广东截叶胡枝子根瘤菌株系的发现及其16S rDNA分析

从截叶胡枝子的根瘤中分离出30个分离物,经纯化、镜检后得到26株待测菌株.将其16S rDNA部分序列测序后用DNAMAN和MAGE 5.0软件进行分析,并与参比菌株相比较.结果表明,去除重复后共获得18株根瘤菌菌株,且可将其分为两大类,分别属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)和中华根瘤菌属(Sinorhizobium ).     

不同刺槐种源根瘤菌16S rDNA的PCR-RFLP分析

为了研究不同刺槐种源根瘤菌的遗传多样性,采用4种限制性内切酶对分离自保定和高邑的38株不同刺槐种源根瘤菌进行16S rDNA PCR-RFLP多态性分析,共产生26种16S rDNA遗传图谱类型。UPGMA聚类分析结果显示,所有供试菌株分为4大类,第3类又分为3个亚类。16S rDNA全序列分析表明,代表菌株GY-2与S.morelense LMG20571序列相似性达到99.6%,在系统发育分类地位上属于Sinorhizobium。刺槐根瘤菌遗传多样性丰富,遗传差异受地理环境影响较大,与寄主种源相关性不明显。     

新疆耐盐苜蓿根瘤菌的分离和高效菌株的筛选

[目的]人工接菌苜蓿根瘤菌和筛选高效菌株.[方法]采集新疆14个地州不同生态区、不同类型土样132份,采用苜蓿捕获法分离、纯化获得81个苜蓿根瘤菌菌株.[结果]快速PCR检测鉴定发现,分离得到的根瘤菌菌株均属于苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium Meliloti).[结论]耐盐实验表明,这些菌株在YMA培养基上的耐盐能力在3.5;～5;NaCl,进一步分析发现土壤中盐含量与苜蓿根瘤菌的耐盐能力没有明显的相关性.对耐5;NaCl的8个根瘤菌菌株的16S rDNA序列进行分析,发现这些其序列同源性很高,相似性达到99.8;.根瘤菌接种实验表明,这8个菌株均能明显增加紫花苜蓿植株地上部分生长,但不同菌株其固氮效率存在显著差异,其中TC-Y菌株共生固氮效率最高.     

西北部分矿区豆科植物根瘤菌重金属抗性及16S rDNA RFLP分析

从生长在西北部分矿区的豆科植物根瘤中分离筛选到对重金属有抗性的38株根瘤菌,采用PCR-RFLP分子技术进行16SrDNA指纹图谱分析,选取每种类型的代表菌株进行16S rDNA全序列测定,建立系统发育树状图,并对38株菌进行Zn、Hg、Cu、Cd和Pb 5种重金属的抗性研究.结果表明,供试菌株分别归属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobacterium).代表菌株CCNWSX1277和CCNWSX1294可耐受2.0 mmol·L-1的Zn2+,CCNWSX1277可耐受0.25 mmol·L-1的Hg2+,多数代表菌株可耐受1.6 mmol·L-1的Cu2+,仅3株代表菌株可以耐受Cd2+,其中CCNWSX1277能耐受1.4 mmol·L-1的Cd2+,所有代表菌株能耐受2.5 mmol·L-1的Pb2+.Agrobacterium属的2株代表菌株对5种重金属均有较强的耐受性;而Rhizobium属的4株菌和Sinorhizobium属的3株菌对5种重金属的耐受性不同,表现出较大的差异.总体来看,供试菌株对重金属的耐受性顺序为Agrobacterium>Rhizobium>Sinorhizobium.     

河地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究

[目的]了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况.[方法]采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析.[结果]16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好;而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群.3种方法在系统发育上得到基本一致的结果.其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株,并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近,与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似.然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌,其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum.[结论]河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性.     

河北地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究

 【目的】了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析。【结果】16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好；而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群。3种方法在系统发育上得到基本一致的结果。其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株，并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近，与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似。然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌，其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum。【结论】河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性。     

不同地理环境下野豌豆根瘤菌的遗传多样性与共生进化研究

【目的】研究西北部分地区不同地理环境下,野豌豆根瘤菌的遗传多样性及其共生进化间的关系。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP与16S rDNA全序列分析技术,对分离自陕西秦岭北麓红河谷、陕西南部汉中、甘肃沙漠绿洲带永昌混山窑、甘肃中部永登红城和新疆乌鲁木齐的5个不同地理环境(分别记做A、B、C、D、和E)的42株野豌豆根瘤菌,进行了遗传多样性和系统发育分析。【结果】测试根瘤菌共有6种基因型(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ),基因型Ⅰ根瘤菌在各个地理环境采样点均有分布,并且A地点分布的所有菌株均属于该基因型,基因型Ⅱ菌株分布于D和E采样地点,基因型Ⅲ菌株分布于B、C和D采样地点,基因型Ⅳ分布于E地点,基因型Ⅴ和Ⅵ测试菌株均分布于D地点。由16S rDNA全序列分析可知,基因型Ⅰ根瘤菌的代表菌株CCNWSX0050和基因型Ⅳ根瘤菌的代表菌株CCNWGS0055分别与Rhzobium leguminosarum的相似性为99.8%和99.7%;基因型Ⅲ根瘤菌的代表菌株CC-NWGS0062与Sinorhizobium meliloti的相似性为100.0%。【结论】中国西北地区野豌豆根瘤菌在分类学上属于Rhizobium leguminosarum根瘤菌和S.meliloti根瘤菌,野豌豆-根瘤菌的共生关系在不同地理环境中表现出差异性。     

1株高产红色素海洋菌的初步鉴定及色素性质研究

对威海近海海水和海泥中的产色素细菌进行筛选,从样品中分离出1株高产红色素的细菌S15,对其进行了初步鉴定,并对其色素性质进行了初步试验.利用16S rDNA通过引物对S15菌株基因组DNA进行扩增,测序得到其部分16S rDNA序列,经Blast调出与菌株16S rDNA同源的序列,用软件MEGA(4.0) 按照Neighbor-Joining 方法构建16S rDNA系统发育树,判断该菌为沙雷氏菌属的一个种.提取色素后,对该红色素理化性质的试验发现,其光、热等稳定性强,而H2O2、Ca2+、Fe3+对其稳定性影响显著.     

陕西等地区豆科植物根瘤内生细菌遗传多样性和系统发育研究

采用16S r DNA PCR-RFLP、16S r DNA全序列分析、BOX-PCR等多相分类技术,对采集自陕西神木、甘肃天水、青海泽库地区的豆科植物根瘤内生细菌资源的多样性进行了研究。从采集的豆科植物根瘤中共分离到50株供试菌株,对这50株供试菌株和8株参比菌株进行了16S r DNA PCR-RFLP聚类分析。结果显示,全部供试菌株在81.5%的相似性水平上分成4个分支(在86%相似性水平上,分支I包括3个群,分支III包括3个群)。选取各群代表菌株进行16S r DNA测序,确定了50株供试菌株中,1株属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),1株属于土壤杆菌属(Agrobacterium),6株属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium),27株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于类芽孢杆菌属(Paenibacillus),其余13株则分别归属于寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和泛菌属(Pantoea)。表明16S r DNA PCR-RFLP和16S r DNA全序列分析结果具有较好的一致性。对部分16Sr DNA序列相似性达到100%的菌株进行BOXPCR来确定是否为同一克隆。研究结果表明,陕西神木等地区豆科植物根瘤内生菌具有很丰富的遗传多样性。     

桑青枯雷尔氏菌MR111的16S rDNA基因序列测定和系统进化分析

对从发病的桑树中分离出的菌株MR111的16S rDNA进行PCR扩增和序列分析。结果表明:对菌株MR111进行16SrDNA的PCR扩增,获得了1 435 bp 16S rDNA序列。NCBI在线BLAST分析表明,该序列与茄科雷尔氏菌PC-3、RSGC-1等序列的同源性达95%。对28个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA序列进行系统进化分析,MR111与来自空心菜(GY0501)、番茄(ZCz-3)等的菌株聚合在一个簇群,证实该菌株为青枯雷尔氏菌。命名为桑青枯雷尔氏菌MR111a。     

我国亚热带地区快生型大豆根瘤菌遗传多样性研究

利用16S rDNA PCR-RELP、16S rDNA基因序列分析以及16S-23S rDNA IGS PCRRELP技术,对分离自我国江苏盐城、浙江温州、湖北仙桃及重庆等亚热带地区的31株大豆快生型根瘤茵(fast-growing rhizobia)进行了群体遗传多样性研究.16S rDNA PCR-RELP分析结...     

草甘膦高抗菌株的分离、鉴定及生理生化特性研究

从采自新疆的土壤中分离到一株草甘膦抗性菌株P23,该菌株能够耐受200 mmol/L的草甘膦,可在最高含350 mmol/L草甘膦的培养基中生长。在草甘膦浓度为100～200 mmol/L之间时,菌株生长迅速,最适pH为7.0,最适生长温度为37℃,具有氨苄青霉素、卡那霉素抗性。用16S rDNA通用引物,经PCR扩增、测序得到P23的16S rDNA序列,该序列在GenBank的登录号为FJ374126。在NCBI中经BLAST后发现与苍白杆菌属(Ochrobactrum)的16S rDNA序列相似性达到99%。结合各项生理生化指标鉴定结果将菌株命名为人苍白杆菌P23（Ochrobactrum anthropi P23）。     

重离子诱变鞘氨醇单胞菌选育毒死蜱高效降解菌株及应用

从青藏高原牦牛粪中分离出1株可降解毒死蜱的细菌,经形态和16SrDNA序列分析,鉴定其为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas sp.)细菌。对其进行重离子诱变并筛选出菌株Sph-25-T1,该菌株对100mg.L-1毒死蜱的72h降解率达98.44%,比出发菌株提高27.37%。对Sph-25-T1进行传代培养,第5代时其对毒死蜱的降解率依然保持在90%以上。以喷洒毒死蜱1周后的不同土壤浸出液或蔬菜叶片做培养基时,Sph-25-T1对毒死蜱的降解率达到29.68%～78.40%。     

草甘膦抗性菌株的分离鉴定及其抗性基因的克隆

从草甘膦污染土壤中分离获得一株耐受400 mmol/L草甘膦的菌株S1536,该菌株在草甘膦浓度为100～400 mmol/L之间生长迅速,最适pH为6.0,最适生长温度为30℃,具有氨苄青霉素抗性。以S1536基因组DNA为模板,通过通用引物进行扩增、测序获得其16S rDNA序列,在GenBank登录号为MG519831,在NCBI中经BLAST比对与泛菌属（Pantoea sp.）同源性达到99%。用ClustalW对S1536与泛菌属各个种模式菌的 16S rDNA进行多重序列对比,该菌株与Pantoea rodasii同源性最为接近,达到99.2%,故将菌株S1536命名为Pantoea rodasii S1536。该菌株具有较高草甘膦抗性,对温度和pH适应性强,是优良的耐草甘膦菌株,通过全基因组测序及基因注释,获得抗除草剂基因aroA序列,为下一步明确基因功能,挖掘Pantoea rodasii S1536高抗草甘膦的分子机制奠定基础。     

一株拮抗病原真菌的固氮菌Paenibacillus spGD812

 【目的】筛选具有拮抗病原真菌功能的固氮菌,研究菌株的固氮酶活性、nifH、生理生化特征、菌株抗逆性与接种效果等,并对该菌株进行鉴定,为微生物肥料生产筛选菌种资源。【方法】采用无氮培养基富集、筛选固氮菌,用对峙法筛选拮抗菌;乙炔还原法测定固氮酶活性,PCR扩增16S rDNA和nifH;通过形态、生理生化特征和16S rDNA序列分析鉴定菌种;采用温室盆栽小白菜试验接种效果。【结果】筛选到1株固氮菌GD812,该菌株固氮酶活性达到30.661 nmol C2H4/h•mg蛋白,同时具有拮抗麦类赤霉病菌（Gibberella zeae）和棉花黄萎病菌大丽轮枝菌（Verticillium dahliae）功能,抑菌率分别达到59.5%和49.3%;根据形态、生理生化特征和16S rDNA序列分析结果,GD812被鉴定为类芽孢杆菌Paenibacillus sp.;该菌株的nifH基因长度300 bp,与Paenibacillus sp. Bs57 nifH基因序列相似性98%;GD812可以利用35种供试碳源中的20种,耐酸碱pH4—11,在4—50℃均可生长,盆栽试验接种比对照小白菜鲜重增加52%。【结论】固氮菌GD812被鉴定为类芽孢杆菌,该菌株利用碳源广泛,抗逆性强,具有较高的固氮酶活性和拮抗病原真菌能力,盆栽试验显示较好的接种效果,可望进一步研发成为优良的固氮微生物肥料生产菌种。     

艾叶内生放线菌的分离、系统发育及相关特性研究

从艾叶药用植物中共分离得到19株内生放线菌,对这些菌株分泌胞外淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶和纤维素酶特性以及拮抗农作物病原菌和人类病原菌活性进行了研究,并对部分活性菌株进行了16SrDNA系统发育分析。结果表明:在这19株内生放线菌中,具有产胞外淀粉酶活性的菌株11株,产蛋白酶活性的菌株11株,产纤维素酶活性的菌株8株;拮抗活性试验显示,有2株菌对禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)、水稻胡麻斑病菌[Bipolaris oryzae(Breda deHaan)Shoem]和肠球菌(Enterococcus sp.)具有拮抗活性,3株菌对耐青霉素类金黄色葡萄球菌(Staphyloccocus aureus)具有拮抗活性。对其中的3株菌进行了16SrDNA系统发育分析,该3株菌均属于糖霉菌属,菌株IF11、IXS和IF22均同时与Glycomyces mayteni YIM61331T、Glycomyces sambucusE71T、Glycomyces scopariae YIM56256T亲缘关系最近,序列相似性分别为98.3%、98.3%和98.1%。     

具有解钾活性假单胞菌的分离与鉴定

[目的]分离并鉴定具有解钾活性假单胞菌。[方法]以农田土壤为样本,在钾长石粉为唯一钾源的选择性培养基上分离并纯化解钾菌,并通过形态观察和16S r DNA序列分析对分离到的细菌进行鉴定。[结果]经梯度稀释涂布和平板划线分离,经初筛获得8株生长良好并具有解钾透明圈的细菌。将初筛后获得的细菌菌株进行发酵培养,利用原子吸收分光光度法测定发酵上清液中的速效钾含量,从中筛选出解钾能力较强的1株假单胞菌K3。通过形态观察发现,该菌株为革兰氏阴性杆菌。16S r DNA序列分析结果表明,该菌株与荧光假单胞菌F113亲缘关系最近,初步确定该菌株属假单胞菌属。[结论]该研究为微生物钾肥的开发提供了新的试材。     

亚砷酸氧化菌Sinorhizobium sp. GW3的鉴定与亚砷酸氧化酶基因的分离

亚砷酸氧化细菌能够将毒性大的As(Ⅲ)氧化成毒性小的As(Ⅴ),在生物修复砷污染方面具有应用价值。对一株新型亚砷酸氧化菌Sinorhizobium sp.GW3进行了较全面的鉴定,并分离及分析了亚砷酸氧化酶基因aoxAB。形态学、生理生化鉴定和16S rRNA基因等分析结果表明该菌为Sinorhizobium属。该菌对As(III)抗性的MIC(Minimum inhibitory concentration)为9 mmol/L。首次在Sinorhizobium属中分离了包括编码小亚基aoxA和大亚基aoxB在内的亚砷酸氧化酶基因,其编码的大小亚基与已发现的Agrobacterium tumefaciens(ABB51929)的大小亚基在氨基酸水平上分别有86%、80%的同源性。     

TCBS培养基筛选的虾池细菌分析

通过TCBS培养基分离筛选对虾养殖水体中的细菌,采用16S rDNA分子生物学方法和Biolog微生物自动分析系统进行鉴定分析。结果显示:以TCBS培养基分离筛选的60株菌中,采用16S rDNA分子生物学方法鉴定,只有SWG-27、SWG-28、SWG-29为弧菌属,占总鉴定细菌的5%,其他细菌大部分为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)和大洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus sp.),分别占总鉴定细菌的36.7%和43.3%;自60株细菌中随机挑选15株作Biolog微生物自动分析系统鉴定,弧菌属细菌也只占很小比例;60株细菌接种于6种不同品牌的TCBS培养基上均可很好地生长。结果表明,TCBS培养基能够培养养殖水体中的弧菌,但其他细菌也能在其上良好生长,利用TCBS培养基检测养殖水体弧菌数量的结果值得商榷。     

甘露聚糖酶产生菌F1-5的鉴定

[目的]鉴定1株高产甘露聚糖酶菌株。[方法]以高产甘露聚糖酶的菌株为对象,采用形态观察、生理生化试验及16S rDNA系统发育分析手段对其进行鉴定。[结果]该菌株在牛肉膏蛋白培养基上培养24h后,菌落表面粗糙,不透明白色,革兰氏阳性,杆状,能形成芽孢,表明其属于芽孢杆菌属。对F1-5进行生理生化特征鉴定,结果表明,其为枯草芽孢杆菌或蜡样芽孢杆菌。PCR扩增获取该菌的16S rDNA基因。经BLAST同源序列比对,结果显示,菌株F1-516SrDNA与枯草芽孢杆菌的16S rDNA具有99％的同源性,表明F1-5为枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为甘露聚糖酶工业化开发应用奠定了基础。