科学家研究建立基因组编辑外源成分检测平台

正中国水稻研究所水稻基因组编辑及无融合生殖创新团队和中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋团队合作,研究建立了一种对外源成分进行精确分析的工具FED(Foreign Element Detector,外源成分探测器)。相关研究成果在线发表在《中国科学:生命科学(Science China Life Sciences)》(英文版)上。     

水稻基因组“垃圾DNA”的真相

正最近,中国农科院作物所水稻优异种质资源发掘与创新利用团队利用全基因组分析的手段,对水稻及其近缘野生种基因组中的"垃圾DNA"进行注释。结果发现,有些被称作"垃圾DNA"的变异与水稻淀粉含量、籽粒大小等重要农艺性状的多样性相关。其研究结     

超级稻粒宽粒重基因调控产量机理获揭示

正中国水稻研究所水稻基因组模块创制创新团队在《新植物学家》上在线发表了最新研究成果。该研究克隆了一个水稻粒宽粒重QTL/基因并开展了功能分析,为阐明水稻粒形的遗传调控机制和高产分子育种奠定了基础。     

植物长非编码RNA进化相关研究进展

长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的重要性在近年来的研究中日益凸显。由于lncRNA的同源性、保守性和特异性可以间接反映其生物学功能,越来越多的研究聚焦于理解lncRNA的进化过程。现主要就lncRNA基本性质、lncRNA鉴定方法、植物基因组进化以及植物lncRNA功能与进化的研究进展进行综述,以期为更好地开展植物lncRNA进化研究提供参考。     

生物所揭示非编码RNA协同调控固氮机制

正中国农业科学院生物技术研究所微生物功能基因组创新团队林敏课题组在水稻根际联合固氮施氏假单胞菌中发现新型非编码RNA参与协同调控固氮酶活性,为进一步揭示生物固氮网络调控机制奠定了重要理论基础。相关研究成果在线发表在《应用环境微生物学(Applied and Environmental Microbiology)》上。     

植物病毒快速检测试剂盒问世

近日,中国农业科学院植物保护研究所作物病原生物功能基因组创新团队与浙江大学生物技术研究所等单位联合研制了针对1种农作物一类病毒(南方水稻黑条矮缩病毒)和3种检疫性植物病毒(玉米褪绿斑驳病毒、番茄褐色皱纹果病毒和黄瓜绿斑驳花叶病毒)的dot-ELISA (斑点酶联免疫吸附测定)快速检测试剂盒.     

植保所研发新型水稻单碱基编辑器

<正>近日,中国农业科学院植物保护研究所周焕斌团队和周雪平团队与四川大学、美国俄亥俄州立大学合作,在水稻中成功开发出一种新型水稻碱基编辑器(rBE14),实现了水稻基因组中A·T碱基对向G·C碱基对的高效定向转换。相关研究成果于3月8日在线发表在国际著名学术期刊《分子植物(Molecular Plant)》。     

湖南杂交水稻研究中心

<正>湖南杂交水稻研究中心(以下简称"中心")是国内外第一家专门从事杂交水稻研发的科研机构。现有在职人员142人,其中院士1人,高级研究人员56人;享受国务院特殊津贴专家6人,国家"万人计划"科技创新领军人才1人,"新世纪百千万人才工程"国家级人选1人;组建了1个国家重点领域创新团队、3个省级创新团队。拥有杂交水稻国家重点实验室、水稻国家工程实验室(长沙)、杂交水稻国际科技合作基地、联合国粮农组织杂交水稻研究培训参考中心和长沙、三亚两大研究试验基地等科技创新平台。     

湖南杂交水稻研究中心

<正>湖南杂交水稻研究中心(以下简称"中心")是国内外第一家专门从事杂交水稻研发的科研机构。现有在职人员142人,其中院士1人,高级研究人员56人;享受国务院特殊津贴专家6人,国家"万人计划"科技创新领军人才1人,"新世纪百千万人才工程"国家级人选1人;组建了1个国家重点领域创新团队、3个省级创新团队。拥有杂交水稻国家重点实验室、水稻国家工程实验室(长沙)、杂交水稻国际科技合作基地、联合国粮农组织杂交水稻研究培训参考中心和长沙、三亚两大研究试验基地等科技创新平台。     

基于RNA-seq的木霉长链非编码RNA的生物信息学预测及其重寄生相关性分析

[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。     

不同温度下TMV侵染枯斑三生烟的LncRNA差异表达

【目的】筛选不同温度下烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)侵染后枯斑三生烟(Nicotiana tabacum var. Samsun NN)差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),研究lncRNA在枯斑三生烟抗性反应中的作用。【方法】N基因的温度敏感性使枯斑三生烟在25℃时具备对TMV的抗性、在31℃抗性丧失,在这两个温度条件下对枯斑三生烟接种TMV和磷酸盐缓冲盐水(phosphate buffered saline,PBS),48 h后提取系统叶总RNA,构建链特异性文库后进行深度测序。对测序结果进行过滤后利用HTSeq将有效数据与近缘品种TN90(N. tabacum var. TN90)基因组比对,筛选得到lncRNA后利用FPKM法估计lncRNA的表达水平。通过edgeR筛选差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA),并利用qRT-PCR技术对这一结果进行验证。通过共定位及共表达分析预测DElncRNA的靶基因,通过参考基因组注释、GO和KE...     

袁隆平团队领衔杂交水稻国家重点实验室通过验收

由湖南杂交水稻研究中心和武汉大学联合共建的杂交水稻国家重点实验室,近日通过科技部组织的验收。;两年来,以袁隆平院士领衔的实验室研究团队,瞄准杂交水稻学科前沿发展趋势,着力从水稻杂2种优势机理、水稻发育与育性机理、杂交水稻种质创新与基因挖掘、超级杂交稻育种、杂交水稻繁育、与种子学、杂交水稻超高产生理生态6个方面,开展杂交水稻基础与应用基础研究。团队承担了国家“973”、“863”计划等国家级、省部级及国际合作课题110余项,“强优势水稻杂交种创新团队”入选国家重点领域创新团队。     

我国学者绘制水稻高分辨率三维基因组图谱

<正>华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室团队近日合作绘制了水稻活跃基因以及异染色质参与的高分辨率三维基因组图谱,揭示了水稻三维基因组结构对基因的转录调控,以及遗传变异对三维基因组结构及基因表达的影响。     

水稻基因打靶技术有新突破

正最近,中科院分子植物科学卓越创新中心朱健康领衔的团队,在植物基因组编辑领域再次取得重要进展。研究人员采用修饰后的DNA片段作为供体,在水稻上建立了一种高效的片段靶向敲入和替换技术,高至50%的靶向敲入效率将极大地方便植物的研究和育     

科技珍闻

2002年12月日,中科院、国家计委、科技部、国家自然基金委联合宣布,中国科学家独立完成了世界上第一个水稻基因组“精细图”——中国水稻(籼稻)基因组“精细图”,并预测出大约6万个水稻基因。由中科院基因组信息中心暨北京华大基因中心为主的科研团队完成了这一科研工程。据介绍,这张“精细图”覆盖了97％的基因序列,其中97％的基因被精确地定位在染色体上。籼稻基因组“精细图”是全世界第一张农作物的基因组精细图谱,也是一项令世界瞩目的科学研究成果。“精细图”的完成将为阐     

长片段非编码RNA及其功能研究进展

随着大规模基因组测序的完成,大量的非编码RNA（non-coding RNA,ncRNA）被发现。这些ncRNA能够通过多种遗传机制参与基因表达调控,其中Longnon-coding RNA（lncRNA）是一类转录本长度超过200nt的RNA分子。研究表明,lncRNA参与了基因组印记,剂量补偿效应,表观遗传等多种重要的调控过程。就近年来lncRNA的功能方面研究进展进行综述。     

作科所揭示类驱动蛋白调控水稻发育的分子机制

正近日,中国农业科学院作物科学研究所作物功能基因组研究创新团队利用水稻极度矮化突变体std1,揭示了类驱动蛋白通过影响细胞分裂进而调控水稻叶片大小和植株高度,进一步深化了人们对植物矮化机理的认识。相关研究发表在《植物学报(The Plant Journal)》上。     

吉林省农业科学院水稻科研创新团队

<正>吉林省农业科学院水稻科研创新团队成立于2015年7月10日。团队打破院内学科、专业、课题组界限,整合全院水稻研究优势资源和优势力量,构建一个首席专家负责制的相对独立运作、非机构性质、结构松散任务紧密的水稻科研创新团队。团队坚持市场化原则,坚持任务整合资源,以水稻新品种选育为核心,以水稻产业可持续发展为主线,协同开展抗逆、水肥高效利用、     

国审水稻新品种——吉农大531

<正>1研究团队概况吉林农业大学水稻育种与生理创新团队育成水稻新品种——吉农大531,于2018年通过国家品种审定,予以推广。该创新团队成员8人。其中,凌凤楼,副研究员,硕士生导师,吉林农业大学水稻所所长,研究方向为     

长链非编码RNA在动物和植物中的最新研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200nt、不编码或很少编码蛋白质的RNA。lncRNA能在转录、转录后、表观遗传等多个水平调控基因表达,广泛参与基因组印迹、染色体重塑、转录激活、转录干扰、细胞周期等多种生命过程的调控,影响着各种生物学过程,是当前分子生物学和遗传学研究的热点。本文围绕近几年国内外关于lncRNA的最新研究成果,就其在动物和植物中参与的生物学过程进行了比较,对其分子机制、功能、研究策略及目前研究中面临的问题等作一综述,为进一步在动植物领域研究lncRNA的功能和分子机制提供依据和参考。