牦牛EPO基因的PCR-SSCP多态性研究

以巴州牦牛、大通牦牛和九龙牦牛为对象,对促红细胞生成素(EPO)基因用PCR-SSCP方法进行了多态性检测。结果表明:大通牦牛、巴州牦牛、九龙牦牛具有较丰富的遗传多样性,表现为AA,AB和BB3种基因型,AB为优势基因型,A为优势等位基因;经χ2适合性检验,3个牦牛品种在该基因位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时发现随着海拔高度的增加,A等位基因频率逐渐升高,BB型的频率则降低,群体杂合度和多态信息含量也逐渐降低,这种变化可能与牦牛对低氧的适应能力有一定的关系。     

藏猪肌肉生长抑制素基因外显子1的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了藏猪肌肉生长抑制素(MSTN)基因的单核苷酸多态性.根据GeneBank上猪MSTN基因全序列设计的两对引物,扩增了MSTN基因完整的外显子1,经SSCP分析,只有P1扩增产物存在多态性,表现为3种基因型(AA、AC和CC),A和C两种等位基因的频率分别为46.88%和53.12%.测序分析发现,CC型与AA型相比在MSTN基因编码区的第71bp处有一个A→C的单碱基突变,该突变导致编码的第24位氨基酸由天冬酰胺改变为苏氨酸.     

三个品种马MSTN基因PCR-SSCP多态性分析

[目的]肌肉生成抑制素(Myostatin,MSTN)基因对肌肉起负调控作用.以MSTN基因作为候选基因,寻找影响马生长及运动性能等相关的单核苷酸多态性(SNP)位点,为马的分子育种提供一定的理论依据.[方法]以焉耆马、伊犁马、蒙古马3个品种采取的196个个体为材料,利用PCR-SSCP、DNA测序等技术,对马MSTN基因进行多态性分析.[结果]伊犁马、焉耆马MSTN基因检测到1个单核苷酸多态性位点(g.2115A→G),位于马MSTN基因的第一内含子区.通过PCR-SSCP分析检测到AA、AG和GG三种基因型,且处于Hardy-Weinberg非平衡状态.蒙古马中未检测到SNP位点.[结论]除蒙古马外,焉耆马与伊犁马MSTN基因检测到一个多态性位点.该基因可能对马运动性能具有重要影响作用.     

5个鸭品种生长激素基因座位遗传多态性检测

应用PCR-SSCP技术首次分析5个品种鸭生长激素基因座位5'端调控区、外显子与部分内含子和3'端调控区中的多态位点,对具有多态性的位点进行测序,以探讨鸭生长激素基因遗传变异情况,比较不同品种该基因座位遗传多样性差异.结果在5个品种鸭中共检测到5个多态位点,多态位点频率在5个不同品种鸭中存在明显差异.序列比较分析结果表明:鸭生长激素基因座位5'端与3'端调控区和外显子序列具有极高的保守性,在5个鸭品种间不存在任何差异,所测出的序列与已知鸭GH序列相应部分完全一致.检测出的6处突变点(包括4个替换、1个插入和1个缺失)均位于内含子区域.推测鸭生长激素基因表达差异可能受内含子序列影响.     

贵州地方猪品种脂蛋白脂酶基因第8内含子的多态性研究

以可乐猪、萝卜猪和香猪3个贵州地方猪种和欧洲猪种为材料,采用PCR-SSCP技术对脂蛋白脂酶（Lip-oprotein lipase,LPL）基因第8内含子的多态性进行了研究。以特异性PCR从样品基因组中扩增出163bp的DNA片段,经非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从两个猪群体的LPL基因第8内含子中都检测到了AA基因型和AB基因型,未检测到BB基因型;欧洲猪品种和贵州地方猪品种均以AB基因型占优势;与欧洲猪品种相比,贵州地方猪品种的B等位基因频率明显较高,A等位基因频率则较低。     

猪品种ESR和PRLR基因的PCR-SSCP多态性分析

采用聚合酶链式反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)方法,对国外引进猪品种杜洛克猪、长白猪、大约克夏猪和东北地方猪品种东北民猪、丹东黑猪共计305头母猪进行了雌激素受体基因(Estrogen receptor gene,ESR)和催乳素受体基因(Prolactin receptor gene,PRLR)的多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析。结果表明,两个基因位点在5个猪品种中均存在着多态性,5个猪品种的ESR基因和PRLR基因位点的期望杂合度分别在0.2581～0.4967和0.4007～0.4885,多态性信息含量分别在0.2248～0.3734和0.3204～0.3692。各个猪品种均表现出了中度的多态性。     

马Mu阿片受体基因第一外显子的PCRSSCP分析

[目的]采用PCR．SSCP方法对马Mu阿片受体基因第一外显子压域进行分析,以求发现SNP位点。[方法]以纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、巴尔虎马和乌审马6个类型马共计297个个体的血样为研究材料,对马Mu阿片受体基因的第一外显子进行PCR扩增和PCR—SSCP分析,并比较不同品种的基因型频率。[结果]通过PCR-SSCP分析确定不同品种马MOR基因第一外显子区域存在多态性,共发现了AA、AB和BB3种基因型,且AA型为优势基因型,等位基因A较B为优势等位基因.除纯血马外,其他各群体中3种基因型均有分布。对AA和BB2种基因型个体PCR产物进行的竞隆测序发现,AA型在第167位发生了A—G的转换。[结论]该研究为丰富马品种的种质特性资料库和分子育种提供理论依据。     

中国荷斯坦牛AGPAT6基因第2内含子PCR-SSCP分析

[目的]寻找影响奶牛产奶性能的候选基因。[方法]以中国荷斯坦牛为研究对象,采用PCR．SSCP方法对AGPAT6基因第2内含子进行单核苷酸多态性检测并分析多态位点对奶牛产奶量、乳脂率、乳蛋白率和乳中体细胞评分的影响。[结果]扩增出462bp的中国荷斯坦牛AGPAT6基因第2内含子;PCR—SSCP分析该基因第2内含子有AA、AB和BB3种基因型,其频率分别为0．1511、0．6578和0．1911;不同基因型与中国荷斯坦牛产奶量、乳脂率和乳蛋白率之间显著相关（P〈0．05）,与体细胞评分相关不显著（P〉0．05）。[结论]初步认为AGPAT6是影响奶牛产奶性能的一个候选基因或分子标记,该研究为奶牛选育提供了理论依据。     

四个山西地方山羊品种Pit-1基因多态性的研究

垂体释放因子1基因(Pit-1)是动物经济性状的重要候选基因之一。采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对4个山西地方山羊品种的Pit-1基因进行多态性检测和分析,以了解该基因在这些品种中的遗传变异。结果表明:该基因座存在HinfⅠ限制性酶切多态性,表现AA和BB两种基因型,频率分别为0.01和0.99。洪洞奶山羊和吕梁黑山羊因突变而显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。利用PCR-SSCP检测出5种基因型。优势等位基因均为B,基因型频率的品种间差异明显。吕梁黑山羊和黎城大青羊显著偏离平衡状态(P0.05)。中性检验表明,4个品种处于中性突变或遗传漂变过程中。各群体的期望杂合度和观察杂合度较为接近。基于两种技术的Fst值分别为0.0102和0.0197,说明总群体中大约只有1%～2%的变异来自群体间,群体间的遗传分化较弱。     

猪CACNA1S基因部分序列多态性检测及其与肉质性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术,对30头苏钟猪和97头金华与皮特兰杂交F2代(JPF2)猪CACNA1S基因进行多态性检测,结合肉质性状作关联分析。结果表明:在猪CACNA1S基因1 234 bp核酸序列中,检测到25个单核苷酸突变点(SNP);关联分析结果显示,引物1S-65的AA、BB基因型对后腿肌肉重存在显著影响(P<0.05),AB基因型对后腿pH存在显著影响(P<0.05);引物1S-66的BB、BC基因型对蹄重存在极显著影响(P<0.01)。     

山羊生长分化因子9基因外显子2 的PCR-SSCP分析

【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记，为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Belclare绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的生长分化因子9（growth differentiation factor 9, GDF9）基因为候选基因，根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物，采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)以及低繁殖力山羊品种(波尔山羊、文登奶山羊、辽宁绒山羊、北京本地山羊)中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。【结果】山羊与绵羊的GDF9基因外显子2核苷酸序列同源性为99%(955/965)。引物1和引物4存在多态性。对于引物1扩增片段，5个山羊品种均检测到AA、AB和BB 3种基因型，测序分析发现外显子2第26 bp处有1个G→A的单碱基突变，但没有引起氨基酸改变；济宁青山羊A等位基因频率为0.9128，B等位基因频率为0.0872；AA基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型的多0.54只(P<0.01)，比BB基因型的多0.63只(P<0.01)。对于引物4扩增片段，5个山羊品种均检测到CC、CD和DD 3种基因型，测序分析发现外显子2第792 bp处有1个G→A的单碱基突变并且导致缬氨酸改变为异亮氨酸；济宁青山羊C等位基因频率为0.9266，D等位基因频率为0.0734；CC基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比CD基因型的多0.57只(P<0.01)，比DD基因型的多0.62只(P<0.01)。【结论】初步表明GDF9基因可能是控制济宁青山羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。     

贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen- regulated growth inhibitor（RERG）基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp（C/G）、826 bp（A/G）、1 434 bp（T/C）和1 798 bp（A/T）。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平（P＜0.01）,CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平（P＜0.05）,EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平（P＜0.01）、1 798 bp（A/T）位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp（C/G）、826 bp（A/G）和1 434 bp（T/C）多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。     

蒙古马性格候选基因5-HT受体部分序列的PCR-SSCP分析

[目的]研究马5-HT受体基因与性格性状之间的关系,为优良马匹的鉴定、合理利用与品种改良提供理论基础。[方法]首先进行问卷调查,选取60匹蒙古马,采集血样,提取相关DNA,设计引物,然后进行PCR和PCR-SSCP分析,最后将问卷调查结果与相关基因多态性结合,对每匹蒙古马性格进行综合评价和统计分析。[结果]HTR1b基因BB型马在对人友好、协作性、温顺性、忍耐性、合群性方面特征明显,AB型在好奇性、警戒性、易激动性等方面特征明显。HTR1b基因上A1316G与马的好奇性、警戒性、易激动性有关。HTR1a上游基因的5种基因型中,AB基因型、CC基因型的个体在"友好型"的特征较AA型、BB型、BC型高。CC基因型在警戒调查中极显著。说明CC基因型G735C可能与马的警戒性有关。HTR1a下游基因的3种基因型中,BB、AB基因型在"友好型"的特征较BC型高,BC型在好奇性方面得分最高。说明BC基因型G1461A、T1472C可能与马好奇性有关。[结论]不同的基因型对马匹的性格如友好性、好奇性、易激动性等具有很大的影响。     

马MxA基因第13外显子的多态性研究(英文)

[Objective] To investigate the polymorphism of the thirteenth exon of MxA gene in 4 species of horse. [Method] The thirteenth exon of MxA gene fragments were amplified from genomic DNA of Sanhe horse, Xinihe horse, Wushen horse and Baerhu horse with the primers designed according to the MxA sequence announced in GenBank; the polymorphism of MxA gene was detected by PCR-SSCP and the products were sequenced. [Result] The polymorphism of the thirteenth exon of MxA gene appeared only in Wushen horse, the 2 081 nt of which mutated from guanine (G) to adenine (A) and the corresponding amino acid of which changed from glutamate (Glu) to alanine (Ala). [Conclusion] The study provided a basis for exploring the antiviral effect of MxA protein.     

鸭生长素基因单核苷酸多态性分析

根据GenBank上已经公布的鸭生长素(Ghrelin)基因的DNA全序列(GenBank登陆号:EF613552)设计8对引物,通过PCR-SSCP和DNA测序方法寻找高邮鸭、金定鸭、北京鸭、建昌鸭、连城白鸭、攸县麻鸭、绍兴鸭及莆田黑鸭等8个国家级保护鸭品种Ghrelin基因单核苷酸突变位点.结果发现3个突变位点,分别为157 bp处9 bp的缺失、431 bp处T→C的突变、909 bp处A→G的突变(该突变引起了苏氨酸→丙氨酸的变化).北京鸭的等位基因A频率显著高于其他鸭品种;绍兴鸭的等位基因C频率显著高于其他鸭品种;攸县麻鸭等位基因E频率高于其他鸭品种;连城白鸭的等位基因A、C和E的频率均低于其他品种,反映了连城白鸭独特的种质特性.     

鸡H-FABP基因外显子2的PCR-SSCP分析

实验选用4个地方品种:清远麻鸡、惠阳三黄胡须鸡、封开杏花鸡、广西霞烟鸡以及3个近年培育的品系:岭南黄快大Ⅱ号配套系、矮小鸡E4专门化品系、AA配套系为材料(每个品种或品系各取5个个体,共35个个体)。采用PCR-SSCP结合DNA测序技术,对H-FABP(心脏型脂肪酸结合蛋白)基因第2外显子区进行了单核苷酸多态性(SNP)分析。结果表明:在第一内含子区含有丰富的SNP位点:580 bp(T→G)、595 bp(A→C)、610 bp(C→-)、617 bp(A→G)、622 bp(A→T)、625 bp(A→-)、627 bp(A→C)、629 bp(A→C)、631 bp(A→C)、677 bp(G→A)和1个双碱基突变586~587 bp(TG→CA);在第二外显子区发现了一个非SNP位点785 bp(C→T);这表明在外显子2上本实验所选品种的序列之间没有差异,但与GenBank上登录号为AY648562的序列相比存在变异。此外在第二内含子区也发现了一个非SNP位点:1018 bp(C→T)。这为进一步分析H-FABP基因的遗传变异及其与肉质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。     

6个地方鸡种Sox8基因编码区的PCR-SSCP分析

通过PCR-SSCP技术对6个地方鸡种的Sox8基因的编码区进行了单核苷酸多态性分析,在外显子3发现两个突变位点:即786 C→T和1 350 G→A。经统计分析和计算各种基因型频率及基因频率表明,在786 C→T的突变中,等位基因A在肉鸡中的频率比在蛋鸡中的频率高。因此,本试验得出趋势性结论:等位基因A的基因频率同脂肪性状呈正相关。     

猪POU1F1基因多态性与五指山猪生长性能的相关研究

采用PCR-SSCP、PCR-RFLP技术对6个猪群共计276头猪的POU1F1基因的4个位点的多态性进行多态性分析,在针对Intron1设计的2对引物扩增的片段中分别发现1处突变位点,各存在2个等位基因(A和B、C和D);在引物P2位点,海南4个品系的猪种(五指山猪、五指山猪近交系、临高猪、屯昌猪)均没有发现多态性,而在滇南小耳猪、香猪2个猪种中BB基因型频率较AA基因型频率占优势,群体遗传多态性检测处于中度多态;在引物P3位点,在6个猪群体中,DD基因型频率较CD基因型频率占优势,群体遗传多态性检测均处于中度多态。SPSS软件分析五指山猪POUIF1基因P3位点的多态性与3个生长阶段及其日增重的关联程度,结果表明P3位点不同基因型对五指山猪3个阶段的生长及日增重间均无显著差异。     

家兔MITF基因部分外显子多态性的PCR-SSCP分析

小眼畸形相关转录因子MITF是色素细胞的发育成熟中的重要因子,可调控酪氨酸基因家族的表达,参与黑素生成的调控,从而影响动物的毛色。本实验采用PCR-SSCP技术,检测白色獭兔、海狸色獭兔和闽西南黑兔群体中家兔MITF基因的5个外显子和部分内含子区域的多态性,结果发现,引物1、2、5、7的扩增片段均未表现出多态,在获得的大小为255 bp的引物4扩增片段中发现一个SNP(C43T)位点,在各群体中表现为3种等位基因型AA、BB、AB。测序结果表明第4外显子扩增片段的突变位于5′端的内含子区域,不影响氨基酸序列。统计结果显示,白色獭兔群体不处在哈代温伯格平衡状态(P<0.05),其余群体则均处于平衡状态。闽西南黑兔群体表现出中度多态(0.5>PIC>0.25),其余群体为低度多态。     

三个猪品种Myf5基因的克隆及序列分析

为明确猪Myf5基因的蛋白结构及功能位点,从香猪、大白猪和大白×长白杂交猪背最长肌提取总RNA,采用RT-PCR技术克隆Myf5基因,其cDNA长893 bp,包括完整的开放阅读框768 bp,编码255个氨基酸。将所测序列与GenBank上已知猪种序列进行相似性比较,结果表明:香猪Myf5基因中有3个碱基变异,其中2个突变不改变编码的氨基酸为无义突变,1个突变使其编码的氨基酸由甲硫氨酸(M)变为亮氨酸(L)。大白猪没有碱基变化;大白×长白杂交猪Myf5基因中的1个突变,使其编码氨基酸由甘氨酸(E)变为谷氨酸(G)。将香猪与其他物种进行核苷酸和氨基酸编码区序列的相似性分析及生物信息学分析。相似性分析表明,香猪Myf5基因氨基酸编码区序列与绵羊、牛、马、兔、黑猩猩、非洲象和小鼠的相似性较高,均在88%以上,推测Myf5基因在哺乳动物具有一定的保守性;Myf5蛋白二级结构以无规则卷曲为主,其次为α螺旋,偶有β转角。预测Myf5蛋白不含信号肽序列,有29个磷酸化位点。