云南变绿红菇的遗传多样性与群体遗传分化研究

以昆明、曲靖、楚雄、玉溪、昭通、临沧、大理等7个变绿红菇地理居群的30个子实体样本为试验材料,基于ITS序列和LSU序列,对其分子变异、遗传多样性、群体遗传分化进行分析。结果:30个样品中,基于ITS序列检测到18个单倍型,基于LSU序列检测到10个单倍型;基于ITS序列和LSU序列分别构建的单倍型系统发育树及30个样品的系统发育树显示,各地理居群的遗传距离与地理距离之间没有形成对应关系,二者无明显相关性。基于两个序列的分析结果均显示,各地理居群内单倍型多样性较丰富,而核苷酸多样性低。表明变绿红菇在不同的地理居群中的适应能力强,遗传多样性较低,绝大部分遗传分化来自于个体间的差异。     

基于ITS序列的胭脂萝卜亲缘关系分析

以胭脂萝卜为试材,采用PCR扩增其ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,研究了序列同源性并构建系统发育树,以期为胭脂萝卜亲缘关系分析提供参考依据。结果表明:胭脂萝卜ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列总长度为655bp,ITS1(G+C)含量为51.4%,长度为220bp;5.8SrRNA(G+C)含量为53.4%,长度为217bp;ITS2(G+C)含量为55.1%,长度为218bp。胭脂萝卜与台北的Mei-Hwa、南京的Cd-03、台北的Mei-Nong、南京的Yanghua、杭州的Baiyuchun、渥太华的SW77的同源性最高(99%),归为同一种。由系统发育树可得20个样品的总平均遗传距离是0.134,结合形态学特征表明待测胭脂萝卜可能由白皮白心萝卜进化而来。     

比较DNA序列分析不同猪苓菌种的亲缘关系

对不同形态猪苓(Polyporus umbellata)菌核(猪屎苓、铁蛋猪屎苓和鸡屎苓)的rDNA(18S r DNA,ITS1-5.8S rDNA-ITS2)和β-tub1进行扩增、测序.序列分析表明:所得rDNA和β-tub1序列完全相同.以Neighbor-joining(N-J)方法构建ITS(ITS1-5.8S rDNA-ITS2)序列系统发育树,供试菌株同GenBank中收录猪苓(P. umbellata)类聚于同一分枝且序列完全相同,表明不同形态菌核的猪苓之间亲缘关系较近.     

石榴种质资源ITS序列分析

以13个石榴品种的嫩叶为试材提取DNA,进行ITS-PCR扩增。对扩增产物的测序结果构建进化树进行亲缘关系分析。结果表明,13个品种的ITS区段长度在619~704bp之间,转换和颠换比值0.75。系统发育树表明13个石榴品种资源聚为三类,与传统分类学相互支持。ITS序列分析与传统形态分类学相结合的手段为今后石榴的研究、鉴定、分类提供新的思路。     

基于rDNA-ITS序列对金针菇系统发育分析

以吉林地区三种金针菇以及河南产地的金针菇为材料,测定、分析了金针菇rDNA-ITS序列,并通过与GenBank上已登录的金针菇ITS序列比对,采用邻接法(Neighbor Joining,NJ)构建系统发育树。结果表明,所有供试材料ITS全长在712 bp~719 bp范围内,G+C含量在49.4%-49.9%之间,各样品间有35个变异位点,13个信息位点,遗传距离在0~0.014之间,其中吉林地区3种金针菇样品部分位点发生突变,均没有同步进化。9个金针菇样品的ITS序列被分成了两大组,其余样品之间又出现很多分支,表明ITS可作为金针菇亲缘关系鉴定的分子标记。     

3种牛肝菌营养成分差异性分析

分析了黄牛肝菌(Boletus auripes)、黑牛肝菌(Boletus nigricans)和美味牛肝菌(Boletus edulis)等3个品种牛肝菌的矿质元素、多糖、蛋白质和氨基酸组成,采用国际通用营养评价标准评估其蛋白质和氨基酸营养价值。结果表明,3个品种的牛肝菌均富含磷、钾、铁、硒等营养元素,尤其是磷、钾,其含量分别高达2.34mg·g~(-1)~4.01 mg·g~(-1)、25.7 mg·g~(-1)~29.5 mg·g~(-1)。牛肝菌富含蛋白质和多糖,蛋白质含量为27.9%~35.8%,具有显著性差异,表现为美味牛肝菌黄牛肝菌黑牛肝菌;而多糖含量均约为12.0%,品种间无显著性差异。必需氨基酸占比,黄牛肝菌为41.62%、黑牛肝菌为44.84%、美味牛肝菌为47.18%。美味牛肚菌氨基酸评分、化学评分、必需氨基酸指数、生物价略高于其它2种牛肝菌,整体上美味牛肝菌的评分接近FAO标准模式蛋白,而3个品种牛肝菌的氨基酸系数差异不大。     

基于ITS序列探讨核果类果树桃、李、杏、梅、樱的系统发育关系

测定了桃属(Amygdalus L. ) 8个野生种的ITS序列, 并结合GenBank中已有的3个近缘属(李属、杏属和樱属) 18个代表种的ITS数据, 组成数据距阵, 应用PAUP程序中的最大简约法构建了核果类果树桃李杏梅樱的系统发育关系。结果表明: 基因树上, 桃李杏梅樱类植物被分成2大分支, 樱属(Cerasus Mill. ) 各个种构成一单系分支(CladeⅠ) , 并与其余各属构成另一单系分支, 形成姊妹群关系位于系统发育树的基部, 自展支持率分别为68%; 而李属( Prunus L. ) 、杏属(Armeniaca Mill. ) 和桃属(Amygdalus L. ) 聚在一起构成另一个单系分支(CladeⅡ) , 得到了Bootstrap值的有力支持(100% ) , 表明它们三属之间可能存在很近的亲缘关系或具有共同的起源。在CladeⅡ分支内又分成两支, 一支为桃属, 一支为李属和杏属, 其自展支持率为100%和54%。最后根据ITS基因树并结合各属的形态特征及地理分布讨论了核果类果树的进化和分类问题。     

基于ITS序列的栽培杏种质亲缘关系及政和杏的分类研究

以46个主要栽培杏和野生杏种质为试材,采用对杏种质资源ITS序列的克隆和测序方法,研究了主要栽培杏种质的亲缘关系和政和杏的分类地位,以期为杏种质资源分类和遗传育种提供参考依据。结果表明:杏种质资源具有较高的遗传多样性,中性检验显示出显著的负向选择进化模式。基于ITS序列的系统发育树表明,基于ITS序列可较好地将杏组植物划分为梅、政和杏、西伯利亚杏、普通杏和杏李5组,仁用杏与西伯利亚杏的亲缘关系更为相近。相比于普通杏,政和杏与梅的亲缘关系更为相近,应当为梅的一个变种。     

基于ITS序列的蔷薇纲二十六个物种遗传多样性分析

利用ITS序列对蔷薇纲的桔梗科、唇形科、菊科、豆科和蔷薇科5个科的26个物种进行了遗传多样性分析.结果表明:26个物种的ITS序列全长为580～815 bp,G+C含量约为60％;基于ITS序列构建的系统树表明,科内物种优先聚类,桔梗科和唇形科优先聚类后再与菊科聚为1支,豆科和蔷薇科为另1支.可见,ITS可以将不同科的物种区分开来,但对科间关系的确定存在一定局限性.因此,ITS序列最好结合其它如形态学、结构学和其它分子标记等多种分析手段才能更加准确地分析科间亲缘关系.     

松乳菇ITS序列比较及其在乳菇属中的系统发育分析

提取江苏、云南、江西、湖南、广西、安徽、湖北地区的松乳菇(Lactarius deliciosus)、红汁乳菇(L.hatsudake)、橙色乳菇(L.akahatsu)和鲑色乳菇(L.salmonicolor)共25个子实体样本的基因组DNA,扩增ITS序列,对GenBank下载和本次及以前测序的松乳菇ITS序列的碱基组成、变异位点及碱基替换类型进行分析,从GenBank下载乳菇属其它8个种,构建乳菇系统发育树。结果显示:松乳菇ITS序列共有20 bp长度的变化,碱基C、T含量大于G、A含量。变异位点ITS共有99个(ITS1 58个、5.8S 4个、ITS2 37个),其中主要是T与C的转换,转换与颠换位点数分别为8和5。ITS1、5.8S、ITS2中转换与颠换的比值R分别为2.34、1.95、1.12。基于ITS序列计算不同地区松乳菇间的遗传距离,江西与意大利、西班牙,法国与西班牙序列间的遗传距离最大为0.012,云南和法国序列间遗传距离为0,是同源序列。系统发育树显示:松乳菇和红汁乳菇、橙色乳菇亲缘关系较近。