牛病毒性腹泻病毒RT-PCR诊断方法的建立

根据已发表的牛病毒性腹泻病毒株的基因序列,分析合成了一对扩增跨幅为190bp左右的引物,对牛病毒性腹泻病基因I型或基因II型的毒株进行RT-PCR扩增,结果是取得了与预期大小一致的RT-PCR产物,而对照样品的扩增全为阴性;该方法最低可检测到0.10ng的牛病毒性腹泻病毒RNA。     

牛病毒性腹泻病毒一步法RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速检测牛病毒性腹泻病毒病原的方法,本研究根据GenBank上登录的牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)基因组序列,设计1对引物,建立了检测BVDV的一步法RT-PCR方法。该方法对牛传染性鼻气管炎病毒、猪瘟病毒、牛副流感病毒3型的扩增结果均为阴性,检测的敏感性达1 ng RNA。该一步法RT-PCR方法具有良好的特异性、敏感性、重复性,可以准确快速检测出极低含量的BVDV,将为BVDV的病原检测及分子流行病学调查等提供一种快速、灵敏、特异、准确的分子生物学检测方法。     

牛病毒性腹泻病毒两种基因型双重RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)双重RT-PCR检测方法,根据BVDV-1 (AF091605.1、KF501393.1、MK204904.1、MN513404.1和MG923683.1)和BVDV-2 (AF502399.1、MG436782.1、AF145969.1、KC176777.1和MN513411.1)流...     

猪瘟疫苗中牛病毒性腹泻病毒2型的检测

为对上海某猪场送检的一份猪瘟疫苗进行牛病毒性腹泻病毒(BVDV)检测,本研究将猪瘟疫苗样品接种于MDBK细胞,盲传15代后仍无致细胞病变效应,但间接免疫荧光试验表明接种该疫苗后的MDBK细胞能够被单克隆抗体BZ-53(BVDV-2)识别。采用BVDV-1和BVDV-2的5’-UTR的通用检测引物和针对BVDV E2的引物,对样品RNA进行RT-PCR检测,结果显示,样品能够扩增出约288 bp的BVDV特异性片段;此外,5’-UTR和E2基因片段的测序分析结果表明分离株属于BVDV-2,并且其E2基因与牛源XJ-04株(BVDV-2)的E2基因同源性最高(92.3%),而与猪源ZM-95株(BVDV-1)的E2基因同源性较低(64.5%)。由此证明,该猪瘟疫苗中的确污染有一株BVDV-2株。     

牛病毒性腹泻病毒套式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank公布的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)全基因组序列,选择保守性比较高的5'非编码区,利用Oli-go6.0软件设计了2对特异性引物,建立了检测BVDV的套式RT-PCR方法。结果表明,该方法重复性好、特异性强、敏感性高,可以准确快速检测出极低含量的BVDV,极大地提高了常规RT-PCR检测方法的特异性和敏感性。临床初步应用表明,该方法可用于动物与疫苗生物制品原辅料BVDV的快速低含量检测。     

牛病毒性腹泻病毒、牛冠状病毒和牛肠道病毒多重RT-PCR检测方法的建立及初步应用

根椐GenBank中已发表中病毒性腹泻病毒(BVDV)、中冠状病毒(BCoV)和中肠道病毒(BEV)基因的保守序列,设计合成引物,在建立单一病毒RT-PCR检测方法的基础上,继续优化条件,建立上述3种病毒的多重RT-PCR检测方法,并应用建立的检测方法对临床样本进行检测,计算符合率。结果表明,引物浓度分别为BVDV 0.5μL(20μmol/L),BCoV 0.25μL(20μmol/L),BEV 0.25μL(20μmol/L),退火温度为52℃时,可同时扩增BVDV的289bp,BCoV的458bp和BEV的732bp的特异性片段,对牛流行热病毒(BEFV)、牛轮状病毒(BRV)、牛副流感病毒3型(BPIV3)和牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)均无扩增。该方法最低能检出6.4pg的BVDV,1.28pg的BCoV和6.4pg的BEV的等量混合质粒模板。对24份临床腹泻病料进行检测,与单项RT-PCR检测的符合率为100.0%。本研究建立的多重RT-PCR检测方法,具有准确、快速、特异的特点,可用于临床混合感染的同时检测。     

牛病毒性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种快速、特异、灵敏的检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)Taq Man实时荧光定量RT-PCR的方法,根据NCBI GenBank上已公布的BVDV、猪瘟病毒(CSFV)核酸序列进行比对,利用Oligo 6.71软件设计一对引物及一条探针,建立了检测BVDV的Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法。通过对该方法的特异性、重复性及其敏感性进行相关试验,结果表明该方法检测出BVDV标准毒株Oregon C_(24)V为阳性,猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和CSFV的检测均为阴性。对BVDV标准毒株最低检测量达到10~(-2.5) TCID_(50)。该方法检测同一样品重复进行8次检测,结果均一致,表明方法的重复性较好。应用该方法对6批猪瘟疫苗专用血清进行BVDV检测,阳性率为16.7%;猪瘟弱毒苗中未检出BVDV。建立的BVDV Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法为生产无BVDV污染的猪瘟苗提供了有力的保障。     

猪瘟病毒和牛病毒性腹泻病毒双重荧光RT-PCR检测方法的建立

为同时检测猪源临床样本中的猪瘟病毒(CSFV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV),基于这两种病毒的5'UTR序列设计特异引物和TaqMan探针,建立了一种检测CSFV和BVDV的双重荧光RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性、最低检出限和重复性等进行了评价。结果显示,该方法只对CSFV和BVDV呈现特异性扩增,对猪伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪圆环病毒2型不发生交叉反应,对阳性标准对照CSFV-5'UTR-RNA、BVDV-1-5'UTR-RNA和BVDV-2-5'UTR-RNA,最低可分别检出27、36和32拷贝/μL。该方法的组内和组间试验Ct值变异系数介于0.11%～1.20%,具有良好的重现性。对152份猪组织样本用该方法进行CSFV和BVDV核酸检测,结果检出CSFV阳性样本16份,BVDV阳性样本3份,CSFV和BVDV双阳性样本1份,与国标和OIE《陆生动物诊断试验和疫苗》相应的荧光RT-PCR方法阳性符合率为100%。结果表明,本研究建立的双重荧光RT-PCR方法可用于临床样本中的CSFV和BVDV检测,从而为猪瘟防制和净化提供了一种有效的技术手段。     

牛星状病毒、牛病毒性腹泻病毒1型、牛冠状病毒和牛轮状病毒四重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

利用多重荧光定量RT-PCR （real-time RT-PCR）方法,提高对多病原检测的速度和灵敏度,促进对犊牛腹泻的快速诊断和及时治疗。分别在牛星状病毒（BAstV）ORF2基因,牛病毒性腹泻病毒1型（BVDV-1）5'端非编码区,牛冠状病毒（BCV）N pro基因和牛轮状病毒（BRV）VP6基因的保守基因序列设计、合成并试验筛选了四对有效的特异性引物和探针。进一步利用含4种病毒目的片段的重组质粒,对引物和探针的浓度以及反应条件进行了优化,建立了Real-time RT-PCR标准曲线,并对四重Real-time PCR方法的特异性、敏感性、重复性和各种临床样本的适用性进行了评价。结果显示：Real-time RT-PCR最适退火温度和时间分别为50.0℃和45 s,BAstV、BVDV-1、BCV和BRV的引物浓度分别为300、300、400和500 nmol·L^-1,探针浓度分别为250、150、100和300 nmol·L^-1。对BVDV-1、BCV和BRV的最低检测限均为10²copies·μL^-1,对BAstV的最低检测限为10³ copies·μL^-1,具有良好的特异性和重复性。该方法对临床采集的粪样的阳性检出率高于PCR方法。上述结果表明,建立的四重Real-time RT-PCR方法可以用于犊牛腹泻常见病原BAstV、BVDV-1、BCV和BRV的快速鉴别诊断。     

牛病毒性腹泻病毒实时定量RT-PCR检测技术的建立及初步应用

以牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的保守基因5'-非编码区为参考,设计、优化一对特异的荧光定量PCR引物,应用Smart CycleⅡ分析系统,结合Eva Green荧光染料结合原理,建立一种快速、定量检测牛病毒性腹泻病毒的荧光定量PCR技术。该方法线形范围为101~106copies/μL,相关系数为R2=0.997,扩增效率为E=0.78。灵敏性比常规PCR高102倍。该方法具有良好的特异性,检测变异系数低于1%。应用本实验建立的方法检测25份不同地区采集的临床症状疑似BVDV感染的牛粪样品,阳性检出率为72%(18/25),与病毒分离培养和电检观察相比,该方法具有快速、灵敏、特异、重复性好和能定量检测等优点,为实验室快速、准确检测BVDV奠定了基础。     

牛病毒性腹泻病毒基因分型二重RT-PCR检测方法的建立

为了同步检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因1型和基因2型并能够加以区分,根据Gen Bank中已发表的BVDV基因1型和基因2型、牛蓝舌病病毒(BTV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪瘟病毒(CSFV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的全基因序列,采用Primer Premier 5.0软件,针对BVDV的高度保守的5'端非编码区的核苷酸序列,设计了两对特异性引物,二重RT-PCR方法扩增目的片段的大小分别为222 bp和119 bp,经过对反应体系和条件的优化,本研究建立了在同一反应体系中鉴别检测BVDV基因1型和2型的RT-PCR方法,扩增出了与预期大小相符的目的片段。该方法便捷,特异性高,敏感性强,重复性好,可作为BVDV分型鉴定和快速诊断的有效方法。     

牛精液中基因I型牛病毒性腹泻病毒荧光探针定量RT-PCR检测方法的建立

为建立牛精液中基因I型牛病毒性腹泻病毒(BVDV-1)的快速检测方法,本研究采用Sephycral S-400凝胶对牛精液过滤处理后提取病毒核酸,根据BVDV-1 5'UTR保守区基因序列,设计特异性引物和荧光探针,通过反应条件的优化,建立了牛精液中BVDV-1荧光定量RT-PCR检测方法.该方法可以检测到牛精液中含量为0.0125 TCID50的病毒,灵敏度比病毒分离方法高200倍～2000倍,比常规RT-PCR方法高10倍.对从同一个牛场6个月内采集的120份新鲜牛精液和40份冷冻牛精液用该荧光RT-PCR方法检测,没有检测到BVDV-1阳性样品.对其中的10头牛定期检测精液中病毒的同时,并同步检测了全血中的病毒和血清抗体,结果血清抗体阳性牛精液中没有检测到病毒,本研究结果表明,不能以血清抗体阴阳性做为精液是否带毒的依据.     

牛病毒性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中登录的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因序列,设计合成了1对特异性引物,建立了检测BVDV的RT-PCR方法。通过对该方法的特异性、敏感性和重复性进行试验,结果显示,该方法可从BVDV标准毒株Oregon C24V中扩增出471 bp的特异性片段,而对猪瘟病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛呼吸道合胞体病毒、牛副流感病毒、MDBK正常细胞的扩增结果均为阴性。经对标准毒株的细胞毒进行检测,其敏感度达10^-1 TCID₅₀/mL。应用该方法对临床腹泻病牛各脏器样品进行检测,结果比病毒分离方法更为敏感,操作简便。表明建立的RT-PCR方法具有特异、灵敏、高效、快速的特点,可用于BVDV的临床检测及流行病学监测。     

牛病毒性腹泻病毒、牛呼吸道合胞体病毒和牛副流感病毒3型三重RT-PCR检测方法的建立及应用

根椐GenBank中牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)、牛呼吸道合胞体病毒(bovine respiratory syncytial virus,BRSV)和牛副流感病毒3型(bovine parainfluenza virus type 3,BPIV-3)3种病毒基因序列,设计合成引物,建立3种病毒的三重RT-PCR方法。用这3对引物对同一样品中的BVDV、BRSV和BPIV-3核酸模板进行三重RT-PCR扩增,结果显示:可同时扩增BVDV的466 bp,BRSV的735 bp和BPIV-3的258 bp的特异性片段,而对其他4种病原的PCR扩增结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该三重RT-PCR技术能检出10 pg的BVDV、1 pg的BPIV-3和10 pg的BRSV模板。用37份临床病料对本研究多重RT-PCR技术和单项RT-PCR技术进行对比验证,结果显示:两者的总符合率为100%。结果表明:建立的多重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于对这3种病毒的同时检测和鉴别诊断。     

猪瘟病毒和牛病毒性腹泻病毒双重RT-PCR方法的建立和初步应用

根据GenBank上已发表的猪瘟病毒(CSFV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的全基因序列,进行对比分析,分别设计合成两对能特异性扩增CSFV、BVDV的引物。经过条件优化后,建立了检测CSFV和BVDV的双重RT-PCR方法,扩增两种病毒的片段,大小分别为938、650 bp。应用该方法对11批牛睾丸细胞、7批胎牛血清、60个批次的猪瘟细胞苗、10份全血样及10份组织样进行检测。通过试验证明,所建立的方法具有良好的特异性和敏感性,为防止猪瘟细胞苗的污染及进行CSFV和BVDV鉴别诊断提供了有效方法。     

塞内卡病毒A的RT-PCR检测方法的建立和应用

塞内卡病毒A(Senecavirus A,SVA)是一种无囊膜的单股正链RNA病毒,可引起成年母猪水疱性病变,并导致新生仔猪死亡。为建立SVA的快速检测方法,本研究对NCBI发表的40株SVA的基因序列进行同源比较,选择保守区域设计了3对引物P1、P2和P3,从中筛选出最佳扩增引物,通过对引物浓度、退火温度、延长时间、循环次数进行优化,成功建立了SVA的RT-PCR检测方法。用该方法检测SVA、脑心肌炎病毒(EMCV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)无交叉反应,具有良好的特异性。敏感性试验结果显示,病毒检测限可达1TCID50,比国外文献报道的检测方法灵敏性更高。用该方法检测山东省的100份猪组织样品,阳性率为2%。本研究所建立的方法特异性强、敏感性高、可靠性好,为SVA的快速检测及流行病学调查提供了有效的技术手段。     

北美型猪蓝耳病病毒鉴别RT-PCR检测方法的建立及应用

参考Genbank发表的美洲型猪蓝耳病病毒(porcine reproductive and respiratory syndrone virus,PRRSV)CH-1a(北美型经典PRRSV)、JXA1(北美型HP-PRRSV)等毒株的的主要结构蛋白基因序列,应用Primer5.0软件设计了一对特异性的北美型PRRSV鉴别检测引物,其对经典PRRSV的扩增片段为511bp,对HP-PRRSV的扩增目片段为421bp。进行了该方法的特异性、敏感性、重复性试验,建立了美洲型PRRSV鉴别RT-PCR检测方法。应用此法对2010年1—12月收集的126份临床样品进行了检测,总体检出率达53.17﹪。结果表明该方法具有特异、敏感、重复性好等优点,可用于北美型PRRSV的临床发病鉴别检测及流行病学监测等工作。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

参照国内外已发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的ORF7的基因序列及其相关的RT—PCR检测方法设计一对引物,扩增目的片段为535bp。通过对RT—PCR检测方法的特异性、敏感性、重复性试验,建立了一种PRRSV的RT—PCR检测方法。该方法具有快速、敏感、特异等优点,可用于PRRSV的检测、流行病学调查等。应用此方法对临床样品进行了检测,阳性检出率达66．79／5。     

数字RT-PCR检测鲤春病毒血症的方法建立与应用

[目的]通过实时定量RT-PCR和数字RT-PCR两种方法的比对试验,建立快速检测鲤春病毒血症的数字RT-PCR方法。[方法]利用同一对引物和探针,以梯度稀释的方法测定两种方法针对SVCV的灵敏性、特异性及重现性。[结果]两种方法均能够检测出104倍稀释的SVCV,而数字RT-PCR可以检测出单个微滴中的SVCV,其灵敏度性高于实时定量RT-PCR。同时,两种方法的特异性都很强,对其他病毒,如传染性胰腺坏死病毒（IPNV）、传染性造血器官坏死病毒（IHNV）、病毒性出血败血病毒（VHSV）均未有扩增反应。两种方法的重现性也较好。[结论]数字RT-PCR方法比实时定量RT-PCR具有更高的灵敏度,在鲤春病毒血症的早期快速诊断方面具有重要作用。     

基于Erns基因的猪瘟病毒一步法RT-PCR快速检测方法的建立和应用

根据猪瘟病毒Erns基因保守序列设计了1对引物,建立了检测猪瘟病毒一步法反转录-聚合酶链（RT-PCR）方法,并对其特异性、敏感性进行了研究。该一步法RT-PCR对CSFV扩增结果为阳性,对照毒株扩增结果均为阴性;对猪瘟病毒检测的灵敏性为10 pg总RNA量。以上结果表明,该一步法RT-PCR特异性强、敏感性高、简便、快速,可用于猪瘟的早期确诊和病毒鉴定。