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1.
根据GenBank中犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)N蛋白基因序列,设计合成1对特异性引物,以CDV SH株的总RNA为模板,RT-PCR扩增N蛋白基因,并进行克隆与序列分析。结果显示:CDV SH株N蛋白基因序列与CDV TN株、A75/17株、2 544/Han95株、98~2 654株、5 804株、Onderstepoort疫苗株的同源性分别为98.9%,97.6%,96.7%,96.9%,96.6%,93.9%;编码氨基酸的同源性分别为99.0%,98.7%,98.1%,97.9%,97.9%,96.9%。推测N蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。 相似文献
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犬瘟热病毒上海株N蛋白编码基因的克隆与序列分析 总被引:1,自引:3,他引:1
根据GenBank中犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)核蛋白(N)基因序列,设计合成1对特异性引物,以CDV上海(SH)株的总RNA为模板,RT-PCR扩增N蛋白基因,并进行克隆与序列分析。结果显示:CDV SH株N蛋白基因序列与CDV TN株、 A75/17 株、2544/Han95株、98-2654 株、5804株、Onderstepoort疫苗株的同源性分别为98.9%、97.6%、96.7%、96.9%、96.6%、93.9%;编码氨基酸的同源性分别为99.0%、98.7%、98.1%、97.9%、97.9%、96.9%。推测N蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。 相似文献
3.
本试验采用Vero细胞从临床疑似患犬瘟热的犬组织病料中分离出一株病毒,通过观察细胞病变,提取细胞培养物RNA并扩增克隆分析N蛋白基因部分序列进行了鉴定。结果表明,该毒株接种于Vero细胞后,出现了典型的细胞病变;对接种病料后的Vero细胞培养物提取总RNA进行RT-PCR扩增,得到了287 bp的目的片段;序列分析表明该分离株与犬瘟热病毒弱毒(Onderstepoort和Snyder Hill)的同源性为95.5%~96.9%,与标准强毒株(A75/17和2544/Han95)及野毒株(XJ-4、ZJ7、98-2646等)的同源性较高,为97.2%~99.0%,证明该毒株为犬瘟热病毒野毒株,命名为QD10。 相似文献
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为了解上海地区犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)遗传变异情况,本研究采用首尾重叠的11对特异性引物,对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增,将扩增片段进行反复测序,序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列,应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析,并构建系统进化树。结果显示,SH202003株基因组全长为15 690 bp,编码6种结构蛋白(N、P、M、F、H和L),H和L基因间隔序列为CUA,L和5'端尾随序列为CAA,与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高,达到98.6%和96.6%,与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%,氨基酸相似性只有82.7%~87.0%;全基因进化树中,SH202003株与流行野毒株在同一分支,与疫苗株在不同的分支;H基因同样与Hebei株亲缘关系最近,核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%,与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远;SH202003株处于Asia-1型分支,属于Asia-1型强毒株;SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点,与强毒株Hebei株一致。研究表明,上海株SH202003属于CDV强毒株,为Asia-1型,其H基因序列相对保守,具有9个潜在N-糖基化位点,但是全基因序列存在较多突变,与疫苗株的匹配度较差,可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。 相似文献
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犬瘟热病毒小熊猫株附着蛋白基因的序列分析 总被引:8,自引:0,他引:8
为了从基因水平上研究我们分离的犬瘟热病毒(CDV)小熊猫(LP)毒株与疫苗弱毒Onderstepoort株的差别,本文对LP毒株附着蛋白(H)基因进行了序列测定,我们设计了4对引物,对LP株进行了RT-PCR扩增,将扩增得到的4个阳性PCR片段纯化后,直接进行测序,把所测序列拼接后,去掉侧翼的F基因和L基因序列,得到H蛋白的全基因序列,该基因全长为1946bp,开放阅读框架(ORF)始于21-23 相似文献
8.
以从宠物临床上分离的犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV核蛋白(N)、基质膜蛋白(M)基因序列,分别设计合成1对特异性引物,RT-PCR扩增N、M蛋白编码基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,均扩增出预期大小的片段。扩增片段经核苷酸序列分析,N、M编码基因全长分别为1572、1008 bp,该CDV的N蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为93.9%、97.6%,编码氨基酸的同源性分别为96.9%、98.7%;M蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为94.5%、97.8%,编码氨基酸的同源性分别为97.9%、99.7%,这说明N、M蛋白均是保守性较强的结构蛋白,且同强毒株A75/17的亲缘关系要比Onder-stepoort疫苗株更近。 相似文献
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犬瘟热病毒上海分离株M蛋白编码基因的克隆与序列分析 总被引:1,自引:1,他引:0
本研究以犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)上海分离株的总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV M蛋白基因序列,设计合成1对特异性引物,RT PCR扩增M蛋白基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV上海分离株M蛋白基因序列与CDV A75/17 株、Onderstepoort疫苗株等其它7株的同源性在95%以上;编码氨基酸的同源性也高于97%。推测M蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。 相似文献
10.
根据已发表的犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)Onderstepoort株序列设计1对引物,RT-PCR法扩增出约1 000 bp的融合蛋白基因片段,通过T-A克隆技术,将PCR产物克隆至pMD18-T载体。序列分析表明CDV蓝狐分离株F蛋白基因片段由1 044 bp组成,编码348个氨基酸,与其它CDV25259株、2544-Han95株、A75-17株、DOGDK91C株、5804P株、ONP株、PDV-2株核苷酸序列同源性分别为94.5%、94.1%、94.7%、94.2%、94.2%、97.6%和94.9%;氨基酸序列的同源性分别为98.6%、97.1%、98.0%、98.0%、98.3%、97.7%和98.6%;与其它CDV毒株相比,蓝狐分离株存在核苷酸缺失突变(1 030位~1 038位)和氨基酸缺失突变(344位~348位)。 相似文献
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犬瘟热病毒野毒株H蛋白基因的序列分析 总被引:8,自引:2,他引:8
对引起长春某犬场犬死亡的犬瘟热病毒( C D V)野毒株( L I U)附着或血凝蛋白( H)基因进行了全基因序列测定,并与疫苗弱毒 Onderstepoort 株作了比较。用 4 对引物对 L I U 株进行了 R T P C R 扩增,将扩增得到的 4 个阳性 P C R 片段纯化后直接测序。将所测序列拼接后,去掉侧翼的 F 基因和 L 基因序列,得到了 H蛋白的全基因序列。该基因全长为 1 946 bp,开放阅读框架( O R F)始于 21~23 位的 A T G,终止于 1 842~1 844位的 T G A,编码 607 个氨基酸。将 L I U 毒株与疫苗弱毒 Onderstepoort 株进行比较,二者 H 基因核苷酸序列的同源性为 91.7% ,推导的 H 蛋白氨基酸序列的同源性为 90.2% 。 Onderstepoort 株的 H 蛋白潜在的 N 联糖基化位点为 4 个,而 L I U 株 H 蛋白为 8 个。糖基化位点的不同可能对 L I U 株 H 蛋白的抗原性产生影响。2 个毒株 H 蛋白的半胱氨酸残基数目均为 12 个,且位置是保守的;疏水性有一定的不同,但推测的穿膜区位置是相同的,位于 35~55 位氨基酸之间。 相似文献
12.
以从宠物临床上分离的犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV核蛋白(N)、基质膜蛋白(M)基因序列,分别设计合成1对特异性引物,RT-PCR扩增N、M蛋白编码基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,均扩增出预期大小的片段。扩增片段经核苷酸序列分析,N、M编码基因全长分别为1572、1008 bp,该CDV的N蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为93.9%、97.6%,编码氨基酸的同源性分别为96.9%、98.7%;M蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为94.5%、97.8%,编码氨基酸的同源性分别为97.9%、99.7%,这说明N、M蛋白均是保守性较强的结构蛋白,且同强毒株A75/17的亲缘关系要比Onderstepoort疫苗株更近。 相似文献
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犬瘟热病毒Guizhou株血凝素基因的克隆及序列分析 总被引:8,自引:0,他引:8
参照已发表的文献合成1对引物,以犬瘟热病毒Guizhou分离株感染Vero细胞收获病毒提取的RNA为模板,RT-PCR扩增获得血凝素蛋白基因(H)901~1661位大小为761bp的片段,并将PCR扩增产物进行克隆和测序。将Guizhou株与GenBank数据库中的31株CDV及国内NanjingOP株的H基因序列进行同源性和系统发生树分析,发现Guizhou株的H基因部分序列与疫苗毒株Convac和Onderstpoort的同源性最低,只有90%;与日本野毒株Tanu96、KDK-1、Hmanatsu、Yanaka、UENO的同源性较高,为96%~98%;且与国内从大熊猫和小熊猫分离的野毒株GP和LP的同源性也较高,为98%和96%。系统发生树分析显示,Guizhou株与国内野毒株GP和LP,及日本的5个野毒株应属同一类,其中和GP株基因型最近,推测这些毒株间有更近的共同祖先。因此怀疑该病毒较适应于野生动物,且在我国某些地区的野生动物中可能存在自然疫源性传播。 相似文献
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本研究根据Barrett.T报道的犬温热病毒(CDV)Onderstepoort株融合蛋白(F)的基因序列,设计合成了一对可扩增出穿膜区基因的引物(P8和P18),引对引物扩增的cDNA长度应为620bp。 相似文献