多元主成分和动态聚类在油菜常规试验主要性状分析中的应用

本研究主要通过多元统计分析方法中的主成分分析和动态聚类分析对2009-2010年江苏省常规油菜预备试验14个品种的11个主要性状进行研究。结果表明,主成分分析的前3个主成分Y1,Y2,Y3含有总的贡献率达到97.56%,并且通过3大主成分分别在各个性状中的得分值的高低了解各个性状在主成分中的分量。将主成分的前3个主成分进行基于组内平方和最小的动态聚类分析,得到唯一聚类结果,并根据分类数的不同画出不同颜色聚类图形。本研究给传统育种的量化分析提供了一个新的思路。     

石斑鱼杂交种“云龙斑”与亲本的表型数量性状判别分析

表型数量性状对于鱼类分类、种质鉴别具有重要作用,表型性状中包含了丰富的遗传信息。利用多重比较、杂交系数比较、判别分析和主成分分析几种生物学多元统计方法,对云纹石斑鱼(♀)、鞍带石斑鱼(♂)及杂交后代"云龙斑"3个生物学群体的14个表型数量性状进行分析,结果显示:"云龙斑"与母本云纹石斑鱼在表型上的相似率达到27.27%,与父本鞍带石斑鱼的相似率达到54.54%。云纹石斑鱼与鞍带石斑鱼的相似率为54.54%。14个性状的平均杂交系数为76.01,证明杂交后代表型数量性状偏向于父本。通过判别分析和主成分分析筛选出能够鉴别杂交后代和亲本的7个主要数量性状,分别为:体长/尾柄长、头长/眼间距、体长/头长、尾柄长/尾柄宽、体长/尾柄宽、腹鳍条、背鳍软鳍条。通过逐步判别拟合出了能够判别以上3个生物学群体的典型判别函数(F1、F2)和分类判别函数(Y1、Y2、Y3),判别准确率平均达到98.85%,可以清晰地将3个生物学群体在二维空间上分类。主成分分析结果显示,前3个主成分的总方差积累贡献率达62.891%,拟合了3个具有代表性性状的主成分函数(P1、P2、P3),利用前3个主成分在三维空间上绘制出了3个生物学群体分布图。本研究为石斑鱼杂交后代"云龙斑"与亲本云纹石斑鱼和鞍带石斑鱼的种质鉴别提供了丰富的科学依据。     

甘蓝型油菜主要农艺性状相关性及主成分分析

2016²017年在江苏盐城对12个甘蓝型油菜品种(组合)的11个农艺性状进行了相关分析和主成分分析。结果表明:不同甘蓝型油菜品种(组合)的主要农艺性状差异较大,变异系数介于0.092017年在江苏盐城对12个甘蓝型油菜品种(组合)的11个农艺性状进行了相关分析和主成分分析。结果表明:不同甘蓝型油菜品种(组合)的主要农艺性状差异较大,变异系数介于0.09⁰.72,以二次分枝数的变异系数最大,以角果长度的变异系数最小;甘蓝型油菜的产量与一次分枝数、二次分枝数、全株角果数均呈显著正相关;在主成分分析获得的4个主成分中,第1主成分主要与角果数有关,第2、3主成分主要与角果性状有关,第4主成分主要与产量有关,这4个主成分的累积贡献率达到了85.69%。     

部分柚类品种的数量分类和主成分分析

利用SPSS12.0软件对柚类31个品种的23个果实形态学性状进行了品种的Q型聚类及其性状的R型聚类,并对23个形态学性状进行了主成分分析。结果显示:Q型聚类可分为4个组群;R型聚类可分为5个组;经主成分分析,23个性状可综合为7个主成分,其累积贡献率达78.7%,根据前7个主成分与性状间的相关性,选出了影响力比较大的13个性状。     

甘蓝型油菜亲本材料的综合评价和聚类分析

作者应用多元统计分析方法,研究了甘蓝型油菜亲本材料的主要农艺性状的遗传差异。通过主成分分析,从67个品种(系)中选出10个综合农艺性状优良和16个综合农艺性状较好的亲本材料。以五个标准化主成分的欧氏距离(D~2),度量品种(系)间数量性状的遗传差异,并用可变类平均法(β=-1/4)作系统聚类分析,将这些亲本分为七类。结果表明:亲缘关系和地理来源的亲疏远近并不决定遗传距离的大小。本试验分析提供的品种(系)评价以及聚类结果,对甘蓝型油菜育种亲本选配具有一定的指导作用。     

辣椒地方品种的主成分分析及数量分类

为了进一步优化辣椒杂交品种，估算了36个辣椒地方品种的主要病害抗性、果实营养含量和农艺性状等15个性状的主成分值，并将其分为5大类．结果表明：数量分类的结果基本反映了辣椒品种间的遗传差异，符合实际情况．当主成分的特征值的累计贡献率大于75％时，主成分值就能基本反映原来性状的遗传特征．比较不同的系统聚类方法，类平均法较好地适用于辣椒品种的数量分类。     

地被菊品种及其近缘种的数量分类

对44个地被菊品种和2个菊属近缘野生种中的重要性状采用SPSS18.0进行分析,其中数量多态性状17个,定性多态性状12个,二元性状2个.应用数量分类学中的Q型聚类方法进行分类,并对31个性状进行R型聚类分析和主成分分析,通过Q型聚类将46个分类运算单位分为特征明显的2大类群,即野生种和地被菊品种,品种中又可以分为4个小类;R型聚类分析结果将31个性状明显聚为4组,部分性状相关性较强,但多数表现较为独立;主成分分析中,前5个主成分累积贡献率达59.00％;根据各性状的总载荷量,选出分类中比较重要的7个性状.     

食用木槿资源主要农艺性状的主成分分析和聚类分析

采用主成分分析和聚类分析法,对13个食用木槿栽培类型资源的16个农艺性状进行了研究。结果表明:按照主成分分析原理,选取方差累计贡献率达87.419%的前4个主成分,4个主成分主要反映了食用木槿的花朵形态特征、生长势、产量、开花特性等综合指标。同时,分析了16个农艺性状相关矩阵R,研究了不同农艺性状之间的相关性。聚类分析结果表明:13个食用木槿栽培类型可以聚类为3个大类,细分为9个小类;为食用木槿种质的收集、分类、保存和创新提供了参考。     

湖南柚类种质的数量分类与主成分分析

利用SPSS 170软件对47个湖南柚类品种资源的37个花器官和果实形态学性状进行了品种Q型聚类及其性状的R型聚类,同时对37个形态学性状进行了主成分分析。结果表明：37个性状对47个柚类品种资源聚类,可将柚类品种分成6个组群;37个形态性状聚类也可分为6个组;经主成分分析,37个花果性状可综合为12个主成分,其累积贡献率达8158%,根据前12个主成分与性状的相关性,选出了32个影响力较大的性状,这些性状综合了柚类特有的花器官因子和果实因子。     

江浙沪大麦品种农艺性状的聚类分析

以品种主成分欧氏距离为基础,对江浙沪地区的100个大麦品种进行了系统聚类和动态聚类。根据参与聚类的性状为单个、2个……直至所有考察的10个性状,分别将这些品种分成若干个组。结果表明:1.各种单个、2个或3个性状组合聚类时,每组品种都有其明确的特征,从而有利于大麦育种的选择利用。随着参与聚类性状的增多,有些性状的组间差异变得不明显,结果趋于按自然类型(二棱或多棱,裸或皮)分组。另一方面,参与聚类的性状愈多,分组就愈为稳定。平均符合率(即不同年份分在同一组的品种数占总品种数的比率)在     

甘蓝型油菜主要农艺性状相关性及主成分分析

2016~2017年在江苏盐城对12个甘蓝型油菜品种(组合)的11个农艺性状进行了相关分析和主成分分析。结果表明:不同甘蓝型油菜品种(组合)的主要农艺性状差异较大,变异系数介于0.09~0.72,以二次分枝数的变异系数最大,以角果长度的变异系数最小;甘蓝型油菜的产量与一次分枝数、二次分枝数、全株角果数均呈显著正相关;在主成分分析获得的4个主成分中,第1主成分主要与角果数有关,第2、3主成分主要与角果性状有关,第4主成分主要与产量有关,这4个主成分的累积贡献率达到了85.69%。     

多元统计分析棉花品质性状的研究

[目的]探讨棉花纤维品质的基本动态与总体特征。[方法]以黄河流域区试的17个杂交春棉品种为材料,对其纤维品质性状进行相关分析、主成分分析、聚类分析与多元方差分析。[结果]各项纤维品质性状的变异系数从大到小依次为:麦克隆值>黄度>纺纱指数>比强度>纤维长度>反射率>伸长率>整齐度。前3个主成分方差累积贡献率达90.84%,第1主成分、第2主成分、第3主成分的方差贡献率分别为49.10%、25.36%和16.38%,依次为纤维品质综合因子、伸长率因子和整齐度因子。按纤维品质的相似度,聚类分析将17个杂交春棉品种划分为4大类。[结论]第Ⅰ类为优质棉品种,第Ⅱ类为亚优质棉品种,第Ⅲ、Ⅳ2类为中质棉品种。     

大豆杂交后代理想株型的综合评价

为探索大豆产量和品质的理想株型，为大豆高产优质育种提供理论依据和种质资源，选用大豆杂交组合晋旱125×昔野501及其杂交后代共76个材料，对12个农艺性状、3个品质性状进行测定，运用SPSS软件，通过变异分析、相关分析、主成分分析、多元线性回归分析、聚类分析等方法归纳出适合山西生态区的高产优质理想株型。结果表明，杂交后代遗传基础丰富；单株产量与农艺性状及品质性状的相关系数绝对值从大到小依次为：单株质量、单株荚数、单株粒数、虫蚀数、主茎荚数、有效分枝数、主茎节数、分枝数、百粒质量、脂肪含量、底荚高度、蛋白质含量、株高、水分含量；得到有效分枝数（X1）、主茎荚数（X2）、虫蚀数（X3）与单株产量（Y）的回归方程为Y=-73.747+8.654X1+1.391X2+1.102X3；前5个主成分特征值的累计贡献率为78.17%。聚类结果可分为4类：第1类有30个品系，包括品系1、5、7、16、17等；第2类有34个品系，包括品系2、3、6、8、9等；第3类有10个品系，包括品系4、34、22、42、49、37、40、54、55、11；第4类有2个品系，包括品系38、39。适合山西黄土高原生态区...     

中国冬油菜品系主要性状主成分分析及育种策略初探

以2004—2010年参加国家冬油菜新品种区域试验的所有品系为材料,分全国范围及不同区域环境对其主要品质性状、产量性状、抗逆性状进行了详细的主成分分析。结果表明,油菜主要性状主成分分析结果在不同区域环境间差异明显,其中抗逆性状差异最大,其次是产量性状,品质性状差异相对较小;同时,各个区域环境下获得的油菜主成分分析结果与全国范围的分析结果间也存在一定差异。可见,全国范围内油菜主要性状的主成分分析结果对指导不同区域环境下油菜育种价值有限甚至会产生较大偏差,而多种区域环境下油菜主要性状的主成分分析结果对不同区域油菜育种水平和效率的提升甚为关键。此外对不同环境下油菜育种策略的选择进行了初步探讨。     

基于果实品质性状和SSR标记的李种质资源聚类

采用25个果实性状指标和19对SSR引物对四川栽培的19份李种质资源进行主成分分析和聚类分析,并以欧式距离、前3个主成分和遗传相似性为基础,分别作系统聚类、三维排序图和UPGMA聚类。结果表明:19份李种质25个果实性状指标的平均变异系数为54.71%,其中果皮红绿色差值a*值的变异系数最大,为436.14%,果核侧径的变异系数最小,为9.99%;系统聚类可将李果实分为深色系大果型和浅色系小果型;主成分分析中,前3个主成分累计贡献率为73.27%,第1主成分(果重因子)的贡献率为49.45%,第2主成分(果形与色泽因子)的贡献率为14.21%,第3主成分(营养因子)的贡献率为9.62%;以主成分PC1、PC2和PC3向量为轴的三维排序图清晰地展示出各种质在果实性状上的相对差异;SSR标记显示供试材料的遗传多样性丰富,UPGMA聚类与系统聚类和主成分三维排序的结果基本一致。     

杏树不同品种果核数量性状分析

以20个杏树品种为试验材料,运用SPSS19.0软件,分析研究了杏树果核数量性状指标,对测得果实的核纵径、核横径、核侧径、核型指数、核干重、仁纵径、仁横经、仁侧径、仁型指数、仁干重以及出仁率11项果核性状指标进行了主成分分析和聚类分析。结果表明,前3个主成分累积方差贡献率可达84.55%,囊括了所检测的11个果核性状指标。对20个杏树品种,使用前3个主成分的特征值进行系统聚类分析,欧式距离为10时,该20个杏树品种可聚为5类。对11个果核性状指标,利用前3个主成分的特征值进行系统聚类分析,在相同欧式距离处,该11个果核性状指标可聚为4类,分别从这4类指标中挑选仁侧径、核侧径、出仁率、仁型指数4个具有代表性的指标,对20个杏树品种进行系统聚类, 在欧式距离为10时, 聚类结果与用3个主成分值聚类结果相同,表明用以描述杏树果核性状的11个指标可简化为4个指标,即仁侧径、核侧径、出仁率、仁型指数。为其他经济林树种的性状指标筛选简化提供参考依据。     

加工类型黄瓜品质性状的主成分及聚类分析

对19个加工类型黄瓜品种的7个品质性状进行了主成分和聚类分析.结果表明19个品种分为产量、形态和品质3个主成分因子,其主成分的累计贡献率达89.81%,而且基本上可描述7个品质性状的遗传变异.当类平均距离为1.035时,19个品种被聚为短果和长果2种类型,而当类平均距离为0.942时,19个品种被聚为短果中等品质、短果优质和长果高产3种类型.     

主成分和聚类分析在蟹爪兰资源评价及育种中的应用

应用DPS统计软件,对25个蟹爪兰品种(系)资源的16个生物学性状进行了主成分分析和聚类分析,按照方差累计贡献率882% 提取了7 个主成分,通过计算各品种的主成分得分和综合得分值,分析出综合性状优良和主要性状突出的品种,另外通过16个性状的相关矩阵R分析得出各个性状间的相关性,以利于亲本和杂交后代的筛选。根据聚类分析结果,将25个供试品种(系)从株高、冠幅、茎节长等主要生物学性状的差异聚为3大类,并细分为7小类,为蟹爪兰的分类和良种选育与利用提供理论依据。     

芝麻次级核心样品表型变异和相关性(英文)

在中国,杭州,浙江大学华家池校区农场,对来自中国和西非贝宁不同生态型的70份芝麻核心样品的22个形态学性状进行评价.应用多元和主成分分析揭示其遗传多样性并将其分为8个聚类组.结果表明,主成分可解释45.2%的变异.尽管地理起源与遗传多样性没有密切相关,但利用形态标记进行聚类分析,可将非洲贝宁2个品种分为聚类Ⅲ,杭州6个品种分为聚类Ⅷ,中国东北和西北品种分为聚类Ⅴ.     

山东黄瓜地方种质资源的聚类分析

选择与育种相关的17个性状用主成分分析法和系统聚类法对山东48份黄瓜地方品种进行主成分分析和聚类分析,主成分分析保留前7个主成分,其累计方差贡献达到87 2%。聚类分析将其分为7类,华南型黄瓜和华北型黄瓜聚为不同的类群,分类结果与传统的根据生态特性和地理分布的分类吻合。