基于SNP芯片的云上黑山羊遗传结构分析

为从分子水平对云上黑山羊遗传结构做出评价,本研究以云上黑山羊核心群母羊108只(来自7个育种核心场、10个群体)、育种素材云岭黑山羊和努比山羊各11和14只、对照组波尔山羊10只为试验动物,用Illumina公司Iselect Goat60k芯片技术在全基因组范围内进行单核苷酸多态性(SNP)分析,并运用GenAlEx 6.5、Cervus 3.0、SNPRelate、Plink 1.07、Mega 4.0进行遗传多样性参数统计计算、主成分分析和系统进化树构建。试验获得143个样本在48 116个SNPs位点上的分型结果,其中波尔山羊10个样本单独聚集,与云上黑山羊、努比山羊、云岭黑山羊存在较大的遗传距离,较小的遗传一致度和较小的基因流,在聚类进化树中显示为一个独立分支,这些结果与波尔山羊实际遗传背景完全一致,显示出它在本研究中的对照组作用,同时证明本研究方法可行、结果可靠;云上黑山羊108个样本具有高度一致性,在聚类系统树中这些样本聚为一个大簇,而努比山羊(14个)和云岭黑山羊(11个)的样本各自聚为一簇;UPGMA进化树显示,云上黑山羊与努比山羊关系较近,与云岭黑山羊关系稍远,这与云上黑山羊育种导血方案结果相一致。云上黑山羊新品种在基因组水平上可与其育种素材明显区分,在基因组层面已具备独立品种特点。     

云南肉山羊黑色品系遗传结构的微卫星分析

应用微卫星技术对云南肉山羊黑色品系两个群体(石林群体和寻甸群体)、两个育种素材(云岭黑山羊和努比山羊)及对照群(萨能奶山羊)基因组DNA进行了11个微卫星位点多态性分析,以期为云南肉山羊黑色品系的选育提高及开发利用提供依据.结果表明:各群体平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)均在0.5以上,表明5个研究群体遗传多样性丰富,其中云南肉山羊黑色品系石林群体He和PIC值在5个群体中居最高,表明这个群体遗传多样性最为丰富;遗传分化的研究表明云南肉山羊黑色品系石林群体与寻甸群体之间存在着最大的基因流(Nm=18.981)、最高的遗传一致度(0.906)、最小的遗传分化系数(Fst=0.013)及最小的遗传距离(0.099),UPGMA聚类图也显示二者最后聚为一支,说明二者遗传结构基本一致,可归为同一类群体;UPGMA聚类图还显示云南肉山羊黑色品系两个群体(石林与寻甸)与育种素材努比山羊关系最近,与另一育种素材云岭黑山羊关系稍远,而与对照群萨能奶山羊的关系最远,分属于不同的两个分支.     

云南肉山羊黑色品系遗传结构的微卫星分析

应用微卫星技术对云南肉山羊黑色品系2个群体(石林群体和寻甸群体)、2个育种素材(云岭黑山羊和努比山羊)及对照群(萨能奶山羊)基因组DNA进行11个微卫星位点多态性分析,以期为云南肉山羊黑色品系的选育提高及开发利用提供依据。结果表明:各群体平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)均在0.5以上,表明5个研究群体遗传多样性丰富,其中云南肉山羊黑色品系石林群体He和PIC值在5个群体中最高;遗传分化的研究表明云南肉山羊黑色品系石林群体与寻甸群体之间存在着最大的基因流(Nm=18.981)、最高的遗传一致度(0.906)、最小的遗传分化系数(Fst=0.013)及最小的遗传距离(0.099);UPGMA聚类图也显示二者最后聚为一支,说明二者遗传结构基本一致,可归为同一类群体;UPGMA聚类图还显示云南肉山羊黑色品系2个群体(石林与寻甸)与育种素材努比山羊关系最近,与另一育种素材云岭黑山羊关系稍远,而与对照群萨能奶山羊的关系最远,分属于不同的2个分支。     

“云上黑山羊”新品种通过国家审定

<正>2019年4月28日,中华人民共和国农业农村部第168号公告云南省畜牧兽医科学院主持培育的"云上黑山羊"新品种顺利通过国家畜禽遗传资源委员会审定,新品种证书号为"农03新品种证字第18号"。"云上黑山羊"是由云南省畜牧兽医科学院联合云南省种羊繁育推广中心和相关养殖企业,以努比山羊为父本、云岭黑山羊为母本,经22年5个世代系统选育而成的一个肉用山羊新品种。云上黑山羊是云南省自主培育的第二个国家审定的羊新品种,是中国第一个肉用黑山羊新品种、第三个肉用山羊新     

波尔山羊与云岭黑山羊杂交改良效果初探

引入波尔山羊与云岭黑山羊杂交，换一代体尺增加，体格增大，适应能力强，生长发育快。波云F1与云岭黑山羊比较：平均初生重2.91kg，提高36.62％，82日龄断奶重17.00kg，提高37.76%；成活率97.06%，提高13.73个百分点.     

波尔山羊与云岭黑山羊不同类群的杂交效果

通过云岭黑山羊不同类群纯种繁育和波尔山羊与云岭黑山羊不同类群的杂交,结果表明:波尔山羊公羊与文山黑山羊、师宗黑山羊和楚雄黑山羊母羊杂交,其母羊产羔率、双羔率和成活率均有较大幅度提高,文山黑山羊母羊分别提高11.0、7.5和4.14个百分点;师宗黑山羊母羊分别提高29.0、7.7和4.2个百分点;楚雄黑山羊母羊分别提高6.4、4.4和7.9个百分点.波×师F1、波×文F1和波×楚F1初生重比相应的纯繁群公羔分别提高25.0%、12.5%和14.3%,母羔分别提高15.8%、15.0%和15.79%(P<0.05);9月龄体重公羊分别提高19.69%、35.26%和28.94%,母羊分别提高25.00%、54.10%和31.67%(P<0.05).体尺也呈同样的趋势,表明波尔山羊×云岭黑山羊可获得较好的杂交效果.     

贵州地方山羊品种遗传背景的微卫星分析

用15个牛微卫星位点,以波尔山羊为对照,研究了4个贵州地方山羊品种(贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊、榕江小香羊)的遗传背景。结果:可分析的多态位点6个(BM1258、D1S104、ILSTS030、INRA063、INRABERN192、RM088),占40%(6/15),反应了牛微卫星位点与山羊有较高同源性;贵州地方山羊品种比波尔山羊具有较高的遗传多样性,高低顺序是贵州白山羊>贵州黑山羊>黔北麻羊>榕江小香羊>波尔山羊;群体遗传分化大,群体变异主要存在于品种内,而品种间的变异较小;贵州白山羊与贵州黑山羊遗传距离最近,其次是榕江小香羊、黔北麻羊,与波尔山羊遗传距离最远,这与它们的地理分布及品种形成相符。     

努比山羊与云岭黑山羊杂交改良试验报告

为了进一步开发云岭黑山羊的肉用性能,提高其饲养综合效益,笔者于2014-2015年在昭通市昭阳区开展了努比山羊与云岭黑山羊的杂交试验。对杂交一代羊及同龄云岭黑山羊进行了生长发育测定,结果表明:1在相同的饲养管理条件下,杂一代公羊、母羊各年龄段体重均高于云岭黑山羊,且周岁时达到极显著水平(P0.01);2杂交可极显著提高云岭黑山羊的产羔率(P0.01),杂一代羊产羔率达153.04%。     

山羊饲养实用技术

养殖山羊是山区人民主要的经济来源之一,如何利用当地的自然资源,使其山羊产品领先一步,占领市场,这是当前急需解决的技术瓶颈。本文针对当前山羊饲养存在的主要问题,阐述科学饲养管理实用技术供参考。1选择优良山羊品种,开展优势杂交二元杂交模式:以云岭黑山羊为母本,努比亚山羊为父本开展二元杂交,其奴云杂一代母羊1岁体重27·18 kg,比同龄云岭黑山母羊22·60 kg提高20·27%。或者以云岭黑山羊为母本,波尔山羊为父本开展二元杂交,其波云杂一代6月龄体重24·19 kg,比同龄云岭黑山羊21·10 kg提高14·64%。11月龄体重36·06 kg,比同龄云岭黑…     

6月龄努比山羊产肉性能及肉品质的研究

努比山羊(Nubian)引入我国最早是在1939年,1984年、1985年先后从英国引进努比山羊88只[1],同时开展努比山羊与本地山羊杂交改良研究,杂交后代毛色出现黄色、褐色、杂色花斑、黑色、红色等个体性状.1996年云南开始引进英系努比黑色山羊与云岭黑山羊杂交.2002年开展组建努比黑色理想型群体,采取多系祖建系的方法进行闭锁繁育,进行努比山羊黑色新品系选育.     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

四川5个山(绵)羊品种随机扩增多态DNA分析

本研究参阅文献挑选 80个随机引物 ,从中筛选出 3 0个重复性好的引物 ,对四川黑山羊、南江黄羊、北川白山羊、成都麻羊 4个山羊品种和藏绵羊进行RAPD分析 ,并进一步对 1 3只南江黄羊个体 ,1 8只黑山羊个体的基因组DNA进行PCR扩增。用Nei氏公式计算品种间的遗传距离 ,用UPGMA法构建树状聚类图。结果表明 :黑山羊与南江黄羊的遗传距离最小 ,亲缘关系较近 ;藏绵羊与各品种间的遗传距离都很大 ,亲缘关系远 ;RAPD技术可作为一种有效的分子标记用于山羊品种之间遗传亲缘关系的分析     

山羊ZBP1基因多态性及与产羔性能的关联分析

【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...     

基于简化基因组测序的黄色波尔山羊公羊亲缘关系及近交系数分析

为提高云南黄山羊新品种培育的育种效率和遗传进展，准确度量育种素材波尔山羊黄色群体的近交程度及亲缘关系是一个有效途径。本研究采用简化基因组测序（GBS）技术对来自云南省种羊推广中心的37只黄色波尔山羊公羊进行测序，通过质控获取高质量高密度SNP变异信息，并使用Gmatrix v2、Plink v1.90、MegaX v10.0等软件进行主成分分析（PCA）、状态同源距离计算（identity by state，IBS）、基因型亲缘关系G矩阵构建、亲缘系数计算、NJ聚类分析和基因组近交系数计算。结果显示，在37只黄色公羊中检测出位于29条常染色体上的高质量SNPs位点88 393个，共检测出长纯合片段（ROH）1 537条，大小在1 000.582~18 400.12 kb之间，平均每条ROH长2 576.34 kb，平均含有93.15个SNPs；37只黄色公羊被分为11个家系，其中3个家系仅各有1只黄色公羊，家系A与K亲缘关系最远；基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.043，其中3只黄色公羊的基因组近交系数>0.125，存在较多的近交积累。本研究结果为波尔山羊黄色群体在云南黄山羊新品种培育中的合理利用提供了科学依据，也为评估山羊个体近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供了有力的技术手段。     

攀西黑山羊群体的AFLP遗传多样性研究

 研究采用随机片段长度多态性分析了攀西地区的5个黑山羊品种（类群）的遗传多样性。结果表明：15对引物共扩增出1003条多态条带,多态频率平均为99.01%,5个黑山羊群体的遗传多样性指数变异范围为0.0136~0.2131,其中建昌黑山羊平均遗传多样性指数最高（0.1346）,攀枝花黑山羊次之（0.1329）,乐至黑山羊最低（0.1101）。5个群体遗传距离范围为0.0062~0.0281,攀枝花黑山羊与建昌黑山羊之间的遗传距离最小（DR=0.0062）,云岭黑山羊与攀枝花黑山羊之间的遗传距离次之（DR=0.0128）,乐至黑山羊与金堂黑山羊间遗传距离最大（DR=0.0281）,金堂黑山羊与其它4个类群遗传距离较大（DR=0.0173-0.0281）,说明攀枝花黑山羊与建昌黑山羊的亲缘关系最近,与云岭黑山羊的亲缘关系较近,乐至黑山羊与金堂黑山羊的亲缘关系最远,金堂黑山羊与其它4个类群遗传距离均比较远。聚类结果与群体地理分布、生态条件差异情况基本一致。     

Prevalence of gastrointestinal nematode infections in goat flocks on semi-arid rangelands of northeastern Mexico

The objective of this study was to determine the prevalence of gastrointestinal nematode (GIN) infection in goat flocks on semi-arid rangelands of northeastern Mexico (25° N, 350–400 mm annual precipitation). The study included 668 pluriparous goats from 18 herds in five municipalities of Coahuila and Nuevo Leon, Mexico. Five genetic groups were considered (predominance of Boer, Nubian, Alpine, Saanen, and Toggenburg). Fecal samples were taken from the rectum of each animal to determine the number of eggs per gram (EPG) of GIN. The prevalence of flocks with GIN infections was 88.9%. Similar results were observed for the number of goats infected in the flocks. The Alpine breed presented the highest prevalence and highest EPG loads of GIN, whereas Boer and Nubian were the genetic groups with the lowest (P?<?0.05) EPG. There was a negative effect of GIN infection on the live weight of goats (P?<?0.05). The GIN genera found were Trichostrongylus spp. and Haemonchus spp. It was concluded that in the goat flocks of the semi-arid zones of Mexico was found a high prevalence of infections with gastrointestinal nematodes. The municipality and the breed of the animals were factors that showed influence on this prevalence and the level of infection of the goats.     

云岭黑山羊及波云F_1代的育肥性能研究

为比较云岭黑山羊和波云F1代肉羊的产肉性能和肉质特性,为今后云南省的羔羊肉生产提供科学依据,选90只3月龄断奶的波尔山羊×师宗黑山羊（波×师）、波尔山羊×文山黑山羊（波×文）、波尔山羊×楚雄黑山羊（波×楚）F1代的去势公羔和师宗黑山羊、文山黑山羊、楚雄黑山羊的去势公羔进行育肥,育肥期为180 d;抽取6只羊进行屠宰测定与肉质分析。结果表明：在＂放牧＋补饲＂条件下,波云F1代的平均日增重（ADG）明显好于相应本地羊,差异极显著（P〈0.01）。在三个杂交组合中,波×师组的ADG比波×文组和波×楚组高,差异显著（P〈0.05）;在三个纯繁群间的ADG差异不显著（P〉0.05）,说明波×师组合生产速度更快,具有较好的遗传特性,应该作为重点培育的杂交组合类型;在全放牧条件下,波云F1代的ADG与相应纯繁后代比较,差异不显著（P〉0.05）;在＂放牧＋补饲＂条件下,杂交组合的胴体重、净肉重显著高于相应的本地品种,差异显著（P〈0.05）;在全放牧条件下,杂交组合的胴体重、净肉重也高于对应的本地品种,差异不显著（P〉0.05）。杂交组合与本地品种的肉质成份无太大差别。综合看来,＂放牧＋补饲＂方式下以波×师组合为生产肥羔的最佳组合。     

云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析

为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点（rs268286450、rs268286391和rs268244272）,采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量（PIC）分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）,而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著（P<0.01）,与CC基因型差异不显著（P>0.05）,TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著（P>0.05）,TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著（P>0.05）,rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关（P<0.05）。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。     

5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究

利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。