猪CD4分子的全长cDNA克隆与序列分析

CD4分子为动物辅助性T细胞（TH）和部分胸腺细胞的共受体与信号传导分子，参与TCR介导的TH细胞活化和胸腺细胞分化过程。本研究应用RT-PCR和RACE技术从猪胸腺细胞总RNA中扩增克隆了猪CD4全长cDNA序列，并进行了序列特性分析。序列分析结果表明，在猪胸腺细胞和外周血淋巴细胞中存在2种方式剪接的CD4 mRNA转录本，其中一种mRNA转录本缺失编码40个氨基酸残基的120nt序列，提示该转录本可能编码猪分泌型CD4分子；猪CD4全长cDNA序列为2715nt。其中5′非编码区159nt，3′非编码区1183nt，1374nt的开放阅读框编码457个氨基酸的猪CD4前体蛋白（含4个糖基化住点）；猪CD4分子的7个Cys残基（Cys^43、Cys^122、Cys^327、Cys^418、Cys^421、Cys^444和Cys^446）和2个Ser残基（Ser^432和Ser^439）在动物种间保守；在猪CD4分子胞浆区．存在高度保守的Src家族蛋白酪氨酸激酶p56^kk。识别位点KKTCQC和内化相关双亮氨酸基序。推导氨基酸序列分析结果显示，猪与人、免、猫、狗和鼠CD4蛋白的氨基酸同源性分别为56．0％，54．5％。56．9％，56．5％和44．9％。     

猪CD3ε分子的cDNA 克隆与序列分析

应用RT-PCR和3′RACE技术，本研究从猪外周血淋巴细胞总RNA中扩增克隆了猪CD3ε基因并进行了序列分析。序列分析结果表明，猪CD3ε cDNA序列长1241nt，其中5′非翻译区80nt，3′非翻译区570nt，开放阅读框591nt，该开放阅读框编码196个氨基酸残基的CD3ε前体蛋白(无糖基化位点)；在猪CD3ε蛋白的胞外区，Cys^49、Cys^91、Cys^108和Cys^111为保守性氨基酸残基，它们与CD3ε免疫球蛋白样结构的形成有关。在猪CD3ε蛋白胞浆区，存在免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM)、内质网潴留基序和1个SH3结合基序，其中ITAM基序含有2个SH2结合基序和2个潜在酪氨酸磷酸化位点Tyr^177和Tyr^188，这些基序是猪CD3分子参与T细胞活化信号转导和TCR-CD3复合体装配的结构基础。推导氨基酸序列分析结果表明，猪与人、鼠、狗、牛和绵羊CD3ε蛋白的氨基酸同源性分别为61．2％、58．7％、58．7％、65．1％和65．6％。     

中国部分地方品种鸡CD4和CD8α基因cDNA的克隆与序列分析

用Trizol分别提取4～6周龄白莱航鸡、狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、仙居鸡、茶花鸡、固始鸡和隐性白羽鸡胸腺细胞的总RNA，再用Oligo-dT纤维索富集mRNA后，用RT-PCR分别扩增出鸡CD4和cD8α基因cDNA。将PCR产物克隆进T载体后测序。序列分析显示不同品种鸡的CD4 cDNA序列完全一致；中国地方品种鸡与国外品种的白莱航鸡、RPL7系鸡在CD8α胞外区有6～13个氨基酸的差异，仙居鸡与其他5个中国地方品种鸡在CD8α胞外区有4～5个氨基酸的差异，狼山鸡、北京油鸡和隐性白羽鸡CD8α cDNA的核苷酸序列及推导的氨基酸序列完全一致。这些结果表明，中国地方品种鸡CD4基因序列高度保守；中国地方品种鸡与国外品种鸡的CD8α cDNA序列之间具有遗传多态性，而中国地方品种鸡之间CDSα cDNA序列遗传多态性低，为进一步研究CD4分子和CD8α链的结构和功能提供了条件。     

猪Toll样受体7 cDNA的克隆及序列分析

本研究应用RT—PCR和RACE技术从肠系膜淋巴结组织总RNA中克隆出猪Toll样受体7（Toll—likere—ceptor7,TLR7）的cDNA序列。分析结果表明,克隆到的序列全长3834bp（GenBank登录号：EF469730）,其3150bp的开放阅读框编码1050个氨基酸残基的猪Toll样受体7蛋白。推导的氨基酸序列分析显示,在猪TLR7的胞外区,具有LRR-RI结构域,胞内具有TIR结构域,表现出典型的TLR家族结构特征,同源性分析结果显示,TLR7在进化过程中具有高度保守性,与牛、狗、人、猫和小鼠的氨基酸序列同源性分别为90．8％、87．4％、84．9％、86．7％和78．2％。     

猪ICOS基因部分cDNA的克隆与序列分析

研究旨在对猪T细胞诱导型刺激物(ICOS)基因的cDNA序列进行克隆与分析。根据已报道的人ICOS基因cDNA序列设计引物,首次从猪脾脏组织总RNA中扩增出ICOS基因编码区全长cDNA序列,克隆于pMD18-T载体后进行测序并进行序列拼接,运用生物信息学分析DNA序列。结果表明:该基因编码区全长630bp,编码210个氨基酸,包含5个外显子。该序列与人全基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为80%和85%;与狗和小鼠的推导氨基酸序列的同源性分别为81%和75%。这为进一步研究该基因的结构特点和功能奠定了良好基础。     

猪ADAR2基因全长cDNA克隆、序列特征及表达模式分析

旨在克隆猪作用于RNA的腺苷脱氨酶2基因(ADAR2)全长cDNA序列,同时对该基因在猪不同组织中的表达规律进行探索.利用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)对大白猪ADAR2基因mRNA全长序列进行克隆,并进行生物信息学分析;用荧光定量PCR方法检测35日龄大白猪心、肝、肺、肾...     

猪DECR1基因cDNA的克隆、序列分析及原核表达研究

旨在研究猪2,4-dienoyl-CoA reductase1(DECR1)基因的结构,揭示该基因的原核表达规律。试验以山西马身猪的肝脏组织为材料,采用RT-PCR与RACE技术克隆了DECR1基因的cDNA全序列,并将其重组于pET32a+原核表达载体中,经酶切、序列鉴定正确后,重组质粒转化大肠杆菌BL21进行诱导表达。结果表明:猪DECR1基因的cDNA全长2352bp,包括987bp的开放阅读框(ORF),53bp的5′非翻译区(UTR)和1312bp的3′-UTR;编码区(CDS)编码328个氨基酸残基与猪(电子预测序列)、牛、人、猩猩、猴、马、犬、鼠相应序列的同源性分别为99%、88%、88%、87%、87%、87%、87%和83%;SDS-PAGE电泳结果显示,在IPTG诱导4h时,外源蛋白表达效率最高;Western blot检测发现经诱导表达的蛋白产物大小约为35ku,与预测的大小一致。猪DECR1基因的克隆和表达研究,为进一步探究该基因的生物学功能及其分子遗传机制提供了理论基础。     

猪、鼠、羊补体C3d分子cDNA的克隆及序列分析

为比较不同动物的补体C3d基因序列,本研究参考已报道的人、鼠、牛的C3d基因序列设计引物,分别从小鼠、猪、羊的肝脏组织中扩增获得鼠、猪、羊的补体C3d基因.以鼠、猪、羊的肝脏中提取总RNA为模板,通过RT-PCR扩增出C3d分子的cDNA克隆到pMD18-T载体中,转化大肠杆菌,经酶切鉴定后进行序列测定,并利用生物信息学工具软件对3种C3d蛋白的理化和生物学性质进行分析.鼠C3d基因与人、猪、羊C3d基因的同源性分别为83%、82%、81%,牛和羊C3d基因的同源性为94%.鼠、猪、羊的补体C3d分子与受体CR2结合的功能区同源性很高,只有个别位置氨基酸发生了突变,可能具有相同的结构和功能.     

蒙古绵羊ghrelin cDNA的克隆及序列分析

根据GenBank中报道的绵羊ghrelin序列设计一对特异性引物，以蒙古绵羊真胃组织中提取的总RNA为模板，采用RT-PCR技术扩增出蒙古绵羊ghrelin的cDNA，并克隆到pTZ19载体中，经限制性内切酶谱和DNA序列测定，证实所克隆的蒙古绵羊ghrelin的cDNA为ghrelin的部分序列，因为用NCBI网站上的BLAST功能将测序结果同已发表绵羊ghrelin序列进行对比，205个碱基中仅有1个碱基的差异，该差异不影响翻译后多肽的序列。该段cDNA包含由168个碱基组成的开放读码框（ORF），该ORF编码56个氨基酸残基的前原蒙古绵羊ghrelin。对蒙古绵羊ghrelin的研究将有助于进一步揭示其生理和病理功能，对反刍动物多种疾病过程的认识及防治策略具有深远意义。     

猪ApoA5基因cDNA的克隆、序列分析及组织表达研究

旨在克隆猪ApoA5基因cDNA全序列,并对其进行序列分析,研究该基因的组织表达规律.试验以山西马身猪肝脏组织为材料,采用RT-PCR与RACE技术,对猪ApoA5基因的cDNA进行克隆,并对其进行了生物信息学分析.采用荧光定量PCR检测并分析了ApoA5 mRNA在2个猪种(马身猪和大白猪)中多个组织的表达规律.结果表明:猪ApoA5基因cDNA全长1 917 bp,包括1 092 bp的开放阅读框(ORF),24 bp的3'-UTR和801 bp的5'-UTR;编码区(CDS)共编码364个氨基酸,与牛、马、人、犬、猴、兔、褐鼠和小鼠氨基酸序列的同源性分别为81.7％、80.0％、78.3％、77.5％、76.5％、73.6％、67.1％和66.7％;ApoA5 mRNA除了在肺脏和脾脏中未检测到外,在其他8种组织中均有表达,其中在肝脏组织中高丰度表达,在皮下脂肪与背最长肌中中等表达,低量表达于小肠、肾脏、心脏、胰脏和胃,并且在皮下脂肪与背最长肌中ApoA5 mRNA的表达量存在显著的品种差异.猪ApoA5基因在动物进化中比较保守,ApoA5 mRNA的表达量受到组织和品种影响,推测ApoA5基因对脂肪沉积性状有一定的影响.     

蒙古绵羊Bcl-2基因5′端cDNA的克隆及序列分析

为扩增蒙古绵羊bcl-2基因5′端,根据Gen Bank上已公布的牛的序列,设计了2条引物。从蒙古绵羊脾中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增出bcl-2的c DNA,并重组到p Blueselect T载体,经限制性内切酶谱分析和DNA序列测定,测出5′RACE产物434个核苷酸序列,该序列包括C端144个氨基酸编码序列、翻译起始密码子ATG。     

传染性法氏囊病病毒VP2-4-3 cDNA的分子克隆和序列分析

从法氏囊组织分离IBDV超强毒株HK46并提取基因组RNA。以RNA为模板进行反转录合成cDNA第一链。采用长PCR扩增技术获得VP2－4－3 cDNA全长片段。将PCR产物克隆到pcDNA3.1( )载体，得到重组质粒pPP1。对pPP1插入片段全长序列进行了测序并对其序列进行了分析。结果表明，VP2－4－3 cDNA阅读框架由3039bp组成，可编码1012个氨基酸组成的前体多聚蛋白。经比较得知，HK46超强毒株VP2－4－3氨基酸序列与经典毒株间存在19－28个氨基酸的差异；与Harbin强毒株相差32个氨基酸；而与超强毒株OKYM和UK661分别相差2和6个氨基酸，且它们的VP2序列完全相同。在HK46超强毒株所特有的9个氨基酸中，3个位于VP2可变区，显示超强毒株其抗原性存在着变异。     

猪垂体特异性转录因子1基因cDNA的克隆及序列分析

本试验根据公开发表的猪POU1F1基因序列设计1对引物,提取猪垂体总RNA,通过RT-PCR方法扩增出POU1F1基因cDNA全序列,扩增产物用琼脂糖凝胶检测为预期的876 bp特异性条带。将扩增产物克隆入PTZ57R/T载体进行序列测定。经DNAStar软件分析序列与已发表序列同源性为99.7%,克隆获得的序列为进一步对猪POU1F1基因不同拼接形式功能性研究奠定了基础。     

关于牛CD34cDNA的克隆及应用

CD34是白细胞抗原，可在不同类型的细胞包括造血细胞中进行表达，抗人，鼠和犬CD34鼠白的单克隆抗体已用于对淋巴造血干细胞的鉴别，本试验克隆出编码牛CD34的cDNA，并测定其核苷酸顺序，推测其蛋白的氨基酸顺序与人，鼠和犬的CD34蛋白的氨基酸顺序的同源性分别为61.1%,56.0%,和66.1%。并以cDNA作为探针进行Northern杂交，探测CD34RNA在胎牛脑，脾，心和肺中的表达。     

猪Toll样受体3、7和8基因的克隆与序列分析

为了对猪Toll样受体(TLR)3、7和8基因进行克隆与序列分析,本实验从猪肺泡巨噬细胞(PAM)中,利用RT-PCR方法分片段扩增猪TLR3、7、8基因,并克隆于pMD18-T载体中。根据测序结果分析,猪TLR3、7和8基因的ORF分别为2718bp、3153bp和3087bp,并分别编码906、1051和1029个氨基酸。同源性分析结果显示,它们与GenBank中登录的猪TLR的相应序列同源性达99%以上;与牛、马、羊和人的同源性较高,与鼠的同源性次之,与鸡的同源性最低,其蛋白分子结构预测表明猪TLR3、7、8均为跨膜蛋白。     

猪CFL2基因cDNA的克隆与序列分析

动物肌肉是人们蛋白质的主要来源之一,其基本组成单位是肌纤维.近年来,猪肉品质已成为猪遗传育种学家研究的热点和难点问题.研究表明,肌肉的组成结构和肌纤维的组织学特性与肉品品质,特别是食用品质性状密切相关.肌动蛋白是构成肌节细肌丝和细胞骨架的主要成分,并参与了生物体内一系列重要的生理活动,如肌肉收缩、细胞运动、胞质分裂等.这些过程的发生除了需要肌动蛋白以外,还需要一些与之结合的调节蛋白参与,cofilin就是其中一类低分子量的肌动蛋白结合蛋白,广泛分布于从酵母到哺乳类的生物体内.哺乳动物都表达两种cofilin基因：CFL1和CFL2,其中CFL2主要在骨骼肌和心肌表达,被认为是肌肉组织肌动蛋白装配的调节器,对正常肌肉功能和肌肉再生起着重要的作用.但目前对其研究还比较少,其在骨骼肌中的功能性作用尚未证实.本试验试图通过对猪肌肉组织CFL2基因结构及其蛋白功能的研究,进一步了解它在骨骼肌细胞生长发育中的作用,以便为后续多态性研究及今后猪的分子遗传育种提供理论基础.     

猪α-干扰素基因的分子克隆和序列分析

应用PCR技术从猪肝组织中扩增获得一条约500 bp的特异带,回收后连接到pMD18-T载体中,转化DH5α,酶切鉴定和并进行测序分析.结果表明,成功克隆获得猪-干扰素(INF-α)基因,501bp,编码166个氨基酸,与GenBank上序列号为M28623及X57191的序列相似性分别为96.6%和96.4%,氨基酸的相似性为91.6%.     

猪RPS3基因的克隆和表达分析

RPS3在体内具有多种功能,为了进一步揭示其结构与功能的关系,探索其编码区作为系统发育标记的可行性,本研究应用生物信息学、RT-PCR和3-′RACE方法首次克隆了猪RPS3基因（GenBank登录号：DQ660373）并进行了序列分析,同时利用半定量RT-PCR方法分析了RPS3基因的时空表达规律。序列分析表明RPS3开放读码框全长为732 bp,编码243个氨基酸残基的多肽链,含有核糖体蛋白S3标签,构建的系统发育树显示聚类结果与动物学上的分类一致。半定量RT-PCR分析表明RPS3在所检测的10种组织中均有较高水平的表达,心脏中的表达量最高,肺脏中的表达量最低,其它组织间差异不大;在仔猪中表达量高,随着日龄的增加表达量不断下降,在3月龄以后的猪中表达量趋于平稳。以上结果说明RPS3基因CDS适合构建种间的系统发育树,mRNA的表达水平与细胞的生长代谢速度有关。     

猪α-干扰素基因的分子克隆与序列分析

应用PCR技术直接从长白猪的肝组织基因组中扩增得到了一条大小约为500bp的特异带，将其连接到pMD18-T质粒中，转化感染态的DH5α，运用蓝白斑筛选、酶切鉴定及质粒PCR鉴定，筛选可疑阳性重组子。测序结果表明，该基因（暂定名为pIFN-α）由501个核苷酸组成，共编码166个氨基酸。在核苷酸水平上，与GeneBank上序列号为M28623及X57191的同源性高达98％和97.8%，但存在无义突变，氨基酸的同源性达95.8%。     

顿河红豆草凝集素cDNA克隆与序列分析

利用RT-PCR技术从顿河红豆草含浓缩单宁的愈伤组织总RNA中分离克隆了凝集素cDNA.该cNDA包含完整的编码区和3’端非编码区,所编码的氨基酸序列与其它豆科植物凝集素具有较高的同源性。