲缘关系的SSR分析

采用25对SSR特异引物对20份番茄材料进行分析,其中21对引物扩增出条带,18对引物具有多态性,扩增出的66条谱带中有52条具有多态性,多态率为78.8%。遗传距离分析结果表明：20份番茄材料两两间的遗传距离（GD）在1.489 2～9.180 6之间,遗传距离大于7的育种材料共有18份,其中No.1与No.15之间的遗传距离最大,为9.180 6。以遗传相似系数0.67为标准可将20份番茄育种材料划分为4大类。     

湖南省草莓灰霉病菌遗传多样性研究

为探明湖南省草莓灰霉病菌群体遗传结构、分化及变异规律,采用荧光标记技术对湖南省9个地理菌群的180株草莓灰霉病菌基因组DNA进行SSR分析。结果表明:9对SSR引物共检测到56个观察等位基因(Na),平均值为6.22;有效等位基因(Ne)为1.27~4.89,平均值为3.44;不同位点的基因多样性指数(H)为0.21~0.80,平均值为0.65;不同位点Shannon’s信息指数(I)为0.37~1.83,平均值为1.34。供试180株样品9个SSR多态性位点上多态性信息量PIC变化范围为0.13~0.91,不同位点PIC差异大,这一规律与I和H基本一致。不同SSR位点总的遗传多样性(Ht)为0.21~0.77,平均值为0.65;群内遗传多样性(Hs)为0.19~0.50,平均值为0.40;遗传分化系数(Gst)为0.10~0.46,平均值为0.37;基因流(Nm)为0.58~4.47,平均值为1.16。不同地理菌群平均观察等位基因(Na)、有效等位基因数目(Ne)分别为2.93和2.07,Shannon’s信息指数(I)平均为0.67,基因多样性指数(H)平均为0.40,平均多态性位点数(NP)、多态位点百分率(P)分别为6.78和75%。依据不同地理菌群之间的遗传距离(0.2797~1.9225),将供试湖南省9个地理菌群分为4大类:第Ⅰ大类主要由长沙、邵阳、岳阳、衡阳、张家界、湘潭种群组成;第Ⅱ大类主要由郴州种群组成;第Ⅲ大类主要由株洲种群组成;第Ⅳ大类由常德种群组成。总之,湖南省各地草莓灰霉病菌群体遗传多样性丰富,但地理群体间差异小,病菌遗传变异主要来自群体内部,不同地区间存在病菌的移动。     

马铃薯高世代选系疮痂病抗性评价及SSR辅助筛选

利用国外种质资源创造的20 份高世代马铃薯无性系为试材,以尤金为感病对照,克新18 号为抗病对照,采用自然 病圃和人工接种的鉴定方式进行疮痂病抗性评价,利用SSR 分子标记分析试材之间的亲缘关系,并对比SSR 遗传相似性系 数聚类结果和试材抗病性分类结果,探究利用SSR 分子标记辅助筛选疮痂病抗病资源的可行性。从试验地土壤和感病块茎 共分离纯化具有链霉菌特征的菌株278 份,其中240 份来自于块茎,38 份来自于土壤。具有致病力的菌株127 株,经鉴定 全部属于Streptomyces scabies 菌种。试材间的抗病性存在明显差异,可分为高抗、中抗、中感和高感4 个类型。人工接种与 自然病圃抗性鉴定结果存在极显著相关（R²=0.946 7）。抗病类型与感病类型通过SSR 遗传相似性系数聚类大致可以区分。     

马铃薯SSR标记在茄子上的通用性分析

目前有多种发展微卫星标记（SSR）的方法,对基因组未测序的物种利用近缘物种引物进行跨物种扩增是一种简便方法。本研究利用马铃薯的640对SSR引物对茄子进行扩增,并利用获得的多态引物进行了12份茄子材料的聚类分析。结果表明：192对引物能够在茄子基因组DNA上扩增出清晰、稳定条带,引物通用率为30．05％;10对引物在随机选择的4份材料上有多态性,聚类分析结果表明类群与材料的来源、果实形态、颜色及青枯病抗性间没有相关趋势。     

茄子株高性状鉴定与遗传分析

以长茄高代自交系125 和126 构建的茄子6 个不同世代的遗传群体〔P₁、P₂、F₁、F₂、 B₁（125×F₁）、B₂（126×F₁）〕 为试材,利用主基因+ 多基因混合数量性状遗传模型对茄子的株高性状进行多世代遗传联合分析。结果表明：供试亲本株高 性状差异显著,分离世代株高性状数值均呈单峰的偏正态分布,属于数量性状遗传。多世代遗传联合分析结果显示茄子株高 性状的最适遗传模型为C-0 模型,不存在主基因遗传效应,表现为多基因控制的加性- 显性- 上位性遗传模式。采用二阶 遗传参数进一步分析株高的多基因遗传效应,结果显示,茄子分离世代F₂、B₂ 的多基因遗传率分别为49.24%、22.77%,茄 子株高以多基因遗传为主。     

基于InDel 标记的茄子种质资源遗传多样性分析

用19 对InDel 标记对来自国内外的46 份茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：19 对InDel 标记的多态性 信息含量（PIC）范围在0.48～0.66 之间，均值为0.59。46 份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32～1.00 之间，均值为0.70， 说明46 份茄子种质资源之间的遗传差异不大，遗传基础相对狭窄。利用UPGMA法进行聚类分析，在遗传相似系数为0.66 处， 将46份茄子种质资源划分为4大类群。聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性，而与来源地的关联性并不大。     

印度南瓜转录组SSR信息分析及其多态性研究

对印度南瓜（Cucurbita maxima）开展转录组测序分析,共获得131 960条unigene（90.80 Mb）,筛选得到12 557个SSR位点（占总unigene的9.52%）,其发生频率为1/7.4 kb;其中SSR位点中主导类型为二核苷酸重复,占总SSR的49.82%;其次是三核苷酸重复,其出现频率为45.31%。通过Primer5设计得到7 290对SSR引物,随机选择20对SSR引物对30种不同来源的南瓜进行多态性验证分析,结果显示在14对可扩增产物的SSR引物中,11对引物表现稳定可重复的多态性,UPGMA多态性分析显示11对引物可将30份南瓜材料分为5类。研究表明通过对南瓜转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为印度南瓜遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了候选标记。     

利用黄秋葵转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

通过对黄秋葵（Hibiscus esculentus L.）转录组信息分析,共获得74 600条unigene,全部序列有52 976 011 bp;有3 191条unigene包含SSR的序列,从中鉴定出3 448个SSR位点,其中有235条序列包含1个以上SSR,复合SSR有123个。优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的60.79%和21.43%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的11.02%,三核苷酸重复基元以AGA/TCT为主,占总位点的19.61%。利用Primer 3.0共设计出8 088对SSR引物。从87对有效扩增引物中随机选择60对用于32份黄秋葵种质的多态性验证分析,其中36对（占60%）引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,将32份供试材料分为2类。利用黄秋葵转录组数据进行SSR标记开发,能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。     

基于SCoT 标记的芥菜种质遗传多样性与指纹图谱

利用SCoT 标记对46 份芥菜种质资源进行遗传多样性分析。从70 条引物中筛选出21 条用于PCR 扩增,共扩增出200 条条带,其中多态性条带140 条,多态性比率为70%。供试材料相似系数介于0.77～0.95 之间,平均Nei’s 基因多样性为0.198,平均Shannon 信息指数为0.301,平均多态信息含量为0.822 7。利用UPGMA 构建46 份芥菜种质资源的聚类树状图,在相似系数D1=0.780 处,可以将46 份芥菜种质分为两大类;而在D2=0.807 处,第Ⅱ类可进一步细分为5 个亚类。选出清晰的16 个多态性位点,构建46 份芥菜种质的SCoT 指纹图谱,结果由引物SP4、SP19、SP20、SP23、SP30 所构建的DNA 指纹图谱可将供试材料完全区分开。     

基于形态学标记及SSR 标记的甜瓜主栽品种分类鉴定研究

利用形态学标记、SSR 分子标记技术对市场上广泛种植的甜瓜品种进行分类鉴定。利用形态学聚类分析，得到60份材料间的相似系数为0.73～0.94，在相似系数为0.74 处，60 份甜瓜材料被分为2 类，为薄皮甜瓜和厚皮甜瓜；在相似系数为0.77 处，薄皮甜瓜按照单果质量、熟性、果皮底色、芳香气分为4 组，实现初步分类。经过SSR 标记聚类分析，得到60 份材料间的相似系数为0.75～0.95，当相似系数为 0.77 时，可以将所有供试材料分为6 类。利用SSR 分子标记技术，为60 份不同甜瓜品种构建唯一的指纹图谱。18 对SSR 引物，每对引物可以检测到4～11 条数目不等的多态性条带，平均为8 条。多态性信息含量（PIC）平均为0.71，变化范围为0.58～0.88。采用QR 编码为60 份甜瓜材料构建了唯一的指纹图谱。试验结果表明形态学标记对60 份材料实现初步分类，SSR 分子标记则能够有效地区别60 份材料，并且为建立甜瓜品种的核酸指纹图谱库提供了理论数据，实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。