德州驴与泌阳驴睾丸组织mRNA与microRNA表达鉴定与分析

试验旨在探究驴睾丸组织中mRNA和microRNA的表达模式,为中国地方驴的转录组研究提供遗传数据。利用RNA-Seq和生物信息学方法分析了中国地方驴睾丸组织表达基因和microRNA,并分析了泌阳驴和德州驴品种间差异表达基因及microRNA。结果表明,mRNA平均clean reads为57 837 506条,Small RNA平均clean reads为9 952 015条,分别占原始数据的96.34%和88.86%。在驴睾丸组织中共发现24 751个表达基因及1 074个表达microRNAs,其中,睾丸组织表达量较高的基因为LOC106836782、XLOC_066401、HSP90AA1、TNP1和COF2,表达量最高的microRNAs为eca-miR-143、eca-miR-21、eca-miR-99a、eca-miR-148a和eca-miR-26a。对泌阳驴与德州驴睾丸组织进行差异表达分析共发现102个差异表达基因及2个差异表达microRNAs,但未富集到功能条目,说明泌阳驴和德州驴品种间差异不明显。本研究提供了驴睾丸组织mRNA及microRNA表达模式和转录组学数据,并鉴定了泌阳驴与德州驴睾丸组织的差异表达mRNA和microRNA,对驴的遗传资源研究具有一定的科学意义。     

德州驴遗传资源及保护策略

德州驴是我国大型、役肉兼用型地方品种之一，具有良好特征和稳定的遗传性能。近年来受各种因素的影响，德州驴的存栏量急剧下降，做好德州驴的保种与选育具有非常重要的意义。本文介绍了德州驴的基本特征、遗传多样性和保种情况，并在此基础上提出了加强该品种遗传资源保护的发展战略和研究工作重点，以期为我国德州驴遗传资源的保护提供借鉴和参考。     

六个家驴品种mtDNA D—Loop部分序列的遗传多样性分析

对中国的6个家驴品种(关中驴、德州驴、庆阳驴、泌阳驴、广灵驴、晋南驴)利用PCR-SSCP技术分析了其mtDNA D-Loop部分序列的遗传多样性。87个个体共检测到19个单倍型,单倍型比例为21.8%。单倍型多样度以关中驴、晋南驴较高,分别为0.834和0.904;其次为泌阳驴和广灵驴,分别为0.629、0.529;德州驴和庆阳驴较低,分别为0.467、0.599。文章从分子水平上揭示了家驴的遗传多样性,为我国家驴品种资源的评价和利用提供了一些依据。     

乌头驴与三粉驴骨骼肌中miRNAs的表达鉴定与分析

试验旨在分析microRNAs （miRNAs）在德州驴骨骼肌中的表达情况,探讨小RNA （small RNA）在驴骨骼肌发育中的调控机制。采集德州驴2个品系（乌头驴和三粉驴）的背最长肌组织,构建乌头驴背最长肌（WB）和三粉驴背最长肌（SB）的small RNA测序文库并进行测序,运用生物信息学技术对WB和SB之间差异表达的miRNAs进行分析,预测和解析可能影响驴产肉性状的miRNAs,从中挑选了6个表达量较高的miRNAs,利用实时荧光定量PCR技术来验证测序结果的准确性。结果表明,在WB和SB文库中分别鉴定出保守miRNAs有982和1 149个,新miRNAs有106和143个。在WB与SB比较组中基于条件|log₂（fold_change）|≥2、P≤0.05获得17个差异表达的miRNAs,其中表达量上调的有5个,下调的有12个。通过GO注释,发现差异表达的miRNAs显著富集于调控细胞迁移分化、细胞分裂和骨骼肌细胞收缩等生物学过程（P<0.05）,并且挖掘到与驴骨骼肌发育相关的bta-miR-378d_L+1R-1_1ss22CA、bta-miR-378d_R-2,其靶向NPY1R、GPR152、BEST1、KCNH8、SPAG9等多个基因。KEGG富集结果表明,miRNAs富集于Wnt、MAPK、泛素蛋白水解系统等与骨骼肌发育相关的信号通路中,其中在Wnt信号通路中共涉及到17个差异表达miRNAs的207个靶基因,尤其以PC-5p-84483_31、hsa-miR-186-3p_R-3和cfa-miR-329b_1ss19CT的靶基因最多。实时荧光定量PCR结果与miRNAs测序结果一致,并发现除eca-miR-181b外,其他5个miRNAs在SB中的表达水平均高于WB。本研究首次对驴骨骼肌miRNAs进行转录组学分析,揭示了乌头驴和三粉驴miRNAs的表达差异,研究结果为阐明德州驴骨骼肌生长发育的分子调控机制提供参考。     

以血清蛋白多态性分析六个驴品种的遗传结构和种间相互关系

采用垂直板聚丙烯凝胶电泳法,对我国6个著名驴品种广灵驴、关中驴、佳米驴、泌阳驴、庆阳驴、德州驴的血清转铁蛋白(Tf)、血清前白蛋白Ⅰ(Pa1)、血清后白蛋白Ⅰ(Po1)、血清后白蛋白Ⅱ(Po2)、血清淀粉酶(Am)、血清铜蓝蛋白(Cp)和血清白蛋白(Alb)的多态性进行了研究。从生化遗传多态性角度,对这些地方驴品种进行群体遗传分析,探讨它们间的遗传距离和品种的遗传相似性,以及对驴的起源、遗传分化等问题提供基础资料,可望为下一步驴遗传图谱的构建和进行标记辅助选择提供相关的基础。结果表明,6个品种中的7个酶座位中,血清后白蛋白I(Po1)、血清后白蛋白Ⅱ(Po2)、和血清白蛋白(Alb)、血清转铁蛋白(Tf)、血清淀粉酶,5个血清蛋白表现出丰富的多态性。根据F-统计量和Nm结果表明,泌阳驴与关中驴之间的Fst最大,Nm最小,两者间的遗传分化最大,基因流最小。相对另外4个品种,泌阳驴与关中驴之间还可进行一定的品种间的杂交组合。佳米驴与庆阳驴之间的遗传分化最小,Nm最大,基因流最大,两者相似性最高。而德州驴与广灵驴和佳米驴之间的遗传分化较小,基因流较大。德州驴同广灵驴和佳米驴间的相似性比较多,在进行杂交组合时,其效果受到一定的影响。     

肉驴饲养管理技术探讨

1我国肉驴品种及利用现状1.1我国的主要驴品种我国的驴按体型大小分为大型驴、中型驴和小型驴。大型驴主要分布在陕西、山西、河北、山东的平原地区,品种有关中驴、德州驴、晋南驴和广灵驴等。中型驴主要分布在陕西、甘肃、山西及河北省的高原和河南中部平原,如佳米驴、泌阳驴、庆阳驴、淮阳驴等。小型驴主要分布在我国西北、长城以北和东北平原以及荒漠半荒漠的草地、宽广的农区平原地区,主要有新疆驴、西南驴、华北驴等。1.2我国肉驴的利用现状及选育的必要性我国的驴品种除关中驴、德州驴、晋南驴、广灵驴和泌阳驴等少数地方品种经过了系…     

提高德州驴繁殖率的关键技术

<正>德州驴是我国优良地方品种之一,也是我国的四大驴种之一,具有良好的特征特性和稳定的遗传性能。近年来,受各种因素的影响,德州驴的存养数量急剧下降。提高德州驴的繁殖能力,对增加德州驴种群数量具有非常重要的意义。笔者从事德州驴繁育工作多年,现将提高德州驴繁殖能力的有关技术介绍如下:1繁育个体的选择繁殖力受遗传因素的影响很大,不同个体的繁殖性能亦有差异,尤其是公驴对后代     

浅谈泌阳驴保种与开发

1 泌阳驴的特征特性1.1 泌阳驴的主要特征泌阳驴是我国四大优良驴种之一，它体大俊秀，结构紧凑，被毛细密，色黑似锦缎，嘴头周围、眼圈及下腹为粉白色，俗称“三白驴”；头大小适中，面平直，眼大口方；背腰平、直、宽，肌肉丰满，呈双肌背。1.2 泌阳驴的特性泌阳驴性情活泼，役用性能好，屠宰率为48％，净肉率34％。泌阳驴抗病和适应能力强，遗传性能稳定，繁殖力强，繁殖率为65％～70％，1.5岁性成熟，2.5～3岁配种，繁殖年龄可达15～18岁，终生可产驹14～15头。2 泌阳驴的发展状况2.1 泌阳驴的生产状况十一届三中全会以后，农业生产条…     

山东省驴产业发展现状

<正>1中国及山东省驴产业发展现状1.1中国具有丰富的驴品种资源中国驴的数量长期位居世界前列。据《马驴驼品种志》记载,我国有24个驴品种。按体型大小可以分为大型驴品种( 130 cm,德州驴、关中驴、广灵驴)、中型驴品种(110～130 cm,庆阳驴、佳米驴、泌阳驴)、小型驴品种(110 cm,新疆驴、凉州驴)。     

驴的产肉、理化指标及加工特性比较研究

旨在研究不同品种驴的屠宰性能、肉品理化指标和加工特性。本试验选取7月龄的关中驴、德州驴、广灵驴、庆阳驴、沁阳驴、疆岳驴、云南驴7个品种的母驴各6头,分别测定屠宰性能,背最长肌和臀肉中水分含量、蛋白含量、脂肪含量、剪切力以及熟肉率等指标。结果表明,7月龄阶段,德州驴宰前活重、胴体重、净肉重显著高于其他驴种(P0.05),净肉率显著高于关中驴、庆阳驴和云南驴(P0.05)。疆岳驴屠宰率显著高于关中驴、庆阳驴、泌阳驴和云南驴(P0.05)。广灵驴和关中驴两部位肉的脂肪含量达到了2%以上,其中背最长肌脂肪含量显著高于泌阳驴和云南驴(P0.05),臀肉脂肪含量显著高于其他驴种(P0.05)。广灵驴、关中驴和德州驴背最长肌的剪切力值显著低于泌阳驴和云南驴(P0.05)。德州驴两部位肉的熟肉率最高,其中背最长肌熟肉率显著高于广灵驴、关中驴和庆阳驴(P0.05),臀肉熟肉率显著高于广灵驴、关中驴、泌阳驴、庆阳驴和疆岳驴(P0.05)。综上表明,德州驴为具有良好肉用潜能的大型驴种。疆岳驴、广灵驴和泌阳驴也同样具有肉用开发潜能。广灵驴和关中驴储脂能力相对较好,具有成为高档原料肉的潜能。     

基于转录组学和代谢组学研究调控驴背最长肌嫩度的分子机制

旨在基于转录组与代谢组联合分析,探究驴肉嫩度的分子调控机制.本研究以30头生长环境和饲养条件相同、33～36月龄的雌性广灵驴为研究对象,进行剪切力和肌内脂肪含量的测定.依据剪切力和肌内脂肪含量选择出8头驴并将其分为高嫩度组(HT,n=4)与低嫩度组(LT,n=4),通过转录组和代谢组分析筛选差异表达基因和差异代谢物,之...     

利用微卫星标记鉴定德州驴亲子关系

试验旨在建立一套适用于德州驴亲子关系的鉴定体系。选取13个微卫星基因座作为标记,采集了53头德州驴血液样本,其中子代驴驹16头,候选父本13头,候选母本24头,用酚-仿法抽提血液基因组进行PCR扩增和基因扫描,并利用Peak Scanner Software v1.0软件读取基因型分型结果。对微卫星基因座的遗传多样性进行分析,利用似然法（Cervus 3.0软件）和排除法对个体间的亲子关系进行了鉴定。结果显示,13个微卫星基因座的平均等位基因数、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均多态信息含量（PIC）分别为6.846、0.689、0.671和0.625。期望杂合度与观测杂合度之差在0.002~0.088之间,差值较小。13个微卫星基因座的累计排除概率（EP）达到0.990以上。微卫星基因座具有高度多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体鉴定。利用Cervus 3.0软件基于似然法分析得到了16头子代驴驹的最似亲本,结合排除法对这16头驴驹及其最似亲本进行基因型比对,最终在53头德州驴中确定了11个亲子对。本试验建立了以13个微卫星位点作为核心标记,将似然法和排除法相结合作为主要分析方法的德州驴亲子关系鉴定体系,为育种工作提供参考资料。     

藏鸡不同发育阶段腿部肌肉组织转录组及microRNA联合分析

旨在从转录组和miRNA角度探讨藏鸡肌肉发育的调控机制,了解藏鸡肌肉发育的特殊性。本研究对120和150日龄藏鸡的肌肉组织进行转录组和small RNA测序,筛选出两个日龄阶段差异表达的基因和miRNA,并利用qRT-PCR技术对测序结果进行验证。结果,共筛选出1 691个差异表达基因,其中上调基因330个,下调基因1 361个。差异表达miRNA共有22个,其中9个上调,13个下调。随机选择的5个基因和miRNAs的qPCR验证结果表明表达趋势与测序结果一致。GO富集分析显示,在富集前10的条目中,与免疫相关的条目占较大比例。KEGG分析结果显示,在19个显著富集通路中,与免疫相关的通路占较大比例,且83个miRNA的靶基因出现在显著富集通路上。转录组和small RNA测序数据联合分析表明,343个miRNA-mRNA对为负相关调控模式。本研究从多组学层面为进一步理解藏鸡的肌肉发育提供了理论基础。     

围产期奶山羊注射5-HTP后血液ceRNA网络构建分析

处于围产期的奶山羊由于血液中钙离子迅速降低极易引发低血钙症,5-羟色胺(5-hydorxytyrptamine,5-HT)可以调节生物体内钙代谢,但具体调节机制尚不明确.该研究通过注射5-羟色氨酸(5-HTP,5-hydroxytryptophan)来增加围产期奶山羊体内的5-HT浓度,采集血液提取RNA后,采用全转录...     

驴肌内脂肪沉积关键调控因子研究

旨在基于转录组(RNA-Seq)和代谢组(UPLC-MS/MS)关联分析,筛选驴肌内脂肪沉积的关键调控因子.本研究选用饲养条件相同、平均体重为236.10 kg的雌性广灵驴30头,对其背最长肌进行肌内脂肪(IMF)含量的测定,选择年龄一致的驴,并根据其IMF含量的高低分为两组:低肌内脂肪组(L组,每组3头)与高肌内脂肪...     

德州驴生产性能的初步研究

德州驴是优秀的皮肉兼用驴,包括“三粉驴”和“乌头驴”两个品系,但是关于德州驴的研究较少.为了向驴产业提供可靠的德州驴生产性能数据,该研究以40头三粉驴和9头乌头驴为研究对象,系统研究了德州驴的体尺性状、屠宰性能、脏器系数及胸腰椎数等性状特点.结果 表明,三粉驴的屠宰率为54.02％,净肉率为42.43％,净皮率为8.1...     

基于Label-free技术比较马和驴血清蛋白质组分差异

旨在探究马和驴血清蛋白质生物学特征,为马属动物种间生理特征比较和健康保障提供理论依据。本研究选取辽宁省大连市某集约化养殖场的9匹蒙古马和9头辽西驴,雌性,年龄4~10岁,均处于正常发情周期的间情期,健康无病、精神状态及采食状况良好,分别提供相同的饲养条件。采集马和驴各9份血清样品分别随机分成3组,每组内的3份血清样品均匀混合成1个生物学重复,各获得3个生物学重复的血清样品。利用Label-free蛋白质组学技术及生物信息学方法对马和驴的血清蛋白质组分进行比较研究,提取血清蛋白质,再对蛋白质进行酶解,液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）进行蛋白质组分分析,数据库检索分析马和驴血清样品中蛋白质表达情况,并应用生物信息学方法筛选马和驴血清差异关键调控蛋白质。结果显示,本研究共鉴定出361种蛋白质,其中,马血清中表达288种蛋白质,分子量范围为1.52~511.24 ku;驴血清中表达244种蛋白质,分子量范围为1.53~611.47 ku;共获得231种显著差异表达蛋白质（差异倍数≥1.5,P≤0.05）。差异表达蛋白质主要参与蛋白质激活、补体激活、免疫应答、凝血和脂蛋白氧化调控等生物学过程。显著富集的KEGG通路为补体和凝血级联,吞噬体,内质网蛋白质加工,抗原加工递呈,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸的代谢,癌症蛋白多糖等。通过差异蛋白互作分析显示,差异表达蛋白质紧密相连富集最为显著的功能模块主要为代谢途径、补体和凝血级联、吞噬体,HSP90AA1、HSPA8、APOD、APOM、SERPING1、MASP1、CALR、TUBA1B、TUBB等处在关系互作网的重要节点。马和驴在生理条件下的血清蛋白质组成特征存在一定差异,该研究为进一步揭示马属动物种间生理特征差异和有效保障健康提供数据支撑。     

中国家驴生长激素基因内含子2的遗传多样性分析

为了从分子水平揭示家驴的遗传多样性,本研究以中国7个家驴品种(临县驴、关中驴、新疆驴、广灵驴、淮北驴、德州驴、晋南驴)174个个体为试验动物,利用PCR-SSCP技术研究生长激素(GH)基因第2内含子的遗传多样性并进行序列分析.结果显示:第2内含子表现多态性,174个个体检测到3个单倍型,单倍型比例为1.7%.单倍型多样度以临县驴、淮北驴较高,分别为0.678和0.542.广灵驴与关中驴的单倍型多样度(Haplotype diversity,H)比较接近,分别为0.409和0.462.其次为德州驴和晋南驴,分别为0.355和0.304,新疆驴最低为0.077.对该片段的纯合型分别测序发现,B单倍型在第735位碱基G→C.A单倍型在869位碱基G→T.上述结果首次证实驴GH基因内含子2存在多态性.