山羊痘病毒疫苗株和野毒株ORF121基因比较分析

山羊痘(goat pox,GP)是由山羊痘病毒(goat poxvirus,GPV)感染引起山羊的一种烈性传染病,弱毒疫苗接种是预防和控制GP的重要手段之一。ORF121是GPV编码和GPV转录、复制及细胞内包装相关的基因之一,在GPV突破宿主细胞免疫系统过程中扮演重要角色。为比较分析GPV疫苗弱毒株和野毒株编码的ORF121基因特征,本研究扩增并测定了GPV疫苗株和野毒株的ORF121基因序列,比较分析了二者核酸水平和氨基酸水平的变异及其蛋白质二、三级结构差异。结果表明,GPV疫苗弱毒株和野毒株编码的ORF121基因核苷酸序列相似性为97.9%,氨基酸序列相似性为98.2%。本研究结果为揭示GPV异原宿主致弱的机制积累了资料。     

山羊痘病毒ORF8～ORF18缺失重组毒株的构建和鉴定

本研究旨在通过敲除山羊痘病毒(GTPV)大段基因组片段尝试构建安全性更好的基因工程减毒株和病毒表达载体.采用PCR方法,克隆了GTPV AV41株基因组ORF7～ORF8间1 242 bp的基因片段,以及ORF18～ORF19间1 355 bp的片段.接着分别以上述2片段作为左、右侧同源重组臂,构建了包含报道基因EGFP和抗性基因gpt的GTPV重组转移载体pCF-Eg.然后采用脂质体介导法,将重组转移载体pCF-Eg与GTPV AV41株共转染原代羊睾丸细胞,通过空斑纯化筛选阳性重组病毒,并鉴定重组病毒的遗传稳定性和生长特性.结果成功获得1株敲除掉ORF8～ORF18间9个ORF、长达7 kb基因组片段的重组病毒vCF-Eg.该重组病毒能稳定表达绿色荧光蛋白至少10代,并且其增殖滴度与亲本毒株基本相同.表明上述区域是GTPV的复制非必需区.     

山羊痘病毒疫苗株RR基因的克隆与序列分析

用绵羊睾丸细胞培养山羊痘病毒疫苗株G14-STV44-55,提取其基因组为模板,设计还原酶(RR)基因的特异引物进行PCR扩增,并克隆至pGEM-TEasy载体,蓝白斑筛选,酶切和测序签定,并对目的基因进行了序列分析。结果获得了RR基因的阳性克隆PGM-RR,DNA片段长度2 669 bp,内存在BglII等4个单一限制性内切酶酶切位点,编码区5′端含有早期转录终止信号TTTTTN(T)T。RR基因核苷酸和推测的氨基酸同源性与GENEBANK中发表的9个参考毒株的同源性分别在97%和99%以上,说明羊痘病毒RR基因具有高度的保守性。     

山羊痘病毒疫苗株γ-IFNR基因的克隆与序列分析

为了获得羊痘病毒γ干扰素受体(interferon-γ receptor,γ-IFNR)基因,用绵羊睾丸细胞培养山羊痘病毒疫苗株G14-STV44-55,提取其基因组为模板,设计γ-IFNR基因特异性引物并进行PCR扩增,将其产物克隆至pGEM-T Easy载体,并进行了测序和序列分析.电泳结果显示,扩增出了2 600...     

山羊痘病毒NM株的分离鉴定

从内蒙古牛场疑似山羊痘病毒感染的病羊中分离到1株病毒,命名为NM株。取病羊的皮肤痘疹和水疱作病料样品,分别接种BHK-21传代细胞和10日龄SPF鸡胚。结果表明,BHK-21细胞出现了明显的、规律的细胞病变,鸡胚接种部位出现了明显的痘斑;NM株细胞毒和胚毒均能够被山羊痘病毒阳性血清所抑制。利用1对山羊痘病毒特异性检测引物对NM株病毒进行PCR扩增,获得445 bp片段,与预期大小一致。将扩增产物提纯后克隆至pMD18-T载体,经酶切鉴定正确后,对阳性克隆株进行序列测定,结果表明,NM株的基因片段与已发表的山羊痘病毒毒株的相应基因片段具有高度同源性,同源性在99.2%~100%之间。     

山羊痘病毒G14-STV44-55疫苗株表达载体的构建

PCR扩增山羊痘病毒疫苗株G14-STV44-55的TK（Thymidine kinase）基因作为侧翼序列;用XhoⅠ/NotⅠ消化含有报告基因的质粒pLSEG得到痘苗病毒（Vaccinia virus,VV）p7.5启动子调控大肠杆菌黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶（E.coli.gpt）作为报告基因;人工合成VV I1L启动子用于调控表达外源基因,用Overlap PCR的方法将VV I1L启动子和VV p7.5启动子调控的gpt连接但使两启动子转录方向相背,并在VV I1L启动子下游引入XhoⅠ位点作为外源基因的插入位点,构建成表达载体元件I1L-P7.5-GPT。将I1L-P7.5-GPT插入TK基因的Acc65Ⅰ位点,构建成表达载体。将构建的载体转染山羊痘病毒G14-STV44-55株感染的羔羊睾丸细胞,用含有霉酚酸（Mycophenolic acid,MPA）等筛选试剂的培养基筛选重组山羊痘病毒（rGTPV）。结果显示,构建成以TK基因为侧翼、以VV I1L启动子调控目的基因,以gpt为报告基因的表达载体pGEM-TK-I1L-GPT,成功筛选到表达gpt的rGTPV,rGTPV至少可稳定传代15代。结果表明,构建了我国山羊痘病毒G14-STV44-55疫苗株的表达载体;TK基因是GTPV G14-STV44-55疫苗株的复制非必需区,以TK基因为插入位点获得的重组病毒可稳定传代15代以上。     

山羊痘弱毒疫苗株TK基因的克隆及序列分析

以提取的山羊痘弱毒疫苗株HLJ—V9 DNA为模板，设计特异性引物并进行PCR扩增，获得了2078bp的DNA片段，并将PCR产物克隆至pGEM—T Easy载体。酶切鉴定、PCR鉴定和测序结果表明，成功获得了TK基因，获得的TK基因内存在一个Kpn Ⅰ酶切位点和编码区的早期转录终止信号TTTTTN（T）T。核苷酸和氨基酸同源性分析表明，弱毒疫苗毒株HLJ—V9 TK基因与参考毒株的同源性在95．5％～100％之间，说明羊痘病毒TK基因具有高度的保守性。     

山羊痘病毒的分离与鉴定

对贵州省2002年以来发生的疑似山羊痘病例样品进行了病毒的分离与鉴定。取山羊痘病羊的皮肤痘疹和水疱作待检病料,接种BHK-21传代细胞盲传3代后,出现了明显的、规律的细胞病变(CPE),病毒细胞培养物在F4代以后,能与山羊痘标准阳性血清在琼脂扩散试验中出现白色沉淀线,而与正常细胞的培养物及PBS不出现沉淀线;参照GenBank上山羊痘病毒P32基因序列,设计了1对特异性引物,对现场分离毒株进行PCR扩增,可扩增出963bp特异性的DNA条带。用待检病料感染的BHK-21细胞培养物接种9日龄鸡胚绒毛尿囊膜,随着传代次数的增加,痘斑病变的出现率从13.3%～20%上升至33.3%～40%;用山羊痘病变皮肤、鸡胚绒毛尿囊膜和感染细胞进行超薄切片,在电子显微镜下可以观察到典型的山羊痘病毒粒子。     

中国山羊痘弱毒疫苗AV41株基因组分子标记的比较分析

为鉴别我国山羊痘病毒(GTPV)弱毒疫苗AV41株与牛结节性皮肤病病毒(LSDV)野毒株,运用生物信息学方法将AV41株基因组全序列与GenBank中已发表的LSDV、GTPV和绵羊痘病毒(SPPV)基因组进行比较,筛选AV41株基因组分子标记.采用我国不同厂家来源的AV41株疫苗测序验证分子标记相关序列,并与我国LS...     

山羊痘病毒载体研究进展

山羊痘病毒（GPV）为痘病毒科,羊痘病毒属的一个成员,基因组呈线性,全长约150kb,编码147个开放阅读框。GPV的胸苷激酶基因是复制非必需基因,插入外源基因而不影响病毒复制,TK基因具有高度保守性,可以作为构建重组病毒的同源臂。GPV宿主范围小,对人不具有感染性,对外源基因的耐受性强,是一种更为理想的活病毒载体。国外的研究人员已经构建了多种表达外源基因的重组GPV,我国的相关研究刚刚起步,随着对GPV研究的进一步深入,重组GPV病毒在预防反刍动物疫病中将会发挥重要作用。     

表达gpt和EGFP基因重组山羊痘病毒的构建和鉴定

在包含山羊痘病毒(Goatpox virus,GPV)疫苗株复制非必需区TK(Thymidine kinase)基因和背靠背启动子的质粒PtkPP的两个启动子下游插入EGFP(增强绿色荧光蛋白)基因,构建了质粒PtkPegfpP和PtkPPegfp,这两个重组质粒分别瞬时转染LT细胞,验证了启动子P11和P7.5能成功表达EGFP基因后,在PtkPP启动子P11的下游插入gpt(黄嘌呤鸟嘌呤磷酸转移酶)基因和EGFP基因,构建重组质粒PtkPgpt-egfpP,该重组质粒和GPV同源重组获得重组病毒rGPV-PtkPgpt-egfpP,利用MPA(霉芬酸)阻断核酸代谢途径筛选到稳定表达EGFP基因的重组GPV。为进一步开展GPV活载体疫苗的研究提供了技术平台。     

Molecular characterization of Korean rabies virus isolates

The nucleoprotein (N) and glycoprotein (G) of 11 Korean rabies virus (RABV) isolates collected from animals diagnosed with rabies between 2008 and 2009 were subjected to molecular and phylogenetic analyses. Six isolates originated from domestic animals (cattle and dogs) and five were obtained from wild free-ranging raccoon dogs. The similarities in the nucleotide sequences of the N gene among all Korean isolates ranged from 98.1 to 99.8%, while those of the G gene ranged from 97.9 to 99.3%. Based on the nucleotide analysis of the N and G genes, the Korean RABV isolates were confirmed as genotype I of Lyssavirus and classified into four distinct subgroups with high similarity. Phylogenetic analysis showed that the Korean isolates were most closely related to the non-Korean NeiMeng1025B and 857r strains, which were isolated from rabid raccoon dogs in Eastern China and Russia, respectively. These findings suggest that the Korean RABV isolates originated from a rabid raccoon dog in Northeastern Asia. Genetic analysis of the Korean RABV isolates revealed no substitutions at several antigenic sites, indicating that the isolates circulating in Korea may be pathogenic in several hosts.     

Molecular characterization of duck enteritis virus CHv strain UL49.5 protein and its colocalization with glycoprotein M

The UL49.5 gene of most herpesviruses is conserved and encodes glycoprotein N. However, the UL49.5 protein of duck enteritis virus (DEV) (pUL49.5) has not been reported. In the current study, the DEV pUL49.5 gene was first subjected to molecular characterization. To verify the predicted intracellular localization of gene expression, the recombinant plasmid pEGFP-C1/pUL49.5 was constructed and used to transfect duck embryo fibroblasts. Next, the recombinant plasmid pDsRed1-N1/glycoprotein M (gM) was produced and used for co-transfection with the pEGFP-C1/pUL49.5 plasmid to determine whether DEV pUL49.5 and gM (a conserved protein in herpesviruses) colocalize. DEV pUL49.5 was thought to be an envelope glycoprotein with a signal peptide and two transmembrane domains. This protein was also predicted to localize in the cytoplasm and endoplasmic reticulum with a probability of 66.7%. Images taken by a fluorescence microscope at different time points revealed that the DEV pUL49.5 and gM proteins were both expressed in the cytoplasm. Overlap of the two different fluorescence signals appeared 12 h after transfection and continued to persist until the end of the experiment. These data indicate a possible interaction between DEV pUL49.5 and gM.     

1株鸡传染性支气管炎病毒变异株的分子特征和抗原性分析

从山东省发病商品鸡群分离鉴定了1株鸡传染性支气管炎病毒,命名为CK/CH/SD09/005.S1基因序列分析发现,该株和同期分离的16个IBV流行株与疫苗株H120和491同源性分别为65.2％和66.0％.BLAST发现,CK/CH/SD09/005株仅与GenBank中3个广东分离株同源性较高(98.6％～98.8％),并形成独立的进化群.分别以H120和491为参考株,除了广泛的点突变,CK/CH/SD09/005 S1基因在多个位点发生了插入和缺失,CK/CH/SD09/005 N基因仅发生了点突变,没有基因插入和缺失;M基因除了发生点突变之外,分别在16～18和7～18位发生了碱基插入.鸡胚中和试验结果显示,CK/CH/SD09/005与H120和491均有交叉中和性,抗原相关性分别为0.18和0.09,应属于Mass和793/B之外新的血清型.结果表明,IBV S1基因可同时通过点突变、插入和缺失产生变异株,增加了免疫预防的难度.     

Molecular characterization of two Bangladeshi infectious bursal disease virus isolates using the hypervariable sequence of VP2 as a genetic marker

Two Bangladeshi infectious bursal disease virus (IBDV) isolates collected in 2007, termed GB1 and GB3, were subjected to comparative sequencing and phylogenetic analyses. Sequence analysis of a 474-bp hypervariable region in the VP2 gene revealed that among four major amino acid substitutions observed in the strains, two were unique to GB1 and GB3 (Ser217Leu and Ala270Thr) while one substitution was only found in GB1 (Asn299Ser). Among IBDVs from Bangladesh including GB1 and GB3, the rate of identity and homology was around 97~99%. The amino acid sequences of GB1 and GB3 differ from those of previous Bangladeshi IBDV isolates and contain amino acid substitutions Pro222Ala and Asn299Ser (in GB3 only). Phylogenetic analysis revealed that GB1 and GB3 are grouped with other very virulent IBDVs of European and American origin in contrast to two previously isolated Bangladeshi IBDV strains (GenBank accession Nos. {"type":"entrez-nucleotide","attrs":{"text":"AF362776","term_id":"14582985","term_text":"AF362776"}}AF362776 and {"type":"entrez-nucleotide","attrs":{"text":"AF260317","term_id":"13957666","term_text":"AF260317"}}AF260317), which belong to the Asian group. It was concluded that GB1 and GB3 belong to a very virulent group of IBDVs. However, amino acid sequences of GB1 and GB3 differ from those of the other Bangladeshi IBDVs by one or two amino acids encoded in the hypervariable region of the VP2 gene.     

1株鸭源Ⅰ类新城疫病毒分离株F和HN基因的分子特性分析

采用RT-PCR技术对Ⅰ类新城疫病毒(NDV)09-014分离株完整的融合蛋白(F)基因和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因进行了扩增和遗传进化分析。F基因的序列测定结果表明:该分离株F基因全长为1 792 bp,可编码553个氨基酸,裂解位点的氨基酸组成为112E-R-Q-E-R-L117,具有典型的新城疫弱毒株特征。同源性分析表明本分离株的F基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93%～95.2%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于70.6%～72.4%。HN基因的序列测定结果表明:HN基因全长2 001 bp,可编码616个氨基酸,同源性分析表明本分离株的HN基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性在92.7%～94.7%之间,而与Ⅱ类新城疫病毒同源性较低,为70.7%～71.5%。根据完整的F基因和HN基因构建的遗传进化树均表明:本分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因3型,因此Ⅰ类新城疫病毒的F基因和HN基因具有相似的进化速率。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测与ORF3基因分子流行病学调查

为调查乳仔猪腹泻引起疫情的病原,本研究自2011年2月至2012年3月收集华东地区47个规模猪场共153份腹泻病料样品,采用RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV),并进行ORF3基因序列分析.结果显示:26个猪场的88份样品为PEDV阳性,猪场阳性率达到55.32％,病料阳性率达到57.52％.ORF3基因测序分析显示:11个流行病毒株ORF3全基因序列大小均为675bp,编码224个氨基酸.11个流行株ORF3基因同源性为95.9％～99.9％,编码氨基酸同源性为96.4％～100％.与欧洲代表性强毒株CV777基因同源性为96.3％～97.0％,编码氨基酸同源性为95.1％～96.4％,与CV777弱毒疫苗株基因同源性为96.8％～97.6％,编码氨基酸同源性为92.3 ％～93.4％,并且无疫苗病毒株ORF3基因的49个碱基缺失.与韩国病毒株比较,其基因同源性为95.0 ％～98.5％,编码氨基酸同源性为95.5％～99.6％.基因遗传进化树分析表明,国内外PEDV株可分为4群.我国主要流行病毒株属于第1群,与韩国病毒袜亲缘关系较近,而与我国疫苗病毒株存在较大差异.该研究表明,PEDV可能是目前我国仔猪腹泻的主要病原之一,我国PEDV流行病毒株存在明显基因变异.     

鸭瘟病毒UL47基因克隆及其分子特性分析

通过测定本实验室构建的鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)DNA基因文库中重组质粒的DNA序列,结合NCBI的ORF Finder和Blast工具分析得到了该病毒UL47基因的ORF。采用PCR扩增出了UL47基因并将其克隆到pMD18-T载体上,经PCR和酶切鉴定以及进一步的核酸斑点杂交试验证实该基因即为DPV UL47基因。利用生物信息学软件ProtScale、SignalP3.0、Scansite、TMpred、Prosite、DNAStar以及在线的EMBOSS等分析了UL47基因的分子特性。结果显示,该基因大小为2 367bp,编码788aa,而且与GenBank上多种α疱疹病毒同源蛋白的核酸和氨基酸序列具有较高的同源性。系统进化树分析表明,DPV UL47与禽类疱疹病毒(α-疱疹病毒)的进化关系最近。密码子偏爱性结果显示,DPV UL47编码相同氨基酸的不同密码子使用频率差异较大,UL47基因密码子使用模式更接近真核生物。研究结果为进一步开展DPV UL47基因功能研究奠定了基础。