短序十大功劳基因组总DNA提取方法研究

以短序大功劳嫩叶为材料,采用CTAB法、CTAB改良法1、CTAB改良法2、SDS法和试剂盒法五种方法提取短序十大功劳基因组总DNA,用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳方法检测所得总DNA的纯度和得率,用ISSR-PCR扩增的方法检测所得总DNA的质量。结果表明,五种方法均能从短序大功劳叶片中提取到基因组DNA,但不同方法提取得的基因组DNA的纯度、浓度和得率存在明显的差异。CTAB改良法2和试剂盒法提取的DNA纯度高,可直接用于下游分子生物学实验,CTAB法、CTAB改良法1和SDS法提取的总DNA质量较差,不利于下游的分子生物学实验;五种方法提取的总DNA的得率在10．836-451．709μg/g之间,呈CTAB法〉SDS法〉CTAB改良法1〉CTAB改良法2〉试剂盒法的现象。此实验获得的结果可以为短序十大功劳分子生物学研究提供基础。     

黄瓜白粉菌基因组DNA 提取方法比较

以黄瓜白粉病菌为试验材料,比较分析了改良CTAB法、SDS法和真菌试剂盒法对黄瓜白粉病菌基因组DNA提取的效果。结果表明,CTAB法提取的黄瓜白粉菌基因组DNA在纯度(R=A260 nm /A 280 nm)和产量上均优于SDS法和真菌试剂盒法,且杂质少。CTAB法提取的黄瓜白粉菌基因组DNA产率为204.3 μg/g,而SDS法和真菌试剂盒法分别为147.7、117.7 μg/g,且方法产率之间差异极显著。采用CTAB法提取的DNA纯度较高,为1.969 6;SDS法和真菌试剂盒法提取的DND纯度较低,分别为1.832 2和1.507 9。     

大青杨基因组DNA提取方法的比较

本研究采用改良SDS法、常规CTAB法和改良CTAB法(1.5×CTAB,2×CTAB,3×CTAB)提取大青杨基因组DNA,并用紫外光普分析、凝胶电泳、限制性内切酶消化和RAPD方法进行鉴定。结果表明:5种方法中,改良SDS法DNA提取率最高,但CTAB法比改良SDS法提取获得的DNA纯度高,OD260/OD280为1.73～1.81。与常规CTAB法比较,改良SDS法和改良CTAB法能有效去除蛋白、多糖、酚类及次生代谢物质。综合分析确定改良2×CTAB法为大青杨基因组DNA的最佳提取方法。     

RAPD分析用白花丹参叶片DNA的提取方法

本研究采用改良CTAB法和SDS法提取新鲜白花丹参叶片的基因组DNA,初步筛选RAPD扩增引物。结果表明改良CTAB法提取的DNA较SDS法质量好,随机引物p2扩增条带相对较为清晰。再利用p2随机引物对2种方法提取的DNA进行RAPD检测比较,结果显示仅改良CTAB法能扩增出有效条带,说明改良CTAB法更适合用于白花丹参基因组DNA的RAPD检测分析。本文将为白花丹参叶片DNA的提取提供方法学参考。     

棉花根际促生菌基因组DNA的提取及其鉴定

植物根际微生物基因组的提取往往因为细胞壁不能完全裂解以及内含物的成分和含量受到影响,获得完整的基因组DNA一直是土壤微生物分子生物学研究的关键。本文以新疆盐碱地棉花根际促生菌为材料,比较了SDS法、CTAB法以及高盐结合的CTAB法提取棉花根际促生菌基因组DNA的效率,结果显示,SDS法和CTAB法在细胞裂解后,由于过多的多糖类物质混于上清液中使其过于粘稠而无法分层,没能得到DNA样品。高盐结合的CTAB法则有效弥补了上述方法的不足,能够获得A260/A280为1.82、A260/A230为2.43的高质量基因组DNA。同时实验还以细菌16SrDNA为内标进行PCR扩增,结果证明所获得的棉花根际促生菌基因组DNA可直接用于PCR等分子生物学进一步研究。     

组培枣苗基因组DNA提取方法及其含量的比较

本文以组培二倍体木枣、四倍体变异苗和二倍体京枣苗为供试材料,采用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度检测技术,研究了不同提取方法对其叶片基因组DNA的提取效果。结果表明,CTAB法提取枣叶片DNA的效果优于SDS法,表现为蛋白质杂质干扰少,DNA结构完整、纯度与得率高;用不同方法提取的样液中DNA片段的大小和分布是不同的,以改进的CTAB法提取的样液中大片段的DNA分子较多,所以在其底部分布较多,而用SDS法提取的样液中小片段的DNA分子较多,故在其上部分布较多;电泳时不同的加样量获得的DNA带也有较大差异,试验选出CTAB法提取样液的适宜的加样量为5μL（7.485μg）,SDS法提取样液的适宜的加样量为4μL（5.988μg）;枣品种间DNA的含量明显不同,木枣四倍体的DNA含量（3.074μg/μL）相当于组培木枣二倍体（1.497μg/μL）的2倍,也明显地高于京枣二倍体（2.182μg/μL）。这些结果为枣树遗传种质资源的研究奠定了一定的科学与技术基础。     

干制羊肉基因组DNA不同提取方法的比较

为了研究干制加工羊肉基因组DNA的最佳提取方法,本试验采用传统酚-氯仿法、磁珠法、改良CTAB法、离心柱法分别提取干制处理后的羊肉基因组DNA,并对4种方法提取的羊肉基因组DNA浓度、纯度、完整性以及提取所需时间、PCR扩增效果等进行比较。结果表明,采用磁珠法提取DNA的效果更好,DNA浓度为118.87 ng·μL^-1,A₂₆₀/A₂₈₀值为1.89,而且此方法具有提取时间短、效率高、污染小等特点。本研究结果为干制加工羊肉基因组DNA的大批量提取和检测提供了参考依据。     

DNA提取方法对一串红不同部位DNA提取的比较

本文以一串红的叶片、茎段、花为材料,分别采用高盐低pH法、十二烷基硫酸钠（SDS）法、改良十六烷基三乙基溴化铵（CTAB）法、核DNA法和十六烷基三乙基溴化铵（CTAB）区室法等5种不同方法对其进行了基因组DNA提取效果的比较分析。结果表明,除用高盐低pH法在一串红花中未提取出DNA外,其它均可提取出DNA,都能进行RAPD扩增。5种方法在一串红DNA提取中,提取效果由高到低依次为：核DNA法、改良CTAB法、SDS法、CTAB区室法、高盐低pH法;3个部位提取结果显示：叶片较容易得到高质量的DNA,茎段次之,花最差。     

浅谈芒果基因组DNA的提取

芒果是重要的经济果树之一,富含多酚、多糖、单宁等其他次生代谢干扰物质,因此其基因组DNA的获取和纯化较为困难。笔者对芒果基因组DNA提取方法进行了探讨,常用的获取方法有SDS法、CTAB法和试剂盒法,而CTAB法提取效果较好。     

LiCl沉淀法提取富含荚膜的细菌基因组DNA

结合提取基因组DNA的CTAB法(hexadecyltrimethylammoniumbromide,十六烷基三甲基溴化铵)和用于提取海藻基因组DNA的LiCl法,设计了针对产生较多荚膜多糖细菌的DNA提取方法—LiCl沉淀法。通过电泳、分光光度计及16SrRNA基因扩增检测,证明LiCl沉淀法可以有效地提取产荚膜细菌基因组DNA,其片断大小约为23kb,不需进一步纯化即可用于后续分子生物学实验。     

稻米深加工产品基因组提取方法的研究及其对PCR的影响

本实验以四种米粉为原料，每个样品做三个梯度：120mg, 800mg, 2000mg，采用改进的经典酚/仿法、CTAB沉淀法以及盐酸胍/氯仿法提取基因组，并通过聚合酶链式反应(PCR)通过扩增内标基因(SPS)来检测提取方法的优劣。结果显示：120mg的样品经三种方法提取的基因组均不能扩增出内标基因；800mg的样品和2000mg的样品只有用CTAB沉淀法提取的基因组(采用相同的膜板量)能全部扩增出内标基因。结论：CTAB沉淀法提取基因组的效果最好，对PCR的抑制现象最少。     

稻米深加工产品基因组提取方法及其对PCR的影响

以4种米粉为原料,每个样品做3个梯度(120、800和2000mg),采用改进的经典酚/仿法、CTAB(十六烷基三乙基溴化铵)沉淀法以及盐酸胍/氯仿法提取基因组,经PCR扩增内标基因(SPS)检测方法的优劣。结果显示,120mg的样品经3种方法提取的基因组均不能扩增出内标基因;800和2000mg的样品只有用CTAB沉淀法提取的基因组(采用相同的模板量)能全部扩增出内标基因。结果表明,CTAB沉淀法提取基因组的效果最好,对PCR的抑制现象最少。     

Comparison of three DNA extraction methods for feed products and four amplification methods for the 5'-junction fragment of Roundup Ready soybean

Three methods of DNA extraction from feed products and four detection methods for the 5'-junction fragment of genetically modified (GM) Roundup Ready soybean (RRS) were compared and evaluated. The DNA extraction methods, including cetyltrimethylammonium bromide (CTAB), sodium dodecyl sulfate (SDS), and guanidine hydrochloride (Kit), were assessed for their yields and purity of DNA, extraction time, and reagent cost. The DNA yields of CTAB, SDS, and Kit were 52-694, 164-1750 and 23-105 ng/mg sample, and their extraction time was 2.5-3, 2-2.5, and 1.5-2 h with reagent cost about US dollar 0.24, 0.13, and 1.9 per extraction, respectively. The SDS method was generally well suited to all kinds of feed matrices tested. The limits of detection for the four amplification protocols, including loop-mediated isothermal amplification (LAMP), hyperbranched rolling circle amplification (HRCA), conventional polymerase chain reaction (PCR), and real-time PCR, were 48.5, 4.85, 485, and 9 copies of the pTLH10 plasmid, respectively. The ranked results of the four detection methods were based on multiattribute utility theory as follows (from best to worse): HRCA, LAMP, PCR, and real-time PCR. This comparative evaluation was specifically useful for selection of a highly efficient DNA extraction or amplification method for detecting different GM ingredients.     

谷子种子高质量总RNA提取方法的优化

为得到高质量的谷子种子RNA,本研究以5个不同谷子品种为材料,对RNAiso Plus法、改良RNAiso Plus法、CTAB法提取的RNA进行质量和纯度的比较。结果表明,改良RNAiso Plus法提取的总RNA完整性、纯度、浓度均优于其他2种方法提取的总RNA,5个不同谷子品种和不同萌发时期的谷子均可用改良RNAiso Plus法提取出高质量、完整性好的RNA,所得RNA产物可用于构建cDNA文库和转录组测序等后续试验。本研究为禾谷类植物种子的总RNA提取提供了一定的参考,也为谷子种子后续的分子生物学试验奠定了基础。     

蝴蝶兰类原球茎DNA总甲基化水平测定方法的研究

探讨DNA提取中不同蛋白质变性剂对胞嘧啶(C)和5-甲基胞嘧啶(5mC)色谱的影响,建立蝴蝶兰类原球茎DNA总甲基化水平的HPLC测定方法。本实验采用2种CTAB法(蛋白质变性剂不含酚和含酚)提取基因组DNA,水解后分别以反相HPLC测定C和5mC含量。色谱条件为:色谱柱HypersilBDS Cl8,甲醇-10mmol/L戊烷磺酸钠-三乙胺(6∶90∶0.2,V/V)为流动相,流速0.5ml/min,检测波长273nm。应用不含酚变性剂所提取DNA的水解液C和5mC能较有效分离。以本试验优化的DNA提取方法和HPLC色谱条件,基因组DNA水解液的C和5mC色谱可得到较好的效果。