新疆南疆牛乳头状瘤病毒鉴定与基因分型

为探究新疆南疆某奶牛场疑似感染牛乳头状瘤病及病毒基因型,本试验采取牛皮肤病变肿瘤样组织,进行组织病理学检查,并提取病料DNA,以乳头状瘤病毒(bovine papillomavirus,BPV)L1基因简并引物和通用引物(FAP59/FAP64和MY11/MY09)进行PCR扩增、测序、序列分析及遗传进化树构建。测序结果表明:新疆南疆Aks-01株与Gen Bank收录的BPV-2基因型参考株核苷酸序列比较,核苷酸同源性可达95%,为BPV-2基因型;与BPV-1、BPV-13基因型参考株遗传进化关系最近,同属Delta属。结合临床症状、组织病理学检查,确定该奶牛场牛乳头瘤由BPV-2基因型感染引起。     

牛乳头状瘤病诊断及其病毒基因型分析

对贵州省晴隆县某种牛场暴发的疑似牛乳头状肿瘤病进行诊断,采用流行病学调查、临床症状观察、病理切片观察、PCR检测和分子分型。结果显示,该种牛场牛乳头状瘤病发病率为35%(7/20)。瘤体多呈结节状及菜花状,颜色多呈灰白色。病理切片显示,瘤体呈现角质化过度和细胞空泡化现象。遗传进化树分析显示,贵州省晴隆县暴发的牛乳头状肿瘤病是由BPV2型牛乳头瘤病毒所引起。本研究为贵州地区牛乳头状瘤病的科学防控提供了一定的理论依据。     

牛乳头状瘤病毒贵州株L1基因克隆及生物信息学分析

为分析牛乳头状瘤病毒贵州株（BPV-GZ01株）L1基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,本试验对BPV-GZ01株L1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件及方法对BPV-GZ01株L1基因进行序列分析,并对其编码蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,L1基因序列全长为1 494 bp,编码497个氨基酸;与BPV2、BPV2-SW01、BPV2-AKS01、BPV13、BPV1株相应序列核苷酸同源性分别为99.1%、99.8%、99.4%、87.6%和82.8%,氨基酸同源性分别为98.6%、99.4%、98.4%、94.4%和91.3%;系统进化树显示,BPV-GZ01株与BPV2-SW01株亲缘关系最近;L1蛋白二级结构以无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在6个B细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域;三级结构呈弯曲状螺旋结构。本研究结果将为贵州省BPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。     

牛乳头状瘤的病理学观察及其病毒基因型分析

为研究牛乳头状瘤病毒(BPV)在我国对牛的致病性及基因型,本研究选取某奶牛场发病的犊牛,通过对皮肤肿瘤样物进行临床观察、组织病理学及免疫组织化学检查,并应用DNA提取及PCR等技术对其进行鉴定.组织病理学结果显示牛乳头状瘤呈现角化过度和细胞空泡化现象;免疫组织化学结果显示胞浆棕染呈BPV阳性;应用PCR对其DNA进行扩增,检测出阳性样品,测序结果表明与BPV-1和BPV-2同源性达98％～99％.表明该奶牛场犊牛发病由BPV-1和BPV-2引起的.     

牛乳头状瘤病毒2型贵州株L2基因克隆及生物信息学分析

为分析牛乳头状瘤病毒2型贵州株(BPV2-GZ01株)L2基因的分子特征,预测编码蛋白的生物学功能。本试验对BPV2-GZ01株L2基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学相关软件及方法,对BPV2-GZ01株L2基因进行序列分析并对其编码蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,L2基因PCR扩增产物大小为1 404 bp,编码467个氨基酸;与参考株BPV2株、BPV2-AKS01株、BPV2-AKS01株、BPV13株、BPV1株相应序列核苷酸同源性分别为99.0%、99.7%、99.3%、83.9%和75.1%,氨基酸的同源性分别为98.9%、99.6%、99.4%、89.5%和82.7%;系统进化显示,BPV2-GZ01株L2基因与BPV2-SW01株亲缘关系最近;二级结构以无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在B细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域。本研究结果将为贵州省BPV核酸疫苗研究提供理论依据。     

新疆南疆牛冠状病毒BCV-Aks-01株分离及基因型鉴定

将疑似感染牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)病死犊牛的粪便样品,滤菌处理后接种于HCT-8细胞,盲传数代,出现细胞病变后收获细胞液。提取病毒RNA,依据NCBI登录的牛冠状病毒高度保守N基因设计1对特异性引物,对N基因进行RT-PCR扩增、测序及序列分析。结果显示,BCV-Aks-01毒株与牛冠状病毒参考株N基因核苷酸同源性为97.5%~98.6%,同BCoV参考毒株Mebus同源性为97.8%,N基因遗传进化树表明,BCV-Aks-01毒株与BCoV参考株亲缘关系较近,处于遗传进化树中同一分支上,属于冠状病毒Betacoronavirus,证实该分离株为牛冠状病毒。     

1株长春地区羊传染性脓疱病毒的分离鉴定及F1L基因的克隆与序列分析

利用MDBK细胞从长春郊区一养羊户送检的出现典型"口疮"症状的病羊唇部痂皮中分离获得1株病毒,通过电镜观察、理化学测定、PCR检测、动物回归试验、间接免疫荧光(IFA)及病理组织学观察等方法对该株病毒进行了系统鉴定,证实该分离株为羊传染性脓疱病毒(Orfvirus,ORFV),命名为ORFV-cc。参照GenBank中ORFVF1L基因的核苷酸序列,设计合成1对特异性引物,成功地对ORFV-cc株F1L基因进行克隆、测序,并推导出其氨基酸序列。序列分析表明,获得的ORFV-cc分离株F1L基因片段长987bp,编码328个氨基酸,与ORFV-NZ2,ORFV-7,ORFV-20,ORFV-C2,ORFV-mi-90,ORFV-Torino株核苷酸序列同源性分别为97.5%,98.3%,97.9%,98.5%,98.4%,97.5%;氨基酸序列同源性分别为97.2%,97.2%,97.5%,98.8%,98.8%,97.9%。系统发育进化树结果表明,ORFV-cc分离株与参考毒株ORFV-C2和ORFV-mi-90的亲缘关系较近,表明不同地区分离毒株的F1L基因差异不大。     

牛乳头状瘤病毒13型L1基因的克隆及原核表达

本研究旨在克隆并表达牛乳头状瘤病毒13型(BPV13)L1基因。以BPV13基因组为模板,通过PCR技术扩增得到大小1 494 bp的目的片段,同时用BamHⅠ和Hind Ⅲ分别对目的片段和pET28a(+)载体进行双酶切,将双酶切后的L1基因片段克隆至原核表达载体pET28a(+),构建pET28a-L1重组质粒,双酶切和测序鉴定正确后转入大肠杆菌BL21(DE3)受体菌中,筛选出最佳IPTG浓度和最佳诱导时间后进行诱导表达,进行SDS-PAGE和Western blotting检测。结果表明,L1基因正确插入到原核表达载体pET28a(+)中;IPTG诱导后含重组质粒pET28a-L1的表达菌成功表达了带His标签的融合蛋白;SDS-PAGE电泳结果显示融合蛋白分子质量为60 ku,与预期大小一致,超声破菌后,SDS-PAGE电泳显示融合蛋白存在于沉淀中;Western blotting验证为带His标签的融合蛋白。本试验为进一步研究BPV13 L1基因的功能及为BPV13有效DNA疫苗的研制奠定基础。     

1株B基因型牛副流感3型病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

为探究新疆某集约化牛场1～6月龄犊牛群中牛副流感病毒3型(BPIV3)的感染情况,对采集的60份犊牛鼻拭子样品进行RT-PCR检测、病毒分离鉴定及全基因组测序和遗传进化分析。结果显示,样品中BPIV3核酸阳性率为11.67%。从核酸阳性样品中分离获得1株BPIV3,并命名为XJ21032-1(45),其基因组全长为15 512 bp;遗传进化分析表明,XJ21032-1(45)属于BPIV3 B基因型,该分离株与澳大利亚的BPIV3 B基因型参考株Q5592(EU277658)的同源性最高为93.4%。本研究成功分离得到了1株B基因型BPIV3,证实B型毒株在我国的存在和流行,为BPIV3疫苗研发提供了原材料,也有助于我国BPIV3分子进化规律及溯源的进一步研究。     

牛乳头瘤病毒基因1型广西GX01流行株全基因组克隆及序列分析

为了解牛乳头瘤病毒1型（bovine papillomavirus genotype 1,BPV-1）广西GX01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,同时了解该毒株引起宿主产生的病理组织学变化情况,本研究选取广西贺州市患病牛皮肤肿瘤样物制作石蜡切片后镜检观察,提取病料DNA,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR扩增以确定此病毒的基因型,根据GenBank中BPV参考株设计嵌套引物,对GX01株进行全基因组扩增、克隆测序及序列分析。病理组织学检查结果显示,可在病变部位发现表皮细胞增生、肿胀,角质过度及挖空细胞等乳头瘤病毒感染的特征性病变。序列分析结果表明,GX01株为BPV-1,其全基因组长为7 945 bp,包含E1、E2、E4、E5、E6、E7、L1、L2 8个开放阅读框,符合BPV-1型基因组的结构特征;GX01与BPV-1参考株全基因组核苷酸序列同源性为98.6%~99.6%,与BPV-2型参考株（M20219.1）、BPV-13型参考株（JQ798171.1）同源性分别为86.9%和87.2%。GX01株为广西地区首次经检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。本研究为广西地区乃至全国的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律、遗传变异、疫源追溯及科学防控提供了基础数据。     

Differential expression of microRNAs in bovine papillomavirus type 1 transformed equine cells

Bovine papillomavirus (BPV) types 1 and 2 play an important role in the pathogenesis of equine sarcoids (ES), the most common cutaneous tumour affecting horses. MicroRNAs (miRNAs), small non‐coding RNAs that regulate essential biological and cellular processes, have been found dysregulated in a wide range of tumours. The aim of this study was to identify miRNAs associated with ES. Differential expression of miRNAs was assessed in control equine fibroblasts (EqPalFs) and EqPalFs transformed with the BPV‐1 genome (S6‐2 cells). Using a commercially available miRNA microarray, 492 mature miRNAs were interrogated. In total, 206 mature miRNAs were differentially expressed in EqPalFs compared with S6‐2 cells. Aberrant expression of these miRNAs in S6‐2 cells can be attributed to the presence of BPV‐1 genomes. Furthermore, we confirm the presence of 124 miRNAs previously computationally predicted in the horse. Our data supports the involvement of miRNAs in the pathogenesis of ES.     

牛病毒性腹泻病毒基因2型代表株全基因组序列分析

为了解我国牛病毒性腹泻(BVD)的分子流行病学情况,本研究对分离的3株牛病毒性腹泻病毒基因2型(BVDV-2)代表株全基因组进行序列分析,应用RT-PCR法分段扩增3株BVDV-2(XJ-04、SD-09和QH-09)的全基因组序列,共分为18个片段:A～Q以及5'-UTR和3'-UTR的部分序列。除5'-UTR和3'-UTR部分序列外,A～Q基因片段末端相互重叠。经序列拼接获得3株全基因组序列,全长均为12 284 bp。将测序结果与GenBank登录的瘟病毒科代表毒株序列、自我裂解酶(Npro)、结构蛋白(C、Erns、E1、E2)以及标准株BVDV-1 NADL和BVDV-2 890进行核苷酸以及氨基酸序列同源性分析。结果表明:XJ-04、SD-09和QH-09的全基因组序列同源性高于99.6%,3株BVDV-2分离株与890和NewYork93株亲缘关系最近,属于BVDV-2a亚型。在致细胞病变型的XJ-04、SD-09、QH-09株的NS2/3基因上无外源基因的插入。本研究分离的BVDV-2株为国内首次鉴定国内分离株全基因组序列,为我国BVD的分子流行病调查提供依据。     

猫疱疹病毒1型的分离鉴定及gD基因序列分析

为研究猫疱疹病毒1型(FHV-1)的分子流行病学特征,对2016年-2017年从洛阳及天津地区多家宠物医院收集的具有上呼吸道感染症状的病猫眼鼻拭子样品,用FK-81细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光试验、电镜形态观察和gD基因测序分析等方法鉴定所分离的病毒,并进行病毒体外生长动力学研究。结果显示,病料在FK-81细胞上接种后24 h^36 h呈现变圆、融合、局灶性堆积聚团和脱落等细胞病变;分离毒株可被FHV-1单克隆抗体特异性识别;电镜下可观察到病毒粒子呈圆形、有囊膜、直径约130 nm,具有疱疹病毒科的典型形态特征,将所分离到的5株FHV-1分别命名为2016TJ1株、2016TJ2株、2017LY1株、2017LY2株和2017LY3株;病毒一步生长曲线测定结果显示,接种后12 h^36 h病毒快速增殖,40 h^60 h病毒滴度达到高峰,72 h病毒滴度开始下降;5株FHV-1 gD基因序列之间的同源性为100%,核酸序列高度保守且与国内外流行株及疫苗株的同源性极高。研究结果为我国宠物猫群中FHV-1的病原分离、分子流行病学调查等研究积累了资料。     

两株不同来源的猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒1型（PCV1）ORF2基因序列，设计了1对引物，应用PCR方法从PK-15细胞和疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）的仔猪组织病料中分别扩增出了PCV1 ORF2全基因（702bp）。将此基因片段克隆入pMD18-T载体，筛选获得了重组质粒pMD-PCV1-ORF2，并对其进行了测序与分析。结果表明：所克隆的PK-15来源和组织病料来源的ORF2基因的同源性为99．4％，二者与GenBank中登录的PCV1 ORF2基因的同源性为97．3％～99．9％，与PCV2 ORF2基因的同源性为67．9％～68．4％，二者编码的蛋白在几个功能区比较保守。抗原表位预测表明，PCV1 ORF2编码的蛋白具有良好的免疫原性。     

3株牛病毒性腹泻病毒的分离鉴定及其基因分型

为确定牛呼吸道传染病的病原以及牛病毒性腹泻病毒(BVDV)在临床健康牛群中是否存在持续性感染,本研究采集了内蒙古自治区和黑龙江省两个牛场牛鼻拭子46份及肺脏样品8份,采用MDBK细胞进行病毒分离培养,经BVDV特异性引物RT-PCR检测有3份样品为阳性。利用间接免疫荧光检测3株阳性样品,可以观察到特异性荧光,表明分离得到3株BVDV,分别命名为480、A0583和Lung-6。进一步研究显示480、A0583和Lung-6均为非致细胞病变型。对3株分离病毒的5'端非编码区和Npro基因进化树分析显示3株病毒均属于BVDV1型,其中480株属于BVDV1c亚型,A0583株和Lung-6株同属于BVDV1m亚型。本研究首次在国内同一个牛场分离到BVDV1m(A0583)和BVDV1c(480)两个基因亚型。本研究为我国BVDV-1型不同基因亚型的抗原关系分析及BVDV疫苗的研制奠定了基础。     

马源马链球菌兽疫亚种新疆株的分离鉴定及遗传特性分析

为了解马源马链球菌兽疫亚种（S.zooepidemicus）新疆分离株马链球菌兽疫亚种类M蛋白（SzM）基因的分子进化与变异情况,为该菌引起的感染性疾病的防控提供依据,本试验对新疆地区某马场采集的病马淋巴结样品进行病原菌的分离培养和生化鉴定,并对分离菌株进行药物敏感性试验。根据已发表的马源SzM基因序列设计引物,对其SzM基因进行PCR扩增及序列测定。将获得的SzM序列与GenBank中不同动物源马链球菌兽疫亚种分离株序列进行同源性比对和遗传进化分析。结果显示,分离得到了一株革兰氏阳性链球菌,将其命名为马链球菌兽疫亚种ZMSY15-1。药物敏感性试验结果表明,分离菌株对青霉素、磺胺嘧啶钠耐药,对其他14种药物均敏感。序列分析结果显示,马链球菌兽疫亚种ZMSY15-1与国内外不同动物源分离株SzM基因氨基酸同源性为56.0%~70.0%。遗传进化分析结果显示,这些菌株可分为4个群。马链球菌兽疫亚种ZMSY15-1与猪源分离株SzM蛋白的氨基酸同源性为59.9%,分别属于2个不同的群,其与美国马源分离株NH55426亲缘关系最近。本试验结果可丰富国内马源马链球菌兽疫亚种SzM基因的信息数据,为马链球菌兽疫亚种的致病机制研究和预防控制提供参考依据。     

牛病毒性腹泻的鉴定以及治疗

为了鉴定甘肃武威地区某牛场中牛病毒性腹泻病的发病情况,分别采集了13只病牛的血液样品、粪便样品配合诊断,通过血清学诊断方法和PCR鉴定的方法对样本进行了检测,结果显示血清学方法中的13份血液样本有8份为阳性,粪便样本提取RNA,进行RT-PCR同样可以检测到8份样本中扩增得到片段大小为267bp的条带,检测的13份样本有8份样本的血清学检测和粪便PCR检测均为阳性,本次检测的阳性率为61.54%,结果表明本次检测的甘肃武威地区某养殖场的牛病毒性腹泻阳性率相对较高,需要加强牛病毒性腹泻的防控,采取科学的手段治理该类疾病降低其对养牛产业的损失。