利用SSR荧光标记毛细管电泳法检测蝴蝶兰组培突变体

以8份蝴蝶兰种质资源为材料,使用SSR标记进行蝴蝶兰种质资源和突变体的鉴定。从25对SSR荧光标记引物中筛选出10对扩增效果理想的SSR荧光标记引物,鉴定4个不同品种的蝴蝶兰及其相应的突变体。10对SSR引物中有9对引物在这8个种质中能扩增出多态性条带,共扩增出38个等位基因,利用其中3对引物SSR3+SSR8+SSR9的组合即可将4个品种及其突变体全部区分开,说明SSR荧光标记毛细管电泳法检测蝴蝶兰突变体高效可行。     

大麦基因型间SSR标记的多态性及其亲缘关系分析

为了解大麦种质资源的遗传多样性,利用位于大麦7条染色体上的42对SSR引物对42个大麦种质多态性及其亲缘关系进行了分析,结果表明,42对SSR引物在42个大麦品种间均有多态性,共检测到112个等位基因,每一对引物的等位基因个数在2～5之间,平均为2.591个。42对SSR引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.321～0.857,平均为0.433。聚类结果表明,这些大麦基因型间的遗传相似系数分布范围较小,为0.321～0.857,在遗传相似系数值0.550水平上,这些品种聚成4大类。SSR标记揭示多数二棱啤酒大麦和多棱饲料大麦品种分别聚在不同类群中,表明其遗传距离较远,遗传基础较广泛;同一类品种(系)间的分布范围相对较近,表明其遗传基础较狭窄;大麦地方品种遗传背景相对复杂。     

基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发

利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs）,为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR搜索,共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异。     

剑麻EST-SSR在丝兰麻和中美麻中的通用性分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对剑麻‘H.11648’中的100对SSR引物在丝兰麻和万年兰中的通用性进行分析,同时构建DNA指纹图谱。结果表明100对SSR引物,在龙舌兰属、丝兰麻属、中美麻属中分别有68对、52对和52对SSR引物扩增出目标产物条带,扩增产物所占比例分别为68%、52%和52%,多态性引物分别为18对、12对和9对,多态性引物所占比例分别为29.51%、23.08%和17.31%。检测位点数分别为76、44和40个,平均每对引物多态位点数分别为2.67、2.42和2.22个。引物C67656和C61418可将龙舌兰属的6份种质区分开来,引物C65059可将丝兰麻属的5份种质区分开,引物C24110可将中美麻属的4份种质区分开。以上研究结果表明,从‘H.11648’开发的SSR引物在龙舌兰及其近缘属中是可以通用的,筛选出的SSR引物可用于龙舌兰及其近缘属种质资源的鉴定和遗传多样性分析等研究。     

西双版纳糯玉米地方品种遗传多样性分析

利用SSR标记对西双版纳的36个小糯玉米地方品种和2个对照品种进行遗传多样性研究。从800余对SSR引物中筛选出100对多态性好、稳定性高的SSR引物。结果表明, 这100对SSR引物在36个糯玉米地方品种中共检测出353个等位基因, 每对引物检测出2～8个, 平均为3.53个, 平均多态性息量(PIC)为0.53, 平均标记索引系数(MI)为2.00。聚类分析表明, 糯玉米地方品种聚为6个类群, 与对照品种相比, 地方品种独立成群。     

基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发

利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs）,为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、 品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR 搜索,共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。 基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主 导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核 苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个 SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物 表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12 个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实用性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及 其相关近缘物种的遗传变异。     

利用SSR荧光标记构建37个中国橡胶树栽培品种指纹图谱

以37个橡胶树栽培品种为材料,利用SSR荧光标记技术进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析,构建我国橡胶树栽培品种的SSR指纹图谱。共计筛选和确定出34对SSR引物作为构建橡胶树品种DNA指纹图谱库的核心引物,其中30对SSR引物可用于品种鉴定,4对SSR引物可作为备选引物用于后续新选育品种的鉴定。筛选和确定出的核心SSR引物表现出较高的多态性信息含量（PIC值）,其中PIC值高于0.5的引物高达97%,PIC值大于0.7的引物多达12对,PIC值大于0.8的引物有2对。引物rbm28的多态性最高,可作为最佳引物用于鉴定中国橡胶树主栽品系的遗传多样性,其他4条引物HESR025、HESR163、H-084、H-122同时具备较高的杂合率和多态性,可考虑作为备选引物。34对核心SSR引物在37个橡胶树品种中共检测到161个等位变异,平均每对引物检测到5.4个等位基因,平均PIC值为0.65,表现出高度多态性。利用30对核心SSR引物对37份橡胶树品种进行扩增,得到相关品种的准确SSR位点信息,获得包含37个橡胶树品种的标准DNA指纹图谱库,其中33个橡胶树品种均具有唯一的DNA特征指纹,可作为各品种特定的图谱,为橡胶树品种鉴定和育种实践提供依据。     

大豆抗疫霉根腐病基因SSR标记

选用感病大豆品种合丰25和抗病大豆品种抗线2号作为亲本配制杂交组合,获得F2种子.种植F2代种子获得F2:3家系,作为分子标记分离群体,进行大豆抗疫霉根腐病基因SSR标记.共筛选覆盖大豆全基因组的350对SSR引物,其中52对引物在亲本间具有多态性,在F2群体中通过BSA法筛选出与抗疫霉病基因相关的多态性差异引物1对,为Scaa003,位于大豆公共遗传图谱的J连锁群.同时该引物在其他10个抗病品种及4个感病品种中抗、感病谱带检出率均为100%,具有一定的检测通用性,可以为大豆疫霉根腐菌1号生理小种抗性材料的辅助选择提供理论依据.     

多粒型花生的SSR分子标记

多粒型花生是花生四大类型之一，具有优质、抗叶斑病、早熟等特性。共筛选出16个能在多粒型花生品种DNA中扩增出多态性片段的SSR引物，每个SSR引物能扩增出1～7个DNA片段，在24个花生品种中能扩增出1～23条多态性片段。根据SSR分子标记计算出品种间遗传距离为0．09～0．82．平均为0.59。聚类分析结果说明所分析的24个花生种质可分为不同的品种群。     

33个育成花生品种遗传多样性分析

利用75对SSR标记引物对33个育成花生品种进行遗传多样性分析,结果表明,其中有10对标记引物扩增出多态性,共检测到33个多态等位点,每对引物分别检测出4～8个等位点变异,平均为6.0个,33个花生品种间的遗传相似系数在0.242～1.000之间,平均为0.621。聚类分析结果表明33个参试花生品种在遗传相似系数0.600处分为2个类群,亲本来源相近的品种优先聚在一起。     

优质食味粳稻辽粳433和越光糙米代谢产物差异分析

【目的】分析优质食味粳稻辽粳433和越光之间代谢产物差异,为优质食味粳稻辽粳433推广及优质食味粳稻品种选育提供参考。【方法】利用气相色谱-质谱(GC-MS)检测辽粳433和越光的糙米代谢产物,采用在线软件对两个品种糙米差异代谢产物和差异代谢通路进行分析。【结果】通过GC-MS检测两个品种均定性到233种代谢产物。与越光相比,辽粳433糙米代谢产物相对含量高的有158种,占检测到的代谢物总数的67.81%。PCA和PLS-DA分析可以将辽粳433和越光糙米代谢产物分离开。辽粳433与越光糙米之间共有64种代谢产物含量差异显著,辽粳433糙米中相对含量高的差异代谢产物有42种,与营养相关的氨基葡萄糖酸、三糖、纤维二糖、4-氨基丁酸、油酸、α-生育酚、泛酸、肌醇、奎尼酸和绿原酸分别是越光的23.86、13.35、2.53、2.44、9.32、2.66、2.90、3.54、4.05和2.10倍;越光糙米中相对含量高的差异代谢产物有22种,与营养相关的阿拉伯糖醇、亚油酸、阿魏酸和肌醇-4-磷酸是辽粳433的1.61、2.33、1.39和2.39倍。辽粳433与越光糙米之间11个代谢通路有显著差异,肌醇磷酸代谢、抗坏血酸和醛酸代谢、酪氨酸代谢和苯丙烷生物合成检测到的代谢产物相对含量均表现为辽粳433高于越光。【结论】辽粳433与越光糙米之间代谢产物组成差异显著。与越光相比,辽粳433具有与营养相关的差异代谢产物数量更多,含量更高。辽粳433具有成为高膳食纤维和保健功能大米的潜力。GC-MS代谢组学分析方法可作为水稻品种间营养差异分析的有力工具。     

Difference of Metabolites in Brown Rice Between Liaojing 433 and Koshihikari with Good Eating Quality

【Objective】Our goal is to analyze the metabolite difference between good eating-quality japonica rice Liaojing 433 and Koshihikari, and provide reference for breeding good eating-quality rice. 【Method】 GC-MS was used to detect metabolites in brown rice of Liaojing 433 and Koshihikari. Online software was used to analyze metabolic spectrum and metabolic pathway differences. 【Result】 233 metabolites were identified in both cultivars by GC-MS, among which 158 in Liaojing 433 have higher contents than in Koshihikari, accounting for 67.81% of the total. PCA and PLS-DA analysis found that there were different metabolic profiles between Liaojing 433 and Koshihikari with significant differences in contents of 64 metabolites. Among different metabolites, 42 metabolites had relative high contents in Liaojing 433. Glucosamine acid, trisaccharide, cellobiose, 4-aminobutyric acid, oleic acid, α-tocopherol, pantothenic acid, inositol, quinic acid and chlorogenic acid of Liaojing 433 were 23.86, 13.35, 2.53, 2.44, 9.32, 2.66, 2.90, 3.54, 4.05 and 2.10 times as many as those in Koshihikari, respectively. There are 22 kinds of relative high contents in brown rice in Koshihikari, and the nutrition-related arabinol, linoleic acid, ferulic acid and inositol-4-phosphoric acid are 1.61, 2.33, 1.39 and 2.39 times as many of those in Liaojing 433. Between Liaojing 433 and Koshihikari, there were significant differences in 11 metabolic pathways. The relative contents of metabolites detected by inositol phosphate metabolism, ascorbic acid and aldehyde acid metabolism, tyrosine metabolism and phenylpropane biosynthesis of Liaojing 433 were all higher than those of Koshihikari. 【Conclusion】 The metabolite composition of Liaojing 433 and Koshihikari brown rice was significantly different. Compared with Koshihikari, Liaojing 433 has a good taste and high dietary fiber content. In addition, Liaojing 433 has stronger health care function and antioxidant capacity. GC-MS metabolomics analysis method is a powerful tool for analyzing nutritional differences among rice varieties.     

Identification and Purity Test of Super Hybrid Rice with SSR Molecular Markers

Five super hybrid rice combinations, i.e. HYS-1/R105, Pei‘ai 64S/E32, Liangyoupeijiu (Pei‘ai 64S/9311), 88S/0293, and J23A/Q611, and their parental lines were tested by means of SSR analysis. A total of 144 SSR primer pairs distributed on 12 rice chromosomes were used, out of which 47 detected polymorphism among the tested rice lines. Among all these primers, RM337 and RM154 produced polymorphic patterns in four or more of the tested experimental materials respectively, and they could distinguish among most rice genotypes tested. Twenty-four primer pairs, two on each rice chromosome, were selected to make a reference SSR marker-based fingerprinting for the rice lines. For most of the primer pairs, F1 hybrids mainly showed complementary pattern of both parents, which could be very useful to distinguish the F1 from its parental lines. In addition, 5 primer pairs were selected as special primer pairs for five hybrid rice combinations respectively. By combining the rapid, simple method on DNA extraction, it is suggested that SSR technique has wide prospective in variety authentication and purity identification.     

甬优系列杂交水稻SSR标记指纹图谱和籼粳属性

用22个SSR分子标记对13份甬优系列杂交水稻组合及其亲本材料和6份籼粳对照种进行分析,共获得87个等位基因,每对引物扩增的等位基因数为2~8个。所有供试材料间均检测到了差异,从而建立起甬优1号~甬优6号杂交水稻组合及其亲本的DNA指纹图谱。聚类分析结果表明,9份供试材料与3份粳稻对照种聚于一类,属粳稻;4份供试材料与籼稻对照种IR36聚于一类,属籼稻。这与形态分类结果基本一致。从分子水平确认了杂交水稻甬优6号和甬优4号为籼粳亚种间杂交稻。     

花生序列相关扩增多态性(SRAP)标记的研究

研究了分属3个市场型的10个中国花生栽培种的序列相关扩增多态性（SRAP）。结果表明，SARP技术可以揭示花生栽培种的遗传差异。在所试验的51对SRAP引物中，2对只获得了单态性条带，其余49对总共产生了1087条带，其中503条（46．27％）为多态性带，每对引物组合平均获得22．18条总带、10．26条多态性带。在这49对引物组合中，总带数和多态性条带的数目分别为7～63和2～32条。 10个花生栽培种间的简单匹配相似系数为0．7712～0．9250不等，根据SRAP指纹图谱进行聚类分析可将这10个品种分为4类。另外一项采用作图亲本24-3和B4的研究中，40对SRAP引物共计获得了160条多态性带。本研究为花生品种鉴定和遗传研究提供了新的DNA分子标记技术手段。     

Rice seed identification by computerized AFLP-DNA fingerprinting

We developed a computerized seed identification system. Fifteen rice varieties that were widely used in China were analyzed by AFLP fingerprinting. 12 primer pairs were screened. In order to simplify the procedure and cut down the cost in seed identification, the least number of primer pairs for practical seed identification should be selected. In this study, 3 primer pairs were selected.     

水稻品种抗瘟性表型与抗病基因同源序列相似性关系

 用6对RGA引物，即RGA1(XLRR for/XLRR rev)、RGA2(XLRR inv1/XLRR inv2)、RGA3（NLRR for/NLRR rev）、RGA4(NLRR inv1/NLRR inv2)、RGA5(Pto kin1/Pto kin2)和RGA6(Pto kin3/Pto kin4)对21个品种进行RGA PCR的DNA指纹分析。以相似系数0.72和田间叶瘟严重度阈值0.84分别聚类，21个水稻品种均可以分成5类。尽管类与类之间没有一一对应关系，但抗谱广、抗性稳定或具持久抗瘟性的品种，能较好地聚为一类，如湘资3150、IR156、株两优02、ZR02。在6对引物中，RGA1和RGA2来自于水稻抗白叶枯病基因Xa21含 LRR结构，RGA3来自于烟草N基因含LRR结构，上述3对引物比较适宜用于水稻稻瘟病抗性基因遗传背景分析。     

水稻苗期氮素吸收及其相关性状的QTL分析

以来自于Koshihikari/Kasalath//Koshihikari的回交重组自交系群体为材料,采用流动液体培养和同位素示踪技术,对水稻苗期氮素吸收速率及其相关性状进行QTL分析。结果表明,地上部干质量(SW)、根系干质量(RW)、根冠比(R/S)、地上部相对生长速率(RGRS)和根相对生长速率(RGRR)等与氮素吸收力(NAA)和氮素吸收速率(NAR)密切相关。在SW、RW、植株含氮量、NAA、高氮下的氮吸收速率(HNAE)和低氮下的氮吸收速率(LNAE)上分别检测到1、4、1、3、1和1个主效QTL,主要分布在第6、7、8和10染色体上;R/S、RGRS和RGRR没有检测到主效QTL;NAA、LNAE和RW间存在明显的QTL一因多效或邻近表达现象。     

长江流域主要常规双季早籼稻的遗传相似性分析及指纹图谱构建

【目的】构建常规早稻品种的指纹图谱以及分析其遗传相似性,为早稻品种鉴定、育种者有效选配亲本提供参考依据。【方法】以2000年以来长江流域双季稻区通过省级以上审定的常规早稻品种为材料,利用50对多态性高,稳定性好,且均匀分布于水稻12条染色体的SSR引物,建立常规早稻的SSR指纹图谱。利用NTSYS PC Version 2.10e软件、UPGMA法进行聚类分析。【结果】50对引物共检测到多态性位点154个,每对引物检测到的等位基因数为2~6个,平均3.08个;引物多态信息含量(PIC)值为0.03~0.75,平均值为0.36。62份材料的遗传相似系数变化范围为0.66~1,并且在相似系数为0.73处可分为浙江省内品种及省外品种2组,各组间差异不大。【结论】结合系谱关系发现,本研究中所用早稻品种的遗传背景较为狭窄。     

应用SSR分子标记鉴定超级杂交水稻组合及其纯度

 应用SSR分子标记技术对超级杂交稻5个组合（HYS 1/R105、培矮64S/E32、两优培九、88S/0293、J23A/Q611）及其9个亲本进行了鉴定。用144对SSR引物进行筛选，有47对能够在实验材料中显示较好的多态性，其中，RM337与RM154呈现丰富多态性，可鉴别供试组合并分别与其亲本区分开。对于水稻的每一条染色体，各筛选出两条产生多态性的引物，共24对，并提供一组作为鉴定参考的图谱；通过杂种表现为父母本互补带型的特点，找到在杂交稻组合及其亲本间具有多态性的引物，筛选出5对引物分别作为鉴定上述5个超级杂交稻组合的特异引物，进而针对杂交稻不同的纯度问题设计鉴定方法。