I群禽腺病毒12个血清型毒株Hexon蛋白全基因序列测定和酶切位点分析

利用3对引物（A、B、C）分别进行I群禽腺病毒的12个血清型毒株的Hexon全基因序列PCR扩增,并进行序列测定和PCR—RFLP分析,通过DNAStar软件和MEGA软件进行序列分析并绘制遗传发育进化树。结果显示,Hexon基因全长为2800左右个核苷酸,编码约940个氨基酸,不同血清型之间的同源性为75．2％～99．5％,变异范围是0．0％～24．3％。推导的氨基酸同源性为20．7％～98．8％,差异性为0．0％～24．2％。12个血清型之间Hexon全基因序列信息用来评价I群禽腺病毒家族的种系发育关系,构建的进化树显示出5个主要的分支。选用限制性内切酶HaeⅡ,利用存在差异的Hexon序列片段D特异性可以有效区分大部分血清型。结果表明,获得了I群禽腺病毒12个血清型不同毒株的Hexon全基因序列并进行了分子进化分析,同时结合12个血清型PCR—RFLP分析,为进一步分析鉴别I群禽腺病毒不同血清型提供依据。     

11株血清4型禽腺病毒的分离鉴定及遗传进化分析

为了阐明Ⅰ群禽腺病毒在我国部分地区鸡群的感染状况,对2015年10月~2016年10月采集自山东、河北等鸡场疑似禽腺病毒感染病鸡的肝脏样品,通过病毒分离、PCR、动物回归试验等进行分离鉴定,最终鉴定出11株血清4型禽腺病毒。根据Gen Bank上发表的Ⅰ群禽腺病毒(FAd VⅠ)Hexon基因序列设计引物,对分离的11个毒株测序,并与其他血清型参考毒株进行比较分析。结果表明:分离的11株FAd V同源性高达99.7%以上,与FAd V-4参考毒株的核苷酸序列的同源性在98.3%~99.7%之间,与FAd V-10血清型序列同源性较近,为97.2%,而与FAd V-5、FAd V-8血清型同源性较低,仅在66.4%~87.2%之间。研究结果为FAd V的防控和新疫苗研发提供了可靠的理论依据。     

Ⅰ群禽腺病毒hexon基因分型与序列分析

对鸡群中感染的Ⅰ群禽腺病毒hexon基因进行分型与序列分析,以期明确Ⅰ群禽腺病毒基因型的分布和hexon基因变异情况。参考GenBank上FAdV基因序列,设计2对引物,采用套式PCR技术扩增临床病料中Ⅰ群禽腺病毒hexon基因,测序后获得了8株FAdV hexon基因片段。结果表明,构建系统进化树发现,其中HM、SXFS、LQQD、HXGB、GSPL、DYQY和FP共7株属于FAdV-4型,而GS株属于FAdV-1型。7株FAdV-4型毒株核苷酸同源性在99.9%～100%之间,推导的氨基酸序列同源性均为100%,提示这7株FAdV-4型流行毒株高度同源。FAdV-1型的GS与CELO株核苷酸、推导的氨基酸序列同源性均为99.2%,提示GS与CELO株亲缘关系较近。在鸡群中发现存在FAdV-1型和FAdV-4型Ⅰ群禽腺病毒,各血清型毒株之间高度同源,毒株遗传稳定性高。     

11株禽腺病毒遗传变异分析

为了分析2019年禽腺病毒(FAdV)遗传变异情况,通过PCR分段扩增、测序,获得11株FAdV Hexon基因序列。经分析发现,11株腺病毒Hexon基因高变区核苷酸序列同源性为66.1%～100.0%,推导编码的氨基酸序列同源性为56.5%～100.0%;与参考株核苷酸序列同源性为65.4%～100%,与参考株氨基酸序列同源性为56.5%～100.0%。其中9株序列基因长度均为738 nt,编码246个氨基酸;GX-1901001毒株序列基因长度均为750 nt,编码250个氨基酸;HB-1911039毒株序列基因长度均为756 nt,编码252个氨基酸。与目前流行株相比,本试验获得的11株腺病毒Hexon基因存在不同程度的变异或缺失,在进化树中已形成多个小分支。表明我国FAdV在流行过程中已出现变异。本试验结果为监测和分析我国FAdV的变异和演化提供了有价值的基因信息数据。     

鸵鸟Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定、血清型鉴定以及Hexon蛋白基因序列分析

对3份来自不同地方的病死鸵鸟进行病理剖检、病原分离鉴定,确诊为Ⅰ群禽腺病毒感染,并成功分离到3株鸵鸟FAV-Ⅰ。采用PCR方法成功扩增2株临床分离株的Hexon基因,分别克隆于p MD20-T载体,对其进行了核苷酸序列测定、同源性比较及遗传进化分析。并运用Ⅰ群禽腺病毒12个标准毒阳性血清对其中2株毒进行了血清型鉴定。结果显示,分离株2014.07.10-HBHD-TN、2014.07.19-HBHS-TN与12个标准株之间的同源性在72.5%~98.0%之间,其中与FAV-4的同源性最高是98.0%。在系统进化树中,这两个分离株均位于FAV-I的大分支中,且与FAV-4位于同一小分支。这2个分离株经血清学鉴定均为血清4型的毒株。     

禽腺病毒-Ⅰ群PCR-RFLP分型方法的建立

为快速确定临床禽腺病毒-Ⅰ群(FAdVs)的血清型,本研究根据FAdVs的Hexon基因设计引物,对12个血清型FAdVs标准毒株进行PCR扩增,并根据扩增目的片段进行酶切位点分析和相应酶切反应研究,建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法。结果显示,利用该引物可同时扩增12个血清型FAdVs标准毒株,扩增片段大小为894 bp;扩增片段酶切位点分析显示,Eco130 Ⅰ、Pf123Ⅱ、Mlu Ⅰ、Psy Ⅰ和BgⅡ为主要酶切位点,这5种酶切反应结果显示12个血清型FAdVs标准毒株可以得到不同的酶切图谱,且能区分12种血清型FAdVs;应用该酶切方法对本实验室保存的2株已知血清型的分离株进行分析,其结果与已确定的血清型一致。表明本试验建立的PCR-RFLP方法简便、特异性和区分度好,可用于12个血清型FAdVs的分型。     

鸡腺病毒HZBL-S1株Hexon蛋白基因序列测定与遗传进化分析

为了解广东省禽腺病毒(Fowl adenovirus,FAdV) HZBL-S1株遗传进化情况,试验对HZBL-S1株六邻体(Hexon)蛋白全基因进行PCR扩增、克隆和序列测定,并对其进行蛋白全基因序列及其氨基酸推导序列的遗传进化分析。结果表明:HZBL-S1株与来自国内外的FAdV基因C型、血清型为4型的参考株的相似性较高,核苷酸(推导的氨基酸)序列的相似性为98.2%～99.9%(98.5%～99.9%)。对Hexon蛋白全基因核苷酸序列及其氨基酸推导序列进行遗传进化分析,HZBL-S1株与基因型为A、B、D、E型的参考株均处于进化树的不同分支,遗传距离相对较远;而与基因型为C型、血清型为4型的参考株均处于进化树的同一分支,遗传距离相对较近。说明HZBL-S1株与基因型为C型的参考株来自同一祖先,推测该病原有可能由国外经某种途径传入我国。     

禽腺病毒12个血清型代表毒株的分子生物学鉴定研究

为建立和完善禽腺病毒(FAdV)标准毒株库,针对FAdV不同种的纤突(Fiber)和六邻体(Hexon)序列设计引物,对中国兽医药品监察所保藏的FAdV 12个血清型代表毒株进行PCR扩增和遗传进化分析,完成了对毒株的分型鉴定,再结合同种不同血清型病毒Hexon序列上酶切位点的特征,用酶切法验证了毒株不存在同种中不同血...     

Ⅰ群禽腺病毒血清4型QD株的分离与鉴定

为了对Ⅰ群禽腺病毒血清4型(FAdV-4)的毒株进行分离,试验采用病毒分离、DNA提取、PCR鉴定、Hexon基因序列分析、病毒毒价测定、病毒形态学观察及动物回归试验等方法对青岛地区疑似心包积水及包涵体肝炎病鸡的肝脏进行了研究。结果表明:该分离毒株提取的DNA经PCR鉴定为阳性;该分离毒株序列与已发表的Ⅰ群禽腺病毒4型序列同源性为97.7%,病毒毒价为1×10~8TCID_(50)/0.1 mL;病毒形态为球形、无囊膜、二十面体对称的粒子结构;在动物回归试验中,病死肉鸡心包有积液,发病鸡肝脏的中央静脉广泛淤血,肝细胞发生空泡样变性,细胞浆和细胞核内可见嗜碱性包涵体。说明该分离株为Ⅰ群禽腺病毒血清4型毒株。     

Ⅰ群禽腺病毒4型陕西分离株33K、Fiber-1、Fiber-2、pⅢa基因的克隆及序列分析

为明确Ⅰ群禽腺病毒陕西分离株相关基因的特征,通过聚合酶链反应(PCR)技术分别扩增了禽腺病毒陕西分离株SX17株的4个基因片段,即33K、Fiber-1、Fiber-2、pⅢa,将其分别克隆到pCold-SUMO载体后进行序列测定,并将克隆得到的4个基因片段与发表的相应序列进行序列比对及遗传进化分析。结果表明,克隆得到的4个片段与Ⅰ群禽腺病毒4型同源性最高,33K基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在99.3%~100%与91.5%~100%之间,Fiber-1基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.5%~100%与65.9%~100%之间,Fiber-2基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.1%~100%与99.3%~100%之间,pⅢa基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.6%~100%与98.5%~100%之间。由遗传进化树可知,这些基因在遗传关系上与血清4型位于同一分支,亲缘关系最近,分析显示陕西分离株为Ⅰ群禽腺病毒血清4型。     

贵州省鸡心包积液-肝炎综合征实验室诊断与病原基因分型

为证实鸡心包积液-肝炎综合征(hydropericardium hepatitissyndrome,HHS)在贵州省的流行、病原遗传变异和基因分型情况,对贵州首个疑似HHS病例进行实验室检测,并基于Hexon基因进行病原基因分型。结果显示:病例组织材料中PCR扩增获得约295 bp特异性Hexon基因片段;基于Hexon基因分型显示,本病例病原与国内外报道的禽腺病毒Ⅰ群血清4型(FAd V-4)同源性高达100%,与禽腺病毒Ⅰ群代表株CELO株(U46933)同源性达到64.5%;系统进化分析显示,FAd V-4贵州流行株与禽腺病毒Ⅰ群代表株CELO株和FAd V-4国内外流行株均处于同一进化分支,而与禽腺病毒Ⅱ群和禽腺病毒Ⅲ群处于不同进化分支。结果表明:本病例确为贵州省首次报道HHS病例,病原基因分型为禽腺病毒Ⅰ群血清4型,研究结果为贵州省HHS防控提供参考。     

企鹅源禽1型副黏病毒基因组序列分析

为了从分子水平上探讨企鹅源禽1型副黏病毒BP01的演化,根据GenBank登录的鹅源禽1型副黏病毒基因序列设计引物,运用RT-PCR方法于国内外首次测定了企鹅源禽1型副黏病毒全基因组序列,其全长为15 192nt.经分析表明BP01病毒基因组与SF02株和ZJ1株等鹅源禽1型副黏病毒同源性最高,分别为99.1%和99.0%;与IT-227/82和dove/Italy/2736/00等鸽源禽1型副黏病毒同源性分别为90.2%和88.1%;而与Hert/33和LaSota等鸡源禽1型副黏病毒的同源性最低,仅分别为87.9%/和83.2%.对F基因第47～435nt进行系统进化树分析和F基因第334～1 682 nt进行HinfⅠ、BstO Ⅰ、Rsa Ⅰ酶切位点分析,确定BP01株病毒为基因Ⅶ型.F蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合禽1型副黏病毒强毒株的特性,经预测发现BP01株病毒F蛋白的七肽重复序列分剐在第143～189位氨基酸残基和第461～503位氨基酸.通过对主要毒力基因推导的氨基酸序列进行比较发现,水禽源与其它源F蛋白有14个氨基酸不同,HN蛋白上有2个氨基酸的不同,而P蛋白有20个氨基酸的不同,且在第151～166位氨基酸存在一个明显的突变域.     

Ⅰ群禽腺病毒江苏分离株(FAVI-JS)的分离鉴定

通过形态学、致细胞病变和序列比较等对一株疑为Ⅰ群禽腺病毒江苏分离株FAVI-JS进行了鉴定,试验结果表明:该病毒为球形、无囊膜、二十面体对称,直径为70 nm～80nm;不具有凝集鸡、鸭、鹅红细胞的能力但可以凝集大鼠红细胞.在鸡胚肾细胞(CEK)上可致细胞变圆,折光性增强等病变;通过PCR方法扩增出的FAVI-JS L、R、ITR三个片段,经过测序分析并与GenBank上发表的属于血清Ⅰ型的CELO病毒、FAV-1、FAV-A和血清8型的禽腺病毒(FAV-8)全基因组的相应序列比较,FAVI-JS与Ⅰ群禽腺病毒各毒株在三个片段上同源性都很高,其中与血清Ⅰ型的同源性高达96%以上,在根据对遗传上具有重要意义的ITR序列绘制的遗传进行树分析,FAVI-JS与Ⅲ群禽腺病毒EDS、Y81G4株明显属于不同的分支,而与群禽腺病毒,特别是与血清Ⅰ型的禽腺病毒更接近,这些结果证明,FAVI-JS确为Ⅰ群禽腺病毒.     

蓝舌病病毒血清1型野毒株及疫苗株S10基因差异

蓝舌病病毒血清型 1型是主要致病血清型之一。为明确其流行规律的分子生物学基础 ,采用 RT- PCR扩增和序列测定技术分析了 15株野毒株及 1株弱毒疫苗株的 S10全基因片段 ,并对其核苷酸和氨基酸差异进行了比较。所有毒株 S10基因核苷酸长度均为 82 2 bp,含有 2个起始密码子 (核苷酸 2 0～ 2 2和 5 9～ 6 1)和 1个终止子 (核苷酸 70 7～70 9) ,预测编码 2种蛋白 (NS3和 NS3A)。不同毒株间 S10基因核苷酸差异为 0～ 138个 (同源性 10 0 %～ 82 %) ,NS3/NS3A蛋白氨基酸差异为 0～ 15个 (同源性 10 0 %～ 93%)。基于 S10基因序列分析 ,可将蓝舌病病毒野毒株及疫苗株分为 2个基因群 :12株野毒株及 1株疫苗株为基因 群 ,3株野毒株与澳大利亚 型毒株属于基因 群 ,两群间的核苷酸同源性为 79%。各基因群在地域分布及宿主来源上未发现有明显的特征性。基因群与毒株分离年代、对 BHK- 2 1细胞毒力等特征关系亦不明显。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究。结果表明:不含poly(A)尾的DHV-Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列进行序列分析,VP1蛋白变异最大,180～220位为高变区,与DHV-Ⅰ参考毒株核苷酸序列同源性在94.0%～97.4%之间,氨基酸序列同源性在97.5%～99.2%之间;对此病毒株进行遗传进化分析,与DHV-Ⅰ参考毒株处于同一分支,与韩国和中国台湾省新型鸭肝炎病毒处于不同分支。     

北京市猪场猪圆环病毒3型感染状况调查及其ORF2基因遗传进化分析

为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在北京市不同区县猪场中的流行情况,研究建立PCR检测方法,对来自北京市8个区县56个养殖场的1177份临床样品进行检测,并对获得的部分ORF2全基因序列进行遗传进化分析。结果显示,PCV3总体阳性率为1.0%(12/1177),猪场阳性率为8.9%(5/56)。对PCV3阳性样本进行ORF2基因测序及同源性比对,共测得12株PCV3 ORF2全长基因序列,其中包括6株不同的ORF2全长基因序列。结果显示,该6株序列之间的核苷酸相似性为97.7%～99.5%,推导氨基酸序列的相似性为97.2%～100%;与参考毒株之间的核苷酸同源性为96.0%～99.5%,推导氨基酸同源性为92.1%～100.0%;进化树显示北京毒株属于PCV3b基因型。试验表明,PCV3在北京多个猪场呈现一定的流行趋势,流行毒株以PCV3b基因型为主。     

鸭腺病毒A型Hexon基因克隆与序列分析

为明确鸭腺病毒A型Hexon基因特征及其在腺病毒科病毒分类中的作用,本研究从前期分离鉴定的一株番鸭源鸭腺病毒A型分离株（JX2016株）中分段扩增获得其Hexon基因编码区。结果发现,鸭腺病毒A型JX2016株Hexon基因编码区为2 733 bp,编码910个氨基酸,与鸭腺病毒A型（FJ12025株）核苷酸同源性最高,达99.8%;与其他分离株Hexon基因核苷酸同源性均在99.4%以上;与鸭腺病毒2型（GR株,未明确分类地位）同源性仅为54.5%;与禽腺病毒A型Phelps株（鸡源）及P29株（鹅源）的核苷酸同源性分别为53.6%和55.2%。遗传进化树分析发现,所有鸭腺病毒A型分离株在遗传进化上均处于相同的亚分支,且与绵羊腺病毒D型（OAV287株）均处于富AT腺病毒属遗传进化分支。但鸭腺病毒2型（GR株）与禽腺病毒A型Phelps株（鸡源）、P29株（鹅源）却处于同一遗传进化分支,均属于禽腺病毒属遗传进化分支。基于Hexon蛋白的遗传进化分析,建议将鸭腺病毒A型重新命名为鸭源富AT腺病毒A型,将鸭腺病毒2型重新命名为鸭源禽腺病毒。     

来自5种动物禽Ⅰ型副粘病毒HN基因的序列分析

本研究对从广西5种不同动物体内分离到的禽Ⅰ型副粘病毒毒株,进行了HN基因的扩增、克隆和序列分析.5个APMV-Ⅰ分离株HN基因的核苷酸序列同源性为94.7％～98.4％,推导氨基酸序列同源性为96.3％～99％,同源性较高;5个毒株的HN基因与国内广东、山东、福建等地的当前流行株同源性较高,但与经典毒株同源性较低;遗传分析表明HN基因相对保守,都源于同一个基因亚群.     

鸡腺病毒12个血清型代表毒株Penton蛋白基因分析

为了解鸡腺病毒（fowl adenovirus,FAdV）Penton基因的遗传进化规律,试验根据GenBank中已公布的各基因型序列设计特异性引物,通过PCR技术分别扩增12个血清型毒株的Penton基因,连接至pEASY-Blunt Simple Cloning Vector上进行序列测定,并将12个血清型毒株Penton蛋白的核苷酸序列与NCBI上已公布的标准毒株的核苷酸序列使用ClustalW法进行分析比对,绘制遗传进化树。结果显示,12种血清型Penton蛋白核苷酸序列与各血清型标准毒株同源性均在99.2%以上,其中FAdV-1、FAdV-2、FAdV-3、FAdV-4、FAdV-6、FAdV-7、FAdV-8a、FAdV-8b、FAdV-10、FAdV-11与对应标准株同源性高达100%,这进一步证实了实验室保存毒株与世界相应标准毒株的一致性。Penton蛋白虽然保守性较高,但不同种之间仍存在明显差异。FAdV-A1与其他种毒株同源性为70.6%~73.3%;FAdV-B5与其他种毒株同源性为70.6%~77.9%;FAdV-C同种不同血清型之间核苷酸同源性为99.6%,FAdV-C4与其他种之间同源性71.2%~73.4%;FAdV-D同种不同血清型之间核苷酸同源性为95.6%~98.7%,与其他种之间最高为85.3%;FAdV-E同种不同血清型之间核苷酸同源性为98.2%~99.4%,不同种间最高为85.3%。即相同种毒株之间差异较小,不同种毒株之间差异较大。依据Penton蛋白的核苷酸序列同样可以将FAdV分为A、B、C、D、E 5个种。本研究通过成功克隆FAdV 12种血清型Penton基因,并进行遗传进化分析,为今后对FAdV诊断、监测及毒株鉴定提供了参考。     

禽腺病毒AH株的分离与鉴定

为获得禽腺病毒毒株,将临床疑似Ⅰ群禽腺病毒感染病例的肝组织,通过接种SPF鸡胚进行病毒分离,用PCR方法对分离产物进行扩增,将PCR产物进行序列测定,对测定的序列在NCBI网上进行分析,结果显示,从病料可分离出病毒,用PCR方法特异性地扩增出了与设计片段大小相一致的片段,序列分析表明,分离株序列与禽腺病毒SD1-15分离株序列同源性99%,说明分离株为Ⅰ群禽腺病毒血清4型。