利用微卫星标记分析伊犁鹅的保种效果

为分析某保种场伊犁鹅的保种效果,本研究利用9个微卫星标记对新疆伊犁鹅3个世代(0世代、1世代、2世代)的遗传多样性进行检测。试验以3个世代伊犁鹅血液为样本,使用苯酚-氯仿抽提法提取DNA,随后进行12%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测、银染法显色及判型。结果表明,9个微卫星位点在伊犁鹅的3个世代中共检测到78个等位基因,0世代、1世代和2世代均检测到26个等位基因;3个世代的平均期望杂合度(He)分别为0.4322、0.4232和0.4516;平均多态信息含量(PIC)分别为0.3751、0.3707和0.3936,表明伊犁鹅的3个世代均处于中度多态,遗传变异处于中等水平,且3个世代间平均期望杂合度和平均多态信息含量均差异不显著(P0.05);3个世代的遗传距离分别为0.0097、0.0184和0.0074。综合来看,伊犁鹅具有较丰富的遗传多样性,且该保种场目前所采用的保种方法较好地保存了伊犁鹅原有的遗传多样性。     

利用微卫星标记技术分析太湖鹅保种效果

本研究利用微卫星标记对太湖鹅两个世代群体10个微卫星位点进行遗传多样性鉴定,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果。结果表明:太湖鹅2个世代的10个位点共检测到52个等位基因,0世代和1世代分别检测到49和51个等位基因;两个世代的10个微卫星位点的多态信息含量为0.157 2~1.000 0,两个世代平均多态信息含量分别为0.511 7,0.504 0;两个世代的期望杂合度和表观杂合度分别在0.172 8~0.800 7和0.190 0~1.000 0之间,平均值分别为0.584 4,0.569 6和0.650 0,0.627 0,这两个世代在等位基因、多态信息含量、杂合度上差异均不显著(P0.05)。2个世代相似性系数为0.990 7,遗传距离0.009 3,世代间的相似性系数极高,遗传距离极低。在10个微卫星位点中,0世代和1世代分别存在6个位点不平衡,哈代-温伯格平衡趋于下降趋势。近交增量为0.078%,近交系数达到2%需要的世代数为25。结果提示该保种场保种效果可行。     

坝上长尾鸡保种群遗传多样性和保种效果评价

为了评估坝上长尾鸡种质资源遗传多样性和保种群的保种效果,本研究采用微卫星标记和毛细管电泳相结合的方法,对坝上长尾鸡保种群进行了遗传多样性分析。结果表明:20个微卫星座位在3个世代保种群共检测到215个等位基因,其中3个世代共有等位基因数81个,随着世代的繁育,共有等位基因数呈上升趋势,0世代和1世代等位基因总数为205个,共有等位基因数为98个;1、2世代的等位基因总数是161个,共有等位基因数是110个;20个位点3个世代平均期望杂合度分别为0.7343、0.6832、0.6652,平均多态信息含量分别为0.6973、0.6380和0.6136;近交系数分别为0.3324、0.1512和0.0722。坝上长尾鸡保种群经过3个世代的保种仍然具有丰富的遗传多样性,近交系数下降,有效地避免了近交衰退,说明所采用的保种方法是可行的。     

湖羊的遗传多样性及保种效果评价研究

本研究采用微卫星标记技术,评估了湖州市5个保种场的湖羊遗传多样性,并对保种效果进行了分析。结果显示,5个湖羊群体间的等位基因数差异不显著,目前的保种方法保留了湖羊等位基因;5个湖羊群体各微卫星位点观测杂合度（Ho）差异极其显著,其中3个群体遗传多样性较高;期望杂合度（He）差异不显著;多态信息含量（PIC）差异不显著,且均值都高于0.5,处于高度多态,表明群体具有丰富的遗传多样性和选择潜力。进一步计算了5个湖羊群体的遗传距离,进行了聚类分析,构建了各群体的进化树,结果表明,5个群体的湖羊家系数均达到保种要求,其中4个群体杂合个体较多,可能受外源基因影响。本研究对湖羊的遗传多样性及保种效果进行了有效评估,并提出了存在的问题,有利于湖羊的种质保护和开发利用。     

新疆地方斗鸡遗传多样性的微卫星分析

本试验利用8个微卫星座位分析了新疆3个地方（吐鲁番、喀什和伊犁）斗鸡群体的等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数等群体遗传变异参数。结果表明,3个地方斗鸡的8个微卫星座位共检测到77个等位基因,多态信息含量（除伊犁斗鸡ADL0298位点外）均大于0.5,表现高度多态信息,群体间平均遗传距离为0.2866。因此,所选取的微卫星位点可用于新疆3个地方斗鸡的群体遗传多样性分析。     

利用微卫星标记分析泸水中华蜜蜂遗传多样性

利用21对微卫星标记对云南泸水中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,共检测到121个等位基因,等位基因数目从2-12不等。平均等位基因数为5.76;所有位点的平均期望杂合度（He）和平均多态信息含量（PIC）值分别为0.6752和0.6192。表明泸水中华蜜蜂群体遗传多样性较为丰富。     

五指山猪小群体遗传学检测

本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC).统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大.     

五指山猪小群体遗传学检测

本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)。统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大。     

东北黑熊养殖群体6个微卫星基因座遗传多态性研究

利用微卫星标记研究东北黑熊养殖群体的遗传多态性,及时掌握养殖群体的相关遗传信息,为今后黑熊的人工繁殖及育种、保种工作奠定基础。本研究选取了黑熊的6个微卫星基因座(MSUT2、MSUT4、UT3、UT35、UT36、UT38)对115头东北黑熊进行了遗传检测,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行DNA分型以及ABI 3730遗传分析仪进行基因大小的判读,计算了6个微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量(PIC)、杂合度等值。结果表明:东北黑熊养殖群体的6个微卫星座位共检测到51个等位基因,平均为8.5个;6个微卫星基因座的平均多态信息含量为0.641 9,其中5个微卫星基因座的PIC>0.5,6个微卫星基因座的平均观察杂合度、平均期望杂合度分别为0.529 9、0.641 7。数据证明,6个微卫星标记均具有高度多态性,可用于东北黑熊的遗传多样性分析。     

徐海鸡保种群体遗传多样性及保种效果分析

利用表型性状和微卫星分子标记分析方法对徐海鸡保种群体三个世代的保种效果进行评估,结果表明:三个世代保种群的外貌特征、300日龄体重、体尺及产蛋性能等差异不显著(P0.05),未见明显变异现象。20对微卫星引物分析三个世代的平均等位基因数分别为5.25、5.2和5.9,第三世代保种群的等位基因数有所上升,但与前两个世代间平均等位基因数差异不显著(P0.05)。平均多态信息含量分别为0.489、0.496和0.518,呈逐步上升的趋势,但差异不显著(P0.05)。平均期望杂合度(Ho)在0.32~0.39之间,期望杂合度(He)在0.58~0.62之间,说明徐海鸡群体在三个世代的保种过程中遗传多样性没有发生明显变化,群体处于稳定的状态,现阶段采用的保种方法很好地保持了徐海鸡的遗传多样性。     

北京鸭群体遗传多样性及遗传资源分析

为研究北京鸭群体的遗传结构及遗传多样性,实验分别采集北京鸭F_0(120只)、F_1(100只)和F_2世代(100只)的血液样本,采用荧光标记毛细管电泳方法对北京鸭11个微卫星座位进行分析。结果表明:11个微卫星座位在北京鸭F_0、F_1和F_2世代的平均等位基因/有效等位基因数量分别为4.6/2.5、3.5/1.9和4.5/2.2个;平均多态信息含量分别为0.441 3、0.303 8和0.415 0;平均期望杂合度分别为0.487 7、0.363 3和0.454 2;北京鸭3个世代间的遗传变异指标差异不显著。近交系数及基因流分析结果表明,北京鸭群体3个世代近交系数较低,群体内近交系数为0.086 9,微卫星位点的平均基因流为0.934 1。总体来看,北京鸭群体遗传分化程度低,保持了北京鸭群体遗传多样性。     

金定鸭小群保种效果的研究

以国家水禽种质资源基因库保存的金定鸭为素材,用10个微卫星标记对金定鸭3个世代小群保种群进行遗传检测,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果。结果表明:10个微卫星标记在金定鸭3个世代保种群中共检测到56个等位基因,其中53个为3个世代保种群所共有,各座位平均等位基因数在5个以上;3个世代的平均杂合度在0.7315~0.7433之间,平均多态信息含量在0.6901~0.7049之间,反映了金定鸭群体遗传多样性丰富,2个指标随世代增加呈现下降趋势,但是无显著差异。结果表明金定鸭采用小群保种方法是可行的。     

中国地方肉用鹅种种群的遗传变异

对我国18个地方肉用鹅品种资源的遗传多样性进行了31微卫星标记的研究。结果表明:总共检测到188个等位基因,其中等位基因数最多的位点为TTUCG5(12个);最少的位点为CKW19(2个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。18个品种中,平均杂合度最高的为乌棕鹅(0.6727),杂合度最低的为雁鹅(0.5010)。反映了各鹅种的遗传多样性水平都较丰富。通过计算DS遗传距离发现18个品种的遗传距离较远,分化时间较长。UPGMA聚类结果将18个地方肉用鹅品种聚为6类,聚类结果与各品种的生态地域分布和经济类型有一定的关系,尤其与生态地域的关系较为密切。该聚类结果对了解和获取各个品种内和品种间的遗传信息和遗传关系具有更准确更普遍性的依据。     

Paternity determination of captive bottlenose dolphins (Tursiops truncatus) using microsatellite DNA analysis

We applied previously published PCR primer pairs to amplify alleles at three polymorphic microsatellite loci to determine the genetic relationship of 6 bottlenose dolphins (Tursiops truncatus) that were living together in a Japanese aquarium. The three microsatellite loci were sufficient to determine the haplotype relationships of the six dolphins, which represented three different generations. It was confirmed that this genotyping method is simple and economical for assessing, establishing and maintaining genetic diversity in captive populations and will become a very effective technique for ex situ conservation in aquariums and zoos.     

The Genetic Polymorphism Analysis in Tree Shrew(T.belangeri chinensis) based on Fluorescent Microsatellite

A total of 10 fluorescent labeling microsatellite markers detected by capillary electrophoresis were selected to analyze the genetic diversity of tree shrew(T.belangeri chinensis).Microsatellite Toolkit and PopGene softwares were used to calculate the genetic correlation indexes to assess the genetic diversity of the population.64 alleles with 6.4 alleles per locus were identified among 10 microsatellite loci.The average effective number of alleles, observed heterozygosity, expected heterozygosity and polymorphic information content were 3.7892, 0.6156, 0.6963, and 0.6367, respectively.Seven of all loci were high polymorphic, and three were moderate polymorphic.Five loci extremely significantly deviated from Hardy-Weinberg equilibrium(P<0.01).These novel polymorphic microsatellite markers indicated high genetic diversity, which will be used to evaluate genetic diversity in tree shrew.     

东方白鹳微卫星遗传标记的筛选及其在种群遗传分析中的应用

东方白鹳(Ciconia boyciana)是分布于东亚的大型濒危涉禽,亟待深入开展其种群的保护遗传学研究.本研究采用微卫星标记技术筛选东方白鹤的微卫星位点,并进行种群的遗传多样性分析.所用的36对微卫星引物7对来自白鹳(Ciconia ciconia),12对来自朱鹮(Nipponia nippon),17对来自大蓝...     

荧光标记微卫星分析广西树鼩群体的遗传多态性

选取10个微卫星位点,结合荧光标记(FAM) PCR扩增技术,运用毛细管电泳检测扩增产物,利用Microsatellite Toolkit、PopGene软件计算遗传相关指标,探讨广西树鼩群体的遗传多态性。结果发现,在10个微卫星基因座中,共检测到64个等位基因,平均等位基因数为6.4个,平均有效等位基因数为3.7892,平均观察杂合度和平均期望杂合度为0.6156和0.6963,平均多态信息含量为0.6367,其中7个是高度多态位点,3个属中度多态位点。此外,在10个微卫星基因座中,有5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。结果表明广西树鼩遗传多态性较丰富,所选微卫星位点基本可用于评估广西树鼩群体遗传多样性。     

太湖鹅群体遗传多样性研究

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记,检测了太湖鹅群体的遗传多样性,结果表明,28个微卫星位点均表现出多态性,总共检测到87个等位基因,平均等位基因数为3.1071个;群体多态信息含量为0.4450,杂合度为0.5206。瓶颈效应分析结果表明该群体已偏离了突变-漂移平衡,近期可能经历了瓶颈效应,种群数量曾经下降。根据遗传多样性检测数据,提出保护与开发建议。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种（西门塔尔牛、利木赞牛）和山东地方黄牛（鲁西黄牛、利鲁牛）在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标（等位基因数、多态信息含量和杂合度）及群体间的遗传关系（F-统计量和基因流）。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。