板栗颗粒型淀粉结合酶基因cDNA的克隆与生物信息学分析

以板栗为试材,采用RT-PCR技术,克隆了颗粒性淀粉结合酶(GBSS)的基因,并进行了生物信息学分析。结果表明:从板栗果实中分离了GBSS基因cDNA全长,命名为Cgbss,登录GenBank号为KU162945。该基因全长2 085bp,编码区全长为1 836bp,编码611个氨基酸。生物信息学分析表明该基因编码的蛋白质等电点和分子量为8.36和67.580 9kDa,含有典型的GT1家族的糖基转移酶蛋白功能域。序列分析表明,该基因与所报道的植物GBSS I的基因有85%的同源性。     

甜瓜CmGnT基因的克隆及非生物胁迫下的表达分析

为了探究非生物胁迫下甜瓜N–乙酰氨基葡萄糖基转移酶基因(CmGnT)的作用机制,根据甜瓜cDNA序列设计引物,利用RT-PCR技术克隆得到CmGnT。生物信息学分析表明,CmGnT的cDNA全长为2 193 bp,开放阅读框(ORF)为1 179 bp,编码392个氨基酸。CmGnT蛋白分子量约为46 kD,理论等电点(pI)为7.93。蛋白结构分析表明,CmGnT含有β–1,4–N–乙酰氨基葡萄糖转移酶结构域,属于糖基转移酶17家族。该基因编码的蛋白有1个强的跨膜螺旋结构。进化树分析表明,CmGnT氨基酸序列与黄瓜CsGnT(登录号:XP_004135275.1)亲缘关系最近,同源性为99.74%,与西瓜Cs Gn T的同源性为97.70%。实时荧光定量PCR分析结果表明,在NaCl、PEG、H_2O_2和ABA等非生物胁迫下的甜瓜叶片中CmGnT都显著上调表达,表明CmGnT受非生物胁迫诱导,推测其在甜瓜响09应非生物胁迫过程中起到重要作用。     

银杏类黄酮糖基转移酶基因全长序列克隆及表达分析

 以银杏（Ginkgo biloba L.）雄株叶片为试材,采用同源基因克隆及RACE-PCR方法,克隆到了类黄酮糖基转移酶（UDP-glycose：flavonoid glycosyltransferase,UFGT）基因GbUFGT的全长cDNA序列,其在GenBank中的注册号为JN640564.2。该基因编码区长1 491 bp,编码496个氨基酸。GbUFGT蛋白具有保守的PSPG基序、UDP–葡萄糖基转移酶和UDP–葡萄糖醛酸基转移酶结构域,与其他植物中的UFGT蛋白同源性较高。GbUFGT基因组序列与其cDNA序列相同,无内含子。半定量RT-PCR结果表明,GbUFGT在整个银杏叶片发育期均可较高水平的表达,且不同发育期表达水平无明显变化,属非发育时期特异性基因。     

香蕉MaUFGT1基因克隆及表达分析

从香蕉果肉中克隆得到了一个类黄酮-3-O-葡糖基转移酶基因UFGT1基因全长,利用生物信息学方法分析了该基因的基本理化性质、蛋白二级结构、亚细胞定位、亲疏水性、信号肽、跨膜区、磷酸化位点、基因结构、保守结构域、系统进化关系,并对该基因的时空表达模式及香蕉果实不同发育阶段进行了表达分析。结果表明:UFGT1基因长1 380bp,编码459个氨基酸的蛋白质,该蛋白为疏水性蛋白,亚细胞定位在叶绿体,蛋白无跨膜结构,不存在信号肽;MaUFGT1在不同组织中均有表达,但表达丰度存在差异;MaUFGT1在巴西蕉和香粉1号蕉中,随着果实成熟,表达量逐渐上升,后期香粉1号明显高于巴西蕉。说明MaUFGT1可能参与了香蕉果肉黄酮类物质的合成。     

牡丹泛素延伸蛋白基因ubiquitin的克隆及其作为内参基因的研究

以牡丹品种‘洛阳红’(Paeonia suffruticosa‘Luoyanghong’)为试验材料,采用RT-PCR方法获得一个牡丹泛素延伸蛋白基因Psubiquitin(PsU BI),其c DNA开放阅读框(ORF)长度为447 bp,编码148个氨基酸,Gen Bank登录号为KP742952。序列比对发现,该基因与其他23种植物泛素延伸蛋白核苷酸序列的相似性均在81%以上,氨基酸序列的相似性达96%。进化分析表明,牡丹泛素延伸蛋白与棉花泛素延伸蛋白的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR结果显示,在牡丹不同组织器官中,相对于其他5个常用看家基因(GAPDH、GAPDH1、tubulin、tubulin2、18S r RNA),ubiquitin的PCR扩增曲线的CT值最为恒定,尤其是在不同花器官中的CT值完全一致。进一步分析发现该基因在牡丹的根、茎、叶片、花、雄蕊和心皮组织中均恒定表达,特别是花器官中的表达量几乎完全一致。以ubiquitin作为内参基因探讨控制花器官发育的基因Ps AG的表达情况,结果显示PsA G的表达模式与其作用位点相吻合,ubiquitin更适宜作为牡丹花器官研究的内参基因。     

糙皮侧耳蓝光受体基因Pcry的克隆及分析

采用快速获得基因末端法(Rapid Amplification of cDNA Ends,RACE)克隆出糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)蓝光受体基因Pcry的全长cDNA序列。该cDNA全长1725 bp,含有一个1572 bp的开放阅读框,共编码523个氨基酸。表达模式分析显示该基因在子实体期表达量最高,菌丝期最低。该基因在蓝光照射后的菌丝中表达量最强,在黑暗培养的菌丝中表达量最弱。蓝光刺激可以增加该基因转录量。生物信息学分析发现其编码的蛋白是一种光信号蛋白,目的蛋白分子量为57.44 kDa,等电点为4.90,且该蛋白具有信号转导、调控其它基因转录的功能。     

鱼腥草糖基转移酶基因UGT75C1的克隆及原核表达

根据已经获得的鱼腥草UGT75C1转录本序列设计1对引物,采用RT-PCR方法获得UGT75C1基因cDNA序列,并对UGT75C1蛋白进行理化性质分析,并预测该蛋白功能;利用实时荧光定量PCR方法检测了UGT75C1基因在鱼腥草的地下茎、地上茎、叶、花中的表达情况,将克隆得到的UGT75C1基因完整开放阅读框连接到原核表达载体pGEX4T-1上,转化大肠杆菌E.coli BL21(DE3),通过IPTG诱导表达,SDS-PAGE检测表达产物。克隆获得的UGT75C1基因长为1 787 bp,开放阅读框1 461 bp,编码486个氨基酸。生物信息学预测UGT75C1蛋白含跨膜区,不含信号肽,具有糖基转移酶的PSPG motif。UGT75C1在鱼腥草的叶片中表达丰度最高,其他器官中表达量相对较低,花中表达量最低;该基因原核表达产物与预期大小一致,显示原核表达成功,为下一步研究其功能奠定了基础。     

‘黄冠’梨类甜蛋白编码基因PbPR5的克隆及其表达特性分析

【目的】分离和克隆类甜蛋白基因Pb PR5,了解其在‘黄冠’梨不同组织、不同发育阶段以及受到非生物胁迫和植物生长调节剂处理时的表达情况。【方法】以‘黄冠’梨(Pyrus bretschneideri‘Huangguan’)组培苗为试验材料,从水杨酸(salicylic acid,SA)处理的c DNA文库中克隆获得该基因全编码区序列,命名为Pb PR5,对其进行生物信息学分析,并研究该基因在盐、聚乙二醇(EG6000)、SA和乙烯(ETH)处理后的表达情况;以12 a生‘黄冠’梨的叶片和果实为材料,探究该基因在叶片和果实不同发育阶段的表达模式。【结果】Pb PR5的c DNA序列长度为741 bp,编码224个氨基酸残基;该基因的基因组DNA序列长度为813 bp,包含1个内含子。生物信息学分析表明,Pb PR5蛋白与其他植物PR5基因编码的氨基酸序列相似性较高。实时荧光定量PCR分析表明:Pb PR5基因在‘黄冠’梨组培苗的根,茎,叶中均能表达,其中根部的表达量高于茎和叶;盐和干旱胁迫诱导了该基因表达,根和茎中的表达高峰均出现在处理后6 h,叶在盐胁迫后24 h和干旱后12 h出现表达高峰;SA和乙烯也诱导了该基因在叶片中的表达。在不同发育阶段的叶片中,老叶表达量最高,成熟叶次之,幼叶中不表达;在不同发育阶段的果实中,成熟果实中表达量最高,幼果期和膨大期果实表达量较低。【结论】Pb PR5基因在‘黄冠’梨各组织中非组成型表达,并且在‘黄冠’梨抵御生物和非生物胁迫过程中可能具有重要的生物学功能。     

鱼腥草糖基转移酶基因UGT75C1 的克隆及原核#br# 表达

 根据已经获得的鱼腥草UGT75C1 转录本序列设计1 对引物,采用RT-PCR 方法获得UGT75C1 基因cDNA 序列,并对UGT75C1 蛋白进行理化性质分析,并预测该蛋白功能;利用实时荧光定量PCR 方法检测了UGT75C1 基因在鱼腥草的地下茎、地上茎、叶、花中的表达情况,将克隆得到的UGT75C1 基因完整开放阅读框连接到原核表达载体pGEX4T-1 上,转化大肠杆菌E. coli BL21（DE3）,通过IPTG 诱导表达,SDS-PAGE 检测表达产物。克隆获得的UGT75C1 基因长为1 787 bp,开放阅读框1 461 bp, 编码486 个氨基酸。生物信息学预测UGT75C1 蛋白含跨膜区,不含信号肽,具有糖基转移酶的PSPG motif。 UGT75C1 在鱼腥草的叶片中表达丰度最高,其他器官中表达量相对较低,花中表达量最低;该基因原核 表达产物与预期大小一致,显示原核表达成功,为下一步研究其功能奠定了基础。     

黄瓜耐铜相关基因CsLecRK的克隆及表达分析

以黄瓜为试材,根据基因响应铜(Cu)的表达模式及保守性,采用基因克隆和生物信息学方法,对筛选获得的黄瓜凝集素受体激酶基因(CsLecRK)进行克隆及生物信息学分析,并对该基因在Cu胁迫条件的表达模式进行分析,以期探索黄瓜耐铜(Cu)的分子机制。结果表明:该基因cDNA全长为2 121 bp,编码706个氨基酸;理论分子量为78.36kDa,等电点为7.76。NCBI Blastp分析与进化树分析均表明,CsLecRK编码的蛋白与甜瓜的LecRK序列同源性最高(95%),进化距离最近。qRT-PCR分析表明,CsLecRK在Cu胁迫条件下表达明显下调。