不同品种山羊Hoxc9基因的克隆及序列比较分析

[目的]分析不同山羊品种Hoxc9基因序列及其推导氨基酸的差异性,为探索Hoxc9基因在山羊毛囊生长发育中的作用机制及研究绒山羊绒毛分子调控机理奠定基础.[方法]根据GenBank上已发表的Hoxc9基因序列设计3对引物,利用PCR扩增安哥拉山羊、萨能奶山羊、藏山羊、波尔山羊4个山羊品种的Hoxc9基因序列,然后与前期研究获得的绒山羊Hoxc9基因序列进行对比分析.[结果]利用设计的3对引物均能克隆获得安哥拉山羊、波尔山羊、萨能山羊和藏山羊的Hoxc9基因,与绒山羊Hoxc9基因比较,其5'UTR序列同源性为99.2%~100.0%,3'UTR序列同源性为99.0%~100.0%,cDNA序列同源性为99.5%~100.0%,内含子序列同源性为99.2%~99.7%,推导氨基酸序列同源性为98.8%~100.0%.Hoxc9蛋白质序列比较分析发现,安哥拉山羊和波尔山羊氨基酸的变异未造成Hoxc9蛋白质功能位点改变,但其二级结构有4处不同.[结论]不同山羊品种Hoxc9基因序列的同源性比较高,但也存在差异性.     

多脊椎蒙古羊Hoxc8 exon-1和exon-2的序列分析

参考牛的Hoxc8基因序列设计引物,扩增正常蒙古羊（胸椎数13）和多脊椎蒙古羊（胸椎数14）Hoxc8的exon-1和exon-2基因,对得到的序列进行生物信息学分析。结果表明,经序列比对二者的DNA序列,除两侧个别碱基有差异外,中间序列完全一致。蒙古羊Hoxc8的exon-1和exon-2序列分别与其他物种进行同源性...     

兔CCR9基因的克隆与序列分析

设计1对克隆引物,从兔十二指肠黏膜组织提取总RNA,进行RT-PCR,将PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞,检测阳性克隆、测序并进行序列分析。结果表明：克隆的兔CCR9基因长为624 bp,编码由208个氨基酸残基组成的CCR9前体蛋白,预测CCR9具有多个跨膜区。克隆的兔CCR9基因与绵羊、人的同源性分别为82.9%、82.7%;推导的兔CCR9氨基酸序列与绵羊、人的同源性分别为80.1%、82.2%,其结构特征与绵羊、人的相一致。     

海门山羊GDF9基因的RFLP分析

采用PCR-RFLP技术,对120只海门山羊生长分化因子9(GDF9)基因的G8位点进行限制性片段长度多态性分析(RFLP),探寻与产羔数相关的遗传标记.结果表明:PCR扩增产物均被切成2个片段,表现出1种基因型,无多态性现象,推测GDF9基因对海门山羊的繁殖性能无显著影响.     

湘东黑山羊GDF9B基因的克隆与测序分析

提取湘东黑山羊基因组DNA,根据绵羊基因组序列设计4对引物扩增湘东黑山羊GDF9B基因,并进行克隆测序分析,结果表明:克隆的山羊GDF9B基因包含外显子1～2序列和部分内含子,序列登录号分别为AY968810、AY947812.将湘东黑山羊GDF9B基因外显子1的序列与绵羊同区域同源性为99.1%;外显子2的序列与绵羊同区域同源性为98.2%.     

波尔山羊生长激素(GH)基因克隆及序列分析

比较生长激素(GH)基因在不同物种间的相似性,设计引物,用PCR方法从波尔山羊基因组中扩增出一条长约2.0kb的DNA片段,然后用PMD-18T载体在感受态DH5α株大肠杆菌中获得GH基因克隆子。DNA测序结果表明,波尔山羊GH基因DNA序列全长1951bp(不含引物序列),含完整的5个外显子编码区。应用ClustalW软件进行同源性分析,结果表明,波尔山羊GH基因与Tokara山羊、澳洲美利奴羊和黄牛的GH基因的相似度分别为98.5%,97.0%和95.4%;内元比外元的变异程度高,在5个外元中,第一外元的保守性最高,其他区域的变异程度随物种亲缘关系的增大而升高,在分子水平上符合物种进化原理。     

梅花鹿TLR10基因克隆与序列分析

为系统了解梅花鹿免疫系统,用Trizo法提取梅花鹿肝脏总RNA,采用兼并引物RT-PCR方法克隆了梅花鹿TLR10基因并进行了系统的生物信息学分析.RT-PCR结果显示,dTLR10基因完整ORF区长2439 bp,编码812个氨基酸(GenBank序列号为:HQ260630).同源分析显示,dTLR10基因序列与其他物种TLR10基因高度同源,与同属于偶蹄目反刍类的牛和羊同源性高达95％以上.蛋白功能结构域分析显示,不同物种间TLR10蛋白结构域数量及分布上高度相似,蛋白三维结构预测比较显示,dTLR10蛋白胞外区结构与人类TLR10结构相似,两者均表现为经典的马蹄形结构.     

二化螟酯酶基因克隆及序列分析

根据已报道其它种类昆虫的酯酶基因设计1对兼并引物,首次从二化螟cDNA中克隆到5个酯酶基因片断,分别命名为:CS_est1、CS_est2、CS_est3、CS_est4、CS_est5,进一步在基因3′端设计接头引物得到CS_est1、CS_est2、CS_est3、CS_est5的3′端全序列。序列分析结果表明,这几个酯酶氨基酸序列具备酯酶家族的特征性氨基酸,与其它昆虫的酯酶同源性较高,为二化螟酯酶基因。其中包括形成催化三联体的3个氨基酸残基Ser、G lu、H is;酶的核心轴为FGESAG。各基因在Genebank上的登录号分别为:DQ401086、DQ401087、DQ401088、DQ401089、DQ401090。     

鲤鱼Sox9基因HMG保守区的克隆及序列分析

为研究鲤鱼中与性别决定及骨组织发育相关基因Sox 9的特征及功能,从大量常见养殖鲤鱼品种及黄河野生鲤鱼个体中克隆得到了多个版本CcSox 9基因的HMG保守区序列,并对这些序列及国内外的其他鲤鱼Sox基因进行了启动子、多态性等序列分析.结果显示,鲤鱼中至少存在5个版本的活性Sox 9基因及1个Sox 9假基因.这些基因...     

鸡集落刺激因子基因克隆与序列分析

集落刺激因子（CSF）在机体免疫系统中发挥重要的免疫调节作用,根据GenBank上已发表的集落刺激因子cDNA基因序列自己设计一对特异性引物,应用反转录聚合酶链式反应（RT—PCR）技术从刀豆蛋白A（ConA）诱导的鸡血液淋巴细胞总RNA中扩增出鸡集落刺激因子（Ch—CSF）cDNA,用琼脂糖凝胶电泳回收试剂盒分离纯化cDNA片段,然后进行RT—PCR测序和序列分析。结果表明,克隆的鸡集落刺激因子（Ch—CSF）cDNA的开放阅读框为435bp,编码144个氨基酸和大部分信号肽,与国外克隆的鸡的Ch—CSF基因序列比较,其核苷酸的同源性为29．4％,氨基酸的同源性为96．6％,同绵羊、人、牛、小鼠、犬和猪的GM—CSF序列比较,其核苷酸的同源性分别为29．7％、29．0％、34．3％、29．7％、29．4％和31．0％,氨基酸的同源性分别为9．7％、1t．7％、11．7％、17．4％、9．O％和13．1％。以上结果表明,鸡集落刺激因子（Ch—CSF）基因被成功克隆,它存在着种属特异性。这为进一步研究该基因的生物学作用,特别是为利用CSF增强DNA疫苗的免疫能力的研究奠定基础。     

山羊FSHR基因5''''端侧翼序列的克隆与分析

为找寻山羊FSH受体基因的SNP突变位点,进行FSH受体基因的多态性分析和探索该受体基因在山羊多胎中的可能作用,利用比较基因组学的方法,根据绵羊FSH受体基因序列设计引物,以湖南湘东黑山羊基因组为模板,PCR扩增了FSH受体基因5' 端侧翼调控区,通过克隆进行了序列测定及分析,并与牛、绵羊该区段序列进行了比较.结果表明,PCR扩增获得的片段为844 bp,与中国西门塔尔牛该段序列相比,同源性为94.08%,在-364 bp处的左翼发生了多碱基插入,湘东黑山羊该序列有5个碱基的插入,另在-625~-619 bp处的7个碱基缺失;与澳洲绵羊的FSHR基因比较,同源性为93.60%,在-367 bp处的左翼,湘东黑山羊该段序列有2个碱基的插入,在-630,-145,-97 bp 处各有1个碱基缺失.     

羊源杀鲑气单胞菌16S rRNA基因的克隆测序及分析

从重庆市丰都县无菌采集山羊血液,提取全血基因组,用16SrRNA基因的引物进行PCR扩增,得到2条长约1 500bp的扩增片段,将其克隆到pMD19-T载体后进行测序,并与3条豚鼠气单胞菌,3条嗜水气单胞菌,3条中间气单胞菌,4条杀鲑气单胞菌,2条温和气单胞菌,3条维氏气单胞菌和5条舒氏气单胞菌16SrRNA基因序列进行系统发育分析.结果表明:所克隆的基因片段长度均为1 507bp,GenBank登录号为JF823571和JF823572.系统发育分析发现2条序列均被聚类到杀鲑气单胞菌群,并与温和气单胞菌聚类到一个大的分支.同源性比对结果显示所获得的序列与杀鲑气单胞菌法国株(ATCC33658T)X74681和阿根廷株AF134065的同源性最高,均为99.6%,表明重庆地区存在受杀鲑气单胞菌感染的山羊.     

蒙桑肌动蛋白基因的克隆与序列测定

为蒙桑基因表达与调控模式的研究以及蒙桑资源的利用提供参考,进行了蒙桑肌动蛋白(actin)基因的克隆与序列测定。结果表明:蒙桑actin基因mRNA序列大小为1 699bp,其中基因编码区1 134bp(GenBank登录号:KF031062),编码的377个氨基酸残基与其他植物的一致性在98%以上。该基因和川桑基因组中其他4个actin基因外显子数量和长度相同,但内含子差异极大,其CDS与桑树Morus010751(EXC30503)的一致性达到98%,氨基酸一致性为100%。聚类分析将其归为Class II类,与来自桑属和毛果杨的actin基因最先聚合在同一分支。     

黔北麻羊RERGL基因cDNA克隆与生物信息学分析

选择与羊同源性较高的牛RERGL基因组序列设计特异性引物,提取黔北麻羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对RERGL基因进行克隆测序及序列分析.结果表明,成功克隆了黔北麻羊RERGL基因,其cDNA序列646 bp,GenBank登录号JN 671919,编码205个氨基酸.生物信息学分析表明,黔北麻羊RERGL基因蛋白二级结构α-螺旋占40.68％,延伸链占16.18％,无规则卷曲占43.14％;没有跨膜螺旋结构域且没有糖基化位点.     

橄榄星室木虱乙酰胆碱酯酶基因的克隆与序列分析

利用RT-PCR法和PCR法克隆到橄榄星室木虱乙酰胆碱酯酶基因(Ace)的2个片段,其中cDNA片段长66bp,翻译获得的氨基酸1～11位与家蝇等13种昆虫相应的序列相同或仅相差1个氨基酸,该序列在GenBank数据库中的接受号为DQ417582;基因组DNA片段长499bp,2个外显子连在一起与意大利蜜蜂等13种昆虫相应基因的氨基酸同源性均高于88%,该序列在GenBank数据库中的接受号为DQ425028。此结果为进一步研究橄榄星室木虱对杀虫剂抗性的分子机理奠定了基础。     

Hoxc13 Expression Pattern in Cashmere Goat Skin During Hair Follicle Development

Hoxc13 has an important role in controlling hair formation. In this study, we examine the Hoxc13 RNA expression pattern of skin during embryo development. The result indicated that changes of the Hoxe13 gene expression and thickness of skin have a similar trend during hair follicle morphogenesis. In interpreting these results, we investigated whether the regulation motifs is in Hoxc13 intron, which is a 5.4 kb fragment. To blast with other mammals, we found a very conservative region in all mammal animals and two regions in livestock, such as cow, sheep, horse, dog, and so on, which are not in other Hox genes. We have examined putative pre-miRNA in this region, providing an entry point for elucidating currently unknown mechanisms that are required for regulating quantitative levels of Hoxc13 gene expression.     

西农萨能羊脂肪酸合酶(FASN)基因启动子序列的克隆与序列分析

以陕西省千阳县种羊场的足月正常分娩、健康的西农萨能羊为试验材料,运用PCR方法对其FASN基因启动子部分序列进行了克隆和序列分析,获得了西农萨能羊FASN基因启动子序列片段719 bp(GenBank收录号EF556550.1).序列分析显示,TATA盒位于-35 bp处,1个类似于CAAT盒的序列位于-68 bp处,这些都是典型的真核生物启动子元件,TATA盒上游区域有76％以上的G/C含量和4个GC盒(GGGCGG和CCGCCC),潜在的核转录因子结合位点Sp1位于-99 bp、-174 bp、-255 bp和-320 bp.     

驴生长激素基因的克隆与分析

 【目的】克隆驴生长激素基因DNA和cDNA的全序列,分析其序列和cDNA编码的蛋白序列特征及其在不同物种中的遗传差异。【方法】根据不同物种同一基因序列的同源性比对结果设计引物,应用RT-PCR和PCR 技术克隆基因,用生物信息学方法对获得的DNA和cDNA及推定的氨基酸序列进行分析。【结果】从驴肝组织和血液中分别得到驴GH基因全序列1 928 bp和包括完整的编码区的cDNA序列706 bp,两者序列比对后证明驴GH基因DNA序列由5个外显子和4个内含子组成,编码216个氨基酸的GH前体蛋白,其中包括26个氨基酸的信号肽和190个氨基酸的成熟肽。序列比较结果表明,驴GH基因的序列与马同源性最高,启动子不是哺乳动物的典型TATA盒,而是CATA盒,该基因在进化过程中是保守的。【结论】从驴肝组织和血液中克隆了GH基因DNA和cDNA,DNA序列在1 267位的C→G可能影响到驴和马生长发育的差异,为下一步驴GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。     

牛分枝杆菌MPB64基因的克隆及序列分析

以牛分枝杆菌ValleeⅢ染色体DNA为模板,以MPB64成熟蛋白基因特异性引物进行PCR扩增,获得了642 bp的DNA片段。通过T-A克隆技术,将PCR产物克隆至pGEM-T载体。经鉴定证实,成功地构建了pGEM-T-64克隆载体。序列分析结果表明:该基因序列与Mycobacterium bovis BCG Tokyo的MPB64成熟蛋白基因序列同源性为100%。     

文昌鸡PRL基因的克隆及序列分析

为研究文昌鸡催乳素基因的分子生物学特性和就巢机理,提取文昌鸡全血总DNA,利用特异性引物PCR技术获得文昌鸡PRL基因,将其克隆至pGM-T载体上,并测序分析.结果表明,文昌鸡PRL基因与GenBank 上已公布的白来航、泰和丝羽乌骨鸡核苷酸序列同源性分别为93.3%和93.5%,而氨基酸序列同源性均为89.6%;与其...