核糖体rDNA ITS区在植物病害诊断中的应用

不同的植物病原菌其形态特征复杂．而且少数病原菌的形态特征和生理生化指标受环境等外界冈素影响而不稳定，因此，传统的植物病原菌分类鉴定方法常引起分类系统的混乱或意见分歧。近20年来，现代分子生物学技术在植物病原菌的研究上取得了突破性进展，一些分类地位不明确、亲缘关系不清楚的物种通过该技术得到了验证．为不同病原菌的分类、鉴定和诊断提供了更丰富、更可靠的手段。其中，核糖体基因（rDNA）的内转录间隔区（ITS）在植物病原菌的诊断研究巾有着广泛的应用。     

木霉菌Tr10的鉴定及其对几种病原菌的抑制作用

[目的]鉴定木霉菌Tr10,并研究其对几种病原菌的抑制作用。[方法]在形态分类的基础上,结合分子鉴定手段（rDNA-ITS序列分析）,对木霉菌Tr10进行分类鉴定,并研究其对作物病原菌的拮抗作用。[结果]依据Tr10的培养性状和显微特征描述,初步鉴定该菌株为棘孢木霉。结合ITS序列分析可知,Tr10应该归为棘孢木霉。木霉菌Tr10对供试病原菌均有强烈的抑制作用。[结论]为今后在生产上应用木霉菌Tr10奠定基础。     

鄂北岗地山药病害病原菌鉴定

[目的]开展鄂北岗地山药病害病原菌的鉴定,探索引起病害的病原菌及其分类地位,为进一步研究其发生规律及制定切实有效的防治措施提供依据.[方法]采集鄂北岗地山药地上组织病害样本,利用植物病理学组织分离法和ITS-PCR技术,通过病原物培养形态、显微观察、ITS鉴定比对和致病性测定验证,进行山药病害病原菌的分离和鉴定.[结果...     

桂花病害的种类调查和病原鉴定

摘要：根据贵州省麻江县桂花的病害发生现状,通过林间调查法和组织分离法对病害进行调研,采用ITS保守序列测序和形态学鉴定的方法对致病的病原菌进行分类鉴定。结果表明,病原菌为木樨生叶点霉(Phyllosticta osmanthicola)和胶胞炭疽菌（Colletotrichum gloeosporioide）,其导致的真菌病害分别为桂花叶枯病和炭疽病。     

新疆北疆地区冬枣贮藏期病原菌分离及初步鉴定

为了明确新疆北疆地区采后冬枣贮藏期腐烂的主要病原菌及探寻延长其贮藏保鲜期的方法,以新疆北疆地区冬枣为供试材料,采用传统纯培养方法分离筛选病原菌,并进行初步鉴定。结果表明:分离得到新疆北疆地区采后冬枣贮藏期腐烂的主要病原菌3株,观察真菌形态并查询相关分类鉴定手册最终确定主要致病菌为青霉属、链格孢属和毛霉属。     

银杏叶点霉叶斑病病原菌鉴定

为明确银杏叶点霉引起的叶斑病病原菌的分类地位，对贵州采集的叶斑病病原菌进行了分离，并采用形态和分子结合的方法进行鉴定。结果表明：引起银杏叶点霉叶斑病的病原菌为 Phyllosticta captilensis 。     

进境百合种球中镰刀菌的分离鉴定

[目的]从日本进境百合种球中发现带有褐色、不规则病斑的种球,对其进行病原菌分离培养,以明确其病原种类及分类地位。[方法]通过菌落形态特征观察、ITS序列分析、致病性测定对该分离物进行鉴定。[结果]该分离物接种百合种苗引起枯萎反应,ITS序列和层出镰刀菌(Fusarium proliferatum)的序列相似性为100%,结合分离物的菌落特征和孢子特征将病原菌鉴定为层出镰刀菌。[结论]引起百合种球病斑的病原菌为层出镰刀菌。     

茄科作物青枯病原菌的脂肪酸鉴定

 【研究目的】采用脂肪酸鉴定技术对茄科作物青枯病原菌进行鉴定,以期为青枯病的预防与防治提供技术支持。【方法】采用选择性培养技术对茄子、番茄和辣椒病株进行青枯病原菌的分离和纯化,而后对青枯病原菌进行脂肪酸鉴定。【结果】经选择性培养分离得到的36株青枯病原菌中,有33株鉴定为典型的青枯雷尔氏菌（Ralstonia solanacearum）,占91.67%;茄子、番茄和辣椒上的青枯病原菌被鉴定为青枯雷尔氏菌的比例分别为100%、90%和89.47%。【结论】脂肪酸鉴定技术具有快速性、准确性,并可通过计算机的运用使分类达到数据化、自动化,可在茄科作物青枯病的检测中得到广泛的应用。     

新疆五家渠地区鱼类水霉病病原菌18S rDNA序列系统分类分析

在对新疆五家渠地区15株鱼类水霉病病原菌18S rDNA克隆测序的基础上,探讨相比传统分类方法,运用18S rDNA序列进行分子鉴定对水霉菌分类的可行性。结果显示,用MEGA 5.0软件构建邻接(NJ)树和最大似然(ML)树进行分类,15株病原菌中LF04、LF01、JX03、JX01为寄生水霉,HL04、JY07、HZ、JY10、LY04、JY15、HL01为镰刀菌,JX02为腐霉,JY06未鉴定出结果,与形态学分类结果差异巨大。     

番石榴黑斑病病原菌的分离鉴定

[目的]从送检番石榴样品上发现一种黑斑病,对病原真菌进行分离鉴定,以明确其分类地位及重要性。[方法]通过致病性测定、形态学观察和ITS序列分析对病菌进行了鉴定。[结果]形态学观察和ITS序列分析表明,病原菌为芒果球座菌（Guignardia mangiferae）。[结论]引起番石榴黑斑病的病原菌为芒果球座菌（G.mangiferae）。此前还未有G.mangiferae引起番石榴病害的报道。     

梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且（A＋T）含量高于（G＋C）含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。     

石龟嗜水气单孢菌的分离鉴定及药敏特性研究

从患病石龟上分离获得1株革兰氏阴性杆菌,菌体细长、无芽孢和荚膜,在山羊血琼脂平板上能形成明显的β-溶血圈。经小白鼠致病性试验、生理生化鉴定及16SrRNA序列分析,确定该分离株为致病性嗜水气单孢菌。经同源性及遗传进化分析发现,该菌株与嗜水气单孢菌B27、HSO2（Genbank登录号：FJ494900．1、FJ562211．1）同源性高达99．5％。而药敏试验表明,该分离株除了对赛福欣（复方恩诺沙星）、肠清（复方乳酸环丙沙星）2种药物高度敏感外,对大部分抗菌素均不敏感。     

绵羊体表脓包病原的分离·鉴定及药敏试验

[目的]对分离自湖北省大悟县的患病山羊体表脓包中的致病菌进行分析和鉴定,以确定脓包中细菌的分子分类学地位及药物敏感性。[方法]通过对分离株16SrRNA基因序列分析,结合细菌菌落形态和细菌生化特性分析进行细菌分离和鉴定,并对已鉴定的菌株进行药物敏感性试验,筛选出脓包细菌敏感性药物。[结果]从脓包分离的细菌分别为葡萄球菌属、大肠埃希氏杆菌属、不动杆菌属以及绿脓杆菌;药物敏感试验表明这些细菌对药物的敏感性不同,其中对头孢类、喹诺酮类、氨基糖苷类以及氯霉素等敏感。[结论]该研究可为该地区该病流行病学的研究与防治药物的研发提供参考。     

产玫瑰红色素粘质沙雷氏菌的分离鉴定及抑菌活性

旨在分离鉴定产玫瑰红色素菌株,及其分离菌株和色素对病原菌的生物拮抗作用。经形态观察、生理生化试验和16S rRNA序列分析对其进行鉴定,通过控制变量法确定最佳产色素的温度及光照条件,破裂菌体提取色素分析此菌株产色素的量和红色素的性质,采用滤纸片法研究对病原菌的拮抗作用。结果表明：（1）分离细菌Dse\|01菌株最终鉴定为粘质沙雷氏菌（Serratia marcescens）;（2）该菌在25～35 ℃条件下培养色素形成较早且颜色较深,30 ℃温度下产色素最佳,光照对其色素形成时间没有明显影响;（3）30 ℃ 150 r·min-1培养24 h,提取获得色素粗品确定为灵菌红素,产量达（567.90±7.77）mg·L-1;（4）分离菌株的全菌液、上清液、菌体和提取色素对病原性大肠杆菌、沙门氏菌均无拮抗作用,而全菌液、菌体和提取色素对金黄色葡萄球菌具有明显的抑制作用。     

生防菌株PF-1基于全基因组数据的分类鉴定及拮抗能力分析

基于全基因组数据,确定生防菌株PF-1的分类地位,验证其对植物病原菌的拮抗作用以及挖掘其潜在的生防功能。通过全基因组中16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析方法确定生防菌株PF-1的分类地位,通过平板对峙方法研究其对马铃薯枯萎病菌和棉花黄萎病菌的拮抗能力;利用antiSMASH软件分析和预测菌株PF-1的抗生素相关基因并挖掘其生防潜力。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析结果,PF-1被鉴定为防御假单胞菌(Pseudomonas protegens),同时发现PF-1基因组中存在15种次生代谢产物基因簇,具有良好的抑制病原菌生长和提高植物抗病性的能力,在农业中具有良好的应用前景。     

鲢鳙打印病豚鼠气单胞菌主要特性及系统发育学分析

对从鲢(Hypophthalmichthysmolitrix)鳙(Aristichthysnobilis)打印病病死鱼中分离到的豚鼠气单胞菌(Aeromonascaviae),进行了形态与理化特性等方面较系统的表观分类学指征鉴定。同时择代表菌株(HC960704-1)进行了16SrRNA基因的分子鉴定,测定了16SrRNA基因序列、分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树;HC960704-1的16SrRNA基因序列长度为1416bp(GenBank登录号:AY966888),与GenBank数据库中的气单胞菌16SrRNA基因序列的相似性在98%和100%。     

一株放线菌的分子鉴定与抗菌谱研究

[目的]对具有抗菌开发前景的放线菌Q13菌株进行分子鉴定和抗菌谱测定,为其进一步开发和利用提供理论依据。[方法]以Q13基因组为模板,分别利用大肠杆菌和链霉菌属16S rRNA基因特异引物,扩增其16S rRNA基因序列并测序,利用Blast、MEGA等软件进行序列与系统发育树分析,鉴定其分类地位;进一步利用平板对峙试验,测定Q13菌株对玉米小斑病菌等14种植物病原真菌、胡桃肉状菌等2种食用菌病原真菌和双孢蘑菇等10种食用菌的抑菌活性。[结果]获得3条16S rRNA基因序列,GenBank登录号分别为JN593095、JN593096和JN5930957;根据序列分析的结果,确定Q13菌株为Streptomyces flavotricini;Q13菌株对小麦赤霉病菌、稻瘟菌、油菜菌核和绿色木霉具有显著抗性,而对双孢蘑菇、蛹虫草、灰树花、香菇、姬菇和平菇等食用菌菌丝生长无抑制作用。[结论]为开发植物和食用菌病害生防菌提供了理论和试验支持。     

16S rRNA基因序列在动物消化道细菌鉴定中的应用研究

在概述细菌16SrRNA基因特点和动物消化道微生物生态系统的基础上,对16SrRNA基因序列在动物消化道微生物分离鉴定中的应用进行了综述,并展望了其研究方向。     

螃蟹脚可培养内生细菌多样性及其促生活性研究

【目的】揭示螃蟹脚可培养内生细菌的多样性及其产IAA、铁载体及解磷、解钾能力,筛选具促生活性菌株,为后续植物内生细菌资源的开发与利用提供一定的基础数据和理论依据。【方法】以寄生植物螃蟹脚为研究材料,采用4种分离方法和5种不同培养基分离其内生细菌,通过16S rRNA基因序列对内生细菌进行鉴定,并构建系统发育进化树确定内生细菌的分类地位;从分离获得的螃蟹脚内生细菌中筛选具有ACC脱氨酶活性菌株,并对含ACC脱氨酶内生菌株的产IAA、铁载体及解磷、解钾能力进行测定。【结果】从螃蟹脚中共分离纯化获得60株内生细菌,通过16SrRNA测序及比对分析,去重复后共获得52株螃蟹脚内生细菌,分属于15科22属,其中以悬浮法（Z法）和纤维素—脯氨酸培养基（4号）的分离效果最佳,分别获得16和17个菌属,且以短小杆菌属（Curtobacterium）为优势菌属,占23.08%。促生能力测定结果表明,12株具ACC脱氨酶活性的内生细菌中7株菌（占58.33%）具有产IAA能力,其中菌株SWFU34产IAA能力最强,为4.95mg/mL;10株菌（占83.33%）具有产铁载体能力;8株菌（占66.67%）具解磷和解钾能力,其中有4株菌株（占33.33%）同时具有产IAA、铁载体及解磷、解钾能力。【结论】螃蟹脚蕴藏着丰富的微生物资源及具促生活性的菌株,其中短小杆菌属为优势菌属,假单胞菌属菌株SWFU34的促生活性最突出,具有农业应用的潜力。     

滴水湖表层水体细菌多样性特点初步探究

上海市浦东新区滴水湖自建成后,围绕滴水湖水体质量的研究很多,但是滴水湖水体总体细菌多样性特点的研究尚未见报道。本研究结合16S rRNA基因变性梯度凝胶电泳、16S rRNA基因宏基因组学分析的方法来初步探究滴水湖表层水体细菌的多样性特点,以及滴水湖中粪便污染指示菌、致病菌、条件致病菌和水体富营养化典型菌等的存在性和分布情况。研究结果可以说明滴水湖表层水体在采样期内的细菌多样性:(1) 5个水体样品共获得428个OTU,属于17个细菌门,39个纲,81个目,130个科,191个属,282个种。(2)湖水中以放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes)为优势门,占总序列数的97%。(3)在宏基因组中没有检测到水体粪便污染指示菌等相关的序列,在属的水平没有发现沙门氏菌属(Salmonella)、链球菌属(Streptococcus)等致病菌或条件致病菌,只有极少量的序列属于志贺氏菌属(Shigella,0. 1%)。滴水湖表层水体中蓝藻主要为聚球藻属(Synechococcus),没有发现富营养化水体中容易出现的水华蓝藻的序列。可知滴水湖表层水体的细菌多样性特点与淡水湖泊典型细菌多样性特点类似,湖水中没有检出水体污染菌,目前也没有证据表明有蓝藻暴发导致水华的倾向。