团头鲂TYK2基因的克隆与表达分析

以团头鲂为研究对象,克隆获得络氨酸激酶2(tyrosine kinase 2,TYK2)基因的ORF序列,该序列长3489 bp,编码1162 aa.团头鲂TYK2基因包含23个外显子和22个内含子,与大多数脊椎动物的基因结构相似.蛋白质结构域预测结果显示,TYK2包含4个结构域:B41、SH2、TyrKc(假激酶区)...     

团头鲂Dmrt4基因的克隆与表达分析

为研究团头鲂Dmrt4基因的可能作用,采用RACE-PCR技术克隆了团头鲂卵巢Dmrt4基因的cDNA全长序列,采用实时荧光定量PCR技术对其胚胎及出膜后30 d内各期、成鱼不同组织、雌雄性腺各分期的表达进行研究。结果表明,团头鲂Dmrt4基因至少存在2种不同的剪接形式,分别命名为Dmrt4a 和Dmrt4b。其中,Dmrt4a cDNA全长1 265 bp,编码352个氨基酸,含DM和DMA 2个结构域;Dmrt4b cDNA全长1 081 bp,编码281个氨基酸,仅含DMA结构域。氨基酸序列同源性分析显示,团头鲂Dmrt4与牙鲆、奥利亚罗非鱼的同源性最高。实时荧光定量PCR结果表明,Dmrt4基因在团头鲂胚胎期至出膜后30 d内均有表达,且在受精后32 h的表达量最高;成鱼卵巢的表达量显著高于其他组织（P<0.01）;Ⅱ期卵巢的表达量显著高于其他时期,也显著高于精巢各分期（P<0.01）。上述结果表明,Dmrt4基因可能对团头鲂卵母细胞初期的生长起到重要作用,在雌鱼性腺发育过程中亦发挥一定的作用。     

团头鲂SPATA4基因的分子克隆及表达分析

采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4(spermatogenesis associated gene 4,SPATA4).该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32.序列分析显示团头鲂SPA-TA4基因与其他脊椎动物同源性较高.荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一致;在所检测的10个组织中,SPATA4基因在精巢中的表达量最高.     

团头鲂SPATA4基因的分子克隆及表达分析

采用RACE（rapid amplification of cDNA ends）技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4（spermatogenesis associated gene 4,SPATA4）。该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32。序列分析显示团头鲂SPATA4基因与其他脊椎动物同源性较高。荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4 h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一致;在所检测的10个组织中,SPATA4基因在精巢中的表达量最高。     

团头鲂SREBP1基因的克隆及其表达分析

为阐明团头鲂SREBP-1的功能,采用RT-PCR技术克隆获得SREBP-1基因的cDNA序列,利用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测SREBP-1基因在不同发育时期及不同组织中的表达情况。生物信息学分析发现,SREBP-1基因cDNA的编码序列(coding sequence,CDS)为3 426bp(GenBank登录号:MH633449),开放阅读框(ORF)编码1 141个氨基酸,与大西洋鲑、斑马鱼、草鱼、鲤、金线鲃SREBP-1的氨基酸序列相似性较高(74%～99%)。保守结构域分析显示,团头鲂SREBP-1蛋白具有SREBPs家族典型的"碱性螺旋-环-螺旋-亮氨酸拉链"(bHLH-Zip)结构域。表达分析结果显示,SREBP-1基因在团头鲂胚胎发育过程中的表达呈现先下降后增高的趋势,在眼囊期最低,至出膜期达到最高。在团头鲂幼鱼中,SREBP-1在脑组织中的表达量最高,其次是眼、肝脏、心脏、肌肉、脂肪组织、肾脏,鳃中表达量最低。在成鱼中,SREBP-1在脑组织表达量最高,其次是性腺组织、肌肉、肝脏、眼,肾脏、脾脏和心脏中的表达量较低。以上结果表明,SREBP-1基因在团头鲂幼鱼和成鱼的不同组织中的表达模式存在差异。     

团头鲂主要组织相容性复合体Ⅰ类基因全长cDNA的克隆及组织表达分析

为了解团头鲂MHCⅠ类基因的结构,采用cDNA末端快速扩增（Rapid-amplification of cDNA ends,RACE）技术,首次成功克隆了团头鲂“浦江I号” F₀基础群体及选育F₈世代的MHCⅠ类基因,共获得3条cDNA全长序列。序列全长为2 040～2 079 bp,含有87~102 bp的5′-UTR,1 035～1 044 bp的编码区（包括信号肽,alpha 1、alpha 2和alpha 3三个结构域,跨膜区和胞质区）及911~946 bp的3′-UTR区,分别编码347、344个氨基酸。F₈世代序列的核苷酸/氨基酸的同源性很高,为89.0%/93.0%,而与F₀世代的同源性较低（75.3%~77.0 % 和71.1%~71.4%）,呈现出明显的分子多态性。分析表明,团头鲂具有经典的MHCⅠ类分子的空间结构,与人类HLA-A2的抗原肽结合区的晶体结构相比,二者的差异主要集中在5个(I~V)区上。在Neighbor-joining(NJ)法构建的分子进化树中,团头鲂与草鱼的亲缘关系最近,与鲑鳟鱼类、爬行类、鸟类、哺乳类及人类的亲缘关系则渐远。RT-PCR组织表达分析表明,团头鲂MHCⅠ类基因在所检测的的8个组织中均表达,在鳃、头肾和血液中有较强的转录本,中等强度表达于肝脏和脾脏,在后肾、肠和肌肉中表达较弱。     

团头鲂β-防御素1基因 cDNA的克隆、序列分析及表达特征

从团头鲂(Megalobrama amblycephala)中克隆出β-防御素1(maBD-1)基因,检测该基因在组织中的分布,及在病原菌感染后该基因表达量的变化情况。将maBD-1基因重组到pGEX-KG原核表达载体上,构建重组质粒pGEX-KG-maBD-1,重组质粒经转化至BL21感受态细胞中进行诱导表达,将融合蛋白免疫日本大耳白兔,制备该融合蛋白的多克隆抗体,并检测血清效价。结果表明:maBD-1基因ORF全长为204bp,编码67个氨基酸。该基因在组织中广泛分布,病原菌感染后头肾和脾脏组织maBD-1基因表达量显著上调。经间接酶联免疫分析(ELISA)获得的抗血清效价为1∶3 200,在肝脏、鳃和心脏组织中用Western blot可检测到β-防御素的表达。     

棉花P-typeATPases基因的克隆及表达分析

为了探明棉花P-type ATPases基因在植物不同组织和多种逆境条件下的表达情况,利用棉花黄萎病菌的P-type ATPases蛋白序列,在GenBank中搜索棉花EST序列,得到2个同源的棉花EST片段,结合RACE和Genome walking获得了这个基因的完整读码框序列,其开放阅读框长度为3570bp,编码1190个氨基酸,与毛果杨、蓖麻的同源性达86％左右,将其命名为Gbpatp.洋葱表皮亚细胞定位观察结果显示,Gbpatp编码的蛋白分布在细胞膜上.RT-PCR技术检测组织表达特异性分析表明,P-type ATPases在茎和棉絮中的表达量较高,在种子中低水平表达,在叶片和花蕾中表达量极低,说明Gbpatp可能与棉花较成熟的器官茎、棉絮和种子的生长发育密切相关.在逆境胁迫中发现,干旱处理后Gbpatp的表达强烈,并且随处理时间延长表达量逐渐增加；重金属Cu2+处理24h后Gbpatp表达量升高,但48h急剧下降；Gbpatp在低温处理下也有轻微表达.激素诱导后发现,Gbpatp对赤霉素和脱落酸均有响应,随胁迫时间延长其表达量仍能维持在一定水平.     

小豆抗病相关基因VaPR3的克隆与表达分析

从小豆品种56中克隆出一段包括阅读框架在内的全长为468 bp的cDNA片段,并在GenBank上登录并命名为EU046566,由该cDNA推导的氨基酸序列与菜豆中的PVPR2约有91%的同源性,与PVPR1约有88%的同源性.序列相似性分析表明,该基因在豆科作物中具有较高的同源性,将大豆花叶病毒病接种到小豆叶片后该基因强烈响应并高效表达.RT-PCR结果表明,该基因在地上部的茎、叶、花、荚等器官中也高效表达,而在地下部的根中表达量很小.综合分析显示,该基因可能与植物抗病机制中的防卫素合成有关.     

鸡HOPX基因的克隆及表达分析

前期研究发现,HOPX基因在鸡脂肪组织高表达,为了解该基因在脂肪发育过程中的作用,采用RT-PCR方法,扩增和克隆鸡HOPX基因全长CDS区,并进行序列分析;采用real-time RT-PCR和半定量RT-PCR的方法,开展了HOPX基因的组织表达谱分析、HOPX基因在东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系脂肪组织发育过程中的表达差异分析以及鸡脂肪细胞分化过程中的表达分析。研究结果显示,鸡HOPX基因的全长CDS区为222 bp,编码73个氨基酸。HOPX基因在鸡的多种组织中表达,其中,在脂肪组织中的表达量最高;在高、低脂系肉鸡的脂肪组织生长发育过程中,HOPX基因的表达均随年龄增长而上升,且高脂系鸡HOPX基因的表达量高于低脂系;在鸡脂肪细胞分化过程中,HOPX基因的表达呈上升趋势。HOPX基因的表达分析结果提示,该基因在鸡脂肪组织生长发育过程中发挥作用。     

团头鲂肌腱发育相关基因tnmd/xirp2a的克隆和表达

为分析肌腱发育相关基因tnmd/xirp2a与团头鲂肌间骨发育之间的相关性,通过克隆获得团头鲂tnmd/xirp2a的cDNA序列,其中tnmd的cDNA全长为1 420bp,开放阅读框为906bp,共编码301个氨基酸;xirp2a的cDNA全长为11 715bp,包括开放阅读框9 522bp,编码3 174个氨基酸。系统进化研究表明,tnmd/xirp2a基因在不同脊椎动物中保守性很低,且相比哺乳类和家禽类,鱼类tnmd基因存在一段氨基酸的缺失。采用荧光定量方法比较分析tnmd/xirp2a在团头鲂成鱼不同组织及肌间骨发生发育4个关键时期的表达情况,结果显示,tnmd/xirp2a在肌肉和肌间骨中的表达量均显著高于其他组织,且肌肉中tnmd基因表达高于肌间骨(P0.05),而xirp2a在肌间骨中的表达高于肌肉组织(P0.05)。在肌间骨发育4个关键时期(Ⅰ:尾部尚未出现肌间骨;Ⅱ:尾部出现少量肌间骨;Ⅲ:尾部肌间骨大量出现且长度增加;Ⅳ:肌间骨从尾部到背部全部出现且形态成熟)中,tnmd在第Ⅲ时期的表达水平显著高于另外3个时期;在第Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ时期之间,xirp2a的表达水平没有显著性差异。此结果表明,tnmd基因在肌间骨的发育过程中存在潜在作用,而xirp2a基因与肌间骨的发育之间的相关性还需进一步研究。     

鄱阳湖团头鲂的生物学研究

报道了鄱阳湖团头鲂的生物学特性 ,包括主要性状、食性、繁殖习性与繁殖力、年龄与生长、耗氧量和窒息点、肌肉成分、染色体组型和同工酶等方面     

基于线粒体D-loop区分析团头鲂四个养殖群体的遗传多样性

为了解安徽省团头鲂(Megalobrama amblycephala)种质资源现状,本研究基于来自4个群体的120个样本的线粒体D-loop区,分析了其遗传多样性及群体结构。遗传多样性分析结果表明:共检测到16个变异位点和14种单倍型,单倍型多样指数为0.20-0.47,核苷酸多样性指数为0.00024-0.00224。群体结构分析显示:群体间发生了不同程度的分化,分化系数为-0.0138至0.219,AMOVA分析表明变异来源全部来自个体间,单倍型网络图显示群体间可通过单倍型Hap_2连接。综上所述,4个群体可能经历了奠基者事件,遗传多样性丢失严重,群体间缺乏分化。本研究揭示了4个团头鲂群体的遗传背景,可以为安徽省团头鲂种质资源保护与利用提供参考依据。     

团头鲂对嗜水气单胞菌的免疫应答

从患有细菌性出血病的团头鲂内脏分离到嗜水气单胞菌,采用0.2%福尔马林25℃灭活24 h和0.5%福尔马林4℃灭活24 h两种不同方法制备疫苗作为抗原,于胸鳍基部注射免疫团头鲂.通过测定受免团头鲂血清中抗体凝集效价、血液中NBT阳性细胞数量、吞噬细胞活性以评估免疫效果.结果表明.两种方法制备的灭活菌苗均可刺激鱼体产生较强的免疫应答,而采用0.2%福尔马林灭活的免疫效果优于0.5%福尔马林灭活,但二者无显著差异.活菌攻毒的结果表明团头鲂对嗜水气单胞菌产生了较强的免疫能力.     

团头鲂低氧耐受相关SNPs标记的开发

为寻找耐低氧相关SNPs分子标记辅助团头鲂优良品种选育,利用团头鲂低氧耐受和敏感群体的转录组数据,进行SNPs位点的开发和鉴定,获得52 623个可能的SNPs位点,其中碱基转换和颠换型位点分别占57.4%(30 192个)和31.9%(16 802个);同义SNPs占编码区总SNPs的99.7%,非同义SNPs仅有32～35个;使用PCR-RFLP技术对筛选出的5个非同义的多态性SNPs进行耐低氧性状关联分析。结果显示,Plin2-A1157G和Hif-3α-A2917G位点的SNPs在团头鲂亲本群体中与低氧耐受性状显著相关,但在子代群体中却与低氧耐受性状无显著相关性。这说明亲代中筛选出的分子标记并不一定适用于子代群体,在利用分子标记辅助育种时需要考虑标记在子代中的有效性。     

梁子湖团头鲂的年龄和生长特征

为了解梁子湖团头鲂Megalobrama amblycephala的种群现状,于2011年7月-2012年6月采集310尾样本,以鳞片作为鉴定材料,对团头鲂的年龄和生长特征进行研究.结果表明：团头鲂年轮环纹呈疏密切割型,偶见幼轮,3龄以上个体可见生殖痕;种群体长分布范围为74.1～362.8mm,优势体长为180 ～320 mm,占群体总数的81.29％;群体由1～6龄共6个龄组组成,优势年龄组为3～4龄,占总渔获物的55.48％;体长（L）与鳞径（R）呈线性关系,关系方程为L=34.656R＋25.21;体长与体质量（W）呈幂函数关系,关系方程为W=1×10-5L3.1228,幂指数接近3,属匀速生长型;拟合Von Bertalanffy方程为Lt=452.36（1-e-0.2407（t＋0.2813））,Wt=2034.61（1-e-0.2407（t＋0.2813））3.1228,生长拐点时间ti=4.46龄,此时体长Li=307.78 mm,体质量Wi=607.70 g.研究表明,梁子湖的团头鲂资源量日趋减少,种群出现了明显的小型化趋势,应当采取保护措施,以利于资源的恢复和增殖.     

风干武昌鱼中微生物变化及理化性质的分析

[目的]分析风干武昌鱼生产过程中微生物数量和理化指标的变化。[方法]按总茵数、乳酸菌、葡萄球菌和酵母茵几个大类研究其微生物变化情况;理化方面,分析了pH、水分含量、水溶性固形物、水溶性蛋白氮及挥发性盐基氮几项重要指标。[结果]乳酸菌为风干武昌鱼发酵过程中的优势菌群;各种微生物复杂变化的同时导致产品pH和水分含量下降,水溶性固形物和水溶性蛋白氮的含量增加;产品的挥发性盐基氮含量符合国家标准。[结论]该研究为风干武昌鱼的标准化生产体系的建立以及稳定生产奠定了基础。     

团头鲂hepcidin基因单核苷酸多态性及与抗病性状的相关性

为了解hepcidin(铁调素)基因的多态性及其与抗病性状的相关性,以团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,从公共数据库中获得hepcidin基因序列,对团头鲂进行嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染来区分易感和抗病个体,采用PCR扩增及测序技术筛选hepcidin基因序列中的SNP(单核苷酸多态,single nucleotide polymorphisms)位点,对SNP位点运用高分辨率熔解曲线法(high-resolution melting,HRM)进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。结果在hepcidin基因上共筛选出2个SNP位点,其中1个位点位于内含子部分,1个位于3′非编码区。经过统计分析发现,位于3 371bp(A/G)的这一SNP位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组间差异极显著,位于217bp(A/G)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组间差异显著。据此推测hepcidin的这2个SNP位点多态性与团头鲂抗病性状相关。