鹅Myostatin基因编码区核苷酸多态性研究

利用鹅Myostatin基因3个外显子设计4对引物,分析扬州鹅、皖西白鹅和五龙鹅3个品种鹅的Myostatin基因编码区的单核苷酸多态性。结果表明:鹅该基因编码区高度保守,仅第3外显子的第263 bp处检测到由A→C的单碱基“沉默“突变,该突变位点仅检测到AA、AB 2种基因型,且杂合子频率极低(2.5%),皖西白鹅群体未能检测到AB型个体。对五龙鹅群体的初步分析发现,AB型个体具有较高的产肉性能,但因所检测到的杂合子个体数较少,故该位点各基因型与生产性能间的关系有待于进一步研究证实。     

3种猪孕酮受体基因(pgr)多态性分析

采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。     

山羊级进杂交后代GH基因第4和第5外显子的多态性与体重性状的相关分析

【目的】研究波尔山羊级进杂交后代GH基因第4、5外显子的遗传多态性及其与体重性状的相关性。【方法】采集波尔山羊及其与关中奶山羊级进杂交F1、F2和F3代羊的血样,利用PCR-SSCP技术分析其GH基因第4、5外显子的多态性,并用最小二乘法研究了第5外显子多态性与体重性状的关系。【结果】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性(有AA,AB,AC,AD 4种基因型);第5外显子发生了2处突变,AB基因型在237 bp位发生了C→T突变,AD基因型在第289 bp位发生了C→A突变,但突变均没有导致氨基酸的变化。波尔山羊及其F1代群体中AD型个体的初生重极显著高于AC型(P<0.01);在F2代群体中,AB型个体的初生重和1月龄体重显著高于AA型(P<0.05);不同基因型个体的3月龄体重均差异不显著(P>0.05)。【结论】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性。GH基因第5外显子可能对波尔山羊级进杂交后代体重性状有影响。     

松辽白鹅GH基因多态性及与屠宰性能的相关分析

参照鸭GH基因序列设计引物扩增松辽白鹅GH基因外显子2和内含子2的部分序列,并运用PCR-SSCP技术进行多态性分析.结果表明:此扩增片段存在多态性,得到AA、AB和BB等3种基因型.3个品种中等位基因A占绝对优势,且主要以AA型存在.在GH基因外显子2第2301处发生了单碱基的突变(C→T),内含子2第2479处发生了单碱基突变(T→C).方差分析结果表明:不同基因型的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腹脂重、头重以及屠宰率性状间有显著差异,其它大部分生长和屠体性状不显著.     

绵羊MC1R和Agouti基因多态性与毛色性状的关联分析

[目的]MC1R和Agouti基因作为动物毛色主要候选基因,在调控黑色素的合成、参与毛色形成过程中起关键作用。研究绵羊MC1R和Agouti基因单核苷酸多态性,旨在探究MC1R和Agouti基因单核苷酸多态性与绵羊毛色的关系。[方法]随机采集特定杂交模式群体中黑色和白色绵羊的颈静脉血样各30份,提取DNA,并用PCR技术扩增MC1R和Agouti基因cDNA序列,测序获得目的片段碱基序列,比对后筛选分析MC1R和Agouti基因编码区SNPs位点,用SHEsis在线软件对单碱基突变位点连锁不平衡和单倍型分析。[结果]结果表明,受试群体中检测到的MC1R基因中有5个碱基突变位点,其中3个同义突变,2个错义突变;Agouti基因中检测到外显子4上有2个碱基突变位点,其中1个同义突变,1个错义突变。关联分析表明,Agouti基因中的2个突变位点及MC1R基因中的2个错义突变与被毛表型不相关(P0.05),MC1R基因中的3个同义突变位点与毛色性状显著相关(P0.05)。连锁不平衡发现,MC1R基因5个突变位点之间的连锁程度较强,单倍型分析表明,该群体中有8种单倍型组合,其中TGTGT和TGCTT与毛色显著相关(P0.05)。[结论]Agouti基因外显子的单核苷酸突变多态性与其被毛不相关,MC1R基因3个同义突变位点和2个单倍型组合与毛色性状相关。     

BPI基因生物信息学分析及其在不同 猪群体中的遗传变异情况

[目的]明确猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因中可能存在的SNP位点,并探讨BPI基因外显子10在上海地区5个猪群体中的多态性及其与抗病相关的优势基因型,为揭示BPI基因在仔猪腹泻抗病机制中的作用及开展猪抗病育种提供理论依据.[方法]采用在线生物信息学软件分别从碱基序列、SNP位点和蛋白氨基酸序列等角度比对分析猪BPI基因全长cDNA序列与电子克隆序列的差异,采用PCR-RFLP检测分析猪BPI基因外显子10的多态性,并检测BPI基因外显子10在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪群体中的基因型及基因频率.[结果]猪BPI基因电子克隆编码区(CDS)序列长度1452 bp,编码483个氨基酸,存在44个SNP位点,其中22个为同义SNP位点、22个为非同义SNP位点.猪BPI基因全长cDNA序列(EF436278.1和FJ810853.1)与电子克隆序列相比存在14处碱基差异,而对应的翻译蛋白序列存在4处氨基酸差异.猪BPI基因外显子10存在AA、BB和AB 3种基因型,各基因型在杜洛克猪、长白猪、大白猪、申农猪和梅山猪群体中的分布情况各不相同.在杜洛克猪群体中AA基因型和AB基因型呈中度多态分布(0.404和0.416),BB基因型检出比例较低(0.180);在长白猪和申农猪群体中均未检测出AA基因型,BB基因型检出比例较高,而AB基因型检出比例较低;在大白猪和梅山猪群体中均以BB基因型检出比例较高,AB基因型次之,AA基因型检出比例最低.总体来看,除了杜洛克猪群体的A等位基因频率较高外,其他4个猪群体均以B等位基因频率较高.[结论]猪BPI基因外显子10 AA基因型频率在杜洛克猪群体中最高,在大白猪和梅山群体中较低,在长白猪和申农猪群体中未检出,即AA基因型在杜洛克猪群体中比例高与其仔猪腹泻发病率低的情况一致.因此,在大白猪和梅山猪育种过程中需提高AA基因型比例,而在长白猪和申农猪育种过程中需引进AA基因型个体,降低BB和AB基因型比例,以增加仔猪的抗病能力.     

鹅生长激素基因外显子单核苷酸多态性分析

以莱茵鹅、四川白鹅、豁眼鹅、皖西白鹅和朗德鹅5个鹅品种为试验材料,根据鸭、鹅生长激素基因序列设计了3对引物扩增第2、第3、第5外显子,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同鹅品种进行群体遗传学分析。结果显示:在鹅GH基因第2外显子上共发现2个单碱基突变位点,第39个碱基处的T→C突变未发生氨基酸变化,为沉默突变;第74个碱基处T→C单碱基突变导致第25个氨基酸由缬氨酸(V)变为丙氨酸(A);鹅群中表现出10种基因型(AA、AB、AC、AD、BB、BC、BD、CC、CD、DD)。统计结果发现:10种基因型在鹅品种间分布存在极显著差异(P0.01);所有鹅品种均处于Hardy-W e inberg平衡状态。群体遗传分析显示:杂合度、有效等位基因数朗德鹅最低,豁眼鹅最高;朗德鹅PIC为0,四川白鹅为中度多态外,其他品种均为高度多态。表明鹅GH基因在不同鹅品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与生产性状的相关性。     

猪MyoD1基因多态性与肉质性状的相关分析

MyoD基因家族能促使肌肉转化,影响着肉质品质.为了研究MyoD1与肉质性状间的关系,采用PCR-SSCP技术分析杜长大三元杂交猪MyoD1基因第1外显子的单核苷酸多态性.为了将第1外显子(长630 bp)全部扩出,故将第1对引物设在MyoD1基因的5'UTR上.结果显示:MyoD1基因5'UTR的119 bp处发现G＞A的突变,第1外显子387 bp处发现C＞T突变,经检测这2个突变均为AA和AB基因型,2个变异位点在群体中都是AA型为优势基因型,且都处于Hardy Weinberg平衡状态.在5'UTR上的突变对猪肌肉的肌内脂肪和pH的影响差异显著(P＜0.05),而在第1外显子上突变对本试验所研究的肉质性状影响均不显著(P＞0.05).     

藏猪肌肉生长抑制素基因外显子1的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了藏猪肌肉生长抑制素(MSTN)基因的单核苷酸多态性.根据GeneBank上猪MSTN基因全序列设计的两对引物,扩增了MSTN基因完整的外显子1,经SSCP分析,只有P1扩增产物存在多态性,表现为3种基因型(AA、AC和CC),A和C两种等位基因的频率分别为46.88%和53.12%.测序分析发现,CC型与AA型相比在MSTN基因编码区的第71bp处有一个A→C的单碱基突变,该突变导致编码的第24位氨基酸由天冬酰胺改变为苏氨酸.     

THRSPα基因多态性及其与鸭脂肪性状的相关性研究

从分子遗传学角度出发,在鸭THRSPα已获基因全长的基础上,选择合适的突变位点,将部分突变位点在随机群体中的多态性与肉鸭随机群体各性状进行关联分析。结果表明,8bp插入缺失位点缺失型纯合子DD型个体数极少,但DD型个体的腹脂重和腹脂率显著低于II和ID型个体;SacI位点无AA基因型,该位点与皮下脂肪厚性状有显著相关性。     

牛催乳素受体基因遗传多态性及其与部分精液品质性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法对种公牛群体的催乳素受体基因(PRLR)所有外显子及5′UTR多态性进行检测。结果表明:外显子1及外显子8分别检测到了2种等位基因A、B和C、D,其中A、C为群体中优势基因,其他外显子及5′UTR没有遗传多态性;相关性分析表明,第1外显子位点AA型鲜精顶体完整率显著高于AB型(P=0.012),第8外显子位点CD型冻精活力显著高于CC型和DD型(P=0.004)。初步推断PRLR为影响种公牛繁殖性状的一个候选基因。     

鸭A-FABP基因单核苷酸多态性分析及其与体脂性状相关的研究

以樱桃谷鸭为试验材料,对脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因进行单核苷酸多态性检测(SNPs),并对该基因型与体脂等性状进行关联分析.结果表明:在内含子2中发现A76T、T78C、T93C、C134T 4个单碱基突变,鸭群中表现出3种基因型(AA、AB和BB).方差分析结果表明:该品种的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、肝脏重、皮脂重、胸肌脂肪含量和肝脏脂肪含量在不同基因型间差异不显著;BB型腹脂重、腹脂率显著高于AA型和AB型;BB型皮脂率和腿肌脂肪含量显著高于AB型.结果提示A-FABP基因可能是影响鸭脂肪代谢的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁.     

五个牛品种THRSP基因257C/G突变的遗传多态性研究

采用PCR-SSCP技术及测序技术,研究了秦川牛、夏南牛、南阳牛、郏县红牛和鲁西牛五个牛品种THRSP基因第一外显子257 bp处C/G突变的遗传多态性及其与肉质性状的关系。结果显示,该位点引发THRSP基因第75位氨基酸发生同义突变,五个牛品种基因频率一致,多态信息含量以南阳牛最高,属于中度多态,其他牛品种属于低度多态。经χ2适合性检验,五个牛品种群体257C/G位点的突变均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果显示,AA,AB基因型个体的胴体长、眼肌面积差异显著。该位点可能是影响胴体长和眼肌面积的突变位点或与之紧密连锁,可做为肉牛肉质选育的候选分子标记。     

崇仁麻鸡PepT1基因多态性与饲料转化率的关联分析

试验以60～120日龄崇仁麻鸡为试验材料,根据鸡PepT1基因序列设计引物,采用PCR产物直接测序方法检测PepT1基因单核苷酸多态性,并通过对序列碱基的通读以及峰图的鉴定进行基因型分析,探讨PepT1基因多态性与崇仁麻鸡饲料转化率之间的关系。结果共检测到3个SNP位点,且均为沉默突变。其中在PepT1基因外显子4第95处发生了单碱基的改变(G→A),这个突变产生3种基因型(AA,AB和BB),在PepT1基因外显子6第64处和第70处上发现两处突变(分别是由C→G和A→G),且这两处突变具有同一性,这两个突变产生2种基因型(AA,AB)。用POPGENE 32软件分析PepT1基因的多态信息,PV1位点在崇仁麻鸡上表现为中度多态,PV2位点为低度多态位点,且它们均处于Hardy-Weinberg平衡中。通过SPSS 17.0对崇仁麻鸡PepT1基因各SNPs基因型与饲料转化效率进行相关性分析,发现PepT1基因PV1位点的三种基因型和PV2位点的两种基因型与崇仁麻鸡饲料转化效率均没有显著相关性(P>0.05)。     

草原红牛IGF2基因外显子4的遗传多态性及遗传效应分析

运用PCR-SSCP方法检测草原红牛IGF2基因第4外显子的多态性,采用最小二乘法拟合线性模型将突变位点的不同基因型与牛胴体和肉质性状进行关联分析.结果表明:在外显子4上有1个SNP位点(C250G),该基因具有AA和AB 2种基因型,草原红牛AB基因型个体肋脂质量比AA基因型个体高3.1%(P＜0.05),骨质量和眼...     

荆江麻鸭THRSPα基因内含子酶切多态性及其与屠体性状的关联研究

采用PCR-RFLP法检测了96只荆江麻鸭THRSPα基因内含子的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中未检测到AA基因型,仅有CC和CA 2种基因型。其中C等位基因频率为0.979 2,为优势等位基因。χ2检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。最小二乘分析结果显示,荆江麻鸭THRSPα基因内含子CA型个体活重极显著高于CC型(P<0.01),CC型个体全净膛率、胸肌率和瘦肉率极显著高于CA型(P<0.01),其他性状间差异不显著(P>0.05)。     

江苏地方山羊品种GDF9基因第二外显子SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测了长江三角洲白山羊、黄淮山羊及波尔山羊等3个繁殖力不同品种的187只个体GDF9基因第二外显子的遗传多态性.结果表明,3个山羊品种群体GDF9基因第二外显子在引物3和引物4扩增片段中均发现多态性.引物3扩增片段中,3 个山羊品种都出现AA、AB和BB 3种基因型,长江三角洲白山羊还出现了AC基因型.测序结果表明,引物3的扩增片段中,与AA基因型相比,BB基因型在第二外显子的562 bp处发生了A→C的单碱基突变,导致谷氨酰胺→脯氨酸的改变;AC基因型在第二外显子的421 bp处发生了C→T的单碱基突变,导致丙氨酸→缬氨酸的改变.引物4扩增片段中,3个山羊品种都出现DD和DE 两种基因型,黄淮山羊还出现EE基因型,长江三角洲白山羊及波尔山羊还出现DF基因型.测序结果表明,与DD基因型相比,DE基因型在第二外显子的792 bp处发生了G→A的单碱基突变,导致缬氨酸→异亮氨酸的改变;DF基因型在第二外显子的791 bp、792 bp处均发生了G→A的单碱基突变,其中791 bp处的突变是沉默突变.     

三个山羊群体抑制素-α 5′区的单核苷酸多态性分析

采用PCR-SSCP技术检测抑制素α(Inhibin-α,INHA)基因5调控区在高繁殖力山羊品种(黄淮山羊和长江三角洲白山羊)以及低繁殖力品种(波尔山羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对黄淮山羊繁殖力的影响.设计3对引物扩增山羊INHA基因5′调控区序列,只有引物2在3个山羊群体中检测到多态性,出现了3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明BB 型和AA 型在INHA基因5′调控区都发生了2处碱基突变(260G→T和353 A缺失).黄淮山羊突变纯合型(BB)和突变杂合型(AB)平均产羔数分别比野生型(AA)多1.25 只(P<0.01)和0.78 只(P<0.05).初步表明,INHA基因可能是影响黄淮山羊高繁殖力的一个主效基因或是与其存在紧密遗传连锁的一个分子标记.     

绵羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术,用两对引物分析了GnRHR基因外显子2和外显子1部分序列在小尾寒羊、多赛特羊2个绵羊品种中的多态性.结果表明,对于引物1扩增片段,2个绵羊品种均只检测到AA基因型.对于引物2扩增片段,2个绵羊品种均检测到AA、AB基因型;小尾寒羊AA、AB基因型频率分别为0.83和0.17,多赛特羊AA、AB基因型频率分别为0.60和0.40.引物2的多态片段测序分析表明,位于GnRHR基因cDNA第230处发生了碱基的改变(G→C),该突变导致了氨基酸的改变(甘氨酸→半胱氨酸).     

八眉猪SLA DRA基因第2外显子多态性分析

为了解八眉猪SLA DRA基因第2外显子的多态性,采用PCR SSCP和克隆测序的方法对八眉猪SLA DRA基因第2外显子进行分型,并对不同等位基因进行核苷酸与氨基酸序列分析。结果显示,222头八眉猪中共检出2种等位基因（A和B）和3种基因型（AA,BB和AB）,其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,发现该基因仅有一个核苷酸突变位点（c.3093 A→C）,为错义突变,使甲硫氨酸（Met）变为亮氨酸（Leu）,并且该氨基酸位于抗原结合位点上。群体遗传学分析发现,八眉猪遗传杂合度（He）为0.351 4,多态信息含量（PIC）为0.308 8,且经χ2适合性检验,八眉猪在此位点上没有偏离Hardy Weinberg平衡状态（P>0.05）。八眉猪SLA DRA基因第2外显子的多态性较低。