微卫星DNA标记技术及其应用

微卫星DNA是高等真核生物基因组中种类多、分布广、具有高度的多态性和杂合度的分子标记,由于其具有多态性检出率高、信息含量大、共显性标记、实验操作简单、结果稳定可靠等优点,已经成为种群遗传学研究中被广泛应用的分子遗传标记．微卫星DNA标记技术在动物亲缘关系的鉴定、特定基因定位、群体遗传结构的分析、物种的进化和系统发生以及遗传基因连锁图谱的构建等方面已得到了广泛的应用．因此,就微卫星DNA遗传标记的原理、特点及应用等方面进行综述。     

微卫星分子标记鉴别羊肉真伪方法的建立及应用

根据动物种间特异性的原则,筛选出1对微卫星引物,建立了一种鉴别羊肉真伪的PCR检测技术。应用该方法,检测不同品种的羊肉样本(山羊、绵羊、杂交羊等)均能特异扩增出220~247 bp的目的片段,而猪、牛、鸡、鸭、兔等动物样本均呈阴性。该方法对羊肉的检测敏感度达10-10。应用该方法对山东省内屠宰场生产线、超市、市场中的各种畜禽鲜肉样品进行鉴定,羊肉的检出率为100%。     

运用微卫星标记分析仙居鸡的屠宰性能

对45只仙居鸡7个微卫星座位进行遗传多态性检测,结果显示:每个微卫星座位的等位基因数2～5个不等,7个微卫星的平均等位基因数为3.1个.平均杂合度与平均多态信息含量分别为0.5246和0.4445.12周龄屠宰性能测定多重比较结果表明:仙居鸡系水率在MCW103座位与ADL268座位差异显著;屠体率、胸肌率、腿肌率在MCW222座位差异显著.     

微卫星标记与边鸡体重的相关性研究

利用15个微卫星标记对140羽边鸡进行遗传结构分析,采用方差分析法对边鸡12周龄、14周龄体重与微卫星标记进行连锁分析.结果表明,各位点平均等位基因数为5,平均多态信息含量为0.538 7,平均期望杂合度为0.593 4.方差分析和多重比较显示,MCW0206、MCW0014、ADL0278、MCW0067、MCW0123、MCW0330和MCW0069对12周龄体重和14周龄体重具有显著或极显著的影响(P<0.05或P<0.01).MCW0014基因型为201/201的个体12周龄和14周龄体重的最小二乘均值都显著高于基因型为187/187、195/195的个体(P<0.05);MCW0067基因型为187/187的个体14周龄体重的最小二乘均值显著高于基因型为183/183、181/181的个体(P<0.05).结果表明,标记MCW0014的基因型201/201有望作为12周龄和14周龄体重的辅助标记,标记MCW0067基因型187/187有望作为14周龄体重的辅助标记.     

地方鸡品种遗传多样性的微卫星标记研究

采用微卫星标记技术检测了山东省3种地方鸡种：汶上芦花鸡、济宁百日鸡和日照鸡的遗传多样性,在40种微卫星引物中筛选出多态性丰富且扩增条带清晰稳定的6个引物。统计分析了各群体的等位基因数（NA）、多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H）、群体间的遗传距离（DS）和相似系数（I）。采用UPGMA法构建系统发生树。结果表明：3个地方鸡种在6个微卫星位点上共发现了15个等位基因,每个位点的等位基因数为2—3个;每个群体的平均等位基因数分别为2．5、2．2和2;大小在110～300bp之间,期望杂合度与观测杂合度比较接近。芦花鸡（W）多态信息含量最大,为0．3075;日照鸡（R）中最小,为0．2915。以Nei氏遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明：百日鸡（J）与日照鸡（R）间的遗传相似系数最大,为0．9832;遗传距离最小,为0．0170。3个品种鸡可聚为2类,百日鸡（J）与日照鸡（R）聚为一类,芦花鸡（W）独立聚为一类。     

用微卫星标记分析四品系(群)矮脚鸡的遗传多样性

采用10个微卫星座位对100日龄兴义矮脚黄羽、麻羽、黑羽和矮脚黄鸡四品系矮脚鸡(各50只)遗传多样性进行研究,结果表明:四品系(群)矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到71个等位基因,各座位上等位基因数为5～10个,平均为7.100个.兴义矮脚鸡各群体杂合度较大(在5.2～5.4),矮脚黄鸡群体杂合度较小(为0.3612).10对引物在四品系矮脚鸡中的平均多态信息含量在0.52765～0.82428,说明四品系(群)矮脚鸡均有丰富的遗传多样性.兴义矮脚鸡各群体与矮脚黄鸡群体间的遗传距离都较远,表明它们品系遗传特征相差均较大,有各自不同的遗传背景.     

苏禽黄鸡微卫星DNA指纹分析

利用经过筛选的20个微卫星标记对苏禽黄鸡各代次7个群体进行微卫星指纹检测。结果表明：20个微卫星标记在7个鸡群体中检测到的等位基因数平均为8．9个,平均基因杂合度为0．5824～0．7681,平均多态信息含量为0．4982～0．7064,7个鸡群体之间的遗传距离为0．1249～0．6014。7个鸡群体微卫星指纹分析结果基本与7个鸡群体实际的亲缘关系以及生产性能相吻合。并探讨了鸡种微卫星DNA指纹在鸡种的亲缘关系鉴定、监测各配套品系的选育效果和预测杂种优势等方面应用的可行性。     

右玉边鸡体质量相关微卫星标记的筛选

利用29个微卫星标记对140只右玉边鸡进行遗传结构分析,采用方差分析法对右玉边鸡12,14周龄体质量与微卫星标记进行连锁分析。结果表明,各位点平均等位基因数为4.93,平均多态信息含量为0.516 8,平均期望杂合度为0.575 0。方差分析和多重比较显示:标记MCW0206,MCW0014,ADL0278,MCW0067,MCW0123,MCW0330,MCW0069,MCW0037,MCW0222和ADL0112同时对12,14周龄体质量具有显著或极显著的影响(P<0.05或P<0.01);标记MCW0034对12周龄体质量具有显著的影响(P<0.05),标记LEI0234,MCW0165对14周龄体质量具有显著的影响(P<0.05)。其中,MCW0014基因型为201/201的个体12,14周龄体质量的最小二乘均值都显著高于基因型为187/187,195/195的个体(P<0.05);MCW0037基因型为157/157,161/161的个体12,14周龄体质量的最小二乘均值显著高于基因型为157/161的个体(P<0.05);MCW0067基因型为187/187的个体14周龄体质量的最小二乘均值显著高于基因型为183/183,181/181的个体(P<0.05)。研究结果表明,标记MCW0014的基因型201/201和MCW0037的基因型157/157,161/161有望作为12,14周龄体质量的辅助标记;标记MCW0067的基因型187/187有望作为14周龄体质量的辅助标记。     

鸡微卫星DNA标记与其生长性状的相关分析

测定了固始鸡与安卡鸡杂交后自交F2代500多个个体的0,2,4,6,8,10,12周龄体重,检测10个微卫星DNA标记,对标记基因型生长性状值进行方差分析和多重比较。结果表明:对于2,8,12周龄体重,MCW166各基因型间有显著差异(P<0.05);6周龄体重,MCW166各基因型间有极显著差异(P<0.01);对于2周龄体重,ADL169各基因型间有极显著差异(P<0.01),4,6,8周龄体重,ADL169各基因型间有显著差异(P<0.05)。     

微卫星DNA标记与边鸡生长性状关系的研究

利用 5种鸡基因组的微卫星DNA标记 ,对边鸡共 97只个体进行标记基因型与生长性状的最小二乘分析。结果表明 :有 2个标记位点ADL0 14 6和ADL0 176分别显著影响边鸡的部分生长性状。在ADL0 14 6位点 ,基因型为 14 9 -14 9个体的体重、龙骨长最小二乘均值显著大于基因型为 14 5 - 14 9、14 5 - 160和 14 9 -160个体所对应的性状 (P <0 .0 5 ) ;基因型为 14 9 -14 9个体的胫长最小二乘均值显著小于基因型为 14 5 - 14 9、14 5 - 160和 14 9 -160个体所对应的性状 (P <0 .0 5 )。在ADL0 176位点 ,基因型为 186- 186、186- 192个体的胸宽、骨盆宽最小二乘均值均显著大于基因型为 188- 2 0 2、192 - 2 0 8和 2 0 8 -2 2 2个体所对应的性状 (P <0 .0 5 )。     

微卫星标记预测半番鸭生长性状的杂种优势

为探究微卫星标记与肉鸭生长性状杂种优势的相关关系,利用8个微卫星标记对M18母本、大型母本、中型母本、小型母本和番鸭进行遗传多态性检测。结果表明,8个微卫星标记座位平均有效等位基因数为2.888 1个,平均多态信息含量为0.633 1,平均基因杂合度为0.518 1;番鸭与M18母本、大型母本、中型母本、小型母本的遗传距离为0.445 2、0.362 3、0.367 1和0.322 4。根据遗传距离,采用对数曲线模型对白羽半番鸭体重杂种优势进行预测,T检验结果显示,预测结果与实测结果无显著性差异,表明本研究建立的根据微卫星标记预测白羽半番鸭部分生长阶段体重杂种优势是可行的。     

利用微卫星标记分析北京油鸡的遗传多样性

[目的]探讨北京油鸡的遗传多样性。[方法]采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群的192个个体进行遗传多样性检测,并通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）分析群体内的遗传变异情况。[结果]在29个微卫星标记中共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数在2～14个,平均等位基因数为5．90个;多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0．53和0．59,均大于0．5,表现为高度多态性;除5个位．羔（MCW0069、ADI_0112、MCW0183、LE10234和MCW0016）外,其余24个微卫星位点都处于基因平衡状态。[结论]北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性。北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存。     

固始白鹅遗传多样性微卫星标记分析

［目的］对固始白鹅的遗传多样性进行微卫星标记分析。［方法］利用11个微卫星标记对固始白鹅进行遗传检测,筛选出多态性较好的微卫星位点,用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法分析这11个微卫星位点在固始白鹅中的遗传变异,计算了微卫星位点的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。［结果］8个位点在固始白鹅上有较好的多态性,平均每个座位检测到4.25（3～6）个等位基因,平均杂合度为0.597（0.273～0.695）,平均多态信息含量为0.635（0.530～0.769）,平均有效等位基因数为3.3447（2.3830-4.9840）。［结论］为固始白鹅的保种和选育工作提供参考依据。     

微卫星标记多态性与番鸭屠宰性能的关联分析

研究微卫星标记与番鸭屠宰性能的相关关系,为采用分子标记辅助选择的方法提高选种效果,并进一步加快育种进展提供相关参考依据.根据番鸭遗传图谱及相关文献报道,选择了与番鸭屠宰性能QTL连锁的8个微卫星基因座,对160只白羽番鸭的屠宰性状进行群体遗传学检测:计算其多态信息含量、等位基因数、杂合度.每个微卫星基因座的等位基因数3-6个不等,8个微卫星的平均等位基因数为4.25个,平均杂合度与平均多态信息含量分别为0.723和0.672.并进行微卫星标记与屠宰性能的关联分析.结果表明,不同基因型各屠宰指标的最小二乘均数以位点CAUD035和位点CAUD076差异性最显著CP<0.05),可作为番鸭屠宰性状选择参数.     

文昌鸡群体遗传多样性的微卫星分析

利用10对来自鸡不同染色体的微卫星引物序列,对文昌鸡46个样本（雌雄各半）进行了遗传多样性检测。结果表明：该群体平均多态信息含量为0．808,平均观察杂合度为0．351,平均期望杂合度为0．841,平均等位基因14．6个,表明海南文昌鸡群体遗传变异较大,遗传多样性较为丰富。研究结果为文昌鸡品种资源合理保护与开发利用提供了科学依据。     

利用16个微卫星标记分析6个鸭品种的遗传多样性

【目的】为系统评价润州凤头白鸭、连城白鸭、北京鸭、樱桃谷鸭、吉安红毛鸭和于田麻鸭6个鸭品种的遗传多样性。【方法】利用16个微卫星位点(STR分型技术)对6个鸭品种(各30只)的遗传多样性参数进行检测并进行聚类分析。【结果】16个微卫星位点共检测到141个等位基因,多态信息含量(PIC)介于0.25～0.60之间,其中,9个座位为高度多态位点(PIC0.50),7个座位为中度多态位点(0.25PIC0.50);6个鸭品种在微卫星座位的平均杂合度在0.385 4～0.518 7;聚类分析结果表明,润州凤头白鸭先与于田麻鸭聚为一类,再与连城白鸭聚为一类;北京鸭先与樱桃谷鸭聚为一类,再与吉安红毛鸭聚为一类。【结论】6个鸭品种遗传多样性丰富,反映了中国地方鸭品种间遗传多样性的差异。     

人参单一基因微卫星标记的分析

 【目的】利用人参单一基因（unigene）序列,研究人参转录区SSR的分布特征;开发单一基因微卫星（UGMS）标记,并比较人参UGMS与基因组SSR标记（G-SSR）在分布频率、多态性及通用性等方面的不同,为人参等五加科药用植物的鉴定、遗传图谱的建立等研究奠定基础。【方法】利用NCBI公共数据库的7 649条人参EST序列,筛选出含有SSR的单一基因序列,并分析人参SSR的分布;根据这些序列以及包含SSR的人参基因组序列合成的引物扩增人参不同品种和其它五加科植物。【结果】检测到总长度为2.72 Mb的4 869个单一基因。其中,488个单一基因分布有724个SSR,占人参EST的10.02%,SSR的分布密度为3.75 Kb。一至三核苷酸重复分布频率分别为29.28%、48.06%和19.06%。非编码区和编码区重复序列分别以AT/TA和AAG/CTT为主。在合成的100对UGMS和44对G-SSR引物中,分别有86和44对能够扩增出人参的PCR产物,其多态率分别为42.0%和43.2%。人参UGMS对五加科西洋参、三七和刺五加植物的通用性分别为100%、87.2%和75.6%;G-SSR分别为95.5%、72.7%和40.9%。【结论】人参基因中SSR发生频率较高,并以二核苷酸重复为主。不同基因区域内的SSR分布具有非随机性。UGMS在揭示种内多态性方面不及G-SSR,但具有较高的种间通用性。     

微卫星标记与仙居鸡体重的相关性

利用29个微卫星标记的多态性分析仙居鸡12周龄体重与微卫星标记的相关性。试验结果表明:位于3号染色体和连锁群E27C36W25W26上的2个微卫星标记MCW222、MCW165与仙居鸡12周龄体重显著相关。