芥蓝×甘蓝的F2群体抽薹期性状QTLs的RAPD标记

 利用芥蓝C1 12×甘蓝秋缸Ⅵ杂交组合的F2作图群体的RAPD标记连锁图进行了19个农艺学性状的QTL定位研究，在9个连锁群上共定位了28个QTL位点。其中控制抽薹期、开花期、株高(4月27日调查)的QTL各3个；控制伸展度、株高(4月20日调查)、叶柄长QTL各2个；控制茎高、叶数、叶宽(4月27日调查)的QTL各1个；控制叶宽(5月11日调查)的QTL有5个。     

甜瓜侧枝相关性状的QTL定位

以甜瓜长侧枝自交系‘TopMark’和短侧枝自交系‘PI353814’为亲本,构建了F_2群体和F_2:3家系。利用92个F_2单株构建了一张包含12个连锁群,353个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖基因组长度为1 565.88 cM,连锁群长度在86.98～186.68 cM,标记间的平均距离为4.44 cM。利用该连锁图谱结合F_2:3家系表型鉴定数据,对甜瓜侧枝相关性状进行定位,共检测到6个QTL,分布在连锁群LGⅠ、LGⅢ和LGⅦ上,LOD值介于2.5067～12.5524之间,可解释9.9242%～48.2348%的表型变异率。其中侧枝总长主效QTLlbtl7.1和侧枝均长主效QTLlbal7.1均位于连锁群LGVⅡ的SSR标记CmSSR17145和CmSSR17293之间,贡献率分别为38.5923%和48.2348%。进一步利用186个F_2:3家系和新开发标记对主效QTL进行了验证,发现侧枝总长主效QTL lbtl7.1定位在SSR标记CmSSR17251和CmSSR17253之间,与两标记的遗传距离分别为2.5和0.5 cM,可解释41.2742%的表型变异,侧枝均长主效QTL lbal7.1被定位在SSR标记CmSSR17238和CmSSR17251之间,距离两标记分别为1.5和0.5cM,可解释55.1739%的表型变异。     

利用辣椒种间F2和F2:3两个群体进行其主要农艺性状QTL分析

以一年生辣椒（Capsicum annuum）材料‘V06C1720’为母本,灌木辣椒（C. frutescens）材料‘H101’为父本,建立包含180个单株的种间F2作图群体,应用SSR和SRAP标记技术构建了共278个标记位点的17个连锁群遗传图谱,图谱全长1 282.10 cM,标记平均间距为4.61 cM。利用QTLNetwork 2.0软件和 F2、F2:3表型数据,对辣椒15个主要农艺性状进行了QTL分析,在第1、2、3、4、6、7、10、12、13、14、15和16连锁群上共检测到48个加性QTL和11对上位性QTL,可分别解释5.18% ~ 40.33%和4.09% ~ 13.56%的表型变异。变异率大于10.00%的主效加性QTL有33个,占总数的68.75%;来自灌木辣椒‘H101’的增效等位加性QTL位点有29个,占总数的60.42%。株高、主茎高、果长、果径、单果质量、果形和果实辣味等7个性状的9个加性QTL在两个群体中同时被检出,这些在不同环境及不同遗传背景下能够稳定存在的QTL可为辣椒农艺性状分子标记辅助选择育种、QTL精细定位及克隆提供有价值的参考。     

甜瓜酸性性状相关QTL定位分析

以果实口感无酸味的材料60和酸甜味的材料61为亲本构建的含有153株单株的F2群体为试验材料,对其进行SSR标记遗传连锁分析,构建遗传图谱。图谱包含15个连锁群,总长度923.2c M,平均距离8.71c M。利用Map QTL4.0软件采用多座位QTL模型(MQM)进行QTL分析。分别检测到3个与柠檬酸含量有关的QTL,其中1个主效QTL(贡献率≥10%)为cit 8.1,贡献率为34.8%;4个与可滴定酸(TA)有关的QTL,其中1个主效QTL为ta 8.1,贡献率为47.5%;2个与p H有关的QTL,其中1个主效QTL为ph 8.1,贡献率为82.7%。与酸性性状有关的3个主效QTLs均位于第Ⅷ条连锁群上同一位置。     

SSR与AFLP标记在甜瓜连锁图谱上的分布

利用3-2-2×TopMark杂交组合,得到152株重组自交系群体,构建甜瓜分子遗传图谱。该图谱包括71个SSR标记和94个AFLP标记,由17个连锁群构成,覆盖基因组总长度1 222.9 cM,标记之间平均距离为7.41 cM。筛选了428对SSR分子标记（其中360对为EST-SSR引物,68对为g-SSR引物）,得到94对具有多态性的SSR标记,其片段大小在150～300 bp之间,多态性比例占21.29 %;筛选了256对EcorI/MseI AFLP引物组合,得到22对AFLP多态性引物,共含有146个AFLP多态性位点,其片段大小在100～600 bp之间。SSR标记较平均的分布在染色体上,AFLP标记在LG1、LG12及LG14上出现聚集现象。     

油蟠桃组合遗传连锁图谱构建及糖酸性状QTL分析

以油桃和油蟠桃组合‘霞光’‘NF’杂交群体115个单株为试材,使用高效液相色谱测定亲本及各单株果实糖和有机酸含量,筛选164对SSR引物和2 304对SRAP引物组合,选择符合1︰1分离比例的标记,使用Map Manager QTX20b软件的BC1模型构建遗传图谱,并对8个符合正态分布的性状进行与标记间的回归分析以及QTL区间分析。构建的图谱经与李属SSR参考图谱比对,发现基本匹配的8个连锁群总长度为1 232.7 cM,位点间的平均遗传距离为9.34 cM,包含22个SSR标记和108个SRAP标记,以及扁平果形（S）和非酸（D）两个位点。QTL区间扫描发现,LOD≥2的QTL区间共有28个,LOD≥3的有17个,LOD≥5的有10个。风味相关的QTL分布在Group 1、2、4、5、6连锁群上。Group 1含4个QTL区间（Glu2、Sor2、Tsug4、SSC3）;Group 2含3个QTL区间（Glu4、Sor3、SSC4）;Group 4含5个QTL区间（Suc2、Glu3、Glu5、Tsug5、Taci4）;Group 1、2、4的QTL均对相应性状均表现为负加性效应;Group 5含6个QTL区间（Suc1、Suc3、Tsug3、Mal1、Taci3、Taci5、）,大多集中在非酸位点（D）附近,均表现为对糖含量的正加性效应,对酸含量的负加性效应;Group 6含9个QTL区间（Glu1、Fru1、Sor1、Tsug1、Tsug2、Taci1、Taci2、SSC1、SSC2）,所有QTL均对相应性状呈正加性效应。     

梨AFLP标记遗传图谱构建及果实相关性状的QTL定位

以‘八月红’ב砀山酥梨’的97株F1群体为试材,利用AFLP技术构建梨（2n=34）的分子遗传连锁图谱,共获得17个连锁群,包含209个标记位点,覆盖基因组1506.3cM,平均图距为7.21cM;用区间作图法进行梨果实可溶性固形物、单果质量、果实纵径、果实横径和纵横径比等5个性状的QTL定位,其中在LG1连锁群上定...     

黄瓜瓜把长度QTL定位的研究

 本研究的主要目的是利用长瓜把的129 与短瓜把的Z3杂交衍生的F2株系,检测与黄瓜瓜把相关的QTL。DNA从F2株系提取,并且利用SSR引物对其进行扩增。总共有5个呈现清晰、可重复的多态性分子标记用于QTL检测。结合瓜把数据,利用Mapmaker 3.0b构建基因连锁图谱,运用Windows QTL Cartographer V2.0检测QTL。LOD大于2作为QTL存在的阈值。4个来自于同一个连锁群的分子标记CSWGATT01B、CSWGATT01C、CSCT335 和CSWGATT01A与瓜把长度显著相关。Qchl1与分子标记CSWGATT01B, CSWGATT01C 紧密连锁,与二者分别相距3.4 cM 和 18.0 cM,且变异贡献率为18.49%。     

黄瓜遗传图谱构建及株高相关性状的QTL定位

 为利用分子标记辅助选择黄瓜矮生性状, 以矮生黄瓜D8 ×蔓生黄瓜J IN5的188株F^₂单株作为 作图群体, 应用ISSR和SRAP分子标记技术进行多态性筛选, 构建了含65个标记位点的遗传连锁图谱。整个图谱覆盖7个连锁群, 全长831.6 cM。标记平均间距为12.7 cM, 标记间最小遗传距离为4.8 cM, 最大遗传距离为22.3 cM。采用复合区间定位分析, 检测到控制黄瓜株高性状的QTL位点2个, 均位于第4连锁群上, 贡献率分别为13.2%和13.0%; 控制节间距的QTL位点1个, 也位于第4连锁群上; 控制第一雌花开花期的QTL位点7个, 分别位于第1、2、3、5、7连锁群上, 各QTL的贡献率在6.5%～12.5%之间。     

茄子果实性状相关基因的QTL定位

以果实性状差异显著的茄子(Solanum melongena L.)种质材料绿茄‘131'和上海本地长茄‘141'为作图亲本,构建了237个株系的F_2群体,采用450对SSR标记构建遗传图谱,定位茄子果实单果质量、果长、果径、果形指数和果实花萼大小的QTL。研究结果表明:在亲本间表现多态性的SSR标记为63对,平均多态性比例为14%;共有53个标记被分配到13个连锁群上(12条染色体),13个连锁群覆盖总长度为532.2cM,标记间距范围为0.2~45.9 cM,平均距离为10.04 cM;共定位了9个与果实性状相关的QTL位点(单果质量1个,果长1个,果径2个,果形指数3个,果实花萼大小2个)。     

利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。     

与大白菜干烧边性状相关的SSR和SRAP标记分析

以大白菜感干烧边品种A67和抗干烧边品种A53配制的141个F2代单株组成的群体为材料,双亲DNA构建大白菜感病池和抗病池,对104对SSR引物和320对SRAP引物进行筛选,并对与干烧边性状相关的QTL和对应的连锁关系进行了初步分析,获得2个与大白菜干烧边性状相关的QTL,同时获得3个与这2个QTL连锁的标记,其中A29-890和E6-400标记与其最近QTL位点的连锁距离分别为1.5cM和7.1cM。为大白菜抗干烧边性状的分子辅助育种奠定了基础。     

基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密

本研究检索了马铃薯全基因组范围内的SSR序列,并分析了其分布特点。通过开发设计位于目标染色体上的SSR引物,对连锁图谱进行加密和低温糖化抗性QTL定位。结果表明,马铃薯基因组上分布着28 609条SSR序列,平均分布于12条染色体上。其中2碱基、3碱基和4碱基基序SSR序列分别有15 943、11 053和1 613条,富含A或T的SSR数分别占2碱基、3碱基和4碱基基序SSR总数的88.6%、45.0%和26.0%。根据SSR序列两侧保守的侧翼序列,设计了位于5号染色体（chr05）上的SSR引物40对,其中有35对能有效扩增,20对引物的目标片段有多态性,13对引物的32个多态性位点定位到chr05上,将平均标记间距从9.0 cM缩小为1.7 cM,低温糖化抗性QTL的2 LOD置信区间从26.0 cM缩小为4.0 cM;6号染色体（chr06）上新设计SSR引物59对,有54对能有效扩增,25对引物的目标片段有多态性,12对引物的30个多态性位点被定位到chr06上,将平均标记间距从5.5 cM缩小为3.5 cM,低温糖化抗性QTL区间从9.0 cM缩小为3.7 cM。研究结果为抗低温糖化QTL的图位克隆奠定了良好基础,为马铃薯抗低温糖化分子育种提供了辅助标记。     

Quantitative trait loci controlling flowering time and related traits in a Solanum lycopersicum × S. pimpinellifolium cross

Flowering time is an important factor determining early yield in tomato. However, the quantitative trait loci (QTLs) controlling flowering time and their relation to other QTLs for morphological and physiological traits have not been well studied. The aim of this study was to map the chromosomal regions controlling days to flowering (DTF) concurrently with other traits, such as the number of leaves preceding the first inflorescence (LN), length of the largest leaf (LL), number of lateral shoots (LS), fresh weight (FRW) and plant height (PH). This was undertaken using an inbred backcross population derived from a cross between the commercial cultivar Solanum lycopersicum cv. ‘M570018’ and its close wild relative S. pimpinellifolium (PI124039). S. pimpinellifolium flowers earlier than the cultivated tomato. Plants were grown in spring and summer. Composite interval mapping detected 16 QTLs for the six traits evaluated. These QTLs explained 10–42% of the individual phenotypic variation. QTLs detected in spring generally did not differ from those detected in summer. In chromosome 1, the DTF QTL was co-located with the QTLs for LL, LS and FRW, while in chromosome 3 it was co-located with the QTLs for LN, FRW (summer) and PH. One DTF QTL that was detected in chromosome 3 and conferred by the S. pimpinellifolium allele hastens flowering. The co-location of the DTF QTL with the LN QTL suggested that the DTF QTL in chromosome 3 controls the period from the vegetative to reproductive phase. Co-locations of DTF QTLs with the other traits might be pleiotropic effects of a single gene or cluster of genes via physiological relationships among traits because they were found to be highly significantly correlated.     

辣椒种间（Capsicum annuum × C. frutescens）遗传图谱的构建与分析

 以一年生辣椒（Capsicum annuum）B9431 为母本（P1）,中国野生灌木辣椒（C. frutescens） H108 为父本（P2）进行种间杂交,得到包含180 个单株的F2 作图群体,利用SRAP、SSR、ISSR 标记和 形态标记构建辣椒遗传图谱。该图谱共包含14 个连锁群,涉及264 个SRAP 标记、32 个SSR 标记和2 个ISSR 标记,控制软肉落果性状的S 基因定位于LG8。图谱总长1 023.45 cM,标记间平均图距3.42 cM。 每个连锁群的标记数在2 ~ 44 个之间,连锁群的长度在13.84 ~ 129.93 cM 范围内,平均图距在2.38 ~ 12.90 cM 之间。以SSR 标记为锚定标记,将该图谱与Minamiyama 等构建的图谱进行了初步对应。     

杏杂合位点共显性标记的分离方式及连锁图谱构建

以‘串枝红’ב金太阳’杏的F1代为材料,在分析共显性标记分离方式的基础上利用简单重复序列（SSR）和相关序列扩增多态性（SRAP）标记,构建了两张杏分子连锁图谱。‘串枝红’图谱共14个连锁群,包含37个SSR标记和32个SRAP标记,连锁群总长度为1086.6cM,每连锁群平均长度77.6cM,标记间平均连锁距离为1...     

大白菜抗TuMV-C_4的QTL分析

采用高抗芜菁花叶病毒C4株系(TuMV-C4)的大白菜高代自交系A52-2为父本、感病自交系高IV-5为母本杂交后获得的F2代263个单株作为作图群体,利用SRAP分子标记技术进行遗传分析,构建了1张包含10个连锁群,由152个 SRAP标记组成的大白菜分子遗传图谱。该图谱覆盖长度为1066.3cM,平均图距7.06cM。利用Windows QTL Cartographer V2.0软件和复合区间作图法进行分析,共检测到5个与抗TuMV-C4株系相关的QTLs。     

马铃薯SSR遗传连锁图谱的构建及3个重要农艺性状的QTLs定位

利用二倍体马铃薯杂交群体P1的167个基因型为作图群体，应用SSR标记构建了一张总长度为645 cM的遗传连锁图谱，该图谱包含86个SSR标记，标记间平均距离为7.5 cM。应用该图谱，利用复合区间作图法，对与马铃薯块茎相关的3个重要农艺性状进行QTL定位和遗传效应分析，结果在第5条染色体上检测到控制以上3个性状的QTL各1个，其中控制单株产量的QTL遗传贡献率为12.3 %，控制单薯质量的QTL遗传贡献率为16.1 %，控制块茎比重的QTL遗传贡献率为11.2 %。     

黄瓜种子大小遗传分析与QTL 定位

 以种子大小差异显著的黄瓜野生变种‘PI183967’（Cucumis sativus var. hardwickii）和栽培 品种‘新泰密刺’选系‘931’为亲本,通过6 世代混合模型分析方法,研究种子长度和宽度的遗传规律, 并利用包含160 个株系的F9 代重组自交系群体,构建SSR 分子遗传图谱,完成种子长度、宽度及百粒质 量的QTL 染色体定位。结果表明：（1）种子长度与宽度在正、反交6 世代群体中均符合C–0 遗传模型 （加性-显性-上位性多基因遗传模型）,且以多基因加性效应为主。（2）构建的永久SSR 遗传图谱,包 含149 个SSR 标记,9 个连锁群,覆盖基因组长度389.2 cM,平均标记间距为2.61 cM。（3）2012 年春季 与2013 年春季共检测到14 个与种子长度、宽度和百粒质量相关的QTL,分布在Chr.2、Chr.3、Chr.4、 Chr.5、Chr.6 染色体上,LOD 值介于2.59 ~ 9.39 之间,可解释7.4% ~ 28.3%的表型变异率,贡献率 ≥ 10.0% 的QTL 位点6 个,占QTL 总数的42.9 %,可在两年中重复检测出的QTL 位点3 个,占QTL 总数的21.5%。     

桃遗传图谱的构建及两个花性状的分子标记

 以桃‘红垂枝’与其近缘种山桃‘白花山碧桃’杂交的52株F1群体为试材,采用SSR、AFLP和SRAP分子标记进行遗传分析。筛选扩增稳定且多态性丰富的38对SSR引物、61对AFLP引物和38对SRAP引物进行群体分离分析,获得符合1:1分离的标记441个,亲本为双杂合位点的标记52个。应用Mapmaker分析软件将符合1:1分离的标记和雌蕊发育性状一起构建了包含11个连锁群的遗传图谱,该图谱共206个标记（18个 SSR,126个 AFLP、61个SRAP和1个形态学标记）,全长1193.2 cM。每个连锁群的平均长度为108.5 cM,标记间平均图距为5.8 cM。根据18个SSR标记与T×E参考图谱比对,本试验中的11个连锁群对应于参考图谱的G1至G8,标记的线性符合度较好。雌蕊发育性状标记定位在第1连锁群,对应于1号染色体。应用Mapmaker分析软件将亲本为双杂合位点标记和花单瓣/重瓣性状一起分析,获得1个新单瓣/重瓣基因的2个AFLP标记。